محمد رهبر اما معتقد است که پس از قتل دکتر سیدامامی، فعال محیط زیست، در زندان که ازسوی دستگاه قضایی، خودکشی قلمداد شد، قوه قضاییه تحت فشار افکار عمومی و رسانه‌ها قرار گرفت و هرچند پرونده‌سازی مفصلی برای سیدامامی آغاز شد و به‌عنوان نمونه، صداوسیما در گزارشی مجعول، سیدامامی را محکوم به جاسوسی برای اسرائیل و آمریکا کرد، اما این اقدامات مانع از آن نشد که ازسوی اکثریت رسانه‌ها و افکار عمومی، ماجرای کاووس سید امامی «قتل و جنایت» عنوان شود. در نظر رهبر، در چنین شرایطی، مصاحبه یونسی، وزیر سابق اطلاعات و پرده برداشتن او از نقش مرتضوی در قتل زهرا کاظمی، می‌تواند تلاشی قلمداد شود ازسوی دولت روحانی که یونسی در آن در مقام مشاوره است. او می‌گوید: «به نظر می رسد که آقای یونسی قصد دارد، نقش دستگاه‌های امنیتی موازی سپاه و قوه قضاییه و نیروی انتظامی را برجسته سازد و نشان دهد سال‌هاست که دستگیری‌ها و بازداشت‌ها و محاکمات، بی هیچ قانون و حساب و کتابی صورت می‌گیرد». از دید محمد رهبر، اهمیت مسأله در آن است که مرتضوی می‌توانسته حتی خوشوقت را، با آن‌که پدر او آیت‌الله خوشوقت، در بیت رهبر ایران صاحب نفوذ بوده است، «تهدید به معاونت در جاسوسی کند و از او اعترافی بگیرد و منتشر کند».

محمد رهبر اضافه می‌کند «به نظر می‌رسد یونسی قصد دارد تا قدری پرده‌ها را بالا بزند و گوشزد کند که تا چه اندازه مافیای قدرت در دستگاه‌های امنیتی و قضایی، دست بالا دارند». او افشاگری یونسی را همچنین به ناامیدی او از اصلاح امور در همان پشت پرده نیز مرتبط می‌داند. به گفته او، جریان خودسری که در قتل‌های زنجیره‌ای نقش داشته است، امروز «مثل سرطانی» همه ارکان قدرت را در ایران در بر گرفته و از افشاگری‌های مقطعی نیز واهمه ندارد.

در پاسخ به سؤالی درمورد دلیل نزدیکی میان مرتضوی و حلقه احمدی‌‌نژاد، مرتضی کاظمیان می‌گوید: «سوگمندانه باید گفت که منافع مشترک باند احمدی‌نژاد ـ مشایی و آلودگی‌های سیاسی ـ امنیتی مرتضوی، دو طرف را به این همراهی مشترک مجاب کرد. آن‌چه در بهمن‌ماه ۱۳۹۱ و در مجلس هشتم، درجریان استیضاح وزیر کار وقت رخ داد (نمایش فیلم درخواست فاضل لاریجانی از مرتضوی) یک شاهد بسیارمهم از شدت و عمق همکاری سیاسی-امنیتی باند احمدی‌نژاد ـ مشایی با مرتضوی است». در نظر او، «قابل پیش‌بینی است که طرفین این همکاری، داده‌های مهمی از یکدیگر دراختیار دارند؛ همچنان‌که از بازیگران اصلی باندهای رقیب نیز اطلاعات قابل توجهی در دست دارند».

کاظمیان معتقد است که «بازوی احمدی‌نژاد» (یعنی مشایی) همچون خود احمدی‌نژاد، هیچ‌گاه سرکوب خونین اعتراض مدنی مترتب بر کودتای انتخاباتی ۱۳۸۸ را محکوم نکرده است و فراتر از آن، حتی تلاش می‌کند کارنامه سیاه مرتضوی را پالوده نشان دهد. او ادامه می‌دهد: «طنز روزگار است که قاضی مرتضوی در آستانه اوین است و باند احمدی‌نژاد ـ مشایی رانده‌شده از حکومت هستند و با کارنامه‌ای بسیار پرسش‌برانگیز، خود را به‌مثابه اپوزیسیون معرفی می‌کنند؛ و این همه، هم‌زمان است با ادامه حصر غیرقانونی رهبران جنبش سبز از پس هفت سال، و ادامه «توقیف موقت» ده‌ها روزنامه».

ازسوی دیگر، محمد رهبر، احمدی‌نژاد را در سیاست ایران، مصداق کامل «مثَل بی‌بتگی» می‌داند که در همه سال‌هایی که در مسند ریاست‌جمهوری بود، سعی داشت تا پایگاهی در قدرت بسازد و بماند. در نظر او، این‌که احمدی‌نژاد «دست سپاه را باز گذاشت و تا توانست مداحان و بی‌مایگان را مقام و مایه داد، همه به این برمی‌گشت که پایگاهی در حکومت نداشت و صعودش به‌واسطه جنگ قدرتی بود که بین اصلاح‌طلبان و هاشمی در یک‌سو و خامنه‌ای و سپاه در سوی دیگر، جریان داشت». به گفته رهبر، در این تنازع بقا، احمدی‌نژاد علاقه داشت تا همواره دست پری از فسادها و رازهای مگوی داشته باشد و درصورت لزوم، از صنعت «بگم بگم» استفاده کند و در این راستا، مرتضوی را با آن پیشینه اطلاعاتی و قضایی پس از کنار گذاشته‌شدن از قوه قضاییه، جذب خود کرد:‌«مرتضوی کسی بود که می‌توانست به واسطه بی‌پناهی که داشت، به احمدی‌نژاد وفادار بماند و در هجمه احمدی‌نژاد به لاریجانی‌ها ، آتشباری کند. او به یاد ما می‌آورد که چه‌طور مرتضوی «از فاضل لاریجانی که به تأمین اجتماعی آمده بود و رانتی می‌خواست، آتو گرفت و دوربین مخفی ساخت که احمدی‌نژاد در مجلس پخش کرد» و مرتضوی هم از این نقش تازه، کمال استفاده را کرد. سرنوشت احمدی‌نژاد و مرتضوی به هم گره خورده است و نظام اسلامی، توان برخورد با ایشان را ندارد، «چرا که هم احمدی‌نژاد و مرتضوی، بسیار چیزها می‌دانند و هم این‌که با برخورد با این دو، زبان منتقدان نظام گشوده‌تر خواهد شد که پس بصیرت چه می‌شود». به گفته این کارشناس، برخورد با مرتضوی و احمدی‌نژاد، نوعی اعتراف به «ظلم و بی‌بصیرتی» است که ازقضا، رهبر ایران به‌هیچ‌عنوان، حاضر به پذیرش آن نیست.