سرانجام آیت‎الله خمینی در هفدهم بهمن ۱۳۶۶ در پاسخ به این نامه دستوری داد که به تاسیس یک نهاد تازه با نام مجمع تشخیص مصلحت نظام منجر شد. لحن این نامه عدم تمایل و بی میلی روح‎الله خمینی را به وضوح نشان می‌دهد: «گرچه به نظر این جانب پس از طى این مراحل زیر نظر کارشناسان که در تشخیص این امور مرجع هستند احتیاج به این مرحله نیست لکن براى غایت احتیاط، در صورتى که بین مجلس شوراى اسلامى و شوراى نگهبان شرعاً و قانوناً توافق حاصل نشد، مجمعى مرکب از فقهاى محترم شوراى نگهبان و حضرات حجج اسلام خامنه‎اى، هاشمى، اردبیلى، توسلى، موسوى خوئینى‌ها و جناب آقاى میرحسین موسوى و وزیر مربوط براى تشخیص مصلحت نظام اسلامى تشکیل گردد و در صورت لزوم، از کارشناسان دیگرى هم دعوت به عمل آید و پس از مشورت‏هاى لازم، رأى اکثریتِ اعضاى حاضرِ این مجمع مورد عمل قرار گیرد. احمد در این مجمع شرکت مى نماید تا گزارش جلسات به این جانب سریع‎تر برسد.»

به ابن ترتیب، نهادی که در قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران پیش‏بینی نشده بود متولد شد و بالاتر از آن، بر خلاف قانون اساسی، اختیار داشت مصوبه‌های مجلس را که شورای نگهبان خلاف قانون اساسی یا خلاف شرع اسلام تشخیص می‌دهد، با دور زدن این شورا، تایید و آن را به قانون لازم‏الاجرا تبدیل کند.

تعداد اعضای مجمعی که آیت‎الله خمینی فرمان تشکیل آن را داد و هم‎‏چنین شرح اختیار و وظایف آن بر خلاف وضعیت امروزی، بسیار محدود بود. تعداد اعضای مجمع ۱۳ نفر و وظیفه آن صرفا تصمیم‌گیری درباره مصوبه رد شده مجلس با اکثریت آرا بود.

با بازنگری در قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران که در مرداد ۱۳۶۸ به همه‌پرسی گذاشته شد، مجمع تشخیص نظام ۱۸ ماه پس از تاسیس، تازه وارد قوانین ایران شد و علی خامنه‌‌ای که حالا جانشین آیت‎الله خمینی شده بود، برای اولین بار ترکیب آن را تعیین کرد.
اکبر هاشمی رفسنجانی به عنوان رییس و چند چهره سیاسی، از جمله «محمدرضا مهدوی کنی»، «محمدعلی موحدی کرمانی»، «حسن صانعی»، «عبدالله نوری» و میرحسین موسوی که دیگر نخست وزیر نبود، به جمع قبلی اضافه شدند. سه سال بعد «حسن روحانی» و «حسن حبیبی» هم با حکم دیگری از آیت‎الله خامنه‌‌ای، به این جمع پیوستند و تا سال ۱۳۷۵ با این ترکیب باقی ماندند.

مجمع که در زمان آیت‎الله خمینی رییس نداشت، در سال ۱۳۶۸ با حکم علی خامنه‌‌ای دارای مقام ریاست شد که تا نزدیک به هشت سال در اختیار رییس جمهوری وقت باقی ماند. هم‎زمان با نزدیک شدن به پایان ریاست جمهوری اکبر هاشمی رفسنجانی، جایگاه این مجمع هم در ساختار جمهوری اسلامی ایران ارتقا پیدا کرد و او تا آخر عمر، یعنی حدود ۲۰ سال بعد هم رییس مجمع تشخیص مصلحت باقی ماند.

مجمع تشخیص مصلحت نظام تنها نهاد حکومتی در ایران است که رییس جمهوری در آن عضو حقوقی به شمار می‌رود و رییس آن شخص دیگری است و او باید تحت ریاست فرد دیگری قرار بگیرد. نهادی که با اکراه آیت‌الله خمینی و بر خلاف قانون اساسی، با ۱۳نفر عضو تشکیل شد، اکنون بیش از ۵۰ عضو حقیقی و حقوقی دارد و به غیر از تصمیم‎گیری درباره مصوبه‌های رد شده از سوی شورای نگهبان، سیاست‌های کلی نظام جمهوری اسلامی را به آیت‎الله خامنه‌‌ای پیشنهاد می‌کند و مصوبه‌های مجلس را هم با آن تطبیق می‌دهد؛ وظیفه جدیدی که آیت‎الله خامنه‌‌ای به آن محول کرده و از آن با عنوان شورای نگهبان دوم یاد می‌شود.

جلسات مجمع با حضور دو سوم اعضا رسمیت پیدا می‌کند. در مواردی که مجمع درباره مصوبه رد شده شورای نگهبان تصمیم می‌گیرد، برای تایید آن به دو سوم رای مثبت اعضا نیاز است. برای همین است که مصوبه‌های مجلس درباره کنوانسیون‌های «مبارزه با پول‎شویی» و «مقابله با جرایم سازمان یافته فراملی» تاکنون به نتیجه نرسیده‎اند. تصمیم گیری درباره سایر امور مثل تصویب سیاست‌های کلی، با رای اکثریت، یعنی نصف به علاوه یک انجام می‌شود. پس از تصویب، آیت‎الله خامنه‌‌ای اختیار دارد درباره تایید یا رد و یا اصلاح سیاست‌های کلی تصمیم بگیرد و درباره اجرا یا کنار گذاشتن آن مختار است.

در سلسله مراتب داخلی مجمع، به غیر از رییس، دبیر آن قدرت زیادی نسبت به دیگر اعضا دارد. او دستور کار مجمع را تعیین و افراد حقوقی را بنابر موضوعی که در دستور کار است، به جلسات دعوت می‌کند و رابط مجمع با رهبر جمهوری اسلامی ایران است.

مبهم بودن برخی از بخش‌های آیین‎نامه داخلی مجمع و شرح وظایف دبیر، این فرصت را به او می‌دهد که در صورت عدم حضور رییس مجمع، اختیارات ویژه خود را اعمال کند. در فاصله بیماری «محمود هاشمی شاهرودی»، رییس پیشین مجمع تا درگذشت او و انتخاب رییس جدید، «محسن رضایی»، دبیر فعلی این نهاد از اختیاراتش برای مخالفت با برخی از مصوبه‌های مجلس استفاده کرد و جلوی لازم‎الاجرا شدن برخی از مصوبه‌ها را به بهانه تعارض آن با سیاست‌های کلی نظام گرفت.

مجمع قدرت زیادی بر اساس قانون اساسی جمهوری اسلامی دارد و در واقع، نهاد مستشاری رهبر در مسایل کلان کشور است. پس از عزل یا درگذشت رهبر فعلی هم تصویب برخی از وظایف رهبری برای اجرا توسط «شورای موقت رهبری»، انتخاب جایگزین هریک از اعضا شورای موقت رهبری در صورت عدم توانایی انجام وظایف و عضویت همه اعضای ثابت آن در شورای بازنگری قانون اساسی، بخشی از قدرتی است که این نهاد دارد.

آیت‎الله خامنه‌‌ای که خود بر اساس قانون اساسی دارای قدرت مطلقه است، هنوز به طور کامل از همه اختیاراتی که در ارتباط با مجمع تشخیص مصلحت نظام دارد، استفاده نکرده است.