دامنه اختلاف نظر او با دوستان سابقش به تدریج زیاد می شود تا آن جا که حتی با اکبر هاشمی رفسنجانی نیز به مباحثه هایی درباره انقلاب و آینده آن داشته و به این ترتیب درحالی که بسیاری از روحانیان روز به روز خود را به آیت الله خمینی و مراکز قدرت نزدیک تر می کردند، فاصله حسن لاهوتی به تدریج زیاد می شود.

در 4 آبان سال 60 ماموران دادستانی انقلاب وحید لاهوتی را بازداشت و به زندان اوین منتقل می کنند. حسن لاهوتی با اسدالله لاجوردی دادستان انقلاب تهران تماس می گیرد و از دلیل بازداشت پسرش می پرسد و لاجوردی به او وعده می دهد پس از چند سئوال و جواب "وحید" را آزاد خواهد کرد.

فاطمه هاشمی درباره روابط برادر همسرش وحید در سال های پس از انقلاب پیشتر به مجله شهروند امروز گفته: "بعد از انقلاب، وحید همانقدر كه تلفنی با رجوی صحبت می‌كرد و دوست بود، با آقای لاجوردی هم تماس داشت و دوست بود. با كچویی هم دوست بود. البته نسبت به برخی هم به شدت منتقد بود و می‌گفت كه اینها یك روز هم مبارزه نكردند و حالا آمده‌اند و پست گرفته‌اند." 2

پس از آن ماموران دادستانی انقلاب تهران خبر شکسته شدن پای وحید لاهوتی را خانواده اش می دهند، حسن لاهوتی بار دیگر با اسدالله لاجوردی تماس می گیرد و لاجوردی ادعا می کند وحید در حین بردن آنان به سر یک قرار، فرار کرده و پایش شکسته است.

به روایت خاطرات اکبرهاشمی رفسنجانی چهارشنبه۶ آبان ۶۴، ماموران دادستانی به خانه لاهوتی هجوم می برند: "به آقای [اسدالله] لاجوردی گفتم با توجه به سوابق و مبارزات آقای لاهوتی بی‌حرمتی نشود. گفت دنبال مدارك وحید [لاهوتی] هستند. اول شب اطلاع دادند كه آقای لاهوتی را به زندان برده‌اند و احمد آقا هم تماس گرفت و ناراحت بود. قرار شد بگوییم ایشان را آزاد كنند. آقای لاجوردی پیدا نشد به آقای [سیدحسین] موسوی تبریزی دادستان كل انقلاب گفتم و قرار شد فوراً آزاد كنند. احمدآقا گفت امام هم از شنیدن خبر ناراحت شده‌اند". 3

حمید لاهوتی پسر ارشد آیت الله لاهوتی درباره زمان بازداشت برادر و پدرش تا اعلام مرگ آن ها گفته " آقای لاهوتی دو روز بعد از بازداشت وحید، با حكمی كه آقای لاجوردی داده بود، بازداشت شد" و " در این حكم آمده بود كه ماموران حق تجسس و تفتیش خانه را دارند و اگر به كسی هم ظنین شدند او را بازداشت كنند." 4

او به نقل از سیداحمد خمینی، علت بازداشت حسن لاهوتی را پیدا شدن "نامه" ای ذکر کرده که پدر پس از شنیدن خبر بازداشت پسرش وحید و خطاب به او نوشته بود و به نقل از سید احمد خمینی گفته آیت الله خمینی با شنیدن خبر بازداشت آیت الله لاهوتی "عصبانی شده" و گفته"غلط كردند ایشان را بازداشت كردند."

بنابر همین روایت آیت الله خمینی با آقای موسوی اردبیلی و موسوی تبریزی هم تماس می‌گیرد كه آنها را پیدا نمی‌كند و در نهایت یك پیك موتوری به اوین می‌فرستد تا پیغام ببرد كه آقای لاهوتی آزاد شود.

اما آن طور که خانواده حسن لاهوتی گفته اند"پیک آیت الله خمینی وقتی می‌رسد به او می‌گویند كه حال آقای لاهوتی بد شده و به بیمارستان منتقل شده‌" و پس از آن نیز اسدالله لاجوردی ادعا می کند که لاهوتی پدر بر اثر سکته جان باخته است. 5

اما حمید لاهوتی، فاطمه و فائژه هاشمی، دختران هاشمی رفسنجانی و عروسان خانواده لاهوتی سه سال پیش طی مصاحبه ای با مجله شهروند امروز فاش کردند بنابر گزارش پزشک قانونی علت مرگ آیت الله حسن لاهوتی، "مسمومیت با سم استركنین" بوده است.6

جنازه حسن لاهوتی را نیز به خانواده اش تحویل نمی دهند. ماموران اسدالله لاجوردی خود او را دفن می کنند و هیچ مراسمی برای او برگزار نمی شود.

ماجرای کشته شدن وحید لاهوتی در حین بازداشت اما با گذشت نزدیک به 29 سال همچنان علنی نشده است. در حالی که اسدالله لاجوردی پیشتر ادعا کرده بود که "پای وحید شکسته" اما به گفته فاطمه هاشمی چند روز پس از مرگ حسن لاهوتی "یك روز دكتر عالی به خانه ما آمدند و گفتند وحید هم فوت كرده است. ما بلافاصله با بهشت زهرا تماس گرفتیم و متوجه شدیم، ده روز است كه وحید را دفن كرده‌اند." 7

به این ترتیب پرونده آیت الله حسن لاهوتی و پسرش وحید لاهوتی طی چند روز برای همیشه بسته می شود در حالی که دوستان روحانی او چون اکبر هاشمی رفسنجانی، محمدرضا مهدوی کنی، سید احمد خمینی و مهم تر از همه آیت الله خمینی دستکم تا چند سال بعد همچنان در مرکز قدرت باقی می مانند.

به گفته حمید لاهوتی پس از این ماجرا "سیداحمد آقا(خمینی) اظهار ناراحتی می‌كرد و البته به انتقادات تند پدر هم اشاره می‌كرد و می‌گفت كه نباید كار به بازداشت ایشان می‌كشید."