علی فلاحیان در سال ۱۳۲۸ در نجف‌آباد متولد و در آبادان بزرگ شد. وی در سال ۱۳۴۳ به منظور تحصیل علوم دینی به قم عزیمت کرد و از همان ابتدا در مدرسه حقانی ساکن شد. این مدرسه پیش از انقلاب نیز به خاطر جنگ و جدال‌هایی که بر سر شریعتی در حوزه‌های علمیه به پا شده بود معروف بود. جنگ و جدالی که منجر به اخراج ۱۲ نفر از طلاب این مدرسه توسط علی قدوسی مدیر مدرسه شد. (۱) وی در قم در کلاس‌های مفتح، بهشتی، خزعلی، وحید خراسانی و مکارم شیرازی حضور یافت. هیچ رد‌پایی از وی در مبارزات معمول سطحی روحانیت با رژیم پهلوی در دست نیست و تاکنون هیچ سابقه‌ای نتوانسته‌اند برای او دست و پا کنند.
مسئولیت دادگاه انقلاب و کمیته انقلاب اسلامی آبادان
پس از پیروزی انقلاب ضدسلطنتی به خاطر حساسیت آبادان و وجود بزرگترین پالایشگاه کشور در این شهر و نقش مهم آن در اقتصاد کشور و حضور یک جنبش نسبتاً قوی کارگری در این شهر، فلاحیان برای کنترل اوضاع به دستور بهشتی به آبادان رفت و حزب جمهوری اسلامی را در این شهر تأسیس و خود مسئولیت آن را به عهده گرفت. در همان حال او مسئولیت دادگاه انقلاب آبادان و فرماندهی کمیته انقلاب اسلامی این شهر را نیز به عهده گرفت تا کنترل دستگاه قضایی و امنیتی شهر در دست روحانیت و وابستگان حزب جمهوری اسلامی باشد.
همکاری او با سیدحسین موسوی‌تبریزی حاکم شرع دادگاه سینما رکس آبادان از همین جا آغاز شد و این دو موفق شدند ضمن سرکوب اعتراضات مردمی، نقش روحانیت در به آتش کشیدن سینما رکس را پنهان کرده و عده‌ای بیگناه را جوخهی اعدام بسپارند. او همچنین در این دوران به توصیه‌ی بهشتی مسئولیت بنیاد مسکن آبادان را نیز به عهده داشت.
علی فلاحیان
حضور در سیستم قضایی و کمیته انقلاب اسلامی
فلاحیان که توانمندی خود را در سرکوب نشان داده و مورد اعتماد ویژه دستگاه قضایی بود، در فروردین ۱۳۶۰ به دستور بهشتی به کرمانشاه اعزام شد. وی پیش از آن که ۳۰ خرداد فرارسد و رویارویی مجاهدین و رژیم اسلامی آغاز شود فرمان حمله به منازل هواداران مجاهدین و پایگاهای آنها که از پیش شناسایی شده بود داد و نیروهای سپاه و کمیته تعداد زیادی از آنها را دستگیر کردند که بعدها به جوخهی اعدام سپرده شدند. وی با همکاری محسن ریزه‌بندی مسئول امنیتی مجاهدین در کرمانشاه که پس از دستگیری به خدمت شکنجه‌گران درآمده بود قادر شد ضربات زیادی به هواداران مجاهدین در این شهر بزند.
فلاحیان در تابستان ۱۳۶۰ و در جریان سرکوب مجاهدین و دیگر نیروهای سیاسی در کرمانشاه بیرحمی از حد گذراند. او پس از شناسایی جواد قندی یکی از اعضای مجاهدین، در حضور زندانیان بند قرنطینه کرمانشاه ضمن اظهار خوشنودی از این که در آسمان‌ها به دنبال او می‌گشته و در زندان او را یافته، بعد از مجادله‌ی کوتاهی که با جواد داشت به او گفت: «تو را به زودی به جهنم خواهم فرستاد». جواد قندی در پاسخ به فلاحیان که کلت به کمر بسته بود و لباس پاسداری به تن داشت گفت: «تو دارای سلاح هستی و محافظ، چنانچه جرأت داری آنها را کنار بگذار تا ببینیم چه کسی به جهنم فرستاده خواهد شد».
فلاحیان در پاسخ به جواد قندی گفت: «زجر‌کش‌ات خواهم کرد». پاسداران نیمه‌شب او را به جوخهی اعدام برده و به دستور فلاحیان بعد از شلیک در بیضه او پیکر درهم شکسته‌‌اش را به حیاط بند قرنطینه منتقل کرده و کنار دیوار روی زمین قرار دادند. پاسداران بنا به دستور فلاحیان به زندانیان بند قرنطینه اطلاع دادند چنانچه مایل باشند می‌توانند پیکر او را که زجر می‌کشید از پنجره مشاهده کنند. جواد تا ساعت ۷ صبح زجر کشید و جان داد. مادر جواد که حزب‌اللهی بود و رئیس انجمن اسلامی در اعتراض به این جنایت خودسوزی کرد. مجید برادر جواد نیز متعاقباً خودسوزی کرد.
فلاحیان پس از موفقیت در کرمانشاه به مشهد اعزام شد و احکام شکنجه و اعدام بسیاری صادر کرد و پس از کسب موفقیت در مسئولیت‌های محول شده به تهران اعزام شد و ضمن به عهده گرفتن مسئولیت دادستانی سپاه پاسداران، قائم مقام موسوی تبریزی دادستان کل انقلاب اسلامی شد. این دو از خوزستان یکدیگر را می‌شناختند و با کمک یکدیگر پرونده‌ی سینما رکس آبادان را وارونه جلوه داده وعده‌ای بیگناه را مقابل جوخهی اعدام قرار داده بودند.
سیدحسین موسوی‌تبریزی، قصد داشت اسدالله لاجوردی دادستان انقلاب اسلامی را برکنار کرده و فلاحیان را جانشین وی کند اما به خاطر حمایت احمد خمینی و مؤتلفه از لاجوردی توفیقی در این راه نیافت.
فلاحیان در طراحی حمله به پایگاه موسی خیابانی فرمانده نظامی مجاهدین شرکت داشت.
محسن رضایی فرمانده اسبق سپاه پاسداران در این باره می‌گوید:
«به دعوت برادرمان آقای شیرازی، در بند ۲۰۹ زندان اوین برای جمع‌بندی اطلاعات و طراحی عملیات علیه کادر منافقین جلسه تشکیل شد و آقای حجت‌الاسلام علی فلاحیان از دادستانی، برادرمان آقای طاهری از بخش عملیات، آقای جوادی از بخش بررسی، دوستان تعقیب و مراقبت و بازجوها در آن جلسه حضور پیدا کردند. اطلاعات پراکنده گردآوری و دسته‌بندی شد و تصمیم نهایی گرفته شد.»
فلاحیان در سال ۱۳۶۱ ضمن آن که مسئولیت کمیته انقلاب اسلامی مرکز را به عهده داشت بخش اطلاعات شاخه «التقاط» دادستانی اوین را نیز اداره می‌کرد و از این بابت روابط نزدیکی با لاجوردی که شخصاً عهده‌دار بخش «اطلاعات» دادستانی بود، داشت.
در این دوران بخش اجتماعی مجاهدین طی ضرباتی که در ۱۱ اردیبهشت و ۱۰ مرداد ۱۳۶۱ متحمل شد از هم پاشید و تشکیلات این سازمان در ایران عملاً منحل شد و اعضا و کادرهای باقیمانده‌ی اصلی به خارج از کشور گریختند.
پس از آن با توجه به تجربیاتی که از طریق توابین و بریدگان گروه‌های سیاسی که به خدمت دستگاه امنیتی درآمده بودند کسب شد، فلاحیان و کمیته‌های انقلاب اسلامی مأموریت اجرای طرح «مالک و مستاجر» را به عهده گرفتند. بر اساس این طرح هر کسی در هر جایی سکونت داشت بایستی به کمیته محل مراجعه و مشخصات خود و اعضای ساکن در آن خانه را اعلام می‌کرد. مالکین خانه‌ها نیز موظف به ارائه‌ی اطلاعات مربوط به مستأجرین‌شان بودند.
فلاحیان در دوران حضورش در کمیته انقلاب اسلامی تضاد شدیدی با عزت شاهی داشت که معتقد بود او به دنبال تشریفات و ایجاد دستگاه اطلاعاتی در کمیته است. این درگیری منجر به کناره‌گیری عزت‌شاهی شد. در دوران حضور وی در کمیته مرکزی انقلاب اسلامی این نیرو گسترش زیادی یافت و زمینه‌ی ادغام شهربانی و ژاندارمری کل کشور در آن ایجاد شد تا این که پس از پایان جنگ در سال ۱۳۷۰ تحقق یافت.
عزت شاهی در بخشی از خاطرات خود به زمانی می‌پردازد که ناطق نوری وزیر کشور شد و «کمیته را تحویل علی فلاحیان» داد. می‌نویسد: «دیگر نور علی نور شد! مشکلات ما تازه شد.»
عزت شاهی در ادامه می‌نویسد که در دوره ریاست فلاحیان بر کمیته، تهیه بولتن از وقایع و ارسال آن برای مسئولین نظام - امری که بطور معمول بر عهده نهادهای امنیتی است - در دستور کار کمیته قرار گرفت.
او سپس با اشاره به استعفانامه‌ای که همان زمان در اعتراض به عملکرد فلاحیان در کمیته نوشته و در آن به «بریز و بپاش و اسراف در تمامی شئون و مراتب کمیته» اشاره کرده، می‌نویسد: «آنها می‌خواستند کمیته را شبیه سازمان «سی آی ای» کنند. یگان دریایی و یگان هوایی درست کردند، قایق و هلی کوپتر خریدند، پادگان و لشگر به وجود آوردند. و چون حساب و کتابی نبود، هرکسی هرطور می‌خواست عمل می‌کرد. سلیقه‌ای و برحسب ارتباطاتش عمل می‌نمود، نه بر اساس مصوبات مجلس و دولت. و با همین رویه مقدار متنابهی اسلحه و مهمات خریدند.» (۲)
معاونت امنیت و قائم‌مقام وزارت اطلاعات
فلاحیان به عنوان یکی از باتجربه‌ترین کادرهای امنیتی و قضایی رژیم یکی از نامزدهای اصلی و مورد علاقه‌ی میرحسین موسوی برای پست وزارت اطلاعات در سال ۱۳۶۳ بود و عاقبت به معاونت امنیت ری‌شهری اولین وزیر اطلاعات جمهوری اسلامی رسید و پس از چندی قائم مقام وی شد.
ری‌شهری در مورد چگونگی انتخاب فلاحیان می‌گوید:
«خوب در کوران حوادث پیچیده‌ای بودیم و وزارت اطلاعات هم نهادی انقلابی و تازه تأسیس بود و خیلی‌ها هم موذیانه در مسیر این راه سنگ‌اندازی می‌کردند، ترورها، توطئه‌های داخلی و خارجی و جنایات زیادی هم بود، طبیعی بود که به وجود کسی احتیاج داشتیم که هم اقتدار لازم را داشته باشد و هم جسارت و هم توان کار اطلاعاتی که به نظر من بهترین فرد در آن زمان آقای فلاحیان بود که ایشان را برای پست قائم مقامی وزارت که در اصل ستون سازمان وزارت اطلاعات بود برگزیدیم... » (۳)
در زمان قائم مقامی وی در وزارت اطلاعات، دانشکده امام باقر تأسیس شد و او ریاست آن را به عهده گرفت و به تدریس در آن پرداخت.
فلاحیان در سال ۱۳۶۶ به منظور یک کاسه کردن امور امنیتی و قضایی مربوط به روحانیت در حالی که قائم مقام وزارت اطلاعات بود به حکم خمینی دادستان ویژه روحانیت شد که در تضاد کامل با قانون اساسی مصوب رژیم و اصل تفکیک قوا بود.
مسئولیت در کشتار ۶۷
هاشمی رفسنجانی که خوی جنایتکاری او را به خوبی تشخیص داده بود هنگامی که قائم مقام فرماندهی کل قوا شد مسئولیت بازرسی کل نیروهای مسلح را به او سپرد. فلاحیان از موضع قائم مقام وزارت اطلاعات و مسئول بازرسی کل نیروهای مسلح، نقش بارزی در تشکیل دادگاه‌های صحرایی در غرب و جنوب کشور در مرداد ۱۳۶۷ و پس از صدور فرمان خمینی خطاب به رازینی داشت. فلاحیان به عنوان قائم مقام وزارت اطلاعات یکی از برنامه‌ریزان کشتار ۶۷ بود .
وی پس از انتشار نوار صوتی دیدار اعضای هیأت کشتار ۶۷ با آیت‌الله منتظری در تأیید این کشتار و در دفاع از فرمان خمینی گفت:
«نظر حضرت امام و همه علما این است که اهل بغی یعنی کسانی که علیه حکومت اسلامی شورش و اقدام مسلحانه می‌کنند و حکم‌شان اعدام است و شکی در آن وجود ندارد. » (۴)
دستگیری اسرای آزاد شده توسط مجاهدین
او در سال ۱۳۶۷ همچنین دستور دستگیری صدها اسیر ایرانی را که توسط مجاهدین آزاد شده بودند داد. این عده پس از بازگشت به ایران بدون اطلاع خانواده‌هایشان دستگیر و همگی به زندان اوین منتقل شدند. از سرنوشت تعدادی از آنها هیچ‌اطلاعی در دست نیست، در حالی که تعدادی از آنها به حبس و زندان محکوم شدند.
در تاریخ ۱۸ مرداد ۱۳۶۷مسعود رجوی دستور آزادی ۱۳۸۲ تن از اسرای جنگی ارتش آزادیبخش را که در عملیات‌های گوناگون مجاهدین به اسارت درآمده بودند صادر کرد. در همین رابطه مراسمی در روز دوشنبه ۲۴ مرداد ۱۳۶۷ در محل نگهداری این اسرا برگزار شد و حکم آزادی‌شان توسط مهدی ابریشم‌چی و در حضور محمد سادات دربندی که مسئولیت نگهداری از اسرای جنگی را به عهده داشت و بعدها زندان‌بان اصلی مجاهدین شد و بیرحمی و شقاوت از حد گذراند به آنها ابلاغ گردید.
در خاطرات هاشمی رفسنجانی آمده است که او از طریق فلاحیان در جریان دستگیری این عده پس از ورود به ایران قرار گرفته است.
وزارت اطلاعات و پروژه‌های امنیتی «حذف فیزیکی»
رفسنجانی در کابینه‌ی اول خود بعد از آن که با حسن روحانی به توافق نرسید، فلاحیان را به عنوان وزیر اطلاعات (۵) به کابینه خود آورد و یکی از سیاه‌ترین دوره‌های دستگاه امنیتی را رقم زد. دوران ریاست او بر وزارت اطلاعات با تغییر و تحولات بسیاری همراه بود که تبعاتش تا دوره‌های بعد هم باقی ماند.
رفسنجانی در معرفی او که فاسد‌ترین وزیر اطلاعات جمهوری اسلامی بود سنگ تمام گذاشت و گفت:
«از مجموعه بررسی‌هایی که کردیم مناسب‌ترین فرد به نظرمان آقای فلاحیان آمده. اولاً به خاطر سوابق طولانی ایشان که تقریباً بعد از انقلاب تا امروزه یکسره در این کار مسئولیت داشته‌اند و در جاهای مختلف به گونه های مختلف با مسائل امنیتی، نیازهای کشور، تهدیدها و نیروهایی که دارند کار می‌کنند آشنایی کامل دارند و شاید یکی از ارکان این وزارت در گذشته هم یعنی مهم‌ترین رکن ایشان بوده‌اند، از لحاظ صلاحیت شخصی بنده خودم ایشان را خوب می‌شناسم، از دوران طلبگی تا به امروز، علاقه‌ای که ایشان به انقلاب دارد و حاضر است جان بدهد برای اینکه این تهدیدها را از اسلام دور بکند، برای ما روشن است و مخصوصاً این اواخر من ایشان را مسئول بازرسی ویژه فرماندهی کل قوا کرده بودم که کار کردن ایشان برای من بسیار جالب بود، یعنی جزو زیباترین کارهایی که ارائه می‌شد در حوزه ما کارهای ایشان بود...» (۶)
در دوره دوم ریاست جمهوری رفسنجانی خواهان برکناری او بود اما خامنه‌ای همچنان از وی حمایت به عمل می‌آورد و به همین خاطر ماندگار شد. فلاحیان در گفتگو با سایت بازتاب می‌گوید:
«*آقای هاشمی می‌گویند در اوایل دولت دوم‌شان با وزیر اطلاعات شدن شما مخالف بودند اما به نظر رهبری شما را نگه داشتند. آیا در جریان بودید؟ پس چرا اگر تعامل نبود، کنار نرفتید؟
هیچ یادم نیست. اصلاً یادم نیست.
*یعنی اختلافی نبود که بخواهند دیگر شما نباشید؟
نه
*پس اینکه آقای هاشمی ابتدای دور دوم نمی خواستند شما وزیر اطلاعات‌شان باشید و به دلایلی ماندگار شدید و اواخر دوره به ایشان گفتند فلاحیان را کنار بگذار اما آقای هاشمی دیگر در آخر دوره دوم تن به برکناری شما ندادند، صحیح نیست؟
من در دوره دوم قرار بود وزیر کشور شوم، اما موافقت نشد. هاشمی هم راضی بود که من وزیر کشور شوم. خودم هم راضی بودم که وزیر کشور شوم. اما خب بالاتر موافقت نشد و گفتند وزیر اطلاعات بمانم. حالا نمی‌دانم آقا موافق نبودند یا مورد دیگری بود.» (۷)
پس از تصدی وزارت اطلاعات، یکی از کارهای «زیبای» فلاحیان سپردن مسئولیت‌های مهم اقتصادی به حاج حسین فلاحیان برادر و حاج حسین معصومی شوهرخواهرش در وزارت اطلاعات بود. و این دو به مدد نزدیکی به فلاحیان چه سوءاستفاده‌ها که نکردند. همچنین او برای افزودن به «زیبایی» کار، سکان قائم مقامی وزارت اطلاعات را به پورمحمدی یکی از بزرگترین جنایتکاران علیه بشریت که امتحان خود را در جریان کشتار ۶۷ هم نشان داده بود سپرد و سعید امامی را به معاونت امنیت که حساس‌ترین پست اطلاعاتی است گمارد.
در دوران فلاحیان بر اساس نظریه کارشناسی وزارت اطلاعات احکام قضایی برعلیه زندانیانی که سابقه‌ی محکومیت داشتند به شدت بالا رفت. تقریباً اکثر کسانی که در ارتباط با مجاهدین دستگیر می‌شدند و سابقه‌ی زندان داشتند به اعدام محکوم و «حذف فیزیکی» می‌شدند. در واقع او معتقد بود بر اساس حکم امام هرکس که شائبه‌ی هواداری از مجاهدین دارد مستحق اعدام است و هرگاه که اراده کنیم می‌توانیم حکم وی را اجرا کنیم.
در این دوره تعداد مفقودین سیاسی با رشد فزاینده‌ای روبرو شد. وزارت اطلاعات پس از دستگیری هواداران مجاهدین از پذیرش مسئولیت آن سر می‌باز می‌زد و نزد خانواده‌ی دستگیرشدگان مدعی می‌شد که آنها به عراق رفته‌اند و احتمالاً در آنجا سربه‌نیست شدهاند. «حذف فیزیکی» زندانیان آزاد شده‌ی مجاهد و هواداران این گروه تحت عنوان طرح «الغدیر» زیر نظر حراست بهشت‌زهرا و در خانهی امن تحت اختیار آن صورت می‌گرفت. بعدها محمد مختاری نیز در همین خانه به قتل رسید.
ملی مذهبی‌ها قربانی سیاست خود
دکتر کاظم سامی اولین چهره‌ای بود که پس از کشتار زندانیان سیاسی در پاییز ۱۳۶۷ به قتل رسید. با قتل او به فعالان سیاسی پیام داده شد که پذیرش قطعنامه ۵۹۸ و پایان جنگ، تغییری در سیاست سرکوب رژیم نداده است و کوچکترین فعالیتی می‌تواند با مرگی فجیع پاسخ داده شود.
پس از این قتل، در دوران وزارت فلاحیان، پروژه‌ی دستگیری اعضای «جمعیت دفاع از آزادی و حاکمیت ملت ایران» کلید خورد. نهضت آزادی که در اردیبهشت ۱۳۶۲ با شور و هیجانی وصف‌ناپذیر از سرکوب حزب توده و مصاحبه‌های تلویزیونی سران این حزب که تحت فشار و شکنجه انجام گرفته بود حمایت کرده بود، خود قربانی ماشین سرکوب اسلامی شد.
در بیانیه زشت و غیر‌انسانی نهضت آزادی که گفته می‌شد ابراهیم یزدی در تنظیم آن نقش مهمی داشت ضمن تأکید روی آیات متعدد قرانی و تفسیرهای عجیب و غریب از جمله آمده بود:
«سرانجام تشکیلات آهنین! حزب طرازنوین! بعد از چهل سال بند و بست و فریب و خیانت همچون تار عنکبوتی به سستی فرو ریخت و بندبازان بازیگرش که عمری جوانان بی‌خبر را اسیر و مسحور دام‌ها و تارهای تبلیغاتی و تشکیلاتی خود کرده بودند به زمین ذلت سقوط کردند. اینان که عمری شیره جان و ایمان طعمه‌های خود را مکیده نجات و به‌روزی خلق را ادعا می‌کردند وقتی دفتر اعمال‌شان گشوده شد و رازها برملا گردید ناگزیر به اعتراف و اقرار شده و به گوشه‌ای از خیانت‌های خود اشاره کردند. در حالی که تصور می‌کردند با وابستگی به ابرقدرت شمالی و کمونیسم بین‌الملل به حصن حصینی تکیه کردهاند که رخنه‌ای در آن نمی‌رود و از پس دیوارهای آهنین چیزی درز نمی‌کند! . نهضت بر اساس این تحلیل، قبل از اعترافات سران حزب در مصاحبه‌های تلویزیونی (که جزئیات و روش آن برای ما روشن نیست) مرتباً به دولت و نهادها تذکر می‌داد و آنها را از خطر رخنه توده‌ای‌ها در ارگان‌های دولتی و نهادهای انقلابی آگاه می‌ساخت. اما متاسفانه این هشدارها کمتر مورد پذیرش قرار می‌گرفت و اکنون که به همت و پشتکار برادران (که صدق عرایض ما را به اثبات رساندند) و پیگیری دقیق اطلاعات غیرمنتظره این لانه فساد برچیده شده است ضمن حمد و سپاس به درگاه ایزدی و تشکر از تلاش برادران باید بدانیم که تنها به این دستگیری‌ها نباید دلخوش بود و به آن بسنده نمود زیرا اگرچه اعضای اصلی این شجره گرفتار شدهاند، اما آثار و عوارض مسموم و القائات فکری و ایدئولوژیک آنها در گوشه و کنار این کشور باقی است و جو غالب را تشکیل میدهد اینک وقت آن رسیده که خانه انقلاب را از تارهای عنکبوتی مارکسیسم یکسره نظافت و پاکسازی کنیم...» (۸)
«جمعیت دفاع از آزادی و حاکمیت ملت ایران» تشکیل شده بود از چهره‌های ملی مذهبی همچون مهندس مهدی بازرگان، احمد صدر حاج سیدجوادی، دکتر یدالله سحابی، مهندس عزّت‌الله سحابی، دکتر حبیب‌الله داوران، دکتر علی اردلان، آقای حسین شاه حسینی، و ...
در اردیبهشت ۱۳۶۹ نود نفر از اعضای «جمعیت» نامهای را خطاب به هاشمی رفسنجانی رئیس جمهور وقت منتشر کردند و از وی خواستند که حقوق قانونی مردم را که در فصول سوم و پنجم قانون اساسی تصریح گردیده است به مردم بازگرداند.
پس از انتشار نامه، بیست و سه نفر از ۹۰ نفر دستگیر شدند، که در میان آنها ابوالفضل بازرگان، دکتر ابراهیم یزدی، عزت‌الله سحابی، محمد توسلی، اکبر زرینه‌باف شهیر، حبیب داوران، و فرهاد بهبهانی حضور داشتند. برخی از ۹۰ نفر اولیه تحت فشار شدید امضای خود را پس گرفتند. تعدادی همچون فرهاد بهبهانی و ... مجبور به اعترافات تلویزیونی شدند که آثار ناگوار آن را تا آخر عمر با خود حمل کردند.
قتل چهره‌های سیاسی و فرهنگی و مذهبی
در این دوران استفاده از خانهی امن برای بازداشت، شکنجه و سربه نیست کردن ناراضیان باب شد. عزت‌الله سحابی به اشاره‌ی رفسنجانی و با دستور فلاحیان در ۲۳ خرداد سال ۱۳۶۹ بازداشت و برخلاف دیگر دستگیر شدگان وابسته به «جمعیت دفاع از آزادی و ...» به جای انتقال به زندان رسمی به یکی از «خانه های امن» وزارت اطلاعات که تحت نظر سعید امامی قرار داشت منتقل شد. وی تحت فشار روحی و شکنجه شدید قرار گرفت تا برای «اثبات صدق عرایض» برادران بازجو، «اعتراف تلویزیونی» کند. وقتی به رفسنجانی برای دستگیری مهندس سحابی اعتراض شد، وی پاسخ داد، «رویش زیاد شده بود، می‌خواستیم رویش را کم کنیم.»
در دوران «اصلاحات» نیز وی دوباره به اشاره‌ی خامنه‌ای به زندان افتاد و بار دیگر «برادران» او را وادار به اعترافات غیرواقعی کردند.
در ۷ مهر سال ۱۳۷۱ غلامحسین میرزاصالح استاد سابق دانشگاه و نویسنده، بازداشت به خانه امن منتقل شد. وی نیز تحت فشار شکنجه جسمی و روانی در خانهی امن مجبور به انجام اعترافات تلویزیونی شد. اعترافات این دو در سال ۱۳۷۴ به همراه اعترافات اجباری سعیدی سیرجانی که در دوره بازداشت وی در خانههای امن وزارت اطلاعات اخذ شده بود، در برنامه‌ای تلویزیونی با نام «هویت» (۹)پخش شد.
سحابی و میرزاصالح بسیار خوش‌شانس بودند که جان سالم به دربردند چرا که بسیاری از مخالفان، منتقدان و روشنفکران در این خانههای امن جان دادند. علی اکبر سعیدی سیرجانی پژوهشگر و نویسنده ایرانی که پس از انقلاب به خارج از ایران مهاجرت کرده بود پس از رایزنی کیومرث صابری «گل‌آقا» مشاور فرهنگی سابق خامنه‌ای به کشور بازگشت، یکی از مشهورترین قربانیان خانههای امن فلاحیان بود. او پس از بازگشت به کشور در اعتراض به ممنوع‌الانتشار بودن کتاب‌هایش نامهای خصوصی و اعتراض‌آمیز به خامنه ای نوشت. سعیدی سیرجانی دومین نامه اعتراض آمیزش به خامنه‌ای را در هشتم آبان ۱۳۷۱ و به دنبال حملات رسانه‌های حکومتی و نامه شدیداللحنی که خامنه ای برای او نوشته و از طریق کیومرث صابری به دست او رسانده بود نوشت. سعیدی سیرجانی در نامه ۸ آبان ۱۳۷۱ خود نوشت: «جناب آقای خامنه‌ای؛ پیام عتاب آمیز جناب‌عالی را آقای صابری برایم خواند، و متاسف شدم، نه به علت این که مورد قهر آن مقام معظم قرار گرفته‌ام و به زودی امت همیشه در صحنه حزب‌الله حسابم را خواهند رسید که مرگ در راه دفاع از حق شهادت است و ما مرگ شهادت از خدا خواسته‌ایم تاسف و تاثرم از پندارهای باطل خویش بود و امیدهای برباد رفته‌ام درباره سعه صدر جناب عالی و سرنوشتی که ملت ایران در دوران رهبری شما خواهند داشت. بگذریم از لحن توهین‌آمیز پیام که حتی قاصد را شرمنده کرده بود و از هر مسلمان با تقوایی بعید می‌نمود تا چه رسد به رهبر مسلمانان جهان. حیرتم از این است که جناب عالی به استناد کدامین سند و قرینه و امارت مرا مرتد قلمداد کردید و نامعتقد به اسلام."
او سپس با رد چنین اتهامی از علی خامنه‌ای خواست که مستند چنین اتهامی را اعلام کند، «اگر مستند به نوشته‌های من است ای کاش موردش را مشخص می‌فرمودید و اگر مبتنی بر واردات غیبی است و اشراف بر ضمایر که انالله و اناالیه راجعون. »
فراز آخر نامه هشتم آبان ۱۳۷۱ سعیدی سیرجانی اما همانجایی است که او مجازات نامه انتقاد به علی خامنه‌ای را در سومین سال رسیدن به رهبری "مرگ" پیش‌بینی کرده و نوشته "آدمیزاده‌ام، آزاده‌ام و دلیلش همین نامه که در حکم فرمان آتش است و نوشیدن جام شوکران. بگذارید آیندگان بدانند که در سرزمین بلاخیز ایران هم بودند مردمی که دلیرانه از جان خود گذشتند و مردانه به استقبال مرگ رفتند."
در ۲۳ اسفند سال ۱۳۷۲ علی اکبر سعیدی سیرجانی به دستور فلاحیان از سوی وزارت اطلاعات بازداشت و به خانههای امن وزارت اطلاعات منتقل شد. اتهام اولیه او را «نگهداری فیلم‌های مستهجن» ، «نگهداری مواد مخدر و مشروب الکلی» اعلام کردند و سپس این نویسنده را به «دریافت پول از ضدانقلاب»، «عضویت در شبکه مواد مخدر» و انجام «لواط» تحت عنوان عملیات «کشک بادمجان» متهم کردند. سعیدی سیرجانی در ۴ آذر ۷۳ به دستور فلاحیان به قتل رسید.
طراحی جنایت‌های سیاسی که رﮊیم آنها را «قتلهای زنجیره‌ای» می‌خواند و عاقبت به ۴ قتل پائیز ۱۳۷۷ محدود شد در دوران فلاحیان صورت گرفت. در این پروژه علاوه بر قتل دهها نویسنده، روشنفکر، فعال سیاسی، رهبران مذهبی اهل سنت و مسیحیت نیز به قتل رسیدند.
زنده یادان احمد تفضلی، احمد میرعلایی، غفار حسینی، ابراهیم زالزاده، از جمله نویسندگانی بودند که توسط مأموران فلاحیان به قتل رسیدند.
در مرداد ۱۳۷۵ مأموران فلاحیان تلاش کردند با به دره انداختن اتوبوس حامل ۲۱ نفر از روشنفکرانی که با برنامه‌ریزی وزارت اطلاعات قصد سفر به ارمنستان را داشتند، از شر آنها راحت شوند که توطئه‌شان با شکست مواجه شد. فلاحیان در گفتگو با حسین دهباشی از اساس منکر چنین اتفاقی که دهها شاهد دارد شد و ادعا کرد آنها قصد مطرح کردن خود را دارند و موضوع را از روی یک رمان بازسازی کردهاند.
مولوی عبدالملک ملازاده و مولوی جمشیدزهی توسط جوخههای اعزامی فلاحیان در پاکستان به قتل رسیدند. ماموستا فاروق فرساد و ماموستا محمد ربیعی امام جمعه اهل سنت کرمانشاه پس از دستگیری در خانههای امن وزات اطلاعات به قتل رسیدند. دکتر احمد صیاد از متفکران اهل سنت، پس از بازگشت از سفر در فرودگاه بندرعباس دستگیر و چند روز بعد جسد وی در فلکه میناب این شهر کشف شد. دکتر عبدالعزیز مجد استاد دانشگاه زاهدان پس از سخنرانی انتقادی از مجموعه تلویزیونی امام علی ربوده شد. سپس خودروی او در کنار اداره‌ی اطلاعات استان و جنازه او در زاهدان کشف شد.
سعید امامی در بازجویی‌های خود می‌گوید:
«دستور قتل داریوش فروهر و پروانه اسکندرى را به روال معمول همیشگى حجت‌الاسلام على فلاحیان به من داد. احکام اعدام سایر محاربین قبلاً در زمان وزارت فلاحیان صادر شده بود. از مدتها پیش قرار بر این بود که عوامل مؤثر فرهنگى وابسته که توطئه تهاجم فرهنگى را در ایران پیاده می‌کردند و جمعاً صد نفر بودند اعدام شوند. حکم حذف ۲۹ نفر از نویسندگان از مدتها پیش مشخص و احکام قبلاً صادر شده بود که در مورد ۷ تن از آن عناصر احکام در دوره وزارت على فلاحیان اجرا شده بود. » (۱۰)
قتل احمد خمینی
دامنه‌‌ی قتلهای سیاسی تا «بیت امام» و «یادگار امام» هم کشیده شد. سعید امامی در مورد ابلاغ حکم قتل احمد خمینی توسط فلاحیان می‌گوید:
«...مثلا وقتی باخبر شدیم که حاج احمد آقا در جلسات خصوصی به مسئولان نظام و حتی به ولایت امر اهانت میکند. آن را ارجاع دادیم و بلافاصله دستور آمد که همه رفت و آمدهای ایشان را زیر نظر بگیرید و از مکالمات و ملاقات‌های ایشان نوار تهیه کنید. ما هم بمدت یکسال همین کار را کردیم. متأسفانه حاج احمد آقا به راه یک طرفه بدی وارد شده بود که برگشت نداشت. وقتی دستور حذف حاج احمد آقا را آقای فلاحیان به من ابلاغ کرد مضطرب شدم و حتی به تردید فرو رفتم. دو روز بعد همراه با آقای فلاحیان به دیدار آیت‌الله مصباح رفتیم، آقایان محسنی اژه‌ای و بادامچیان هم آنجا بودند البته بعداً حاج آقا خوشوقت هم از بیت آمدند آنجا و نظر جمع بر این بود که نباید به کسانی که با ولی امر مسلمین خصومت می‌کنند، رحم کرد.» (۱۱)
عمادالدین باقی که در ارتباط با قتلهای زنجیره‌ای تحقیق کرده بود تأکید میکند كه نیازی مسئول رسیدگی به پرونده قتلها نزد حسن خمینی فرزند احمد خمینی رفته و به او گفته است كه احمد خمینی هم توسط همین محفل‌نشینان به قتل رسیده است. (۱۲)
احمد خمینی چند ماه پیش از درگذشتش به بیمارستان رفته و از مهندس بازرگان اولین نخست وزیر ایران وعضو نهضت آزادی عیادت كرده و از او حلالیت طلبیده بود.
وی كه یكی از عوامل اصلی عزل آیت الله منتظری از قائم مقامی رهبری بود در اواخر عمر ظاهراً از كار خود پشیمان شده و پیام‌های مكرری برای حلالیت از آیت‌الله منتظری فرستاده و در مجلس ختم آیت‌الله صدر تا آمدن ایشان به انتظار نشسته و به احترام ورود او قیام كرده بود و پس از ورود، با او نجوای مختصری كرده بود. و بارها هم از طریق صاحب مغازه‌ای كه به منزل آیت‌الله منتظری تردد داشته از احوالات او پرسیده و سلام فرستاده بود. خود او از رفتن به خانه آیت‌الله منتظری معذور بود.
احمد خمینی در جمع عده‌ای از مردم سخنرانی تندی ایراد كرده و از سیاست‌های مملكت انتقاد كرده بود و افزوده بود چرا ضعف مدیریت خود را به گردن آمریكا می‌اندازید . نمی‌توانید كشور را اداره كنید و این همه مشكل ایجاد كرده‌اید اما همه را به گردن توطئه خارجی می‌اندازید . (۱۳)
وی می‌رفت تا به یك منتقد جدی و صریح‌اللهجه و بسیار بانفوذ برای قدرت شده تبدیل شود. از آن‌جایی كه امكان بازداشت و محاكمه او هم وجود نداشت و می توانست افراد متنفذ فراوانی را به دور خود جمع کند نقشه‌ی قتل‌اش را کشیدند.
سعید امامی در بازجویی‌های خود همچنین در مورد تلاش فلاحیان برای درگیر‌کردن مستقیم سران رژیم در قتلها می‌نویسد:
«فلاحیان با وجود آن‌که خود حاکم شرع بود، اما معمولاً و در موارد حساس، احکام حذف محاربان را شخصاً صادر نمی‌کرد. او این احکام را از آیت‌الله خوشوقت، آیت‌الله مصباح،(۱۴) آیت‌الله خزعلی، آیت‌الله جنتى و گاها نیز از حجت‌الاسلام محسنى اژه‌اى دریافت می‌کرد و بدست ما می‌داد. ما فقط به آقایان اخبار و اطلاعات می‌رساندیم و بعد هم منتظر دستور می‌ماندیم. » (۱۵)
تنوع قتلها و قربانیان
قتلهای زنجیره‌ای در دوران فلاحیان تنها به حذف روشنفکران و چهره‌های سیاسی محدود نشد بلکه تعداد زیادی از کسانی که «اراذل و اوباش» خوانده می‌شدند و هرکسی که می‌توانست برای فلاحیان تولید مشکل کند به قتل رسیدند. نمونه‌هایی که در پی می‌آیند تنها مواردی هستند که از پرده بیرون افتاده‌اند و گرنه آمار واقعی قطعاً بیش از این‌هاست.
محسن نادریان معروف به محسن «سگ سیبیل» یکی از قربانیان این نوع قتلها بود که مقابل منزلش به رگبار بسته شد. وی که سال‌ها در قزلحصار زندانی بود و رابطه‌ی خوب و احترام‌آمیزی با زندانیان سیاسی داشت و لااقل با شناختی که من از او در زندان داشتم با «معرفت» و «مردم‌دار» بود و قابل احترام، پس از آزادی از زندان به اداره‌ی قمارخانه و ... در تهران پرداخت. مصطفی پافتی یکی دیگر از قربانیان این نوع قتلها بود. وی که به تازگی از آلمان به کشور مراجعت کرده بود در راه قم ترور گردید و ماشین بنزش هم بعداً پیدا شد.
فاطمه قائم مقامی مهماندار هواپیما و همسر یکی از پزشکان کشور بود که در یک سفر هوایی مورد پسند فلاحیان قرار گرفت و پس از سه سال انواع سوءاستفاده از وی (جنسی، ترانزیت مواد مخدر، سوژه برای به دام انداختن چهره‌های مورد نظر و ...) به دستور فلاحیان و توسط سعید امامی به قتل رسید.
فخر‌السادات برقعی که از بستگان نزدیک پورمحمدی قائم مقام فلاحیان بود متوجه‌ی رابطه‌ی وی با زنی در همسایگی‌شان شده بود و همین مسئله موجب شد که به طرز فجیعی به قتل برسد.
سیامک سنجری در فاصله‌ی بسیار کوتاهی ثروتمند شده بود و چنانچه گفته می‌شد روابطی نیز با پسر فلاحیان داشت.
حتی پزشکان و کسانی که از راز‌های مگوی حکومت نیز با خبر بودند نیز هدف جوخههای ترور فلاحیان قرار گرفتند. دکتر تقی تفتی، به اتفاق همسر و دو فرزندش در سال ۷۲ در منزل مسکونی‌شان در خیابان پاسداران به طرز فجیعی کشته شدند. در ادامه همین سیاست بود که در زمستان ۱۳۷۷ دکتر جمشید پرتوی متخصص بیماری‌های قلبی و پزشک احمد خمینی در منزل خود و دکتر فلاح یزدی پزشک آیت‌الله منتظری در جلوی چشمان فرزندش به قتل رسید.
مطبوعات و اكبر گنجی بارها فلاحیان و هاشمی‌رفسنجانی را به پاسخگویی فرا خواندند و گنجی بارها اعلام كرد چنانچه نتواند وقوع دهها قتل در دوران هاشمی و فلاحیان را ثابت كند داوطلبانه به زندان خواهد رفت. (۱۶) عمادالدین باقی هم عقیده داشت قتلهای زنجیره‌ای متعددی در ۱۰ سال گذشته (قبل از ۱۵ دی ۱۳۷۷ و صدور بیانیه وزارت اطلاعات ) انجام شدهاند. (۱۷) اما نه هاشمی و نه فلاحیان هیچ یك پاسخگو نبودند. در عوض گنجی و باقی و عبدالله نوری و ناصر زرافشان وكیل خانواده پوینده به خاطر روشنگری در مورد قتلها به زندان افتادند و حجاریان توسط جوخههای مرگ سپاه پاسداران هدف گلوله قرار گرفت و برای همیشه فلج شد.
در دوران فلاحیان پرونده‌ی فرج سرکوهی به یکی از افتضاحات جمهوری اسلامی تبدیل شد. وزارت اطلاعات و فلاحیان نقشه‌شان این بود که با سربه نیست کردن سرکوهی و اعزام یک نفر به جای او به آلمان، مدعی شوند او در این کشور به قتل رسیده و خواهان جنازه‌اش شوند. به این ترتیب با دولت آلمان و دادگاه برلین سر پرونده‌ی میکونوس به سازش برسند.
سرکوهی در حالی در بازداشت و در خانه امن وزارت اطلاعات نگهداری می‌شد در شرایطی مشابه با آنچه بر سر پیروز دوانی و سعیدی سیرجانی آمد به نکاتی که تیم عملیاتی و کارگردانان برنامه «هویت» می‌خواستند اعتراف کرد اما به جای آن که «فوت» کند از آن‌جایی که ماجرا ابعاد رسانه‌‌‌ای پیدا کرده بود و به خاطر آن هاشمی رفسنجانی (۱۸) و ولایتی وزیر امورخاجه وقت زیر فشار دولت‌های خارجی قرار‌گرفته بودند اعترافات وی در برنامه‌هایی همچون «هویت» مورد استفاده قرار نگرفت و ترتیبی داد شده که وی در دادگاه انقلاب به صورت نماشی مورد محاکمه قرار گیرد و تنها به خاطر نگارش نامه‌ی افشاگرانه در مورد دورانی که در دست باند سعید امامی اسیر بود به یک سال زندان محکوم شود.
در دادگاه کذایی هیچ اشاره‌ای به دیگر اتهامات وی از جمله خروج غیرقانونی که در اطلاعیه پیشین وزارت اطلاعات هم آمده بود نکردند. انتشار نامه‌ی مذکور همزمان شد با ربوده شدن «ابراهیم زالزاده» مدیر نشر ابتکار در ۵ اسفند سال ۱۳۷۵ و انتقال وی به خانهی امن وزارت اطلاعات. پیکر دشنه آجین ابراهیم زالزاده در اول فروردین سال ۷۶ در بیابان‌های یافت‌آباد تهران پیدا شد. و عاقبت پیروز دوانی در ارتباط با تکثیر نامه‌ی فرج سرکوهی و چه بسا دلایل نامشخص دیگری در شهریور ۱۳۷۷ به قتل رسید. او این «رنج‌نامه «را به دلایل نامعلومی با امضای «تکثیر از پیروز فقهای دوانی» در داخل کشور تکثیر و منتشر کرد و این یکی از دلایل قتل او بود. متأسفانه اغلب کسانی که نامه‌ی سرکوهی را کپی می‌کردند این صفحه را هم کپی می‌کردند تا نقش خود را مخفی کنند. بدین سان همه آن چه که خود او تکثیر کرده و همه آن چه که دیگران تکثیر کردند به نام او تمام شد.
قتل رهبران مسیحی و انفجار حرم امام رضا
ترور رهبران مسیحی و همچنین انفجار حرم امام رضا و ... و انداختن مسئولیت آن به دوش مجاهدین یکی دیگر از اقدامات جنایتکارانه وزارت اطلاعات بود که فرماندهی و مدیریت آن با فلاحیان بود.
انفجار در حرم امام رضا در ظهر عاشورا سال ۱۳۷۳ که مقارن با ۳۰ خرداد آغاز سرکوب سراسری نظام اسلامی در سال ۱۳۶۰ بود، یکی دیگر از دسته‌گل‌هایی است که فلاحیان به آب داد.
در این جنایت بزرگ، ۲۶ نفر جان خود را از دست دادند و بیش از ۳۰۰ نفر به شدت مجروح شدند. بسیاری از آنها دست و پای خود را از دست دادند و برای همیشه معلول شدند. به کلیپ ویدئویی زیر که توسط دستگاه تبلیغاتی رژیم و فلاحیان به منظور مظلوم‌نمایی و اتهام زنی به «امپریالیسم» و «کفرجهانی» تهیه شده توجه کنید.
https://www.youtube.com/watch?v=YOWLitbgMrc
https://www.youtube.com/watch?v=Ock5PVGEEHk
این جنایت بزرگ با هدف متهم کردن مجاهدین توسط وزارت اطلاعات رژیم صورت گرفت. دست و پاهای قطع شده و تکه‌های گوشت قربانیان که در بالای ضریح و روی لوسترها و بخش‌های مختلف حرم چسبیده‌اند، نشاندهندهی شقاوت و وحشی‌گری و بیرحمی فلاحیان و عوامل تحت نظر اوست. در طول نزدیک به ربع قرن به ویژه پس از رو شدن نقش وزارت اطلاعات در این جنایت بزرگ، هیچ‌گاه روضه‌خوانان و دستگاه‌های تبلیغاتی رژیم به این جنایت و قربانیان آن اشاره‌ای نکردند و کوشیدند آن را به دست فراموشی بسپارند. و فلاحیان با وجود دست زدن به چنین جنایتی همچنان از حریم امن نظام برخوردار است.
هایک هوسپیان، مهدی دیباج و تاتائوس میکائیلیان سه کیشیش کلیسای انجیلی بودند که به خاطر موعظه به زبان فارسی توسط مأموران وزارت اطلاعات به قتل رسیدند و مسئولیت آن را متوجه مجاهدین کردند. کشیش محمدباقر یوسفی نیز در سال ۱۳۷۵ در ساری توسط مأموران وزارت اطلاعات به قتل رسید.
موضوع فقط انجام این جنایات نبود بلکه سناریو‌های تولیدشده توسط فلاحیان و همکارانش برای انداختن مسئولیت آن به دوش مجاهدین و قربانی کردن افراد جهت برآورده کردن امیال‌شان جنایت جدیدی را رقم می‌زد.
در دیماه ۱۳۷۲ اسقف «هوسپیان مهر» توسط وزارت اطلاعات ربوده و كشته شد. تبعات بین‌المللی آن باعث شد که دستگاه امنیتی برای حل و فصل آن حوادث وحشتناک دیگری را رقم زند.
همچنین زمستان ۱۳۷۲ تخریب مسجد فیض مشهد که متعلق به اهل سنت بود تبدیل به بحران بزرگی شد. این مسجد در نزدیكی «حرم امام رضا» بود و برای گردانندگان رژیم و حوزه‌های علمیه غیرقابل تحمل بود. اهل سنت در شهرهای شیعه نشین و از جمله تهران فاقد مسجد هستند چه رسد به جوار «حرم امام رضا».
شبانگاه ۱۱ بهمن ۱۳۷۲ ناگهان مسجد فیض تخریب و روز بعد به پارك و زمین چمن تبدیل شد. متعاقب آن اعتراض وسیع اهل سنت برانگیخته شد و آنها روز ۱۲ بهمن در مسجد جامع مكی شهر زاهدان تحصن و مسجد را سیاهپوش كردند. همچنین پلاكاردی مبنی بر «تسلیت شهادت مسجد فیض» بر مسجد آویخته شد . بعد از چند اخطار از سوی نیروی انتظامی برای خاتمه دادن به تحصن، با ورود نیروهای مسلح غیر بومی مسجد گلوله باران شد و چندین نفر از جمله حاج فقیر محمد شه بخش، مولوی عطا محمد، نعیم گوركیچ و رضا دره‌ای کشته و تعداد دیگری از جمله موذن مسجد به نام مونكل مجروح شدند و متعاقب آن حكومت نظامی در شهر اعلام شد. این حادثه اعتراضات وسیعی را برانگیخت. چنانكه روحانیون و شخصیت‌های اهل سنت به مصاحبه با رادیوهای خارجی پرداختند که در سال‌های بعد تعدادی از آنها به قتل رسیدند.
در خرداد ۱۳۷۳ جنازه كارد آجین شده كشیش «مهدی دیباج» که در اثر فشارهای بین‌المللی و روشنگری‌های کشیش هایک هوسپیان بعد از ده‌سال از زندان آزاد شده بود، کشف شد. این خبر در رسانه‌های خارجی انعكاس گسترده ای پیدا كرد و اعتراضات وسیعی را برانگیخت. از جمله كشیش میكائیلیان به شدت به آن اعتراض كرده و تلویحا آن را حادثه‌ای داخلی قلمداد كرده و طی نامهای به پاپ خواهان حمایت از مسیحیان ایران شده بود.
این بحران‌ها در خرداد ۱۳۷۳به اوج خود رسید و مساله اقلیت‌های مذهبی در ایران تبدیل به معضلی بزرگ در سطح بین‌المللی شد و استان‌های مرزی ایران را دستخوش ناامنی و آتش زیر خاكستر كرد. دستگاه امنیتی که بر اساس رهنمود خمینی و خامنه‌ای به حفظ نظام به هر قیمتی می‌اندیشید برای مقابله با بحران دست به کار شد. لازم به ذکر است که در نظام فكری ولایت فقیه برای حفظ نظام اسلامی، قربانی كردن عده‌ای از مسلمین نیز بلامانع است چرا که آنها در زمره‌ی شهدا محسوب می‌شوند.
در روز عاشورا دستگاه امنیتی مبادرت به انفجار بمبی در حرم امام رضا کرد که موجب کشته شدن ۲۶ تن و مجروح شدن بیش از ۳۰۰ نفر دیگر شد. (۱۹)
علیرغم شایعات اولیه مبنی بر این که به تلافی تخریب مسجد فیض و حوادث زاهدان این انفجار توسط سپاه صحابه و اهل سنت صورت گرفته، بلافاصله مطرح شد که سازمان مجاهدین در محل اعلامیه‌هایی جا گذاشته و مسئولیت حادثه را پذیرفته است! از سوی دیگر تعدادی از اهل تسنن به نامهای یوسف گردهانی»، «اقبال ایوبی»، «انور دهواری»، «فیصل سپاهیان» هم دستگیر و تحت شکنجه قرار گرفتند تا چنانچه مجبور به تغییر سناریو شدند متهمانی را که قرار بود نقش قربانی را بازی‌کنند در اختیار داشته باشند.
۴روز بعد فردی به نام علیرضا رحمانی در تلویزیون حاضر شده و به دخالت مجاهدین و نه شخص خودش در انفجار اعتراف كرد! او گفته بود علیرغم آن كه ۲۰ ماه است در زندان به سر می‌برد اما حاضر به مصاحبه نبوده و اكنون به دلیل این جنایت حاضر به مصاحبه شده است. سپس او اطلاعاتی درباره اعمال خود و سایر اعضای دستگیر شده سازمان ارائه داد.
دوشنبه ۶ تیرماه وزارت اطلاعات اعلام کرد كه یكی از عوامل سازمان «منافقین» به نام «بهرام عباس زاده»كه قصد بمبگذاری در مراسم نماز جمعه اهل سنت در مسجد مكی زاهدان را داشته در روز پنجشنبه دستگیر شده است و اعتراف كرده بمب را از فردی به نام «مهدی نحوی» تحویل گرفته است.
بلافاصله پس از اعترافات عباس‌زاده، اعلام شد كه قطعاً عامل بمبگذاری در حرم امام رضا «مهدی نحوی» است و با كمك عباس‌زاده از او چهره نگاری شده و عكس او در روزنامه ها چاپ شد و از مردم درخواست شد تا هر اطلاعی از او دارند در اختیار وزارت اطلاعات بگذارند.
سپس روزنامه‌ها از قول خبرگزاری جمهوری اسلامی گزارش دادند كه والدین نحوی ضمن مراجعه به اداره اطلاعات قم از این عمل فرزند خود ابراز انزجار كرده و اطلاعات ارزشمندی در اختیار این دستگاه گذاشته‌اند و همچنین سوابق همكاری او با مجاهدین را تشریح كرده‌اند.
این در حالی بود که مهدی نحوی مشغول خدمت سربازی خود در غرب کشور بود و مدتی پیش به خاطر خلافی که حین انجام خدمت سربازی انجام داده بود بازداشت شده بود و روح‌اش از ماجرا بی‌خبر بود.
چند روز بعد هم به نوشته روزنامه ها یك مقام امنیتی كه نخواست نامش فاش شود در پاسخ به سوالی در باره اینكه چگونه چگونه مطمئن شده‌اید انفجار حرم كار سازمان بوده گفته بود كه «اطلاعاتی كه از چند وقت قبل داشتیم ما را به این جمع بندی رسانده بود و مسئولان را هم قبلا در جریان گذاشتیم» (۲۰)
از سوی دیگر با مفقود شدن كشیش «میكائیلیان» عملاً بحران شدیدی ایجاد شده بود كه انعكاس وسیعی در رسانه‌های جهان پیدا كرده بود. ۱۵ تیرماه ۱۳۷۳ اعلام شد كه «فرحناز انامی» قاتل كشیش میكائیلیان در حال فرار از كشور در مرز زاهدان و دو تروریست بمبگذار در حرم امام خمینی و حرم حضرت معصومه دستگیر شدند. همان روز ۱۵ تیر هم جمعی از روحانیون و شخصیت‌های اقلیت‌های مذهبی از جمله فرزندان كشیش میكائیلیان با انامی دیدار كردند كه او در این دیدار جزئیاتی از قتل میكائیلیان را بازگو كرده و به سوالات فرزند او درباره رنگ لباس و رنگ ماشین پدرش دقیقاً پاسخ گفته بود. همه چیز حاکی از آن بود که با آمادگی کامل سناریو را تنظیم کردهاند. چند روز بعد هم اجساد میكائیلیان و دیباج به خانواده آنها تحویل داده شد.
۱۸ تیرماه مطبوعات مشروح گفتگو با قاتل كشیش میكائیلیان را به همراه عكس سه زن جوان که دو نفر از آنها زندانیان سیاسی سابق مجاهدن بودند و توضیحی درباره آنها به این شرح چاپ كردند. «بتول وافری كلاته: عامل بمبگذاری در حرم امام خمینی»، «مریم شهبازپور: عامل بمبگذاری در حرم حضرت معصومه »، «فرحناز انامی : قاتل كشیش میكائیلیان» آنچه از سخنان انامی بر می آمد این بود كه او در پوشش علاقه به مسیحیت با او ارتباط نزدیك پیدا كرده و پس از جلب اعتمادش او را به منزل خود برده و در آنجا به قتل رسانده است.
خبرها نشان می‌داد ماموران اطلاعات از یك قرار «منافقین» در تهران مطلع شده و مشاهده می‌كنند كه یكی از آن دو به سمت حرم امام و یكی به سمت حرم حضرت معصومه حركت می‌كند و با دستگیری آنها متوجه می‌شوند كه بمب به همراه داشته و به قصد انفجار حرمین وارد عمل شده بودند. همچنین سیستم این بمب‌ها به نحوی بوده كه علیرغم تصور بمب گذاران بمب‌ها بلافاصله پس از اتصال كلید منفجر می‌شده‌اند و حاملین بمب اولین قربانیان بوده‌اند. آنها با اطلاع از این امر به شدت متاثر شده و همه اطلاعات خود را لو می‌دهند. همچنین این دو به وجود فرد سومی به نام فرحناز انامی كه برای خروج از كشور به زاهدان رفته اعتراف می‌كنند كه با هماهنگی‌های مربوطه او در زاهدان بازداشت شده و بلافاصله به تهران منتقل می‌شود و در مواجهه با صاحب خانه مشخص می‌شود آنها قاتلان كشیش میكائیلیان بوده و مجید متهم چهارم هم از مرز ایلام گریخته است.
همچنین در همان هنگام اعلام می‌شود كه پس از كشف جسد میكائیلیان، خانه مورد بررسی دقیق‌تر قرار گرفته و تعداد زیادی بروشورهای «منافقین» و یك كروكی كشف شده است كه با بررسی آن و رفتن مأموران به محل جسد كشیش دیباج هم كشف می‌شود.
انامی در مورد قتل دیباج اعتراف میکند كه قتل دیباج توسط گروه دیگری از مجاهدین بوده اما وظیفه پیدا كردن محلی برای دفن جسد وظیفه او بوده كه این كار را انجام داده است. وی همچنین اعتراف میکند كه قتل كشیش «هوسپیان مهر» هم توسط سازمان و برای ایجاد بحران برای رژیم انجام شده بود.
با پایان یافتن سریع قضیه كشیش ها و مشكلات اهل سنت، تنها موضوع باقی مانده مسئله انفجار حرم بود كه آنهم باید هرچه سریعتر تمام می‌شد.
روز دهم مرداد رسانه‌ها اعلام كردند كه مأموران امنیتی فردی را كه از حیث چهره شباهت زیادی به نحوی داشته را در شمال تهران زخمی كرده و او را به بیمارستان منتقل كرده‌اند و عباس‌زاده هم در بیمارستان روی سر او حضور یافته و او را شناسائی كرده است و او در بیمارستان به این جنایت اعتراف كرده و سپس دوازدهم مرداد هم مرده است.
مادر نحوی هم در بیمارستان بر سر فرزند خود حاضر شده و از عمل او به شدت ابراز تأسف كرد و به خدا سوگند خورد كه اگر می‌دانسته مهدی عضو منافقین بوده او را معرفی می‌كرده تا فاجعه انفجار حرم اتفاق نیفتد و خود او هم دچار این سرنوشت شوم نشود! در حالی که به گفته مقامات اطلاعات او در ابتدای اطلاع از موضوع جنایت فرزندش، سوابق همكاری او با منافقین را تشریح كرده بود!
۱۰ روز بعد هم در ۲۲ مرداد ۱۳۷۳ (۵۰ روز پس از دستگیری) تنها بازمانده مطلع از ماجرا یعنی عباس‌زاده هم اعدام شد تا این قضیه تمام شود.
تنها مساله باقی‌مانده موضوع سرانجام «زنان منافق» بمبگذار و متهم به قتل كشیش‌ها بود. هفت ماه بعد دادگاه نمایشی آنها نیز برگزار شد و اتهامات آنها در ارتباط با بمبگذاری و قتل كشیش «میكائیلیان» مطرح شد. در خاتمه اعضای خانواده میكائیلیان که به روشنی دست وزارت اطلاعات را در این جنایات می‌دیدند اعلام كردند كه از این سه زن که در واقع خود قربانی توطئه‌ی وزارت اطلاعات شده بودند هیچ شكایتی ندارند. و آنها به ۱۵ سال زندان محکوم شدند. حتی پس از مشخص‌شدن مسئولیت وزارت اطلاعات و سعید امامی و باندش در قتل کشیش‌های مسیحی این سه زن سه سال دیگر نیز در زندان باقی ماندند تا سرانجام در سال ۱۳۸۱ شدند اما همچنان تحت نظر قرار گرفتند.
تروریسم خارج از کشور
تروریسم خارج از کشور در دوران فلاحیان ابعاد گسترده‌ای یافت و شهرهای اروپایی محل تاخت و تاز تروریست‌های رژیم قرار گرفت.
در این باره، حسینیان چنین می گوید:
«....سعید امامی اعتقاد داشت که مخالفین جمهوری اسلامی باید از دم تیغ گذرانده شوند و در این زمینه‌ها هم تجربه داشت. به هر حال کسی بود که مسئول امنیت کشور بود، صدها عملیات برون مرزی موفق داشته....»
دکتر شاپور بختیار، دکتر کاظم رجوی، عبدالرحمان قاسملو، شرفکندی، فریدون فرخزاد، عبدالرحمان برومند، نقدی و ... جزو معروف‌ترین چهره‌هایی بودند که توسط جوخههای اعزامی از سوی فلاحیان در کشورهایی اروپایی به قتل رسیدند.
رفسنجانی برای آن که دامان خود را از تروریسم بین‌المللی پاک کند زیرکانه فلاحیان را مسئول ترور بختیار معرفی میکند و در خاطرات سال ۱۳۷۰ خود هنگامی که به موضوع ترور شاپور بختیار در ۱۵ مرداد ۱۳۷۰ می‌رسد، شیوه‌ی غیرمرسوم و عجیبی را برای روایت این ترور انتخاب میکند.
رفسنجانی در حالی در مورد خاطرات ذیل ۱۶ مرداد ۱۳۷۰خود به اطلاع رسانی فلاحیان در مورد ترور شاپور بختیار اشاره می کند که طبق گزارش رسمی پلیس فرانسه موضوع قتل و یافتن اجساد شاپور بختیار و منشی او سروش کتیبه، ساعت ۱۱:50 دقیقه صبح روز ۱۷ مرداد ۱۳۷۰ درحالیکه ۴۸ ساعت از مرگ آنها گذشته بود معلوم شد. در واقع رفسنجانی ۲۴ ساعت قبل از طریق فلاحیان نسبت به قتل بختیار آگاهی یافته بود.
هاشمی رفسنجانی در کتاب خاطرات خود ، آگاهانه فلاحیان را دم تیغ داده و یک روز پیش از کشف جسد و موضوع قتل شاپور بختیار «مطلع» نشان میدهد. چون ذیل خاطرات روز ۱۶ مرداد ۱۳۷۰ و همزمان با اطلاع از خبر قتل بختیار، بر عدم پوشش خبری رسانه های جهانی از مرگ شاپور بختیار تأکید میکند:
سه شنبه ۱۵ مرداد ۱۳۷۰
«آقای علی فلاحیان، وزیر اطلاعات آمد. درباره ضدانقلاب در خارج ، «گزارش اطلاعاتی» داد.»
کتاب خاطرات هاشمی رفسنجانی سال ۱۳۷۰- صفحه ۲۵۸
این همان روزی است که قتل صورت گرفته و احتمالاً فلاحیان راجع به طرح قتل و چگونگی انجام آن به وی اطلاع رسانی کرده است.
چهارشنبه ۱۶ مرداد ۱۳۷۰
«آقای علی فلاحیان اطلاع داد که در فرانسه شاپور بختیار و یکی از کارکنانش در محل اقامت خود در پاریس کشته شده است. تا شب خبری در این جهت در گزارش‌های جهانی نیامد. »
کتاب خاطرات هاشمی رفسنجانی سال ۱۳۷۰- صفحه ۲۵۹
پنجشنبه ۱۷ مرداد ۱۳۷۰
«مدیران وزارت اطلاعات آمدند. آقای علی فلاحیان گزارش داد و من در صحبت مفصلی ، آنها را به مسایل اساسی «توجیه» نمودم. «بعدازظهر» خبر کشته شدن شاپور بختیار و دستیارش منتشر شد و بازتاب وسیعی یافت».
کتاب خاطرات هاشمی رفسنجانی سال ۱۳۷۰-صفحه ۲۶۱ و ۲۶۲
جمعه ۱۸ مرداد ۱۳۷۰
«در اخبار و گزارش ها ، مساله گروگان های لبنان و مرگ بختیار ، با تفسیرهای گوناگون درباره آن ، در صدر است. به وزارت امورخارجه گفتم که برای کمک به آزادی دیگر گروگان غربی «فشار» بیاورند و توجهی به تهدیدها نشود.»
کتاب خاطرات هاشمی رفسنجانی سال ۱۳۷۰- صفحه ۲۶۲ و ۲۶۳
یکشنبه ۲۱ مهر ۱۳۷۰
«آقای علی فلاحیان ، وزیر اطلاعات آمد. حواشی بعد از ترور شاپور بختیار را گفت و نزدیک شدن آقای فریدون بویراحمدی به ایران و علل بازداشت آقای اسدی و خانم جهانبانی و احتمالات را توضیح داد. در مورد «کنترل» ماموران وزارت اطلاعات «تذکر» دادم».
کتاب خاطرات هاشمی رفسنجانی سال ۱۳۷۰-صفحه ۳۶۹.
بویراحمدی یکی از تروریست‌هایی است که در قتل بختیار شرکت داشته و قادر شد از صحنه گریخته و به ایران فرار کند.
فلاحیان به دلیل طراحی ترور میکونوس و محکومیت غیابی در دادگاه آلمان که به افتضاح بزرگ بین‌المللی برای رژیم تبدیل شد و به خاطر آن سفرای اروپایی، ایران را ترک کردند، تحت تعقیب اینترپل قرار دارد. پیش از صدور حکم دادگاه میکونوس، فلاحیان در آلمان به سر می‌برد و می‌کوشید از طریق اشمیت بائر رئیس سرویس امنیتی این کشور در روند دادگاه دخالت کند. هنگامی که سرویس امنیتی آلمان متوجه شد قاضی قصد احضار وی به دادگاه را دارد از او خواست بلافاصله این کشور را ترک کند.
و دولت فرانسه کوشید در حکمی برای قاتلان بختیار و منشی‌اش صادر می‌شود به گونه‌ای باشد که پای رفسنجانی و نظام اسلامی به میان کشیده نشود.
همچنین اینترپل به درخواست دادگستری آرژانتین مبنی بر دخالت داشتن فلاحیان در انفجار مرکز همیاری یهودیان حکم جلب بین‌المللی وی را صادر کرده‌است و به همین دلیل وی قادر به خروج از کشور نیست. وی تنها می‌تواند به کشورهای عراق و کره شمالی و سوریه و ... سفر کند.
گزارش ۸۰ صفحهای بازجویان متهمان قتلهای زنجیره‌ای و ترور صیاد شیرازی
مأموران سابق وزارت اطلاعات که مسئولیت بازجویی از متهمان قتلهای زنجیره‌ای را به عهده داشتند به منظور لوث‌کردن موضوع ترورها و تلاش برای به میان کشیدن پای سرویس‌های غربی و اسرائیل در قتلهای زنجیره‌ای با انتشار یک گزارش ۸۰ صفحهای سراسر جعل و دروغ، فلاحیان را مسئول ترور سرهنگ صیاد شیرازی یکی از مهره‌های جنایتکار نظام اسلامی معرفی کردند. در حالی که این ترور توسط کمال حیدری یکی از اعضای سازمان مجاهدین صورت گرفت که بعد از حمله‌ی آمریکا به عراق توسط این سازمان از پشت به رگبار بسته شد و به قتل رسید. در گزارش مزبور از جمله آمده است:
«خط دیگرى كه به محفل و مرتبطین ابلاغ شده بود، انجام چند عملیات مهم در كشور و ناتوان نشان دادن سیستم امنیتى كشور بود. با ابلاغ این دستور عناصر موذى و خبیث محفل كه دستگیرى سعید اسلامى را خطر بزرگى براى خود قلمداد مىكردند روى طرح ترور شهید صیاد فعال شدند. انتخاب سوژه مناسب توسط محفل بعدها توسط گروه به شرح ذیل در اعترافات مطرح شد:
بایستى سوژهاى مناسب انتخاب مىشد كه همه را بسوزاند! بنابراین از سوژههاى جناحى كه فقط ترور آنها باعث ناراحتى جریان خاصى مىشد اجتناب و از بین كسانى كه قرابت و وفادارى آنها به رهبرى بیش از دیگران بود چند امیر و فرمانده نظامى خوش سابقه انتخاب شدند با بررسی‌هاى اولیه مشخص شد تنها فردى كه در محیط‌هاى نظامى اسكان ندارد و تیم محافظ نیز او را اسكورت نمىنماید، امیر صیاد شیرازى است. آدرس محل سكونت و ساعات تردد او توسط ابراهیم فلاحیان مدیركل اقتصادى وزارتكه قبلاً در ستاد كل نیروهاى مسلح نفوذ و دسترسى خوبى داشت تهیه گردید. شناسایی‌ها قبل از عملیات توسط افراد محفل كه بصورت كارگر نقاشى از چند روز قبل در مقابل منزل صیاد شیرازى به رنگ كردن یك كیوسك نگهبانى مشغول شده بودند انجام شد.
متهمین اعتراف كردند تیم عملیاتى مورد نظر ما كه از بین افراد محفل انتخاب شده بودند مورد تأیید فلاحیان قرار نگرفت و او براى این كار اكبر خوشكوشك و مهدى ریاحى را در نظر گرفته بود كه اكبر به علت همان ترس همیشگى از احتمال لو رفتن چهره خود بهانهاى مطرح كرد و با پذیرش عملیات توسط مهدى ریاحى كه از طریق اكبر- ابراهیم فلاحیان و شخص على فلاحیان در جریان قرار گرفته بود- عملیات تصویب شد. نیازهاى تداركاتى چون اسلحه با صدا خفه كن و موتور سیكلت و خودرو براى تیم عملیاتى تأمین شد و مهدى ریاحى با پوشش رفتگر و پوشیدن لباس كارگرى به رنگ سبز و نصب ماسك بهداشتى به صورت مشغول جاروكشى پیرامون منزل صیاد شیرازى شد. به محض خروج او با خودرو از درب مجتمع مسكونى و انتظار براى بستن درب حیاط توسط فرزندش، بصورت یك مراجعه كننده عادى كه عریضهاى مكتوب به دست دارد به خودرو صیاد شیرازى مراجعه مىكند و با نزدیك شدن به شیشه خودرو هدف خود خواستار تحویل عریضه مكتوب را مىنماید. شهید صیاد بلافاصله شیشه خودرو را پائین مىآورد و بلافاصله شلیك سه گلوله پىدرپى به مغز و صورت او این طرح جنایتكارانه را تكمیل مىكند.
فرزند صیاد شیرازى چهره ضارب را مىبیند و بلافاصله به داخل ساختمان متوارى مىشود. تیم عملیاتى بلافاصله محل را ترك مىنماید. پذیرش عملیات توسط منافقین ساعتى بعد در نیكوزیا (قبرس) و بعد دفتر منافقین در پاریس سمت و سوى خاصى در اذهان ایجاد مىنماید.» (۲۱)
مشارکت در سرکوب جنبش‌های اعتراضی مردم
در دوران وزارت فلاحیان بین سال‌های ۱۳۷۱ تا ۱۳۷۴جنبش‌های اعتراضی مردم در شهرهای شیراز، مشهد، مبارکه، قزوین، اراک، اسلامشهر به شدت سرکوب شد. فلاحیان در این سرکوب جنبش‌های اعتراضی از حمایت همه جانبه هاشمی رفسنجانی و علی‌محمد بشارتی وزیر کشور که خود سابقه‌ی جنایتکارانه‌ای داشت برخوردار بود.
حضور وزارت اطلاعات در اقتصاد کشور
در دوران وزارت فلاحیان این نهاد اطلاعاتی با توجه به قدرتی که داشت به یکی از بازیگران اصلی صحنه‌ی اقتصاد ایران تبدیل شد و جدا از برخورداری از رانت اطلاعاتی و امنیتی برای بیرون راندن رقبا از صحنه از تهدید، پاپوش‌دوزی، دستگیری، شکنجه و زندان و مصادره اموال رقبا فروگذار نکرد.
با دستگیری محمد سعیدی رئیس شرکت ایران مارین سرویس و مصادره‌‌ی اموال آن، وزارت اطلاعات توانست مجوز سوآپ فرآورده‌های نفتی مانند گازوئیل را در انحصار خود در آورد. (۲۲)
فلاحیان با ایجاد بازار سیاه و رقابت‌های کثیف رقبا را با نام «پروژه مبارزه با ثروت‌های باد آورده» حذف و یا از صحنه به دور می‌کرد و سپس با توقیف اموال و دارایی‌های آنها فعالیت‌های اقتصادی وزارت اطلاعات را بسط می‌داد.
در این دوران وزارت اطلاعات جدا از فعالیت اقتصادی به قاچاق مواد مخدر، چاپ و انتشار اسکناس ۱۰۰دلاری و هرآن‌چه که می‌توانست منبع درآمدی باشد روی آورد و در رقابت با باندهای قاچاق مواد مخدر و فساد و برای بیرون راندن رقیب از صحنه از قدرت اطلاعاتی و امنیتی خود استفاده می‌کرد.
این وزارت‌خانه در زمینه‌های مختلف اقتصادی از بازار آهن و فولاد گرفته تا کارخانجات لاستیک و خودرو‌سازی و هرآن‌چه که پولساز بود دخالت داشت. وارد شدن در واردات و صادرات کالاهای گوناگون یکی دیگر از زمینه‌های فعالیت وزارت اطلاعات بود.
فلاحیان پس از برکناری از وزارت اطلاعات
فلاحیان پس از برکناری از وزارت اطلاعات نیز همچنان قدرت خود را حفظ کرد و در پروژه‌ی قتلهای زنجیره‌ای در دوران خاتمی که ادامه‌ی سیاست قبلی نظام در ارتباط با برخورد با مخالفان و دگراندیشان بود همچنان نقش داشت.
در حمله به منزل آیت‌الله منتظری در آبان ۱۳۷۶ اگرچه وی مسئولیتی در وزارت اطلاعات نداشت اما همچنان هدایت اوباش و فرماندهی صحنه را در دست داشت. آیت‌الله منتظری در این مورد در کتاب خاطرات‌شان می‌گویند:
«در این میان، تلفن‌ها را نیز قطع کردند و همکاری افراد اطلاعات و سپاه با مهاجمین محسوس بود و از قراری که معلوم شد، با بی‌سیم از طرف سرتیپ فرمانده لشکر قم به آنان دستور داده می‌شد و اصرار داشتند به بهانه‌ی محافظت از من، مرا از اتاق و کتابخانه و منزل خارج نمایند و با خود ببرند و منزل مرا در اختیار رجاله‌ها و غارتگران قرار دهند و بر حسب آنچه نقل شد، وزیر سابق اطلاعات، آقای فلاحیان، و یکی از فرماندهان عالی سپاه، از دور مهاجمین را رهبری می‌کردند. من به اشخاصی که اصرار داشتند اینجانب از منزل بیرون بروم، با ناراحتی گفتم: «دفعه‌ی اوّل نیست که به من و هستی من حمله شده. یک بار از طرف آقای خامنه‌ای آمدند و هستی مرا غارت کردند، این بار بیایند در همین اتاق و کتابخانه، مرا بکشند تا خیال‌شان برای همیشه راحت شود. من با پای خود از منزل خارج نمی‌شوم.» از این سخن من حاضرین بسیار جا خوردند و بالاخره پس از مشاجرات زیاد با افراد مختلف که آمده بودند، من مبادرت به اقامه‌ی نماز ظهر کردم. ولی باز از بیرون به افراد داخل اتاق فشار آورده بودند که نمازش را بشکنید و یکی از دوستان صادق گفت: «من شنیدم که به آنان دستور داده شد طناب به گردنش بیاندازید و او را بکشید و بیاورید.» سپس در یک فرصتی که افراد داخل اتاق برای کسب تکلیف بیرون رفته بودند، درب اتاق را بستیم و دیگر هرچه آنها اصرار کردند درب را باز نکردیم. به آنان دستور داده شده بود از درب اندرون وارد شوند و در حالی که با دیلم مشغول کندن درب اندرون بودند، شنیده شد از ناحیه‌ی بعضی از آقایان مجاورین با تندی با آنان برخورد شده بود و بالاخره بعد از چند ساعت از کنار اتاق من رفتند. ولی مهاجمین مشغول شکستن درب و شیشه‌های خانه شدند .»
قتل مأمور نیروی انتظامی توسط فرزند فلاحیان
فلاحیان از چنان نفوذی در رژیم برخوردار است که به سادگی پرونده‌ی قتل یک مأمور یگان ویژه نیروی انتظامی در حال خدمت توسط پسرش را واژگونه جلوه داد و به عنوان شاکی در دادگاه عدل اسلامی حاضر شد.
در تاریخ دوم اردیبهشت ۱۳۸۰محسن پسر ۱۹ ساله فلاحیان همراه با پسرعمویش با شلیک دو گلوله گروهبان دوم خسرو میربیگ مأمور یگان ویژه نیروی انتظامی را درحوالی میدان تجریش از پای درآورد.
دو روز بعد دفتر فلاحیان با صدور اطلاعیه‌ای فرزندش را به «رامبو» تبدیل کرد و مدعی‌شد:
«هنگام خروج حجت‌الاسلام والمسلمین علی فلاحیان عضو مجلس خبرگان رهبری و نامزد ریاست جمهوری از محل كار خود واقع در خیابان دكتر شریعتی، پنج نفر از سرنشنیان یك خودروی سواری وارد كوچه محل عبور ایشان شده و با محسن كه مشغول كنترل محل عبور خودرو حامل حجت‌الاسلام والمسلمین فلاحیان بود درگیر و به ایشان حمله‌ور شدند كه نامبرده به تنهایی با مهاجمان به مقابله پرداخته و مهاجمان را وادار به فرار از صحنه درگیری كرد. بنا به اطلاع واصله یك نفر از مهاجمان دستگیر، یك نفر مجروح و سه نفر دیگر متواری شدهاند كه موضوع توسط مقام‌های قضایی و امنیتی در دست بررسی و پیگیری می‌باشد. »
محسن فلاحیان، روز ۱۶ اردیبهشت ۱۳۸۰، با حكم قاضی شعبه ۱۶۰۲ دادگاه جنایی تهران با تبدیل شدن قرار وی به وثیقه، تا زمان انجام محاكمه نهایی با پرداخت ۳۰ میلیون تومان وثیقه آزاد و مسیر پرونده از قتل عمد به اخاذی مقتول تبدیل شد و برای ۴ نفر همراهان وی نیز قرار بازداشت صادر شد. دادگاه عدل اسلامی عاقبت رأی به تبرئه‌ی محسن فلاحیان داد.
امیرحسین فلاحیان فرزند آخر وی که متولد ۱۳۷۰ بود در اسفند ۱۳۹۳ به علت عارضه قلبی فوت کرد و علاوه بر اعضای دفتر خامنه‌ای و اعضای مؤتلفه و چهره‌هایی چون ناطق نوری و ابراهیم رئیسی و اسماعیل شوشتری و علی‌اصغر حجازی، وزرای اطلاعات ادوار مختلف، بسیاری از اعضای دولت روحانی و «اصلاح‌طلب»ها از محمدرضا عارف گرفته تا شیخ قدرت علیخانی وردست کروبی و علی جنتی و حمید انصاری و کاظم صدیقی و ... در مراسم ختم و خاکسپاری وی شرکت کردند. هاشمی رفسنجانی و سیدحسن خمینی و ... با صدور اطلاعیه‌هایی درگذشت فرزندی فلاحیان را تسلیت گفتند. چهره‌ی خندان و بشاش فلاحیان در مراسم ختم فرزندش، بیش از هر چیز نشاندهندهی بیرحمی و شقاوت اوست. (۲۳)
فلاحیان و فرزندان وی همچنان از خوان نعمت نظام برخوردارند. شرکت خدمات مسافرت هوایی و جهانگردی هرمس گشت آریانا یکی از اموال آن‌هاست. اعضای هیئت مدیره این شرکت عبارتند از امیرابراهیم فلاحیان، لیلی فلاحیان و نفیسه فلاحیان. امیرابراهیم فلاحیان رئیس هیأت مدیره، لیلی فلاحیان نایب رئیس هیأت مدیره و نفیسه فلاحیان مدیر عامل این شرکت می‌باشند. (۲۴)
ابراهیم فلاحیان پسرعموی علی فلاحیان نیز مدیرکل بخش اقتصادی وزارت اطلاعات بود. قاسمعلی فلاحیان برادر وی ۵۵ ساله سرتیپ دو بازنشسته نیروی دریایی، دانشجوی کارشناسی ارشد رشته مدیریت عملیات دانشگاه تهران است و در انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۹۲ و مجلس شورای اسلامی ۱۳۹۴ شرکت کرد اما موفقیتی نیافت.
فلاحیان و مدحی
فلاحیان به سادگی می‌تواند توی چشم‌تان زل بزند و دروغ بگوید. این تقریباً ویژگی غالب صاحب‌منصبان قضایی و امنیتی رژیم است. وی که هنگام حضور در مجلس خبرگان رهبری رابطه‌ی نزدیکی با مدحی داشت در گفتگو با سایت بازتاب به سادگی همه‌چیز را انکار میکند:
«*یک فیلمی در یوتیوب (۲۵) پخش شد که آقای مدحی در منزل شماست و برادرش در حال فیلم گرفتن از شماست.
هر روز از من فیلم می‌گیرند.
*شما دارید در این فیلم از مدحی تعریف می‌کنید.
ما اصلاً کاری با مدحی نداشتیم
*شما در منزل‌تان با لباس و کلاه راحتی در کنار مدحی نشستید و تعریف می‌کنید و برادر مدحی فیلم می‌گیرد.
ما روزها در این جا کلاس قرآن داریم همه می‌آیند فیلم می‌گیرند.
*پس چرا از مدحی تعریف می‌کنید؟
من تعریف می‌کنم ؟ چه تعریفی می‌کنم؟
*فیلمش همین الان در یوتیوب هم هست.
ببینید اینجا هر روز خیلی‌ها می‌آیند.
*به نظرتان مدحی جاسوس دو جانبه بوده؟
من اصلا هیچ اطلاعی ندارم.» (۲۶)
کاندیدای ریاست جمهوری
فلاحیان در سال ۱۳۸۰ و در جریان هشتمین دوره انتخابات ریاست جمهوری ایران که با حضور ۱۰ نامزد از جمله محمد خاتمی، احمد توکلی، علی شمخانی، عبدالله جاسبی، حسن غفوری فرد، منصور رضوی، شهاب‌الدین صدر، مصطفی هاشمی طبا و محمود کاشانی برگزار شد نفر نهم شد و ۵۵ هزار رأی آورد که از آرای باطله کمتر‌بود.
در سال ۱۳۹۰ به عضویت جمعیت فداییان اسلام درآمد و در کنار سیدمهدی طباطبایی، محمدمهدی عبدخدایی، آیت‌الله سیدجعفر شبیری‌زنجانی، فاطمه نواب‌صفوی، محمدطه عبدخدایی، نادر طالب‌زاده و ... به عضویت شورای مرکزی آن درآمد تا از طریق این تشکل برای کاندیداتوری خود در انتخابات ۱۳۹۲ بسترسازی کند.
به گزارش سایت «فردا»، علی فلاحیان یکی از کاندیداهای انتخابات ریاست جمهوری پس از نام‌نویسی در انتخابات ۹۲ در گفتگوی اختصاصی با "بوتیا"، در پاسخ به اینکه آیا دو معاون سابق خود آقایان شریعتمداری و پور محمدی که اعلام کاندیداتوری کردهاند در حد خود می دانید؟ گفت: «اگر (در حد و اندازه من) بودند که من نمی‌آمدم.» (۲۷)
و در پاسخ به اینکه چرا در سخنرانی‌تان نام تمامی اصلاح طلبان جز آقای روحانی را بردید و اینکه آیا ایشان را رقیب اصلی خود می دانید گفت: «نمی دانم که کار آقای روحانی در انتخابات می‌گیرد یا خیر، آخر رقیب باید کارش بگیرد تا رقیب شود.» (۲۸)
در بلاهت این چهره‌ی امنیتی رژیم همین بس که در بهمن ۱۳۹۰ پس از آن که اتحادیه اروپا اعلام کرد از تیرماه ۱۳۹۱ تحریم نفت ایران را در دستور کار قرار میدهد، وی در گفتگو با خبرگزاری فارس خواستار توقف بلافاصله صادرات نفت به اتحادیه اروپا شد! (۲۹)
فلاحیان پس از شکست‌های سریالی در سال ۱۳۹۶ یکی از حامیان حسن روحانی در انتخابات ریاست جمهوری بود و در همایش تقدیر از ستادهای انتخاباتی روحانی شرکت کرد.
با آن که وی در دوره‌های مختلف عضو مجلس خبرگان رهبری بود اما در انتخابات اسفند ۱۳۹۴ به همراه علی رازینی و یزدی و مصباح یزدی و باقری کنی و ... از ورود به مجلس بازماند و خامنه‌ای آن را ضایعه‌ای بزرگ برای مجلس خبرگان رهبری خواند.
فلاحیان در دوره‌های گوناگون عضو شورای سیاست گذاری صدا و سیما، شورای امنیت ملی و مجمع تشخیص مصلحت نظام بوده، هم اکنون مدیر موسسه امیرالمومنین و عضو بنیاد همگرایی اندیشه است که از اعضای باندهای اطلاعاتی، امنیتی، اقتصادی و سیاسی تشکیل یافته.
ایرج مصداقی
۱۸ ژوئیه ۲۰۱۷
ــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــــ
۱- http://www.khabaronline.ir/detail/687924/Politics/parties
۲- خاطرات عزت شاهی،
۳- ویژه‌نامه انتخاباتی علی فلاحیان در مجلس خبرگان رهبری - حوزه اصفهان
۴- http://www.entekhab.ir/fa/news/287672
۵- انتخاب اول رفسنجانی برای وزارت اطلاعات شیخ حسن روحانی بود که به توافق نرسیدند.
۶- مشروح مذاکرات مجلس شورای اسلامی ۶/۶/۱۳۶۸
۷- http://www.aryanews.com/News.aspx?code=20121201120214110&svc=26
۸- http://www.parsine.com/fa/news/173239
۹- این برنامه با هدایت سعید امامی، حسین شریعتمداری با چراغ سبز لاریجانی در سیمای جمهوری اسلامی به نمایش درآمد و متن اعترافات با هماهنگی انجام شده توسط مهدی خزعلی و انتشارات وی منتشر شد.
۱۰- http://www.rahesabz.net/story/52633
۱۱- http://www.rahesabz.net/story/52633
۱۲- تراژدی دموكراسی در ایران ،عماد الدین باقی ، ج دوم، صفحه‌های ۵۵ و ۶۰
۱۳- تراژدی دموكراسی در ایران ،عماد الدین باقی ، ج دوم،ص ۸۵ و ۸۶
۱۴- مصباح یزدی حتی در سخنرانی‌های عمومی و بعد از آن که قتلهای سیاسی از پرده بیرون افتاد هم بی محابا دستور قتل و کشتار می‌داد. او در سخنرانی در جمع بسیجیان شهرستان قروه در ۷ مرداد ۱۳۸۱ گفت: «هر جا كه آهنگ مخالفت با ولایت فقیه یا ولی فقیه ساز شده سعی كنید آن را خاموش كنید، اگر از روی نادانی است برایش توضیح دهید و شبههاش را رفع كنید ولی اگر از روی غرض ورزی است او را خفه كنید»!
۱۵- http://www.rahesabz.net/story/52633
۱۶- عالیجناب سرخپوش و عالیجنابان خاكستری ،اكبر گنجی ،طرح نو ،ص ۲۰۲
۱۷- تراژدی دموكراسی در ایران ، عمادالدین باقی ، نشر نی ،ج اول، ص۱۸۵
۱۸- وقتی خبرنگار ایتالیایی از هاشمی رفسنجانی درباره سرنوشت سرکوهی سؤال میکند، هاشمی می‌گوید : «به نظر من هم قضیه مقداری مبهم و باعث تعجب است...آن آقا برای ما هم یک معما شده است... البته من دارم همه گزارش‌های مربوطه را بررسی می‌کنم تا ببینم ماهیت قضیه چیست؟»
۱۹- https://www.youtube.com/watch?v=YOWLitbgMrc
۲۰- تراژدی دموكراسی در ايران ، عمادالدين باقی، نشر ني ،ج دوم، ص۱۱۵.
۲۱- https://www.enghelabe-eslami.com/tamas/21-didgagha/tarikhi/19471-2016-05-01-09-05-36.html
۲۲- http://www.magiran.com/npview.asp?ID=1908095
۲۳- http://fararu.com/fa/news/225064
۲۴- http://www.rrk.ir/News/ShowOldNews.aspx?Code=382729
۲۵- https://www.youtube.com/watch?v=t5Taxl9Asq4
۲۶- http://www.aryanews.com/News.aspx?code=20121201120214110&svc=26
۲۷- http://aftabnews.ir/fa/news/191741
