در حکم علی خامنه‌ای اهداف مجمع تشخیص مصلحت نظام نیز تغییراتی پیش‌بینی شده است:

• سامان بخشیدن به مجموعه‌ سیاست‌های کلی و بازنگری در عناوین و نیز در فرآیند تعیین و تنظیم آن.
• سامان بخشیدن به مسأله‌ی نظارت بر اجرای سیاست‌ها.
• سازوکار لازم برای ارزیابی کارآمدی و اثربخشی سیاست‌ها.
• ایجاد انسجام کامل در ساختار تشکیلاتی و مدیریتی و تمرکز برنامه‌ها بر اساس آئین‌نامه‌ی مصوّب.
• چابک‌سازی تشکیلات و حذف بخش‌های موازی و غیر ضرور.

رهبر جمهوری اسلامی، محسن رضایی را در مقام دبیری مجمع تشخیص مصلحت ابقا کرد. محمود احمدی‌نژاد نیز همچنان یکی از اعضای مجمع تشخیص مصلحت باقی مانده است.

بعد از درگذشت علی اکبر هاشمی رفسنجانی، محمد علی موحدی کرمانی به طور موقت ریاست مجمع تشخیص مصلحت را به عهده گرفت. شایعاتی درگرفته بود مبنی بر اینکه علی اکبر ناطق نوری ریاست مجمع را به عهده خواهد گرفت. بنا به حکم آیت‌الله خامنه‌ای هم موحدی کرمانی و هم ناطق نوری عضو مجمع باقی ماندند.

اشخاص حقوقی عضو مجمع تشخیص مصلحت عبارت‌اند از:

روسای سه قوه، فقهای شورای نگهبان، رئیس ستاد کل نیروهای مسلح، دبیر شورایعالی امنیت ملی، وزیر یا رئیس دستگاهی که موضوع مورد بحث، به آن دستگاه مربوط است، رئیس کمیسیون متناسب با موضوع بحث از مجلس شورای اسلامی

علاوه بر این به حکم علی خامنه‌ای محمود هاشمی شاهرودی، احمد جنتی، امینی نجف‌آبادی، موحدی کرمانی، آقای ناطق نوری، حسن صانعی، محسنی اژه‌ای، مجتهد شبستری، ابراهیم رئیسی، دری نجف‌آبادی، محمدی‌عراقی، مجید انصاری و مصباحی‌مقدم و همچنین غلامرضا آقازاده، علی آقامحمدی، محمود احمدی‌نژاد،محمدجواد ایروانی، محمدرضا باهنر، احمد توکلی، سعید جلیلی، غلامعلی حدادعادل، داود دانش‌جعفری، پرویز داودی، محسن رضائی، محمد صدر، محمدحسین صفارهرندی، محمدرضا عارف، محمد فروزنده،حسن فیروزآبادی،محمدباقر قالیباف، حسین محمدی، حسین مظفر، مصطفی میرسلیم، آقای محمد میرمحمدی، مرتضی نبوی، علی‌اکبر ولایتی، صادق واعظ‌زاده و احمد وحیدی به عنوان اعضای مجمع تشخیص مصلحت منصوب شدند.

بعد از بازنگری قانون اساسی در سال ۱۳۶۸، مجمع تشخیص مصلحت به عنوان یک نهاد تکمیلی در نظام جمهوری اسلامی با وظایفی وارد قانون اساسی شد. این وظایف به استناد بندهای قانون اساسی عبارت‌اند:

• مشاوره به رهبر در تعیین سیاست‌های کلی نظام
• ارائه پیشنهاد به رهبر برای حل مشکلاتی که از طریق عادی قابل حل نیست
• تشخیص مصلحت در مواردی که شورای نگهبان مصوبه مجلس را خلاف شرع یا قانون اساسی بداند
• مشاوره در اموری که رهبر به مجمع ارجاع می‌دهد
• مشاوره به رهبر در موارد اصلاح قانون اساسی
• عضویت اعضای ثابت مجمع در شورای بازنگری قانون اساسی
• انتخاب یکی از فقهای شورای نگهبان برای عضویت در شورای موقت رهبری
• تصویب برخی از وظایف رهبر برای اجرای شورای موقت رهبری

علاوه بر این وظایف آیت‌الله خامنه‌ای در سال ۱۳۷۹ نظارت بر حسن اجرای سیاست‌های کلی نظام را بر عهده مجمع تشخیص گذاشت.

ریاست نخستین دوره ریاست دوره مجمع تشخیص مصلحت به عهده علی خامنه‌ای بود و در پنج دوره بعدی، اکبر هاشمی رفسنجانی ریاست این نهاد را به عهده داشت. در همه ادوار مجمع تشخیص مصلحت، فقهای شورای نگهبان و روسای سه قوه از اعضای حقوقی ثابت این مجمع بوده‌اند.