رئیس شهربانی وقت شهر شاه‌آباد (اسلام‌آباد غرب فعلی) خطاب به آیت الله محمدی یزدی می‌گوید "چه از جان این مردم می‌خواهی؟" و بعد هم وی را بازداشت می‌کند.» (۱)
و به این ترتیب یزدی در آخرین ماه‌‌های حکومت پهلوی در تیرماه ۱۳۵۷ به مدت کوتاهی در کرمانشاه به زندان می‌رود، و سپس دادگاه نظامی حکم آزادی وی را می‌دهد. یزدی در خاطراتش تأکید می‌کند که وسوسه شده بود توصیه‌ی روحانی‌ای که با او دیدار کرده بود را پذیرفته و توبه نامه بنویسد. وی در گفتگو با حسین دهباشی با آب و تاب بسیاری از سابقه‌ی زندان‌اش در کرمانشاه می‌گوید و تنها تأکید می‌کند از دوران بازداشتم در «قزل‌قلعه» بیشتر بود. (۲)دوران حبس وی در قزل‌قلعه کمی بیش از یک ماه بود.
خمینی پس از ورود به کشور تا دوازدهم اسفند ۵۷ در تهران اقامت داشت و سپس به شهر قم عزیمت کرد. از آن‌جایی که منزل شخصی وی در قم برای انجام ملاقات‌ها مناسب نبود به منزل محمد یزدی نقل مکان کرد و همین مسئله موجب ارتقای مقام وی شد و او که در خانه‌ی اشراقی داماد خمینی سکنی گزیده بود به دفتر خمینی در قم راه یافت و همراه با احمد خمینی، شهاب‌الدین اشراقی، سیدهاشم رسولی محلاتی و ... به اداره دفتر مشغول شد.
پس از عزیمت خمینی به تهران به منظور معالجه در بیمارستان قلب، محمد یزدی ریاست دفتر وی در قم را به عهده گرفت. یزدی پس از پیروزی انقلاب به اعتبار خمینی قدرت زیادی در قم داشت. او به عنوان رئیس دادگاه انقلاب و کمیته این شهر، علاوه بر قضاوت، اداره‌ی شهربانی، ژاندارمری و فرمانداری را نیز به عهده داشت. او همچنین مدتی با حکم خمینی حاکم شرع سیار و رئیس دادگاه انقلاب اسلامی باختران (کرمانشاه) بود.

پدیده‌‌ی شوم و ضدمردمی چماقداری پس از پیروزی انقلاب ضد‌سلطنتی ابعاد گسترده و بی‌سابقه‌ای یافت. در این دوران شیخ محمد یزدی یکی از پیشگامان سازماندهی چماقداران و لمپن‌ها بود که از دیرباز رابطه‌ی نزدیکی با روحانیت و اقشار سنتی مذهبی داشتند و به توصیه‌ی آن‌ها در کودتای ۲۸ مرداد شرکت کرده بودند و غائله‌ی ۱۵ خرداد را به وجود آورده بودند. این بار از آن‌ها برای حمله و هجوم به دفاتر گروه‌های سیاسی استفاده شد.
یزدی در کتاب خاطراتش توضیح می‌دهد پس از گشایش دفتر مجاهدین خلق در محل سابق «مرکز امور زنان» قم و تبدیل آن به درمانگاه و «محل استراحت مجروحین» وی در محل حاضر شده و پس از مشاجره لفظی با مادر «شهید حنیف‌نژاد» که ظاهراً بایستی مادر رضایی‌ها باشد، با عصبانیت از محل خارج شده و دستور حمله به آن‌جا را صادر می‌کند.
یزدی در رابطه با حمله به دفتر مجاهدین در قم که در اسفند ۱۳۵۷ اتفاق افتاد می‌گوید:‌

«به حاج غلام که فردی بزن بهادر بود و پیش از این راجع به او توضیح دادم، گفتم : «این ساختمان را باید از چنگ این جماعت درآوری و هرچه سلاح در اختیار آن‌هاست را به بیت‌المال باز گردانی!». حاج غلام هم شبانه با نوچه‌هایش وارد عمل شد و تمام آن‌ها را تار و مار کرد و ساختمان امور زنان را به دامن انقلاب بازگرداند و تنی چند از افراد سازمان را بازداشت کرد و تحویل مقامات قضایی داد. خوشبختانه به این دلیل که من در آن مقطع از اختیار تام و تمامی در قم برخوردار بودم، کسی جرأت نداشت در مقابل تصمیمات قاطعی که می‌گرفتم مقاومت کند. » (۳)

از آن‌جایی که در محل مزبور سلاحی یافت نشده بود یزدی در ادامه‌ی خاطراتش به دروغ مدعی می‌شود که قبلاً سلاح‌ها را به جای دیگری منتقل کرده بودند.

این ساختمان پس از تسخیر توسط عوامل یزدی، به یکی از مراکز تحت نظر او برای عملی‌کردن توطئه‌هایش به منظور تسلط بر شهر قم و مراکز مذهبی تبدیل شد.

یزدی همچنین محرک اصلی حمله‌ی اراذل و اوباش به «دار‌التبلیغ اسلامی» وابسته به آیت‌الله شریعتمداری بود. وی در این رابطه می‌گوید:
«بعد به نزد باجناقمان مرحوم محسن‌آقا رفتم و از او خواستم تا حاج غلام را خبر کند. حاج غلام، شخص قوی و تنومندی بود که خیلی‌ها از او می‌ترسیدند و سرش درد می‌کرد برای کارهای بزن بهادری! هر وقت در جایی به بن بست کشیده می‌‌شد و تکلیف احساس می‌کردیم، به حاج غلام متوسل می‌شدیم و او هم خودش را ملزم می‌کرد تا کاری را که از او خواسته‌ایم تمام و کمال انجام دهد. وقتی حاج غلام خودش را به ما رساند، گفتم: «بچه‌هایت را جمع کن و برو سراغ این ترک‌هایی که شهر را به آشوب کشیده‌اند و تا آن‌جا که در توان داری، آن‌ها را دستگیر کن! بعد به ساختمان نزدیک پل منتقل کن.» توضیحاً عرض کنم که ساختمان مزبور مربوط به زنان بود و به دستگاه طاغوت تعلق داشت و ما از آن برای کارهای خودمان استفاده می‌کردیم. حاج غلام گفت: «این کارها برای چیست؟» گفتم: «کار نداشته باش و کاری را که از تو خواسته‌ام، انجام بده. فقط یادت باشد که جان امام در خطر است.» حاج غلام گفت: «چشم!» و رفت. در کمتر از نیم ساعت، حاج‌ غلام و نوچه‌هایش افتادند به جان خلق مسلمان‌ها. زدند و بستند و گرفتند و به ساختمان مزبور منتقل کردند. آقا شیخ غلامرضا همه‌ کاره‌ی آقای شریعتمداری هم، جزو دستگیر شدگان بود...» (۴)

یزدی در جای دیگری از حاج غلام به عنوان «رئیس کل نیروهای مردمی در قم» یاد می‌کند. یزدی همچنین در زمره‌ی کسانی بود که از همان ابتدای حضور خمینی در قم، با برنامه‌ریزی می‌کوشید وی را در مقابل مجاهدین قرار داده و فرمان سرکوب آن‌ها را بگیرد. یزدی در خاطراتش می‌گوید:
‌
«یک‌ شب‌ اطلاع‌ دادند که‌ امام‌ به‌ منزل‌ ما می‌آیند... ما اطلاع‌ داشتیم‌ که‌ حضرت‌ امام‌ دوست‌ دارند که‌ در جلسات‌ دوستانه‌ و بازدیدهای‌ این چنینی‌ هم‌ راجع‌ به‌ مسائل‌ مهم‌ صحبت‌ شود. ما هم‌ بنا گذاشتیم‌ که‌ بحث‌ سازمان‌ مجاهدین‌ را پیش‌ بکشیم‌ و نظر امام‌ را در این‌ مورد جویا شویم‌ و بر اساس آن اتخاذ تصمیم کنیم. طبق‌ توافق‌ به‌ عمل‌ آمده‌، قرار شد که‌ آقای‌ حسینی‌ فرزند آیت‌الله نورالدین‌ شیرازی ابتدا مسئله‌ را در جلسه‌ و در حضور امام‌ عنوان‌ کند تا مسیر بحث‌ تعیین‌ شود. حتی‌ از پیش‌ بنا شد که‌ تعدادی‌ از کتاب‌های‌ منتشر شده‌ توسط‌ منافقین‌ به‌ جلسه‌ آورده‌ شود تا عنداللزوم‌ مورد استشهاد قرار گیرد. شب‌ هنگام‌، حضرت‌ امام‌ به‌ منزل‌ ما تشریف‌ آوردند... وقتی‌ جلسه بازدید شکل‌ طبیعی‌ خود را پیدا کرد، و دوستان‌ که‌ تنی‌ چند از آنها از اعضای‌ جامعه مدرسین‌ حوزه‌ علمیه‌ بودند، جمع‌ شدند، آب‌ جوشی‌ برای‌ حضرت‌ امام‌ آوردند و آقای حسینی‌ برنامه از پیش‌ تعیین‌ شده‌ خود را شروع‌ کرد. امام‌ در پاسخ‌ فرمودند: من‌ اعضای‌ مجاهدین‌ را می‌شناسم‌ و با مواضع‌ آنها آشنائی‌ دارم‌ و کتاب‌هایشان‌ را هم‌ خوانده‌ام، تا زمانی‌ که‌ اینها دست‌ به‌ اسلحه‌ نبرده‌اند، با آنها کاری‌ نداریم‌. یکی‌ از افراد شرکت‌ کننده‌ در جلسه‌، گفت‌: «حضرتعالی‌ می‌فرمایید کتابهای‌ این‌ها را خوانده‌اید آیا این‌ها خطرشان‌ از منافقین‌ صدر اسلام‌ بیشتر نیست‌؟» بعد، از این‌ گروه‌ برای‌ اولین‌ بار با تعبیر منافقین‌ یاد کرد.
امام‌ مجدداً فرمودند: «من‌ اینطور نیست‌ که‌ اینها را نشناسم‌ ولی‌ تا سلاح ‌را برای‌ جنگ‌ با ما از رو نبسته‌اند، با آنها کاری‌ نداریم‌. یکی‌ دیگر از اعضای‌ جلسه‌ گفت‌: «یعنی‌ شما واقعاً از جانب‌ اینها در حال‌ حاضر احساس‌ خطر نمی‌کنید؟» امام‌ بار دیگر همان‌ جمله خود را تکرار کردند» (۵)

یزدی در خاطراتش مدعی می‌شود که مجاهدین یک بار در فروردین ۱۳۵۸ و دیگر بار در تابستان ۱۳۵۸ توطئه‌ی ترور وی را داشتند. قرائنی که او از این دو توطئه‌ی ترور به دست می‌دهد نوبر است و نشاندهنده‌ی ذهنیت کسی است که ۱۰ سال سکان هدایت دستگاه قضایی رژیم را به عهده داشت و فجایع بسیاری را به بار آورد.

بار اول کسی شب هنگام زنگ درب منزل یزدی را می‌زند و از طریق «آیفون» خواهان گفتگوی حضوری با او می‌شود. یزدی می‌گوید:
«من گفتم: « این موقع شب که وقت صحبت نیست.» آن شخص همچنان اصرار داشت که مرا حضوری ملاقات کند و من هم هرچه بیشتر اصرار او را دیدم، قاطع‌تر می‌شدم که این پیشنهاد را نپذیرم. ...صبح روز بعد، به من اطلاع دادند که آقای اشراقی به اتفاق یک فرد دیگر در حالی که مسلح بودند، مقابل منزل شما آمدند و ما به چشم خود دیدیم که درحال گفتگو با آیفون منزل شما هستند. من برایم مسلم شد که توطئه‌ی تروری در کار بوده است، منتهی با کمک و امدادهای حضرت حق ما از این نقشه‌ی ترور جان سالم به در بردیم» (۶)

یزدی در ارتباط با توطئه‌ی ترور بعدی مدعی می‌شود در حالی که شب در منزل مجاور خانه‌ی سید‌المحدثین در قم اقامت داشت، مجاهدین به رهبری سید‌المحدثین قصد ترور وی که در حیاط می‌خوابید را داشتند:

«در آن شب که ما در آن منزل در جوار منزل سید‌المحدثین اقامت داشتیم، آن‌ها طرح سوءقصد به ما را ریخته بودند که از طریق دیوار، خودشان را به محل سکنای ما برسانند و اقدام مسلحانه‌شان را به رهبری سید‌المحدثین انجام دهند. بنده هم در آن مقطع مسلح نبودم و اساساً تا قبل از این که نماینده مجلس شوم، دستم به اسلحه نخورده بود.... ظاهراً فرد سوء قصد کننده به بالای دیوار می‌رود و نگاهی به داخل حیاط منزل می‌اندازد و می‌بیند که بچه‌های ما خوابیده‌اند، ولی من با اراده‌ی الهی در آن وقت منزل نبودم در آن زمان تابستان بود و به علت گرمی هوا ما شب‌ها در حیاط می‌خوابیدیم. او جایش را عوض می‌کند تا بلکه مرا ببیند. در همین احوال بچه‌های ما متوجه می‌شوند و سرو صدا راه می‌اندازند. او هم به بالای پشت‌بام ما می‌رود. ... به هر تقدیر فرد سوءقصد کننده از طریق راه‌پله‌‌های منزل ما موفق می‌شود خودش را به کوچه برساند. در همین احوال، حاج آقا مدنی که صحبتش را کردم، او را در حالی که مسلح بوده، می‌بیند و تعقیبش می‌کند و او هم پا به فرار می‌گذارد» (۷)

حتی اگر بپذیریم آن‌چه یزدی می‌گوید واقعیت دارد اما نتیجه‌گیری رئیس دستگاه قضایی رژیم حیرت‌آور است. در حالی که هیچ‌کسی دستگیر نشده است، او می‌داند که سوءقصد کننده یکی از اعضای مجاهدین بوده که به قصد ترور وی وارد شده و در ضمن رهبری عملیات را نیز محمد سید‌المحدثین به عهده داشته است.

یزدی به خاطر تحجری که داشت یکی از مخالفان سرسخت آیت‌الله طالقانی بود. وی در مورد ایشان می‌گوید:

«می توان گفت که مرحوم آقای طالقانی ایدئولوگ آقایان ملیون بودند ... ما سراغ نداریم که مرحوم طالقانی حتی در یک مورد با منافقین با حالت تقابل برخورد کنند. البته وقتی منافقین سلاح‌های خود را به سمت نظام و امام نشانه گرفتند دیگر آقای طالقانی از آنان حمایت آشکار ننمودند ولی تبری هم نجستند.» (۸)

یزدی مانند اغلب گردانندگان رژیم و به ویژه متصدیان دستگاه قضایی و تبلیغاتی، دروغگویی را نصب‌العین خود کرده‌است. آیت‌الله طالقانی در شهریور ۱۳۵۸ فوت کرد و مجاهدین بعد از ۳۰ خرداد ۱۳۶۰ سلاح به دست گرفتند و تا آن زمان سعی کردند از همه ظرفیت‌های قانونی برای فعالیت سیاسی استفاده کنند. کاندیداهای این سازمان در انتخابات اولین دوره مجلس شورای ملی در زمستان ۱۳۵۸ و بهار ۱۳۵۹ شرکت داشتند.

یزدی در سال ۱۳۵۸ به عضویت مجلس خبرگان قانون اساسی درآمد و یکی از معرکه‌گردانان تصویب اصل ولایت فقیه در این مجلس بود. (۹)
او در خاطراتش توضیح می‌دهد که پیش از پیروزی انقلاب و همچنین قبل از تشکیل مجلس خبرگان بررسی قانون اساسی به دعوت مشکینی وی و تعدادی دیگر از اعضای جامعه‌ی مدرسین حوزه‌ی علمیه قم، جلساتی را تشکیل داده و روی پیش نویس قانون اساسی کار کرده بودند.

اولین نقش‌آفرینی سیاسی یزدی حضور در هیأت دولت موقت برای رسیدگی به اوضاع کردستان بود. وی در این هیأت نمایندگی خمینی را به عهده داشت. وی همچنین عضو کمیته‌ی سه نفره‌ی حل اختلاف بین حزب جمهوری اسلامی و بنی‌صدر پس از ماجرای ۱۴ اسفند ۱۳۵۹بود. در این کمیته یزدی نماینده بهشتی و رفسنجانی و رجایی یا در واقع حزب ‌جمهوری اسلامی، شهاب‌الدین اشراقی نماینده‌ی بنی‌صدر و محمدرضا مهدوی کنی نماینده‌ی خمینی بودند و چنانچه پیش‌بینی می‌شد رأی به محکومیت بنی‌صدر دادند. در این هیأت، یزدی نقش تعیین کننده داشت و مهدوی کنی از او حمایت می‌کرد. اشراقی آنقدر بی‌اختیار و منفعل بود که یزدی حتی اجازه نداد وی نوار گفتگوهای هیأت را از جلسه خارج کند.
یزدی در انتخابات میان‌دوره‌ای مجلس شورای اسلامی در سال ۱۳۶۱ به عضویت این مجلس از قم در‌ آمد و تا سال ۱۳۶۷ به عنوان نایب رئیس دوم و رئیس کمیسیون قضایی مجلس خدمت کرد.

یزدی یکی از گردانندگان «دادگاه عالی قم» بود که احکام مربوط به اعدام و حبس ابد و ... را مورد رسیدگی قرار می‌داد. وی به همراه مشکینی و ... با تشکیل شعبی در قم به ساماندهی قضات برای تأیید احکام صادره در دادگاه‌های انقلاب پرداختند. در واقع بسیاری از احکام اعدام دهه‌ی ۶۰ با تأیید این دادگاه به مورد اجرا گذاشته شد.
از طرف دیگر وی به عنوان رئیس کمیسیون قضایی مجلس به اوین رفت و آمد می‌کرد و پرونده‌های قضایی را مورد بررسی قرار می‌داد. او که رابطه‌ی نزدیکی با اعضای مؤتلفه، گردانندگان دادستانی انقلاب اسلامی در دهه‌ی ۶۰ داشت، سخنگوی این جریان در حوزه علمیه قم و نزد خمینی بود. او تمامی تلاش خود را به کار می‌برد تا ضمن مخالفت با سیاست آیت‌الله منتظری در زندان‌ها، بازگشت به خط سرکوب و کشتار سال‌های اولیه دهه‌ی ۶۰ را تبلیغ کند.
وی پیش از کشتار ۶۷ از زندان اوین دیدار کرد. گفته می‌شود او همراه با عسگراولادی و اعضای مؤتلفه به دیدار خمینی شتافت تا او را به صدور فرمان کشتار زندانیان ترغیب کند.
او از جمله کسانی بود که در سرکوب آزادی‌ها و حاکمیت اسلام فقاهتی نقش موثری ایفا کرد.
در پرونده‌ی خلع مرجعیت آیت‌الله شریعتمداری، وی از افراد فعال در جامعه مدرسین حوزه علمیه قم بود. وی همچنین در تمامی توطئه‌های علیه «حزب خلق مسلمان» که وابسته به آیت‌الله شریعتمداری بود پیشقدم بود و محرک اصلی حمله به این حزب و بیت‌ آیت‌الله شریعتمداری در قم محسوب می‌شد.

یزدی در انتخابات دوره سوم مجلس شورای اسلامی که داستان مقابله‌ی «فقه سنتی» و «فقه پویا» و «اسلام آمریکایی» و «اسلام مرفهین بی‌درد» با «اسلام پابرهنگان» از سوی خمینی و «خط امام» دامن زده شده بود با شکست سختی روبرو شد و به مجلس راه نیافت. او در این دوران به خاطر مخالفت شدیدش با نخست‌وزیری میرحسین موسوی (۱۰)و «خط امام» مورد غیض و کینه‌ی پاسداران و «رزمندگان جبهه» بود و به همین علت آنان سخنرانی وی در مهدیه تهران را برهم زده و او را با وضع‌ رقت‌باری از منبر پایین کشیدند. خمینی که حساب همه جا را داشت به منظور ایجاد تعادل در بین جناح‌های رژیم پس از استعفای صافی گلپایگانی در تیرماه ۱۳۶۷، از او دلجویی کرد و او را به عضویت شورای نگهبان درآورد و سپس به همراه آذری قمی به عنوان دو فرد شاخص جناح راست به عضویت شورای بازنگری قانون اساسی انتخاب کرد.

پس از مرگ خمینی، یزدی در جلسه تعیین رهبری، با انتخاب خامنه‌ای به دلیل عدم اجتهاد و دانش نازل فقهی مخالفت کرد و خواهان برگزیدن آیت‌الله گلپایگانی شد.
پس از جنبش ۸۸ و تشدید جنگ قدرت در بالای رژیم، حملات بی محابای یزدی به هاشمی رفسنجانی، باعث شد که سر این موضوع بار دیگر باز شود.

یزدی که به دشمنی با رفسنجانی شهره بود، در دیدار با مدیران ارشد صداوسیما خطاب به وی گفت:
«به نظر من سخنان هاشمی با آن نوع بیان به جای اینكه احترام به رهبری باشد، نوعی توهین و جسارت به آیت‌الله خامنه‌ای بود.... من این نوع اظهارات را نمی‌فهمم؛ شما با حكم رهبری مسئولیت گرفته‌اید آن وقت این طوری صحبت می‌كنید... شما در نماز جمعه گفتید نسبت به نتیجه انتخابات تردید دارید ولی مقام معظم رهبری ضمن تاكید بر سالم بودن نتیجه انتخابات فرمودند اگر مشكلی است قانونی عمل كنید.... معتقدم سخنان هاشمی از سه پهلو هم گذشته است. هاشمی در دیدار اخیرش می‌گوید « رهبری را فرد اصلح برای حل مشكلات می‌دانم»، به نظر من سخنان هاشمی خطاب به رهبری جسارت به ایشان بود. آقای هاشمی در واقع به رهبری توهین كرد.
مجلس خبرگان رهبری آیت‌الله خامنه‌ای را برای رهبری نظام اسلامی انتخاب كرده‌ است و مردم نیز بارها از مواضع روشنگرانه رهبری تقدیر كرده‌اند؛ مانند ایشان در كشور وجود ندارد كه ۲۰ سال در برابر مشكلات ایستادگی كرده و آنها را حل كرده‌اند. هاشمی در آن جلسه گفته بود كه رهبری را «فرد اصلح» برای حل مشكلات می‌داند كه به نظر من این كلام معنی رهبری را دچار تردید كرد و این بزرگ‌ترین جسارت به حضرت آیت‌الله العظمی خامنه‌ای بود.
رهبری بارها و بارها بر خودداری خواص از دو پهلو حرف زدن تاكید كرده‌اند و ایشان در سخنان خود بارها خواسته‌اند كه هاشمی به آغوش نظام باز گردد، ولی هاشمی با موضع‌گیری‌های خود هر روز از نظام دورتر می‌شود.
در هر جا كه آیت‌الله خامنه‌ای بروند ملت و ما دنبال ایشان خواهیم بود؛ اما آقای هاشمی این را بدانید كه دنبال شما نمی‌آییم». (۱۱)

هاشمی رفسنجانی این بار سکوت را جایز نشمرد و یزدی را تهدید به بیان ناگفته‌ها کرد. وی در دیدار با اساتید علوم سیاسی دانشگاه‌های قم گفت:
«در مورد سخنان اخیر آقای یزدی همانگونه که قبلاً هم گفتم جوابم تاکنون به سخنان توام با عصبانیت و غرض‌آلود ایشان سلام بوده است، ولی با صحبت‌های دیروز ایشان و اطلاعات رسیده، این بار بوی توطئه به مشام می‌رسد و درباره مسائل ایشان در زمان امام راحل و در جلسه انتخاب رهبری بعد از ارتحال امام و در قوه قضاییه به صورت کتبی مطالبی را گوشزد خواهم کرد.» (۱۲)

احمد خاتمی از طرف خامنه‌ای مأموریت یافت تا با درخواست از هاشمی رفسنجانی به جنگ علنی این دو که قطعاً به ضرر خامنه‌ای و یزدی تمام می‌شد پایان دهد. پس از فرونشستن گردوخاک، یزدی و اطرافیانش در تبلیغات عوامفریبانه‌شان با به کار بستن ترفند آخوندی، منکر عضویت یزدی در مجلس خبرگان شدند. در حالی او نه به عنوان عضو، بلکه به خاطر آن که عضو فقهای شورای نگهبان بود به عنوان مشاور در این جلسه حضور داشت و پیشنهادات خود را ارائه داده بود.
تهدید رفسنجانی باعث شد تا یزدی عقب‌نشینی کند و دیگر بطور علنی حرفی در مورد وی نزند و رفسنجانی هم ترجیح داد «توطئه» را باز نکند.

خامنه‌ای پس از تصدی ولایت فقیه از آنجایی که به شدت به حمایت راست سنتی از خود نیاز داشت با آن که شاهد مخالفت یزدی با انتخابش بود وی را که به تندخویی و عصبانیت شهره بود از گوشه‌ی عزلت به درآورد و به ریاست قوه قضاییه گماشت. حتی در درون رژیم نیز بسیاری شیخ محمد یزدی را که به عصبیت و تندخویی و پرخاشگری معروف بود گزینه‌ی مناسبی برای ریاست بر قوه قضاییه که پس از بازنگری قانون اساسی مسئولیت‌های بیشتری هم یافته بود نمی‌دانستند.
یزدی که خود را وامدار خامنه‌ای می‌دید در سرسپردگی به وی سنگ تمام گذاشت و دو دوره ریاست قوه قضاییه را حفظ کرد. او در جلسات و مصاحبه‌های گوناگون به کرات به تمجید و تعریف‌های اغراق آمیز از خامنه‌ای پرداخته و رهبری وی را از نعمات الهی بر شمرد. و تا آن‌جا پیش رفت که در سال ۱۳۷۰ در کلاس‌های درس خارج خامنه‌ای که به تازگی تشکیل شده بود و از طریق آن خامنه‌ای تلاش داشت مشق مرجعیت کند شرکت کرد. شرکت او در کلاس‌ها آنقدر مضحکه بود که خامنه‌ای شخصاً با حضور او در کلاس درس مخالفت کرد.

او مانند مصباح یزدی و دیگر سرسپردگان خامنه‌ای از معروف‌ترین چهره‌های مدافع نظریه نصب و کشف در ولایت فقیه و مبسوط‌ الید بودن آن هستند در حالی که در دوران خمینی مطلقاً چنین دیدگاهی نداشتند و از ولایت فقیه مقیده دفاع می‌کردند. او در یکی از جلسات بازنگری قانون اساسی که پیشنهاد تصویب ولایت مطلقه شده بود از در مخالفت درآمده و می‌گوید:‌ «بنده مخالف سپردن سرنوشت امت مسلمان به دست ولی فقیه‌ام تا هر کار می‌خواهد بکند، مطابق سلیقه و نظر شخصی خودش». (۱۳)

در نگاه خامنه‌ای، یزدی از این امتیاز بزرگ هم برخوردار بود که از دوران شاه دل خوشی از آیت‌الله منتظری نداشت و بهتر از هرکس می‌توانست امیال وی را برآورده کند. مخالفت یزدی با آیت‌الله منتظری به کتاب «شهید جاوید» صالحی نجف‌آبادی بر می‌گشت که مورد حمایت آیت‌الله منتظری بود. یزدی نه تنها با جانشینی آیت‌الله منتظری بلکه با مرجعیت وی نیز مخالف بود و ترویج آیت‌الله منتظری و قبول شهریه‌ی وی را جایز نمی‌دانست.
خامنه‌ای با پیشکش ریاست قوه قضاییه، ضمن بالا کشیدن یزدی در حکومت و حوزه‌ی علمیه قم، مسئولیت سرکوب وابستگان آیت‌الله منتظری را به وی سپرد.
یزدی پس از تصدی ریاست قوه قضائیه، همچون مصباح یزدی که به پابوس خامنه‌ای رفت کار چاپلوسی از وی را به آن‌جا کشاند که مدعی شد رهبری اشتباه نمی‌کند چرا که در لحظه‌ی اشتباه لطف امام زمان شامل حالش می‌شود و کار صواب را به وی الهام می‌کند. (۱۴)
از نظر شیخ محمد یزدی همه‌‌ی ارکان نظام باید چنان مطیع رهبری باشند که نظرشان با ولی فقیه ذره‌ای متفاوت نباشد و فتوای مراجع تقلید در مقابل رأی و نظر خامنه‌ای ارزشی ندارد.

یزدی پس از تصدی قوه قضاییه، اهرم‌های اصلی آن را به دست مؤتلفه و همفکران آن سپرد. او بلافاصله لاجوردی را از گوشه‌نشینی و عزلت به درآورد و به ریاست سازمان زندان‌ها رساند. در حالی که آیت‌الله منتظری در دیدار با اعضای هیأت کشتار زندانیان سیاسی در سال ۶۷ که فایل صوتی آن منتشر شد، در مورد لاجوردی به صراحت عنوان کرده بود «گردنش بشکند».
سیدرضا زواره‌ای دیگر عضو این جریان به ریاست سازمان ثبت اسناد رسید و اسدالله بادامچیان معاون سیاسی و مشاور اجتماعی وی شد. یزدی همچنین احکام متفاوت دیگری نیز برای گردانندگان مؤتلفه صادر کرد.

در دوران ریاست یزدی بر قوه قضاییه، در حالی که نظام به تازگی از قتل‌عام زندانیان سیاسی فارغ شده بود، احکام زندانیان سیاسی به ویژه کسانی که سابقه‌ی محکومیت در ارتباط با مجاهدین داشتند افزایش چشم‌گیری یافت و کسانی که تا پیش از آن به حبس‌های کوتاه مدت ۳ تا ۵ سال محکوم می‌شدند به جوخه‌ی اعدام سپرده شدند.
یزدی خود در خاطراتش تأکید می‌کند:‌
«نهایتاً امام این گونه فتوا دادند که اگر فردی در شاخه‌ی فرهنگی سازمان به اصطلاح مجاهدین فعالیت کند و سلاح هم به دست نگیرد، محارب محسوب می‌شود.» (۱۵)

دیگر سیاستی که دستگاه اطلاعاتی و امنیتی و قضایی در دوران وی در پیش گرفت عدم پذیرش مسئولیت اعدام زندانیان سیاسی بود. به همین دلیل آمار مفقودشدگان سیاسی افزایش یافت. دستگاه قضایی پس از دستگیری و اعدام مخفیانه زندانیان سیاسی در پاسخ مراجعات مکرر خانواده‌های قربانیان اظهار بی‌اطلاعی کرده و آن‌ها را متهم می‌کرد که خبر خروج فرزندانشان از کشور و پیوستن به مجاهدین را کتمان کرده‌اند.

در دوران صدارت یزدی بر قوه ‌قضاییه، سرکوب تظاهرات‌های اعتراضی مردم شدت یافت و احکام بیرحمانه‌ی بسیاری صادر شد.
در جریان سرکوب خونین تظاهرات معلولین جنگ در شیراز که در فروردین ۱۳۷۱ به وقوع پیوست به گفته‌ی شاهدان ۶ نفر کشته شدند. به گفته‌ی دادستان انقلاب شیراز ۲۴۰ نفر دستگیر و ۴ نفر اعدام شدند و حکم اعدام ۵ نفر برای تأیید به دیوان عالی کشور ارسال شد. ۴۵ تظاهرکننده به مجازات ۴ سال تا ۱۰ سال زندان محکوم شدند.
در اردیبهشت ۱۳۷۱ در جریان تظاهرات اراک به گزارش خبرگزاری فرانسه ۲۲ نفر به مجازات‌های ۱ تا ۱۰ سال زندان محکوم شدند.
در خرداد ۱۳۷۱ یزدی به عنوان رئیس قوه قضاییه نقش مهمی در سرکوب و اعدام معترضان جنبش شهری در مشهد داشت. وی طی اطلاعیه‌ای اعلام داشت. «اخلالگران سریعاً و شدیداً مجازات خواهند شد. در اطلاعیه‌ی رسمی دادستانی انقلاب مشهد که در روز ۲۱ خرداد در نشریات منتشر شد از اعدام ۴ نفر در ارتباط با تظاهرات اعتراضی مردم خبر داده شد. البته عبدالله نوری وزیر کشور دولت رفسنجانی خط مشی قوه قضاییه در برخورد با تظاهرات اعتراضی مردم را چنین بیان داشت:
«مسئولین امنیتی و قضایی آن‌چنان با قدرت و قاطعیت با عوامل حوادث مشهد برخورد خواهند کرد که دیگر چنین رویدادهایی تکرار نشود... در لحظه‌ی اول که احساس شود حرکتی از ناحیه عناصر مفسد در شرف انجام است در همان نقطه مجرمین را به مجازات خواهیم رساند.»

در دیگر جنبش‌های اعتراضی مردم که بین سال‌های ۱۳۷۱ تا ۱۳۷۴ در شهرهای مبارکه، قزوین و اسلام شهر، به وقوع پیوست تعدادی زیادی از مردم دستگیر و به حبس و زندان و شلاق محکوم شدند.

در دوران یزدی، در خرداد ۱۳۷۳ و ظهر عاشورا، عوامل وزارت اطلاعات با انفجار بمب در حرم امام رضا، موجب کشته‌شدن ۲۶ نفر و زخمی‌شدن بیش از ۳۰۰ نفر از زائران شدند. وی که در مهرماه ۱۳۹۵ به خاطر برگزاری مسابقه‌ی فوتبال تیم‌های ایران و کره جنوبی در روز تاسوعا دم از زیرپاگذاشتن حرمت عاشورا و محرم می‌زد، با آن که در جریان هویت بمبگذاران بود، هیچ اقدامی جهت پیگیری این جنایت نکرد و به دروغ همراه با دیگر بخش‌های رژیم به صورت هماهنگ، مجاهدین خلق را مسئول آن معرفی کرد.

استفاده‌ی ابزاری او از دین و مراسم مذهبی حتی در میان جناح‌های رژیم زبانزد است. او در دولت روحانی در حالی با برگزاری مسابقه‌ی تیم ملی فوتبال ایران با کره جنوبی در روز تاسوعا مخالفت کرد که در روز عاشورای ۱۳۷۸ در حالی که رئیس قوه قضاییه بود تیم فوتبال استقلال در استادیوم آزادی به مصاف تیم فوتبال دالیان چین در حضور بیش از یک صدهزار تماشاچی رفت و او هیچ اعتراضی نکرد.

یزدی متخصص بیان سخنان بی‌پایه و اساس است؛ وی در حالی که وعده می‌داد «احکام دادگاه‌های جرایم سیاسی و مطبوعاتی بدون حضور هیات منصفه و وکیل مدافع باطل می‌شود». (۱۶) و «در جمهوری اسلامی ایران حتا یک زندانی به دلیل اعتقادات خود در زندان بسر نمی‌برد». (۱۷) فاجعه‌ی حذف دادسراهای عمومی و انقلاب را رقم زد.

با تصویب قانون تشکیل دادگاههای عمومی و انقلاب، کلیه وظایف و اختیارات دادستان به رؤسای محاکم و رئیس حوزه قضایی محول شد و سیستم دادسرا فقط در محاکم نظامی و دادگاه ویژه روحانیت ابقا گردید و این امر موجب تداخل وظایف تحقیق و رسیدگی در دادگاه‌ها و خارج نمودن محاکم از حالت بیطرفی گردید. چرا که تا پیش از این حداقل قاضی نقش بیطرف بین اصحاب دعوا را داشت اما در سیستمی که او بنیان گذاشت قاضی خود طرف دعوا بود! همچنین حذف دادسراها باعث انباشته شدن پرونده‌ها در دادگاه‌ها از یک طرف و از سوی دیگر انجام قسمت اعظم تحقیقات مقدماتی توسط ضابطان دادگستری به علت کثرت کار دادگا‌ه‌ها گردید. فجایع به بار آمده تا آن‌جا بود که هاشمی شاهرودی هنگام تصدی پست ریاست قوه قضاییه اعلام کرد که «ویرانه‌ای را تحویل گرفته است. » و خامنه‌ای که خود می‌دانست چه دسته‌گلی به آب داده است مانع پاسخگویی یزدی شد تا موضوع بیشتر باز نشود.

یکی دیگر از مصائبی که محمد یزدی به دستگاه قضایی تحمیل کرد ارتقای مقام سعید مرتضوی است. مرتضوی در سن ۱۹ سالگی با پذیرش در دانشگاه علوم قضایی به عنوان دادرس دادگاه عمومی شهربابک و سپس ریاست دادگاه حقوقی شهر بابک منصوب شد. مرتضوی در سال ۱۳۷۳ به خاطر پرونده‌‌ای به تهران فراخوانده شد و در سن ۲۷ سالگی از طریق اسد‌الله بادامچیان به یزدی وصل شد و به ریاست شعبه ۹ دادگاه عمومی تهران منصوب شد و مدتی بعد توسط وی به شعبه ۳۴ مجتمع قضایی کارکنان دولت رفت. مرتضوی به خاطر سرسپردگی‌اش به ریاست شعبه ۱۴۱۰ دادگاه مطبوعات رسید و با توجه به انحلال دادسرا همه اختیارات این مرجع به وی سپرده شد تا به نمایندگی از سوی بیت‌رهبری و یزدی به قلع و قمع مطبوعات و روزنامه‌نگاران بپردازد.

محسنی اژه‌ای نیز توسط یزدی ارتقای مقام یافت و به ریاست مجتمع اقتصادی رسید و در جریان پرونده‌ی فاضل خداداد- و برادران رفیق‌دوست که از گردانندگان مؤتلفه و نزدیکان یزدی بودند، ارادت خود را به این جریان و یزدی نشان داد و محسن رفیق‌دوست را تبرئه کرد.
محمدرضا رحیمی پس از برکناری از استانداری کردستان، به مشاورت قضایی محمد یزدی منصوب شد و تا سال ۸۳ که به عنوان رئیس دیوان محاسبات انتخاب شد، در این سمت باقی ماند و از همان‌جا با الیاس محمودی آشنا شد که بعدها به تشکیل «حلقه‌ خیابان فاطمی» منجر شد.

جلال‌الدین فارسی دیگر عضو نزدیک به مؤتلفه نیز که در مهرماه ۱۳۷۱ محمدرضا رضاخانی را در روستای طالقان به قتل رسانده بود با اعمال نفوذ خامنه‌ای و یزدی و مقتدایی از اتهام قتل نفس تبرئه و آزاد شد. جلال‌الدین فارسی حتی یک شب را نیز در زندان نگذراند و آن‌ها توانستند با خیمه‌شب‌بازی قضایی وی را به پرداخت دیه محکوم کردند که خانواده مقتول از پذیرش آن سرباز زدند. (۱۸) همسر دوم جلال‌الدین فارسی اهل طالقان و از بستگان مقتول بود. (۱۹)

یزدی به اتفاق جلال‌الدین فارسی و حسن روحانی

از دیگر شاهکارهای دوران صدارت یزدی در قوه قضاییه، صدور دستور قتل احمد خمینی بود. طبق اعترافات سعید امامی در این جنایت، اسدالله بادامچیان معاون سیاسی و مشاور امور اجتماعی یزدی و محسنی اژه‌ای نماینده یزدی در وزارت اطلاعات نیز دست داشتند. (۲۰)
پروژه‌ی قتل‌های زنجیره‌ای در دوران یزدی شروع شد و به اوج رسید و او که خود بهتر از هر کس در جریان امر بود حداکثر تلاش خود را برای پنهان‌ ماندن زوایای آن به کار برد.

طبق گزارشات منتشر شده و شهادت شهود، در سال‌های ۱۳۷۳ و ۱۳۷۷ در جریان سرکوب شورش مهاجران زندانی در اردوگاه «سنگ سفید» خراسان، ده‌ها افغانی با رگبار نیروهای انتظامی کشته شده و در گورهای دسته جمعی به خاک سپرده شدند. شیخ محمد یزدی در مقام رئیس قوه قضاییه و «کمیسیون حقوق بشر اسلامی»‌ای که دست و پا کرده بود مطلقاً به این جنایت نپرداخته و آن را جزو «خط‌ قرمز»های نظام معرفی کردند .

در دوران یزدی اعدام کودکان بزهکار در دستور قوه قضاییه قرار داشت و در فاصله یک دهه بین سالهای ۱۳۶۹ تا ۷۹، شش محکوم به اعدام پیش از رسیدن به ۱۸ سالگی اعدام شدند.

محمد یزدی و مرتضی مقتدایی در مقام دادستان کل کشور پس از سخنرانی آیت‌الله منتظری در سیزدهم رجب مصادف با ۲۳ آبان ۱۳۷۶ (۲۱) با توطئه‌ی قتل وی همراهی کردند که ناکام ماند. برای کسانی که «یادگار امام» را به سادگی آب خوردن به قتل رساندند، کشتن آیت‌الله منتظری که مورد غضب خمینی قرار گرفته بود کار سهل و آسانی بود. به ویژه که همان موقع خامنه‌ای، آیت‌الله منتظری را که به درستی مرجعیت وی را زیر سؤال برده و آن را به تمسخر گرفتن حوزه‌های علمیه و شیعه خوانده بود، «ساده‌لوح» و «بیچاره» و «مفلوک» خوانده بود.

اراذل و اوباش اعزامی از سوی سپاه، اطلاعات و بسیج شهرستان‌های مختلف که از طرف آن‌ها هدایت و پشتیبانی می‌شدند ضمن حمله به حسینیه و تخریب و اشغال آن، به منزل مسکونی و دفتر آیت‌الله منتظری نیز یورش برده و با شکستن اسباب و اثاثیه و پاره کردن و غارت اوراق و مدارک، خسارت هنگفتی وارد کردند. در حمله به منزل آیت‌الله منتظری مسئولین امنیتی اصرار داشتند وی را به بهانه‌ی حفظ جان به مکان نامعلومی انتقال دهند که با مخالفت او روبرو شدند.

در زیرنویس صفحه‌ی ۱۴۵ کتاب «انتقاد از خود» آیت‌الله منتظری که پس از درگذشت وی انتشار یافت از قول موسوی اردبیلی آمده است: «در آن روز قصد داشتند که آقای منتظری را بکشند و من با تهران تماس گرفتم و تهدید کردم که اگر بر این امر اصرار داشته باشید بدانید که آقای منتظری تنها نیست؛ و در نهایت از این تصمیم منصرف شدند.» (۲۲)
آیت‌الله منتظری در سخنرانی خود به خامنه‌ای هشدار داد که از تلاش برای مرجعیت دست بردارد و تأکید کرد که او «در حد فتوا و مرجعیت نیست».

همان موقع عوامل یزدی و وزارت اطلاعات و اوباش و اجامر بسیج شده به دفتر آذری قمی هم حمله کردند. آذری قمی در نامه به رفسنجانی در مورد یزدی که سابقاً متحد وی بود و متفقاً در مجلس خبرگان رهبری آیت‌الله گلپایگانی را مناسب تصدی رهبری و ولایت فقیه می‌دانستند گفت:
«... نه این که هر روز وقت و بی وقت بستگان ما را برای نامه جدید در فشار بگذارید، و توسط یزدی که در اخطار و تهدید بیداد می‌کند ما را از روشنگری و نامه‌نویسی برحذر دارید. » (۲۳)

آذری قمی همچنین تأکید می‌کند که جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در سال ۱۳۷۳ «با فشار بچه‌های اطلاعاتی و دلالی آقای یزدی» مرجعیت وی [خامنه‌ای] را جا می‌اندازد و وی با فروتنی در ابتدا فقط برای خارج را می‌پذیرد اما در همان حال معاونتی در اطلاعات برای جا انداختن مرجعیت وی در داخل ایجاد می‌کنند. (۲۴)

او در نامه به خاتمی تاکید می‌کند:‌
«گرچه از طرف دادستان کل کودتا و فرماندهی آتش فتنه [محمد یزدی] از نوشتن هرگونه نامه و دفاعیه ممنوع شده‌ام ولی این حقی است طبیعی و انسانی و فطری. » (۲۵)

آذری قمی همچنین در نامه‌ای ۲۳ آذر ۱۳۷۶ خود خطاب به خامنه‌ای می‌نویسد:‌

«آقای خامنه‌ای! لشکریان ولایت فقیه هم‌چون لشکریان شاه، شیشه شکستند و درها را شکسته، از جا کندند، قرآن، مفاتیح و کتب حدیث را از بالا پرت کردند و کف کوچه را از اوراق آن‌ها پر کردند. چیزی را سالم نگذاشتند. حسینیه‌ شهدا و دفتر آیت‌الله منتظری را همین‌طور. صدای زینب‌های زمان را درآوردند که یزید بزن، خوب می‌زنی. این چوب ولایت فقیه است، نوش جان کن. نه به خانواده مریض و نه به فرزند مریض من رحم نکردند و چند روز آن‌ها را بدون دوا و استراحت رها کردند. خداوند آن‌ها را با مهاجمین کربلا محشور فرماید. من و آقای منتظری چند صباحی بیش‌تر زنده نیستیم، ولی برای شما عار و ننگ ابدی و برای سرلشکر[های] نافرمانده کل قوای شما، آقای [محمد] یزدی، [عبدالله] جوادی و [علی] مشکینی حاصل شد. شما امنیت حرم اهل بیت، خانه، حسینیه و دفتر من که یا در آن نماز جماعت یا درس ولایت فقیه و حکومت اسلامی یا مأمنی برای مستضعفین و پر و بال شکسته‌ها بود شکستید و خراب کردید و لانه فقرا و بینوایان را نابود کردید. لابد بعد از این، پول گلوله‌ها و چوب و درب شکسته را هم از ما خواهید گرفت. راستی اگر بگوییم از زمان شاه بدتر است گزاف گفته‌ایم؟»

مهدی خزعلی هم از توطئه‌ی مشترک وزارت اطلاعات و احمد جنتی و جامعه‌‌ی مدرسین حوزه‌ی علمیه قم به ریاست یزدی و مقتدایی برای جا‌انداختن مرجعیت خامنه‌ای می‌گوید. او توضیح می‌دهد که پس از مرگ آیت‌الله گلپایگانی و اراکی وزارت اطلاعات بنا داشت هرطور که شده مرجعیت خامنه‌ای را جا بیاندازد. گفته می‌شود برای تحقق چنین امری بخشنامه‌ای صادر شده بود مبنی بر این که کارمندان وزارت اطلاعات و سپاه پاسداران موظفند چنانچه از آن‌ها پرسیده شد از چه کسی تقلید می‌کنند، پاسخ دهند از خامنه‌ای. سعید امامی پیگیر این امر بود و معاونت‌های وزارت اطلاعات که جملگی دانش‌آموختگان مدرسه حقانی همچون پورمحمدی و اکبریان و ... بودند به شدت از آن حمایت می‌کردند. (۲۶)
شیخ محمد یزدی و مقتدایی نیز در جامعه مدرسین حوزه‌ علمیه قم جا‌انداختن مرجعیت خامنه‌ای را دنبال می‌کردند و عاقبت با تلفن و تهدید و تطمیع توانستند نام او را جزو ۶ مرجع تقلید مورد قبول جامعه مدرسین منتشر کنند.
آیت‌الله خزعلی از اعضای شورای نگهبان به خاطر مخالفت با مرجعیت خامنه‌ای، بر اثر فشارهای بیت‌‌رهبری و به ویژه علی‌اصغر حجازی مجبور به استعفا شد.
تلاش یزدی برای جا‌انداختن خامنه‌ای به عنوان مرجع تقلید و آن هم «اعلم» و سپس رساندن او به درجه «امام خامنه‌ای» در حالی صورت گرفت که خامنه‌ا‌ی شاگردی هیچ استاد شناخته‌شده‌ای را در حوزه علمیه نکرده بود و به لحاظ مرتبت حوزوی از درجه‌‌ی پایینی برخوردار بود.
نکته‌ی حائز اهمیت آن که یزدی تأکید دارد رفسنجانی مجتهد نبود. در حالی که سواد حوزوی رفسنجانی کمتر از خامنه‌ای نبود و نسبت به وی کارهای بیشتری نیز ارائه داده بود.

در دوران یزدی تحت عنوان مبارزه با مواد مخدر، نه تنها اعدام‌ها به شدت تشدید شد بلکه تعداد زیادی از بلوچ‌ها تحت این عنوان اعدام شدند.
بنا به گزارش عفو بین‌الملل در سال ۱۹۹۲، ۴۸ نفر و در سال ۱۹۹۱، ۲۰ نفر در بلوچستان اعدام شدند که بیش‌تر این اعدام‌ها در ملاء عام صورت گرفت. (۲۷)

یزدی از سال ۱۳۶۹ به عضویت مجلس خبرگان رهبری درآمد. وی از سال ۱۳۸۶ تا ۱۳۸۹، در زمان ریاست هاشمی رفسنجانی در مجلس خبرگان، به عنوان نائب رئیس اول مجلس خبرگان انتخاب شد و در رقابت با رفسنجانی بر سر ریاست این شورا با شکست سختی مواجه شد. وی از سال ۱۳۸۹ و ریاست مهدوی کنی در مجلس خبرگان، در سمت نائب رئیس دوم مجلس خبرگان انجام وظیفه کرد. و عاقبت پس از مرگ مهدوی کنی در اسفند ۱۳۹۳ با اشاره‌ی خامنه‌ای و اعمال نفوذ بیت رهبری به ریاست مجلس خبرگان رسید در حالی که پس از شکست از رفسنجانی به بهانه‌ی کسالت و بیماری در مجلس حاضر نشده و از اداره دبیرخانه مجلس خبرگان سرباز زد.

یزدی به اشاره خامنه‌ای به ریاست کمیته سه نفری سری تعیین رهبر آینده انتخاب شد. اولین بار مرتضی مقتدایی به وجود این کمیته و جلسات سری آن اشاره کرد و تأکید کرد که «اسناد این جلسات به صورت محرمانه در دبیرخانه مجلس خبرگان نگهدارى مى‌شود و حتى در اختیار هیأت رئیسه هم قرار نمى‌گیرد و فقط اگر رهبرى بخواهند و نیاز داشته باشند در اختیارشان قرار داده مى‌شود» (۲۸)

«سید علی شفیعی»، نماینده خوزستان در مجلس خبرگان رهبری مدعی شد که این کمیته حتی از افشای عملکرد خود نزد هاشمی رفسنجانی در زمانی که او ریاست خبرگان را به عهده داشت نیز خودداری کرده است:

«به‌قدری کار این کمیته محرمانه است که آقای یزدی می‌فرمودند وقتی آقای رفسنجانی رئیس خبرگان بود، حتی نتیجه کار را به ایشان هم نگفتیم! هر چه می‌گفت: من رئیس خبرگان هستم، نمی‌شود که نگویید، می‌گفتیم این‌ها محرمانه است، حتی نسبت به شما» (۲۹)

یزدی در انتخابات اسفند ۱۳۹۴ به همراه مصباح‌‌یزدی از راه یافتن به مجلس خبرگان رهبری بازماند و خامنه‌ای که حساب زیادی روی او باز کرده بود در حمایتی آشکار از این دو، نسبت به رأی نیاوردن آن‌ها ابراز نارضایتی کرده و نبودن آن‌ها در مجلس خبرگان را مایه‌ی خسارت دانست.

یزدی همچنین پس از پایان خدمت در قوه قضائیه در سال ۱۳۷۸ مجدداً به عضویت شورای نگهبان در آمد و مجموعاً در دوره‌های دوم، چهارم، پنجم و ششم شورای نگهبان عضویت داشته است.

یزدی که سمت امام جمعه موقت تهران را نیز یدک می‌کشید تریبون نماز جمعه را به محلی برای حمله به دولت‌های رفسنجانی و خاتمی تبدیل کرد و در انتخابات ریاست جمهوری با وجود عضویت در شورای نگهبان برخلاف نص صریح قانون برای حمایت تمام قد از احمدی نژاد در مقابل موسوی وارد انتخابات شد و با وجود آنکه جامعه روحانیت مبارز و حوزه‌ی علمیه قم درباره کاندیدای خاص به نتیجه نرسیده بودند، اعلام کرد که احمدی‌نژاد کاندیدای مورد حمایت آنهاست.

یزدی بعد از ترک قوه ‌قضائیه و ویرانه خواندن آن توسط هاشمی شاهرودی، کمتر در محافل حاضر می‌شد، اما پیروزی احمدی نژاد در مقابل هاشمی رفسنجانی، دوران جدید حیات سیاسی وی را رقم زد و او به حوزه‌ی علمیه قم بازگشت و فعالیت رسمی خود را در جامعه مدرسین آغاز کرد.
یزدی که از جمله حامیان کودتای انتخاباتی ۸۸ بود در حمایت از احمدی‌نژاد تا آن‌جا پیش رفت که در فروردین ۱۳۸۹ ضمن ابرازی خوشحالی از تحولاتی که در رژیم صورت گرفته بود گفت:‌
«در ظاهر امر زمان موفق و پیشرفت‌های خوبی داریم، اعتبار جهانی بیشتر می‌شود، دولت و مجلس با هم رفیق شدند، فاصله‌های بین مراجع و دولت برداشته شده و همه حرف‌ها را می‌فهمیم». (۳۰)

از زمانی که یزدی رئیس جامعه مدرسین شد جلسات آن اکثراً به رسمیت نرسیده و یا وی تصمیمی را که بیت رهبری اتخاذ کرده بود به این دو جامعه تحمیل کرد.
او همچنین از سوی خامنه‌ای به ریاست شورای عالی حوزه علمیه قم که در سال ۱۳۷۵ راه‌اندازی شد منصوب گردید. این شورا تمامی مدارس و حوزه‌های علمیه کشور را که در سال‌های اخیر رشد روز‌افزونی داشته‌اند، ریاست و هدایت می‌کند. تشکیلات مدیریتی، برنامه‌ها و خط مشی‌های تبلیغی، آموزشی و سیاسی، این حوزه‌ها بر اساس منویات خامنه‌ای توسط شورا اعمال می‌شود.

شیخ محمد یزدی و یوسف صانعی

او در این دوران نقش اصلی و اساسی در صدور اطلاعیه‌های جامعه مدرسین حوزه علمیه قم مبنی بر عدم مشروعیت سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی و حزب مشارکت اسلامی و همچنین خلع مرجعیت آیت‌الله یوسف صانعی داشت.
یزدی تنها قوه قضاییه را تبدیل به «ویرانه» نکرد. مدیریت او برجامعه مدرسین حوزه علمیه قم و شورای عالی با همراهی هاشیم حسینی بوشهری و مرتضی مقتدایی این نهاد حوزوی را تبدیل به «ویرانه» کرد.

در دوران یزدی قوه قضاییه به فاسد‌ترین نهاد نظام تبدیل شد و او که آخوند تهیدستی بود در پناه آن تبدیل به یکی از سرمایه داران بزرگ کشور شد. عباس پالیزدار که مسئولیت کمیته تحقیق و تفحض از قوه قضاییه را به عهده داشت در مورد دزدی‌های نجومی یزدی و چگونگی بالاکشیدن کارخانه لاستیک‌سازی دنا می‌‌گوید:‌

«آمدند نزد مقام معظم رهبری گفتند که می‌خواهیم یک دانشگاه علوم قضایی برای خواهران بسازیم در قم. با این توضیح که خواهران، به کارهای قضایی [اعم از بازجویی و بازپرسی و غیره] بانوان برسند. آقا هم استقبال کردند و مجوز تاسیس دانشکده را به این عده دادند.

بلافاصله بعد از مجوز رفتند سراغ ساپورت مالی، نامه نوشتند به آقای نعمت‌زاده [وزیر صنایع دولت هاشمی رفسنجانی] (۳۱) مقام فعلی وزارت نفت که محبت فرمایید برای تاسیس دانشکده قضایی خواهران، کارخانه لاستیک دنا! را کارشناسی کنید جهت این دانشکده! از آن‌جا که موسسین دانشکده در دستگاه قضایی دخیل بودند، کارشناسان دادگستری ترسیدند و رقم کارشناسی کارخانه را ۱۲۶ میلیارد تومان اعلام کردند، تا خوش بحال موسسین دانشکده شود. در حالی که قیمت واقعی ان بیش از ۶۰۰ میلیارد بود. تازه ۱۲۶ میلیارد شامل ویلاهای شمال، زمین‌های شیراز، پول نقد حساب کارخانه در بانک نمی‌شد. بعد دوباره همان آقا نامه نوشتند به نعمت‌زاده که محبت فرموده و تخفیف منظور فرمایید. آقای نعمت‌زاده هم که از ارث پدریش می‌بخشید نوشت ۵۰ درصد تخفیف!
دوباره نوشتند محبت فرموده تخفیف دیگری منظور فرمایید! خلاصه بعد از ۵ بار نامه نگاری برای گرفتن تخفیف، قیمت را از ۱۲۶ میلیارد به ۱۰ میلیارد و ۳۰۰ میلیون رساندند. بعد دوباره همان آقا نوشتند که ما امکان پرداخت این پول را نداریم، نعمت‌زاده نوشت که ۸۰ درصدش را به اقساط بلند مدت و ۲۰ درصدش را هم نقدی بپردازد، باز گفتند ۲ میلیارد هم نداریم نقد بدهیم! ما بررسی کردیم دیدیم انبارهای شرکت دنا، به اندازه کافی محصول دارد! ۸-۹ ماه مهلت می خواهیم تا اجناس انبار را بفروشیم ۲ میلیارد را بدهیم! نعمت‌زاده قبول کرد و نوشت سفته‌ای ۹ ماهه به ما بدهید. دوباره گفتند پول هم نداریم سفته بخریم! نعمت‌زاده هم نامه نوشت برای محمدتقی بانکی، رئیس وقت سازمان صنایع ملی ایران، مبنی بر اینکه ۲۳ میلیون تومان از صندوق برداشت کنید، سفته بخرید، بدهید به آیت‌الله فلانی و فلانی امضا کنند و کارخانه را تحویل ایشان بدهید.
بعد از چند وقت هم دیدیم که کارخانه در بورس مطرح شد و فروخته شد به پشت پرده‌هایی که این‌ها را هدایت می کنند. کسانی مثل گنجی [منظور اکبر گنجی، فعالی سیاسی نیست.] صاحب کارخانه مهرام، صاحب تمام کارخانه‌های شرکت سرمایه‌گذاری بانک ملت، صاحب سرمایه‌گذاری‌های بانک صادرات است و ...» (۳۲)

عباس پالیزدار همچنین رابطه با چگونگی غارت جنگل‌های شمال توسط یزدی و پسرش می‌گوید:‌

«مجدداً آیت‌الله یزدی نامه نوشت؛ آقای فروزش، حمیدمان بیکار است، ترتیبی اتخاذ فرمایید تا از جنگل‌های شمال، جهت صادرات چوب بهره‌مند گردد! همان زمان آقای حمید یزدی مدیرکل حوزه ریاست قوه قضائیه بود! این کار هم انجام شد و جنگل‌های شمال به تاراج رفت. بعد رفتند مردم بومی شمال را که حالا شاید به اندازه هیزمشان چوب انبار کرده بودند بازداشت کردند که باعث شلوغی جلوی بازداشتگاه در شمال شد. کسی پرونده را به مردم لو داده بود، و گفته بود آقای حمید یزدی چوب‌های جنگل‌های شمال را می‌برند. خانواده شهدا اعتراض کردند، ما نمی‌توانیم برای نیازمان چوب برداریم اما آقای یزدی می‌تواند صادر کند؟ دیدند قضیه در حال لو رفتن است، بازداشت شدگان را آزاد کردند.» (۳۳)

با شکایت یزدی و شرکاء، عباس پالیزدار دستگیر و تحت فشارهای مختلف قرار گرفت، بدون آن که موارد مطرح شده از سوی او رسیدگی شود به زندان طویل‌المدت محکوم شد.

در بحبوحه‌ی جنبش ۸۸ نامه‌‌ای در فضای مجازی منتشر شد که خطاب به یزدی بود و گوشه‌ای از فساد او را برملا می‌کرد. در این نامه که از او به عنوان «آیت‌الشیطان» یاد شده آمده است:‌

«آیا پرونده اختلاس فرزند دلبندتان حمید یزدی در رابطه با کارخانه لاستیک سازی دنا و شش دارو سازی بزرگ ایران و اخذ وام سه میلیارد تومانی از بانک ملت که با اسم جعلی و اسناد جعلی اقدام به اخذ وام کرد که پس از پیگیریهای وزرات اطلاعات مشخص شد که در تمام پروندها جناب عالی‌ پشت پرده هستین و امر چنین اعمال زشتی رو به فرزندتان داده بودین. همچنین اخذ رشوه‌های کلان در دفتر بازرسی ویژه و پیگیری قوه قضایه توسط پسرتان، بالا کشیدن کارخانه پارچه بافی‌ کرمان که صاحب کارخانه رو به خاک سیاه نشوندید و پرونده ایران مارین سرویس که با همکاری گروهی از مدیران وقت وزارت اطلاعات و فلاحیان بالا کشیدید و میلیاردها دلار به بیت المال ضرر زدین، آیا ساکت کردن جمال بهادری معاون بازرسی ویژه پیگیری قوه قضائیه که الان در زندان اوین می‌باشد در این راستا نیست؟ چرا که جمال بهادری تهدید به افشا تمام اسناد و مدارک شما کرده بود؟

تو دفتر بازرسی ویژه تو فردی بود به نام مشهدی که مستقیم برا تو کار می‌کرد و فرد شناخته شده‌ای هم هست الان هم در قوه قضایه حضور داره، پرونده فردی به نام آقای رنجبر که یکی‌ از کارخانه داران قم بود برای رسیدگی به تخلفات دادگاه به دستش رسید، پیگیر کننده پرونده همسر آقای رنجبر بود، که در برجهای سامان سکونت داشت، خانمی فوق‌العاده زیبا با دو فرزند، چند بار که به دفتر جناب عالی‌ با هماهنگی‌ مشهدی مراجعه کرد شما به ایشان گفتین این مرد لایق تو نیست، که نوار مکالمات شما هنوز در وزارت اطلاعات موجود هست، اگر کسی‌ در اون وزارت شرف داشته باشه این نوارها رو افشا می‌کنه، و بالاخره زندانی رو مجبور به طلاق از همسرشون کردین که به صیغه شما در بیاد.

روز‌های پنج شنبه بعد از ظهر پس از اقامه نمازتان در یکی‌ از مساجد شمیران به اتفاق راننده به منزل این خانوم تشریف می‌بردین و شوهر بی‌نوا نیز در زندان دچار جنون شد، اون وقت شما دم از ولایت خدا می‌زنید؟ آیا می‌دانید رنجبر حالا در یکی‌ از بیمارستان‌های روانی‌ تهران بستری هست، شما پس از یکی‌ دو سال رابطه با همسر ایشون بعد از این که فهمیدین وزارت پیگیر ماجرا هست با قول، دادن بخشی از سهام کارخانه لاستیک سازی دنا ایشون رو رها کردین ولی‌ نه از سهم دنا خبری شد نه از وعده شما، که بعد هم تهدیدش کردین و پسرتون حمید یزدی رو به سراغ خانوم فرستادین.» (۳۴)

اشاره‌ی این نامه به «جمال بهادری» گویای حقایق پشت پرده‌ای است که معاون بازرسی ویژه پیگیری قوه قضاییه از آن مطلع بود.

جمال بهادری

در هشتم اسفند ۱۳۸۴ سایت بازتاب که به محسن رضایی و بخشی از امنیتی‌های رژیم نزدیک بود گزارش داد که «با بازداشت كارشناس قضائی یكی از پیچیده‌ترین پرونده‌های امنیتی كشور، احتمال انحراف در این پرونده افزایش یافته است.» خانواده بهادری در گفتگو با این سایت خبری اظهار داشتند:‌

«یكشنبه گذشته، نیروهای امنیتی با حمله به دفتر وی، واقع در خیابان ولیعصر تهران، او را بازداشت كردند. بنا به گفته خانواده بهادری، نیروهای امنیتی، همچنین روز شنبه خانه وی در قم را تصرف و كنكاش كردند. آنان اظهار داشتند كه تاكنون، هیچ‌گونه عنوان اتهامی از بهادری به آنان اعلام نشده است، اما وی كه كارشناس ویژه رئیس قوه قضائیه در دوران مسئولیت آیت‌الله یزدی و آیت‌الله شاهرودی بوده و رسیدگی به تعدادی از پرونده‌های ملی طی بیست سال اخیر را بر عهده داشته است، به تازگی از عدم رسیدگی به آلودگی‌های سنگین در سطوح بالای برخی دستگاه‌های امنیتی و قضائی به شدت ناراضی بوده و در پی انتقال اطلاعات این پرونده به رهبری بوده است. بنا بر اظهارات خانواده بهادری، وی در پرونده داروغه، جاسوس دوجانبه، نیز به اطلاعات تكان‌دهنده‌ای در مورد ارتباطات وی با برخی مسئولان دست یافته بود.
گفته می‌شود، ممكن است بازداشت جمال بهادری به رسوایی بزرگ دیگری علیه دستگاه‌های امنیتی و قضایی نظیر قتل‌های زنجیره‌ای منجر شود.» (۳۵)

یزدی مانند همه‌ی کارگزاران رژیم دستگاهی را که اداره می‌کند ملک طلق خود می‌بیند و اداره‌ی آن را به نزدیکان خود وا‌می‌گذارد.
مجید یزدی فرزند وی از مهرماه ۷۵ تا آذر ۷۷ مسئولیت «مرکز تحقیقات فقهی امام خمینی» را به عهده داشت و همچنین تا شهریور ۷۸ که یزدی ریاست قوه قضاییه را به عهده داشت به عنوان مسوول دفتر خدمات رایانه‌ای حوزه ریاست قوه قضاییه مشغول کار بود. وی در این سال‌ها در کمیسیون حقوق بشر وزارت خارجه و کمیسیون حقوق بشراسلامی عضویت داشت و مدتی نیز در نمایندگی جمهوری اسلامی در نیویورک به سر می‌برد تا از نعمت زندگی در آمریکا نیز برخوردار شود. از آن‌جایی که دبیرخانه مجلس خبرگان رهبری زیر نظر محمد یزدی بود، مجید یزدی ریاست این دفتر را نیز به عهده گرفت و نکته‌ی حیرت‌آور آن که در دوران بیماری یزدی به جای وی در جلسات مجلس خبرگان شرکت می‌کرد.
مهدوی کنی رییس مجلس خبرگان در این باره می‌گوید: «... آیت‌الله یزدی نمی‌تواند در این جلسه شركت كند و البته فرزندشان در این‌جا حضور دارند اما خودشان كسالت برای‌شان پیش آمده و نتوانست در این جلسه شركت كند.» (۳۶)

مجید یزدی در حال حاضر معاون پیشگیری از جرم دادگستری استان قم است.

محمد یزدی که فسادش زبانزد است در زمان ریاست‌ بر قوه قضاییه، دخترش را مسئول امور بانوان این نهاد کرده بود تا گزارش مربوط به زنان را از زبان خانم نامحرمی نشنود. دختر یزدی که تا زمان انقلاب تنها تحصیلات ابتدایی را طی کرده بود و یزدی اجازه نمی‌داد ادامه تحصیل دهد پس از انقلاب با استفاده از رانت‌های دولتی و ... ادامه تحصیل داد و لیسانس گرفت.
حسین حیدری ملایر که داماد شیخ محمد یزدی به همراه پسرانش محمد و علی نیز به اعتبار پدر زن و پدربزرگشان از خوان نعمت نظام برخوردار شده‌اند. خانواده‌ی حیدری که در گذشته‌ی نه چندان دور در روستاهای اطراف همدان اسکان داشتند و از تمکن مالی برخوردار نبودند با سوء استفاده از قدرت یزدی به ثروتی بالغ بر صدها میلیارد تومان دست یافتند.
پدر خانواده با سو استفاده از این جایگاه، از وزارتخانه‌های مختلف رانت‌های متعددی گرفته و امتیازات حاصله را به دیگران با قیمت بالا به فروش می رساند.
محمد حیدری که نوه بزرگ یزدی است با گرفتن ۵ معدن در اطراف تهران میلیاردها تومان به جیب زده است.
علی حیدری فرزند کوچک حسین حیدری که در حوزه وزارت صنایع و کشاورزی کار می‌کند و دارای مدرک فوق لیسانس حقوق می‌باشد تا کنون توانسته با امتیازاتی که از طریق نام پدر بزرگ خود شیخ محمد یزدی به دست آورده، چندین ساختمان در منطقه پاسداران و فرمانیه بخرد.

ایرج مصداقی

www.irajmesdaghi.com

[email protected]

پانویس:

۱- https://www.tasnimnews.com/fa/news/1393/04/13/415934
۲- https://www.youtube.com/watch?v=HIq35WUA70k
۳- خاطرات آیت‌الله محمد یزدی، مرکز اسناد انقلاب اسلامی چاپ اول ۱۳۸۰ صفحه‌های ۴۹۴ و ۴۹۵.
۴- خاطرات آیت‌الله محمد یزدی، مرکز اسناد انقلاب اسلامی چاپ اول ۱۳۸۰ صفحه‌ی ۱۸۱.
۵- خاطرات آیت‌الله محمد یزدی، مرکز اسناد انقلاب اسلامی چاپ اول ۱۳۸۰ صفحه‌ی ۲۸۸.
۶- خاطرات آیت‌الله محمد یزدی، مرکز اسناد انقلاب اسلامی چاپ اول ۱۳۸۰ صفحه‌‌های ۴۹۸.
۷- خاطرات آیت‌الله محمد یزدی، مرکز اسناد انقلاب اسلامی چاپ اول ۱۳۸۰ صفحه‌‌های ۴۹۹.
۸- پیشین صفحه‌ی ۵۰۵.
۹- مظفر بقایی رهبر «حزب زحمتکشان» و از دشمنان قسم خورده مصدق یکی از طراحان آن بود و حسن آیت یکی از دستیاران و نزدیکان او که به مسئولیت سیاسی حزب جمهوری اسلامی رسیده بود یکی از پشنهاددهندگان آن در مجلس خبرگان بود.
۱۰- خمینی که با مخالفت شدید روحانیون سنتی و خامنه‌ای با انتخاب میرحسین موسوی مواجه بود، در دیدار با محمد یزدی، احمد جنتی، مهدوی کنی و ناطق نوری به صراحت گفت: «من حکم نمی‌کنم، اما من به عنوان یک شهروند حق دارم نظر خودم را بدهم یا خیر؟... من به عنوان یک شهروند، اعلام می‌کنم که انتخاب غیر از ایشان، خیانت به اسلام است.»
۱۱- http://tabnak.ir/fa/pages/?cid=83018
۱۲- http://www.radiofarda.com/a/o2_rafsanjani_reaction_to_yazdi/1940433.html
۱۳- http://morteza-tehrani.blogfa.com/post/236
۱۴- http://morteza-tehrani.blogfa.com/post/236
۱۵- خاطرات آیت‌الله محمد یزدی، مرکز اسناد انقلاب اسلامی چاپ اول ۱۳۸۰ صفحه‌‌های ۴۹۹.
۱۶- روزنامه سلام ۲۴ دی ۱۳۷۰
۱۷- روزنامه سلام ۲۲ اسفند ۱۳۷۲
۱۸- http://www.khabaronline.ir/detail/125434/root/4538
۱۹- https://www.youtube.com/watch?v=D5NBx8TMI64
https://www.youtube.com/watch?v=Tl8oNAjCeBM
۲۰- http://www.rahesabz.net/story/52633
۲۱- https://www.youtube.com/watch?v=ntDpXXAxh2A
۲۲- http://pezhvakeiran.com/pfiles/ebrat_va_enteghad_az_khod_montazeri.pdf
۲۳- فراز و فرود آذری قمی، محسن کدیور، صفحه ۲۷۵.
۲۴- فراز و فرود آذری قمی، محسن کدیور، صفحه ۲۷۸.
۲۵- فراز و فرود آذری قمی، محسن کدیور، صفحه ۲۸۲.
۲۶- https://www.youtube.com/watch?v=gvpjNHnvt_0
۲۷- http://www.radiozamaneh.com/270716
۲۸- http://khobreganemellat.org/fa/MagArt.html?ItemID=1&MagazineNumberID=42&MagazineArticleID=229

۲۹- http://javanonline.ir/fa/news/740009
۳۰- http://www.fardanews.com/fa/pages/?cid=108126
۳۱- نعمت‌زاده خود از قبل خدمت به اسلام به ثروتی بالغ بر هزار میلیارد تومان رسیده است. این مبلغ میزان ثروت اعلام شده اوست و رقم واقعی قطعاً بیش از این است.
۳۲- https://www.youtube.com/watch?v=CHdUvj2MeGY
۳۳- https://www.youtube.com/watch?v=c2lOV2UpjQ0
۳۴- http://mihan-e-sabz.blogspot.se/2009/07/blog-post_7587.html
۳۵- http://news.gooya.com/politics/archives/044677.php
۳۶- http://news.gooya.com/politics/archives/044677.php