حسن روحانی از جمله نمایندگان مجلس شورای اسلامی بود که نشست «مجمع عقلا» در مجلس را برای بررسی پایان جنگ بررسی می‎کردند. این جلسات با اعتراض محسن رضایی و دستور آیت‎الله خمینی تعطیل شد.

رضایی و دیگر فرماندهان سپاه پیش از آن نیز خواسته بودند که ارتش زیر نظر سپاه فعالیت کند. براساس برخی روایت‎ها، زمانی هم درخواست کرده بود که به او درجه ارتشی داده شود تا بتواند از موضع بالا امکانات ارتش را وارد جنگ کند.

رضایی هم‌چنین دولت «میرحسین موسوی»، نخست وزیر وقت را متهم می‌کرد که همه امکانات کشور را برای جنگ اختصاص نداده است. در مقابل، مقامات دولت می‎گویند که نصف بودجه کشور صرف جنگ می‎شد.

روز ۲۸ فروردین ۱۳۶۷، عراق توانست شبه‌جزیره فاو را که در تصرف ایران بود، پس بگیرد. حسن روحانی گفته بود که خبر وضعیت نامناسب نیروهای ایرانی را به هاشمی رفسنجانی به عنوان فرمانده جنگ داده است. هاشمی رفسنجانی نیز گفته بود محسن رضایی در تماس با بی‎سیم، این موضوع را تکذیب کرده و گفته است: «فاو فقط با بمب اتم ممکن است سقوط کند.»
محسن رضایی اما مدعی شده بود که این سخنان را برای تضعیف روحیه عراقی‎ها که احتمالا بی‎سیم‎های ایرانی را شنود می‎کردند، بیان کرده است.

پس از این شکست‌های ایران، شایعه گسترده‎ای درباره فرار محسن رضایی از کشور و بازداشت او منتشر شد. هاشمی رفسنجانی در خاطرات خود نوشته که محسن رضایی نزد او رفته و به دلیل این شایعه‌ها گریه کرده است: «محسن رضایی ... کمی گریه کرد. دلداریش دادم. آماده استعفا است. گفتم در سمت خود بماند. قرار شد فردا مصاحبه تلویزیونی داشته باشد که شایعه بازداشت رد شود و برای بچه‌های سپاه هم روحیه بیش‎تر بشود.»

نامه مشهور او و درخواست امکانات گسترده برای پایان جنگ که توسط هاشمی رفسنجانی منتشر شد، یکی از دلایل پذیرش «قطع‏نامه ۵۹۸» از سوی آیت‏الله خمینی اعلام شده است. روز هفتم مهر سال ۱۳۸۵ و در پی سخنان محسن رضایی، فرمانده سپاه در دوران جنگ، هاشمی رفسنجانی متن کامل نامه آیت‌الله خمینی درباره پایان جنگ را منتشر کرد.

بر اساس نامه رهبر وقت جمهوری اسلامی ایران، محسن رضایی در نامه‌ای که به وی نوشته، پیروزی در جنگ به مدت پنج سال را غیرممکن دانسته بود. او هم‏چنین خواستار دسترسی به سلاح‌های پیش‎رفته، از جمله تسلیحات اتمی برای مقابله با عراق شده بود.
رضایی در این نامه برای ادامه جنگ تقاضای ۳۵۰ تيپ نيرو ، سه هزار و۵۰۰ تانک ، سه هزار توپ، ۳۰۰ هواپيما و ۳۰۰ هلی‏کوپتر کرده بود.

پس از جنگ، ساختار «درجه» در سپاه پاسداران شکل گرفت. مخالفان معتقد بودند که اعطای درجه و این گونه تقسیم‏بندی‌ها ماهیت سپاه پاسداران که بنا بوده است نیرویی متفاوت با ارتش‌های کلاسیک باشد را تغییر می‏دهد. با این حال، این ایده در دوره فرماندهی محسن رضایی اجرا شد.

پس از جنگ و در دوره فرماندهی محسن رضایی، سپاه پاسداران به فعالیت‏های اقتصادی ورود کرد. این دوره هم‎زمان با ریاست جمهوری اکبر هاشمی رفسنجانی بود که دوره «سازندگی» نام گرفت.

محسن رضایی پس از پایان جنگ، اقتصاد خواند و مدرک دکترای اقتصاد گرفت. در سال ۱۳۷۶، آیت‎الله خامنه‎ای با استعفای او از فرماندهی سپاه پاسداران موافقت کرد. رضایی گفته بود که سه سال پیش از آن استعفا داده است. او درباره دلایل استعفای خود گفته بود که اقتصاد را مشکل اصلی کشور می‎دانسته و به همین دلیل از سپاه پاسداران خارج شده است.

رضایی پیش از استعفا، از اقدامات گروه‎ مشهور به «انصار حزب‏الله» انتقاد کرده و گفته بود که «حسین الله‎کرم» از سپاه نیست. یک هفته بعد الله‎کرم، عضو شاخص این گروه با لباس سپاهی و درجه سرتیپ دومی درتجمع این گروه حاضر شد.

«محمد پروازی»، از اعضای جدا شده گروه «انصار حزب‏الله» گفته بود آیت‎الله خامنه‌ای به این سخنان محسن رضایی اعتراض کرده و گفته است:] گروه‏های حزب‏الله[ شمشیر من هستند، آن‎ها را کند نکن.»

پروازی روایت کرده که رضایی پیش از استعفا گفته بود مدیریت سپاه از دست او خارج شده است و عملا «محمدباقر ذوالقدر» و نیز «محمدعلی موحدی کرمانی»، نماینده رهبر جمهوری اسلامی در این نهاد آن را اداره می کنند. در آن زمان از محمدباقر ذوالقدر به عنوان حامی گروه انصار حزب الله نام برده می شد. دراین دوره، سپاه پاسداران عملا علیه دولت اکبر هاشمی رفسنجانی و گروه‎های نزدیک به دولت فعالیت می‌کرد.

با وجود این روایت‎ها درباره مخالفت محسن رضایی با این اقدامات سپاه پاسداران، او در انتخابات مجلس پنجم علیه نامزدهای حزب «کارگزاران سازندگی» که در آن زمان «لیبرال» خوانده می‌شدند، موضع گرفت. سپاه پاسداران نیز در آن انتخابات علیه حزب کارگزاران فعالیت می‎کرد.

رضایی پس از استعفا از سپاه پاسداران، تشکیلاتی به نام «خانه دانشجو» ایجاد کرد و گفت که هدف او، تاسیس یک «جبهه فرهنگی» از جریان‌های سیاسی داخل نظام است. با این حال، این تشکیلات از سوی گروه‎های سیاسی و دانشجویی موثر آن زمان جدی گرفته نشد.

در آن سال‏ها، خروج «احمد رضایی»، پسر بزرگ محسن رضایی از کشور و سخنانش علیه حکومت بازتاب گسترده‎ای داشت و این موضوع در مصاحبه‎ها و سخن‎رانی‎های مختلف از او سوال می‎شد.

احمدرضایی سال ۱۳۷۷ از ایران خارج شد و سخنانی را علیه مقامات جمهوری اسلامی بیان کرد. او در سال ۱۳۹۱ در هتل «گلوریا» در دوبی فوت شد.

پلیس دوبی دلیل فوت او را مصرف بیش از اندازه داروی ضد افسردگی اعلام کرد. براساس این گزارش، احمد رضایی با استفاده از یک گذرنامه امریکایی، به نام مستعار «تام جی اندرسون» وارد این کشور شده بود.

محسن رضایی اما گفته که پسرش یک هفته قبل از مرگ، با نیروهای وزارت اطلاعات ایران در مالزی دیدار کرده و به آن‏ها گفته بود اسراییل به دنبال پیدا کردن تاسیاست موشکی ایران است. رضایی مدعی شده که پسرش توسط «موساد» به قتل رسیده است.

«مهدی احمدی»، داماد محسن رضایی نیز برادر عروس «محمدباقر قالیباف»، شهردار سابق تهران است. داماد رضایی سال ۱۳۹۳ و در دوره شهرداری قالیباف به عنوان عضو هیات مدیره معاون ارزی و بین‎الملل «بانک شهر»، وابسته به شهرداری منصوب شد.

محسن رضایی در انتخابات مجلس ششم نیز نامزد شد و رایزنی‎هایی هم برای حضورش در فهرست حزب «جبهه مشارکت» انجام شده بود اما در نهایت در فهرست این گروه قرار نگرفت و از راه‌یابی به مجلس باز ماند.

محسن رضایی در انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۸۴ نامزد شد. او در دوره انتخابات، تدوین «سند چشم‎انداز ۲۰ ساله ایران» و «سیاست‎های کلی نظام» و دستورات رهبر جمهوری اسلامی درباره اصل ۴۴ «قانون اساسی» برای خصوصی سازی را از جمله اقدامات خود در مقام دبیری مجمع تشخیص مصلحت نظام عنوان می‎کرد؛ اقداماتی که اکبر هاشمی رفسنجانی نیز درباره اجرای آن‎ها مدعی بود. رضایی در آخرین ساعات قانونی از رقابت‎های انتخابات ریاست جمهوری استعفا داد. اما در انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۸۸ دوباره نامزد شد و در مناظره‎اش با «محمود احمدی‎نژاد»، مانند میرحسین موسوی و «مهدی کروبی» و البته با ادبیاتی ملایم‎تر، آمار او را دروغ خواند.
یکی از استدلال‎های معترضان به نتیجه انتخابات برای تقلب، کاهش آرای محسن رضایی در مراحل بعدی اعلام آرا توسط وزارت کشور بود اما رضایی تنها اعتراض خود را از طریق شورای نگهبان پی گرفت.

او در انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۹۲ نیز نامزد شد. نامزد شدن وی در انتخابات متعدد، تمسخر کاربران فضای مجازی را به دنبال داشت.

محسن رضایی اما دو سال بعد و پس از ۱۸ سال، بار دیگر لباس رسمی سپاه را برتن کرد. او گفته که برای اصلاح وضعیت اقتصادی از سپاه خارج شده بود اما پس از سال‎ها، از آن جا که وضعیت اقتصادی کشور درست نشده و از سوی دیگر، به دلیل جدی شدن تهدید «داعش»، لباس نظامی پوشیده است.

فرمانده سپاه پاسداران در دوره جنگ پس از فوت اکبر هاشمی رفسنجانی و در دوره بیماری «محمود هاشمی شاهرودی»، به قدرت اصلی در مجمع تشخیص مصلحت نظام بدل شد. اینک اما انتصاب «صادق آملی لاریجانی» به ریاست مجمع تشخیص مصلحت نظام می‎تواند نقش او را به حاشیه ببرد.

محسن رضایی درجنگ، سیاست و اقتصاد همواره شکست خورده است اما نزدیکانش با وجود همه شکست‎های او در سیاست، امیدوارند که درآینده بار دیگر نقش ویژه‎ای در سیاست ایران داشته باشد.