دادستان تهران که خود بدرخواست رئیس قوۀ قضائیه پرونده را برای «ارشاد» نزد وی ارسال کرده بود با اطاعت از «مشاور او» بدون توجه به «تقاضای تعیین کیفر» که از سوی دادیار دادسرای تهران صادر شده بود مخالفت خود را با «قرار مجرمیت سابق الصدور» اعلام و خواستار منع تعقیب می‌شود و بازپرس خواست او را به اجرا می‌گذارد.

در پی اعتراض شاکیان خصوصی به قرار منع تعقیب و پیگیری پرونده، شعبۀ ۱۰۵۷ دادگاه عمومی جزایی مجتمع قضایی کارکنان دولت در تاریخ ۲۱ اردیبهشت ۱۳۹۴ با استناد به «جمع بودن ادلۀ اقرار و شهادت شهود، وقوع بزه از جانب متهم را محرز و مسلم» دانست و سعید طوسی را «مستحق تخفیف و رافت اسلامی» ندانست و او را به سبب «انجام اعمال منافی عفت و قبیح که از ذکر آن در دادنامه خودداری می گردد» حکم «محکومیت نامبرده به تحمل چهار سال حبس تعزیری» را صادر کرد.

با تقاضای تجدید نظر طرفین، پرونده به شعبۀ ۵۶ دادگاه تجدید نظر تهران ارجاع شد، اما در پی بررسی‌های انجام گرفته و پیش از آنکه دادگاه فرصت ابراز رای یابد، رئیس کل دادگستری استان تهران پرونده را از دادگاه گرفت و از طریق دو مستشار این شعبه، رضا صابری و یوسف فیروزی، «قرار رد تجدید نظر خواهی [را] صادر و اعلام» کرد. در حکم صادره آمده است «افعال انتسابی از قبیل شوخی های رکیک و زننده و بیان مطالب غیراخلاقی و حتی ماساژ دادن و ملاعبه بر فرض اثبات نمی‌توانند از ارکان متشکلۀ بزۀ منتسبه محسوب گردد».

در میان اسناد پرونده دو نامۀ دست نویس بخط سعید طوسی وجود دارد که وی در حضور افرادی که برای پرده کشیدن بر این ماجرا پادرمیانی ‌کرده‌اند آشکارا به اعمال خلاف عفت خود اعتراف کرده و تعهد سپرده است که این گونه «اشتباهات تکرار نشود». در نخستین آنها به تاریخ ۱۹ فروردین ۱۳۹۰ یعنی پیش از ارائۀ شکایات رسمی، سعید طوسی می‌نویسد «در جلسه‌ای که با آقای ..... داشتیم قرار شد اشتباهاتی که تا کنون مبنی بر ارتباطات ناسالم با قاریان نوجوان، دیگر به هیچ وجه تکرار نشود». در نامۀ دوم به تاریخ ۱۱ مرداد ۱۳۹۱، یعنی سه روز پس از تسلیم نخستین شکایت به دادسرا و به احتمال فراوان برای متوقف کردن روند رسیدگی تدارک دیده شده، سعید طوسی می‌نویسد «در جلسه‌ای که با آقایان .... و ... داشتیم در کمال صدق و بدون دروغ اولاً اقرار می‌کنم که آقایان مقدم، سرابی، امام جمعه و حشمتی حدود یکسال پیش از توبه نامه ی اول بنده و ارتباطات ناسالم من با قاریان ممتاز نوجوان مطلع بوده‌اند و همچنین یکسال پیش آقای مقدم به من تذکر لسانی داده است و همچنین اقرار می‌کنم که امسال با تائید آقای مقدم برای تلاوت نزد مقام معظم رهبری رفته‌ام. ثانیاً من از امروز قول می‌دهم که اشتباهاتم (ارتباطات ناسالم با قاریان ممتاز نوجوان) را جبران کنم و دیگر مرتکب چنین اعمالی نشوم و اگر دوباره مرتکب چنین اعمالی شدم به شاکیان حق بیشتری برای شکایت و افشای اعمال زشتم می‌دهم». این نامۀ دوم علاوه بر امضاء دارای اثر انگشت نیز هست.

محمد گندم نژاد طوسی معروف به سعید طوسی از قاریان بین‌المللی قرآن، عضو شورای عالی قرآن، عضو گروه ملی تواشیح پیامبر اعظم، از وابستگان سازمان تبلیغات اسلامی و آموزگار کلاس‌های قرآن با تخصص آموزش به نوجوانان است. او که ۴۷ سال دارد موذن مصوب سازمان صدا و سیمای جمهوری اسلامی نیز هست. وی خود گفته است که از ۲۵ سال پیش به اینسو نخست حداقل سالی یکبار و از هنگام عضویت در شورای عالی قرآن هر دو یا سه ماه یکبار با آیت‌الله علی خامنه‌ای دیدار داشته است.