جمال‌الدین خانجانی به همراه شش رهبر دیگر جامعه بهایی ایران اردیبهشت ماه ۱۳۸۷ بازداشت و با اتهام‌هایی از قبیل «جاسوسی، توهین به مقدسات، و تبلیغ علیه جمهوری اسلامی» به تحمل ۲۰ سال حبس محکوم شد.

این حکم در نهایت به ۱۰ سال کاهش یافت، اگرچه کمپین بین‌المللی حقوق بشر در ایران تأکید می‌کند که مقامات قضایی ایران هیچ‌گاه در خصوص اتهامات او و دیگر رهبران جامعه بهایی شواهدی ارائه نکرده‌اند.

در این حال خانواده جمال‌الدین خانجانی عنوان می‌کنند که وزارت اطلاعات مانع برخورداری وی از حق مرخصی شده و او تمام این سال‌ها نتوانسته از چنین حقی بهره ببرد، حتی زمانی که همسر وی فوت کرد و او باید در مراسم خاکسپاری حضور می‌یافت.

سیاوش خانجانی در این باره گفت: «برای مرخصی بارها اقدام و پی‌گیری شده اما همیشه از اطلاعات ممانعت کرده و نگذاشته اند. یک قانون دیگری هم است درباره آزادی مشروط که اگر کسی نیمی از حکم خود را بگذراند براساس این قانون آزاد می‌شود این مسئله را هم خانواده ما پی‌گیری کردند اما متاسفانه با این هم مخالفت شد و دایی من همچنان در زندان ماند. صراحتاً هم نمی‌گویند چرا مرخصی نمی‌دهند یا چرا با آزادی مشروط یا دیگر حقوقی که در قانون شامل وضعیت آقای خانجانی می‌شود مخالفت می‌کنند.»

شرایط بهاییان در ایران در سال‌های پس از انقلاب ۵۷ همواره مورد دغدغه گروه‌ها و فعالان حقوق بشر بوده. جمهوری اسلامی دین بهاییت را به رسمیت نمی‌شناسد و از آن با عناوینی همچون «فرقه ضاله» نام می‌برد. حتی در ماه‌های اخیر دادستان کل ایران به شهروندان ایرانی هشدار داد در صورتی که با بهاییان ارتباط برقرار کنند باید منتظر عواقب قانونی آن باشند.

سازمان ملل برخورد جمهوری اسلامی با شهروندان بهایی ایران را مصداق «تبعیض‌های سیستماتیک» دانسته و به آن اعتراض کرده است.