دراین سال ها، سلمان رشدی رمانی نوشت که از جهتی شبیه به زندگی خود او است و از جهاتی می تواند شبیه به زندگی مهاجرانی هم باشد؛ داستان مردی که در درون قبری در اسپانیا، اشتیاق خود به سفر کردن از هند به اسپانیا را بیان می کند. او با سرعت دو برابر مردم عادی پیر می شود. بخش هایی از این رمان، توصیف ارتباط این مرد با زن های مختلف است.

۳۰ سال پیش، وقتی مهاجرانی معاون پارلمانی دولت اصلاحات بود، در کتاب توطئه آیات شیطانی، از فتوای آیت الله خمینی برای قتل سلمان رشدی دفاع کرد و با دلایل متعددی، «سب»(توهین) کنندگان به پیامبر اسلام و مسلمانان را محق قتل دانست. او در این کتاب از «کعب بن اشرف» مثال زد و نوشت که کعب درباره زنان مسلمانان شعرهایی عشقی و جنسی می سروده است و یکی از مسلمانان از پیامبر اسلام اجازه می گیرد با دروغ او را فریب دهد و به قتل برساند. براساس این روایت، پیامبر اسلام هم به او می گوید:«هر چه می خواهی، بگو.»
درنهایت این فرد مسلمان کعب را فریب می دهد و می کشد.

مهاجرانی در این کتاب هم‏چنین نوشته بود که تقریبا همه مذاهب اسلامی هم نظرند که کسی که پیامبر را سب کرده، باید به قتل برسد و توبه او پذیرفته نیست.»

او با اشاره به این که بحث «ارتداد» و مجازات «مرتد» ظرفیت فراوانی دارد، تاکید کرده بود:«]اما[اجمالا آشکار است که براساس اسلام و مذاهب اسلامی و مسلما فقه شیعه امامیه، سلمان رشدی مرتد و مجازات او اعدام است.»

مهاجرانی در کتاب خود رفتار کشورهای غربی در قبال کتاب سلمان رشدی را با اختاپوس مقایسه کرده بود که به گفته او، به محض احساس خطر، از جلو شکمش ماده سیاهی بیرون می ریزد تا بتواند بگریزد.

او نوشته بود:«آیات شیطانی ماده سیاهی است که غرب بر ارزش‏ها و مقدسات اسلام و مسلمانان پاشیده است تا بتواند بماند و ملت‌های مسلمان را تحلیل برد.»

مهاجرانی این تحلیل که آیت الله خمینی به دلایل سیاسی این فتوا را صادر کرده، رد کرده و نوشته بود که او پیش از آن که یک رهبر سیاسی باشد، یک رهبر مذهبی است و فتوای او دلایل مذهبی داشته است.

«نویسنده کتاب توطئه اصلی سلمان رشدی» تا سال ها یکی از عنوان های اصلی مهاجرانی بود؛ حتی زمانی که به عنوان وزیر فرهنگ و ارشاد اسلامی در دولت محمد خاتمی معرفی شد و از«شریعت سمهه و سهله» سخن گفت.

مهاجرانی سال 1376، درجلسه معرفی وزرا گفت که پس از انتشار فتوای آیت الله خمینی، فوری تصمیم گرفته است کتابی در نقد کتاب آیات شیطانی بنویسد و درمدت حدود ۴۰ روزی که این کتاب را می‌نوشته، حدود نیم ساعت یا ۴۰ دقیقه در شبانه روز خوابیده است. او افزود پس از پایان کار، از فرط خستگی و بی خوابی به یک باره در دفترش افتاده و نمی توانسته است هیچ حرکتی بکند.

عطاالله مهاجرانی درجلسه استیضاح خود نیز گفت برای این که بتواند در این کتاب داوری مناسبی درباره رشدی داشته باشد، همه کتاب‌های او را خوانده است.

مهاجرانی حتی پس از استعفا از وزارت ارشاد و اتفاقات پس از آن نیز هم‏چنان بر روی سلمان رشدی حساس بود و در سال 1386 از اعطای نشان «شوالیه» از سوی دولت فرانسه به او انتقاد کرد. شوالیه بالاترین نشان افتخار ادب و فرهنگ کشور فرانسه است.

وزیر سابق ارشاد ایران نوشت: «از اين پس رشدی شد "سر سلمان رشدی"؛ همان کودک "بچه های نيمه شب" که در جست‏وجوی هويتش بود، تثبيت شد. به تعبير يک نويسنده هندی: Midnight's Knight!»

او کنایه زد: «"اولگ بورديوسکی"، جاسوس دوجانبه ای که هم برای روسيه کار می کرد و هم برای انگستان، هم همين نشان را گرفته است.»

دو سال پیش از آن، مهاجرانی درمصاحبه ای گفته بود که نوشتن «رمان شیطانی» تصادفی نبود و نوشتن این رمان به سلمان رشدی سفارش شده بود. او دراین مصاحبه، کشیدن کاریکاتور جنجالی کاریکاتوریست دانمارکی از پیامبر اسلام را هم توطئه خوانده بود.

مهاجرانی اما سال 1389 در مصاحبه ای با شبکه «العربیه» گفت با کشتن نویسنده به خاطر نوشتش مخالف است. او پس از واکنش گسترده این سخنان در داخل ایران، نوشت که قتل نویسنده را «موجه» نمی داند.

مهاجرانی در عین حال نوشت که در کتاب خود، فتوای روح الله خمینی را از دید مکاتب مختلف فقهی بررسی کرده و این فتوا از موضع یک فقیه اعلام شده است.

مهاجرانی در توضیح خود به سخنان آیت الله «علی خامنه ای» در زمانی که رییس جمهوری بود استناد کرد که گفته بود: «دولت ایران برای قتل سلمان رشدی کماندو اعزام نمی کند و فتوای آیه الله خمینی یک نظریه فقهی است.»

این نظر البته در تضاد با دیگر مواضع رسمی درباره سلمان رشدی در دوره رهبری آیت الله خمینی بود که قتل او، موضع رسمی دولت ایران اعلام شده بود.

مهاجرانی اینک درحالی ۶۳ سالگی را سپری می کند و مانند شخصیت رمان سلمان رشدی، در حال پیر شدن است که هنوز از تناقض کتاب خود در دفاع از فتوای آیت الله خمینی و مواضع بعدی آن رها نشده است.