سازمان عفو بین الملل در بیانیه ای که به مناسبت مرگ اکبر محمدی منتشر کرد، گفت: مرگ این زندانی سیاسی در زندان جمهوری اسلامی نشان از نیاز به اصلاحات سریع در نظام قضایی جمهوری اسلامی دارد. بیانیه همچنین خواهان انجام کالبدشکافی جسد اکبر محمدی توسط پزشکان مستقل شده است. در بیانیه عفو بین الملل از جمله آمده است: «مرگ اکبر محمدی از رهبران دانشجویی سابق باعث ناامیدی کامل از نظامی قضایی جمهوری اسلامی شده است. شکست های پیاپی در اجرای عدالت درباره اکبر محمدی، زندگی او و شرافت خانواده اش را ربود و ما نباید شاهد مرگ دیگری در زندان های ایران باشیم. مقام های حکومت ایران باید به سرعت اقداماتی انجام دهند که زندانیان سیاسی از محاکمه های علنی و منصفانه برخوردار شوند.
شکنجه و آزاد متوقف شود و مراقبت های پزشکی از زندانیان دریغ نشود و عدم رسیدگی به زندانیان بیمار متوقف نشود». عفو بین الملل گزارش های مربوط به خوراندن دارو به زور به اکبر محمدی توسط مقام های ارشد دولتی را هشداردهنده خوانده و گفت: ممکن است چنین کاری به مرگ وی انجامیده باشد.