هسته سخت قدرت در جریان اعتراضات سال‌۱۳۸۸، وزارت اطلاعات را به ناتوانی در پیش‌بینی ناآرامی‌های متهم کرد و بیش از پیش به ایجاد یک نهاد موازی که تمام و کمال تحت سلطه فرماندهان سپاه و دفتر خامنه‌ای باشد متمایل شد. آن چه که تا پیش از سال ۱۳۸۸ وجود داشت، "معاونت اطلاعات سپاه پاسداران" بود که در پی تغییرات ساختاری سپاه، به "سازمان اطلاعات سپاه پاسداران" ارتقا یافت.

از زمان تغییرات ساختاری این بخش از معاونت به سازمان، حسین طائب به مدت ۱۳ سال ریاست آن را بر عهده گرفت. اطلاعات سپاه در این دوران کارنامه‌ای بحث‌انگیز از خود به جای گذاشت. سازمان اطلاعات سپاه با اقداماتی از قبیل دستگیری نازنین زاغری، روح‌الله زم، کایلی گیلبرت، فریبا عادل‌خواه، جیسون رضاییان، نزار زکا، دری اصفهانی، عماد شرقی، باقر و سیامک نمازی تلاش می‌کرد با به دست گرفتن سکان اطلاعاتی حکومت، نقش خود را پررنگ نشان دهد.

این اقدامات با ورود اطلاعات سپاه به پرونده موسوم به دستگیری فعالان محیط زیست، به زمینه جدیدی از مناقشه میان نهادهای اطلاعاتی حکومت تبدیل شد.

افزون بر این، اقداماتی نظیر دستگیری اکبر طبری، حسن نجفی، حمید بقایی، حسن رعیت، حسین فریدون، مسعود احمدی‌زاده و همایون انصاری نیز در دوران ریاست طائب بر سازمان اطلاعات سپاه رخ دادند.

درگیری داخلی میان دو نهاد اطلاعاتی حکومت

از جمله موارد اختلاف میان وزارت اطلاعات و سازمان اطلاعات سپاه، پرونده زندانیان محیط زیستی است که از ماجراهای جنجالی دوران ریاست طائب محسوب می‌شود. یکی از مناقشه‌برانگیزترین پرونده‌ها اما باز می‌گردد به پرونده مازیار ابراهیمی که ماموران وزارت اطلاعات قصد داشتند انفجار کارخانه موشک‌سازی سپاه پاسداران در ملارد در آبان ١٣٩٠را به او نسبت دهند، اما ماموران اطلاعات سپاه در جریان بازجویی‌ها، به بی‌اساس بودن ادعاهای وزارت اطلاعات پی برده و ابراهیمی به همین دلیل پس از ۲۶ ماه از زندان آزاد شد.

او آزادی خود را مدیون رقابت اطلاعات سپاه و وزارت اطلاعات می‌داند و می‌گوید بعد از اعترافاتش که زیر فشار وزارت اطلاعات انجام گرفته، مأموران اطلاعات سپاه متوجه می‌شوند که این پرونده ساختگی، و همۀ اعترافات دروغ است.

رویارویی میان سازمان اطلاعات سپاه و وزارت اطلاعات به خصوص پس از این پرونده وارد مرحله تازه‌ای شد و از آن زمان، هر کدام از این دو نهاد اطلاعاتی حکومت سعی کرده‌اند که با تبلیغات مستقیم و غیرمستقیم در رسانه‌ها، از جمله ساخت فیلم و سریال، بر صلاحیت حرفه‌ای خود تاکید کند و نهاد رقیب را سهل‌انگار نشان دهد.

با شروع ریاست محمد کاظمی بر سازمان اطلاعات سپاه از تیر ۱۴۰۱ تا کنون به ویژه پس از آغاز اعتراضات سراسری و خیزش موسوم به جنبش مهسا، به نظر می‌رسد که این دو نهاد اطلاعاتی دست‌کم در ظاهر تلاش دارند که از رقابت و چنددستگی پرهیز کنند و راه "هماهنگی و همگرایی" پیش بگیرند. هر دو نهاد در جریان جنبش مهسا با صدور بیانیه مشترک، این جنبش را به خارج از کشور مرتبط کردند و در اقدامی هماهنگ، برای دو خبرنگاری که ماجرای مرگ و خاکسپاری مهسا امینی را پوشش داده بودند شروع به پرونده‌سازی کردند.

به نظر می‌رسد که تداوم رقابت و چند دستگی و نیز نگرانی از بروز مجدد نآرامی‌ها در ماه‌ها و سال‌های آتی، علی خامنه‌ای را به این نتیجه رسانده که نشست‌های مشترک بیشتری میان این دو نهاد برگزار شود. نشست‌هایی که البته در لایه‌‌های زیرین آن می‌توان علاوه بر تاکید ظاهری این دو نهاد به "هماهنگی و همگرایی"، رگه‌‌هایی از اختلاف و رقابت و درگیری یافت.