با این حال در میانه رسیدگی به اتهام‌های حمید پورمحمدی، او دی ۱۳۹۱ با حکم معاون وقت برنامه‌ریزی و نظارت راهبردی ریاست‌جمهوری، به عنوان معاون برنامه‌ریزی این حوزه منصوب شد و حتی نشان درجه ۲ لیاقت و مدیریت را از احمدی‌نژاد دریافت کرد.

پس از روی کار آمدن دولت اصلاح‌طلب حسن روحانی نیز محمدباقر نوبخت، معاون برنامه‌ریزی حسن روحانی، پورمحمدی را به پشتوانه سوابق حکومتی و امنیتی‌ او در سمتش ابقا کرد و به چند سمت اقتصادی دیگر مانند «رابط دولت و بانک توسعه جهانی» هم منصوب کرد.

تا جایی که وب‌سایت انتخاب، وابسته به جریان اصلاحات، هم در گزارشی با انتقاد از ابقای پورمحمدی در سمتش نوشت:‌ «یکی از متهمان پرونده اختلاس سه هزار میلیاردی، حمید-پ، قائم‌مقام سابق بانک مرکزی، و از جمله مدیران دولتی است که در جریان رسیدگی به این پرونده بازداشت و سپس با قید وثیقه آزاد شد. با اعدام مه‌آفرید، مطالبات جامعه برای برخورد با متهمان دیگر پرونده شدت یافت و طبعا آقای نوبخت باید در این مورد پاسخ دهند که در چنین شرایطی که مه‌آفرید به چوبه دار سپرده شد، چرا باید یکی از متهمان این ماجرای ننگین معاون ایشان باشد؟»

با این حال نوبخت در سال ۱۳۹۴ هم پورمحمدی را به عنوان معاون امور تولیدی سازمان برنامه و بودجه منصوب کرد. اوایل سال ۱۳۹۶ نیز حمید پورمحمدی به جای فرهاد دژپسند، معاون امور اقتصادی و هماهنگی برنامه و بودجه سازمان برنامه و بودجه شد و سپس در مهر همان سال، اسحاق جهانگیری، معاون اول روحانی، پورمحمدی را «دبیر ستاد فرماندهی اقتصاد مقاومتی» کرد.

نکته قبل توجه اینکه با روی کار آمدن دولت ابراهیم رئیسی هم پورمحمدی مناصب مهمش را از دست نداد و به طور مثال، فعالیتش به عنوان معاون امور اقتصادی سازمان برنامه و‌ بودجه، در دوران مدیریت مسعود میرکاظمی بر این نهاد ادامه یافت.

در همین رابطه، یکی از روزنامه‌نگاران شاغل در ایران، روز یکشنبه ۱۴ مرداد در گفت‌وگو با ایندیپندنت فارسی خبر داد پس از آنکه امروز تعدادی از روزنامه‌نگاران در شبکه‌های اجتماعی به انتخاب متهم پرونده اختلاس سه میلیارد دلاری به‌عنوان رئیس سازمان برنامه و بودجه اعتراض کردند، «برخی نهادهای امنیتی» فورا با این روزنامه‌نگاران و مدیرمسئول رسانه‌های آنان تماس گرفتند و ضمن تهدید به بازداشت، از این روزنامه‌نگاران خواستند انتقاد‌های توییتری و اینستاگرامی‌شان از پورمحمدی را فورا پاک کنند.

به گفته این روزنامه‌نگار، چنین اتفاقی نشان می‌دهد که حمید پورمحمدی تا چه میزان با نهادهای قدرت و دستگا‌ه‌های امنیتی در نظام جمهوری اسلامی ارتباط دارد.

مسعود پزشکیان در روز یکشنبه علی طیب‌نیا را هم به‌عنوان مشاور عالی خود در حوزه اقتصادی و شهرام دبیری را به‌عنوان معاون امور مجلس منصوب کرد. برخی از فعالان سیاسی و خبرنگاران در ایران می‌گویند پیش از این قرار بود تا طیب‌نیا، وزیر اقتصاد دولت حسن روحانی، معاون اول پزشکیان شود و او را برای وزارت اقتصاد نیز در نظر داشتند، اما مجلس شورای اسلامی و اطرافیان علی خامنه‌ای با انتخاب طیب‌نیا برای این دو سمت مهم مخالفت کردند تا در نهایت جایگاه غیررسمی مشاور اقتصادی به طیب‌نیا برسد.