این روش اجرایی نظام برای سنجش لیاقت فردی برای رسیدن به مناصب مختلف وزارت امور خارجه بود که زندفرد می‌گوید پس از پیروزی انقلاب مورد انتقاد انقلابیون قرار گرفت و برچیده شد.

زندفرد لیسانس حقوق خود را از «دانشگاه تهران» و فوق لیسانس و دکترا را از «دانشگاه نیویورک» در ایالات متحده گرفته و در ۲۲ سالگی موفق به قبولی در آزمون استخدامی وزارت امور خارجه شده بود.

با وقوع انقلاب، او از خوش اقبال‌هایی بود که توانست کارش را برای کشوری که به آن عشق می‌ورزید، ادامه دهد و سرپرست موسسه آموزشی و علمی وزارت امور خارجه در ایران انقلاب زده شود.

فریدون زندفرد می‌گوید کل این نهاد آموزشی که پیش از انقلاب سامان گرفته بود، اعم از نیروی انسانی و امکانات مادی آن از بین رفتند اما در سال‌های بعد، وزارت امور خارجه جمهوری اسلامی توانست مجموعه گسترده‌‌ای برای آموزش کارکنان خود راه‌اندازی کند. هرچند به گفته زندفرد، شیوه گزینش افراد دیگر صرفا بر اساس لیاقت فردی نبود و دوره‌های آموزشی خارج از کشور هم قطع شدند.

زندفرد آخرین سفیر شاه در عراق بود. جانشین او در بغداد، «محمود دعایی» ‌شد که از نزدیکان آیت‌الله خمینی به شمار می‌رفت. دعایی پیش از شروع ماموریت، ملاقات‌هایی با فریدون زندفرد برای آشنایی با وظایف سفارت و کارهای معوق آن داشت.
به روایت زندفرد، دعایی هم‌چون دیگر انقلابیون، احساس سوءظن و عناد از پیش شکل گرفته شده نسبت به افرادی که از وزارت امور خارجه با آن‌ها در تماس بود، نداشت. ملاقات‌های کاری میان آخرین سفیر شاه در بغداد و اولین سفیر آیت‌الله خمینی در عراق، بعدها موجب شد که محمود دعایی او را برای گرفتن سمت‌های دیگری در وزارت امور خارجه، به مقام‌های ارشد انقلابی توصیه کند.

«صادق قطب‌زاده» که وزیر امور خارجه شد، در ابتدای کار از زندفرد خواسته بود که معاون اقتصادی این وزارت‌خانه شود. فریدون زندفرد با تردید به توانایی قطب‌زاده در انجام این انتصاب، سمت‌هایی را که در دوره شاه داشته را به او یادآوری کرده بود. اما قطب‌زاده اطمینان داده بود که زندفرد برای چنین سمتی شایستگی دارد: «چند روز بعد، در نهم فروردین ۱۳۵۹، طی حکمی به سمت مدیرکل امور بین‌المللی وزارت خارجه منصوب شدم. این حکم با آن‌چه قطب‌زاده در ملاقات حضوری وعده داده بود، تفاوت داشت. ظاهرا نتوانسته بود معاون امور اقتصادی را که از تازه واردین به دستگاه دیپلماسی نظام جدید بود، جا به جا کند.»

زندفرد روایت ‌کرده است که پس از این انتصاب، قرار بوده همراه وزیر امور خارجه به کشورهای لبنان و سوریه و سپس چند کشور عربی خلیج فارس سفر کند اما در فرودگاه، ماموران جلوی او را می‌گیرند و می‌گویند ممنوع‌الخروج است. سرانجام وزیر با تماس تلفنی با «مهدی بازرگان»، نخست وزیر دولت موقت، اجازه خروج و همراهی‌‌ او را برای ماموریت خارجی می‌گیرد.

قطب‌زاده چهارمین وزیر خارجه‌‌ای بود که از زمان پیروزی انقلاب به این سمت می‌رسید. چند هفته‌‌ای پس از انتصاب زندفرد به مدیرکلی وزارت امور خارجه، فشارها به قطب‌زاده برای اخراج مدیران دوره شاه شدت گرفت؛ به نحوی که او تیرماه سال ۱۳۵۹ تقاضای استعفا کرد اما پذیرفته نشد. با ادامه فشارها به قطب‌زاده، زندفرد این بار تقاضای بازنشستگی کرد و پس از ۳۲ سال، در مرداد این سال به دوران خدمت خود پایان داد. مدت بسیار کوتاهی پس از بازنشستگی داوطلبانه زندفرد، قطب‌زاده به اتهام تلاش برای کودتا علیه آیت‌الله خمینی و توطئه ترور او دستگیر و اعدام شد.

از تاریخی‌ترین دوره‌های خدمت فریدون زندفرد در وزارت امور خارجه، بازگشت حاکمیت ایران به جزایر سه‌گانه ابوموسی، تنب بزرگ و تنب کوچک است که پس از جدایی بحرین از ایران انجام شد. بریتانیا بر اساس این فرضیه که جزایر سه‌گانه ملک موروثی «قواسم» هستند، در دهه اول قرن بیستم جزایر را به اشغال خود درآورده بود. شیوخ قواسم در ساحل جنوبی ایران به راه‌زنی دریایی می‌پرداختند که توسط بریتانیا سرکوب شده بودند. با ادامه اشغال جزایر و طفره‌روی بریتانیا از حل و فصل اختلاف، «اردشیر زاهدی»، وزیر وقت امور خارجه ایران در سخن‌رانی در اجلاس وزرای خارجه کشورهای اسلامی در کراچی، به کارگیری قوه نظامی را رد نکرده بود.

پس از ماه‌ها مذاکرات فشرده میان ایران و بریتانیا، توافق بر سر حاکمیت مشترک ایران و امارات بر جزیره ابوموسی و بازگشت دوباره کنترل ایران بر جزایر تنب میان دو طرف میسر شد. نهم آذر ۱۳۵۰، یک روز پیش از خروج رسمی بریتانیا از خلیج فارس و پایان دوره تعهد این کشور به شیخ‌نشین‌ها، نیروهای نظامی ایران در جزایر سه‌گانه مستقر شدند.

زندفرد پس از بازگشت دوباره حاکمیت ایران بر این جزایر، نامه‌‌ای از اردشیر زاهدی دریافت کرد که در آن نوشته شده بود: «فریدون عزیز و مهربانم... نامه مورخه چهاردهم آذر ۱۳۵۰ عزیزت را دریافت کردم و از محبت برادرانه تو بی‌نهایت سپاس‌گزارم. اولا قبل از هر چیز و هر کس باید به تو تبریک گویم که مردی وطن‌پرست و شرافتمند هستی و در مورد جزایر شب و روز زحمت کشیدی و خدا را شکر می‌کنم که موفق شدید. واقعا خوشحال و شکرگزار هستم که با عزم شاهنشاه و زحمات شبانه روزی تو و سایر همکاران، به این آرزوی ملی رسیدیم و من هم اگر سهمی داشته باشم، به آن مفتخر هستم...»

به این ترتیب، یکی از اختلافات جدی ایران و بریتانیا پس از گذشت حدود ۸۰ سال حل و فصل شد. فریدون زندفرد گفته بود که در اسناد وزارت خارجه بریتانیا آورده شده است صرف حضور گسترده نظامی ایران در جزایر و احداث پایگاه کلان دریایی در ابوموسی، موجب برقراری حاکمیت کامل ایران در آن جزیره خواهد شد. گرچه به گفته او، بریتانیایی‌ها حاضر نبودند این نکته را به صراحت اعلام کنند.

خاطرات دوره ۳۲ سال خدمت فریدون زندفرد به زبان انگلیسی، چند هفته پیش از درگذشت او در امریکا منتشر شده است.

درباره مهم‌ترین خدمت چند ماهه خود در دوران جمهوری اسلامی، زندفرد نوشته است که در جریان اجلاس وزرای خارجه سازمان کنفرانس اسلامی در پاکستان، صادق قطب‌زاده سخن‌رانی خود را بر مبنای حمله به قرارداد ۱۹۷۵ ایران و عراق گذاشته بود که با میانجی‌گری الجزایر بین شاه و صدام به دست آمده بود: «نظر قطب‌زاده این بود که این قرارداد بر اثر تبانی صهیونیسم با حکومت الجزایر تنظیم شده و منافع صهیونیسم در آن لحاظ شده است. نظر مرا جویا شد که از این برداشت تعجب کردم و گفتم قرارداد الجزایر با خون دل، پس از سال‌ها به دست آمد و حاکمیت ایران بر قسمت شرقی اروندرود (شط‌العرب) که آرزوی دیرینه بود را محقق کرد و بهترین قراردادی است که ایران در نیم قرن اخیر توفیق امضای آن را داشته است. آن گاه قطب‌زاده نوشته را با خشم و عصبانیت پرت کرد.»

به گفته زندفرد، اگر قطب‌زاده این سخن‌رانی را انجام می‌داد، به عنوان صورت‌جلسه کنفرانس ثبت و ضبط می‌شد و برای عراق قابل استناد بود و شاید از اعتبار قرارداد ۱۹۷۵ اثری نمی‌ماند: «نه تنها قطب‌زاده، که مقامات دیگر جمهوری اسلامی ایران از کشوری و لشکری، بدون بررسی در پیشینیه آن سند، به طور علنی در بی‌حرمت نمودن آن مسابقه گذاشته بودند.»

زندفرد جلوگیری از انجام این سخن‌رانی را یکی از مهم‌ترین خدماتش در چند ماهی می‌دانست که در دوره جمهوری اسلامی فعالیت کرده بود. صدام شش ماه پس از کنفرانس اسلامی در پاکستان، همین قرارداد را پاره کرد و با حمله به ایران، اعلام جنگ داد که هشت سال طول کشید. بازگشت عراق به این قرارداد بعدها یکی از مهم‌ترین خواسته‌های جمهوری اسلامی ایران از صدام بود.

اردشیر زاهدی، وزیر وقت امور خارجه گفته است که فریدون زندفرد از آن جا که فردی آگاه، دیپلماتی برجسته و خدمت‌گزار و از همه مهم‌تر، عاشق ایران بود، پس از انقلاب هم چند سالی با وزارت امور خارجه همکاری خود را ادامه داد: «او بر استقلال و عظمت ایران بیش از هر چیز توجه داشت و از جان و دل عاشقانه در خدمت ایران بود.»