او همچنین در حالی برکنار شده که قرار است دادگاه «اکبر طبری»، معاون اجرایی دفتر رییس قوه قضائیه، برگزار شود. دادگاهی که عملا حملات بیشتری را متوجه خاندان لاریجانی خواهد کرد.

محمدجواد لاریجانی خود یک پرونده زمین‌خواری نیز داشت که در دوره برادرش این پرونده مختومه شد.

وب‌سایت «بامداد خبر» در ۲۷خرداد۱۳۹۱ چندین سند «محرمانه» منتشر کرد که در آن به «تصرف بیش از ۳۴۲ هکتار اراضی ملی در حاشیه ورامین و نگهداری بیش از ۹۰۰ راس گوسفند و ۲۰۰ نفر شتر به‌صورت غیرقانونی در اراضی تصرفی توسط محمدجواد لاریجانی» اشاره شده‌ است.

در مقابل حذف صادق لاریجانی انتصاب علی باقری به لحاظ سمبولیک می‌تواند نشانی از بازگشت خاندان مهدوی کنی به قدرت داشته باشد. برادر او«مصباح‌الهدی باقری کنی»، شوهر «هدی خامنه‌ای»، دختر رهبر جمهوری اسلامی، است. بر اساس گزارش موسسه «دابل‌تنیک»، مصباح‌الهدی مهدوی ‌کنی، داماد رهبر جمهوری اسلامی، عضو دفتر نشر آثار آیت‌الله خامنه‌ای، نیز هست.

پدر این دو یعنی محمدباقر باقری‌ کنی سال ۱۳۹۴ با حکم رهبر جمهوری اسلامی به‌عنوان عضو هیات امنای موسسه جامعه‌الصادق منصوب شد. در اینجا نیز خاندان مهدوی کنی و لاریجانی با یکدیگر برخورد کرده‌اند و صادق لاریجانی رییس هیات امنای این دانشگاه است.

او در زمان ریاست آیت‌الله محمدرضا مهدوی کنی بر کمیته و وزارت کشور عملا نقش معاون و جانشین او را داشت. علی باقری اما به دلیل حضور در تیم مذاکره اتمی به ریاست «سعید جلیلی» و همچنین در انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۳۹۲ در فضای سیاسی مشهورتر از پدر و برادرش است.

او سخنگوی تیم مذاکره اتمی ایران در دوره ریاست سعید جلیلی بود و در مصاحبه‌هایی گفته که هدف از این مذاکرات عملا زمان خریدن و «دفع شر» بوده است. او در دانشگاه امام صادق یعنی دانشگاهی که عمو و پدرش عملا مالک آن بودند، تحصیل کرده است.

از علی باقری به‌عنوان وزیر خارجه در دولت سعید جلیلی نام برده می‌شد و در دوره بررسی برجام در مجلس نیز به همراه جلیلی به این توافق حمله می‌کرد. او همچنین در برخی از برنامه‌های تلویزیونی خود را در مقام تبیین‌کننده سخنان رهبر جمهوری اسلامی در سیاست خارجی می‌داند. انتشارات «سروش» وابسته به صداوسیما خاطرات «وندی شرمن» را با مقدمه ۳۰ صفحه‌ای علی باقری منتشر کرد. مقدمه‌ای که حمله به برجام بود و خبرگزاری ایرنا آن را «گاندوسازی» جدید برای حمله به دولت خواند.

گاندو نام یک سریال تلویزیونی بود که علیه برجام و دولت روحانی ساخته شد.

ادبیات علی باقری در مواجهه با مخالفان شبیه به ادبیات سعید جلیلی و یا «محمود احمدی‌نژاد» است. تمسخر و متهم کردن آنان به ناآگاهی و بی‌سوادی و در مواقعی «چراغ سبز دادن به دشمن».

سمت ریاست ستاد حقوق بشر قوه قضاییه اما درنهایت سمت مهمی محسوب نمی‌شود که بخواهد سکوی پرشی برای علی باقری محسوب شود و تنها می‌تواند یک نماد باشد.

دوره مدیریت او را همان‌گونه که برخی از جوانان اصول‌گرا نوشته‌اند می‌توان شبیه به سیاست خارجی در دولت محمود احمدی‌نژاد دانست. دوره‌ای که به گفته آنان به‌جای پاسخگویی به کشورهای غربی باید به آنان حمله کرد و آنان را متهم به نقض حقوق بشر کرد.