پس از آن شعارهای نزدیکان آیت‌الله خمینی برای انقلاب فرهنگی شدت گرفت و از جمله محمد جواد باهنر گفت که «دانشگاه ها باید دگرگونی اساسی پیدا کنند، حتی اگر ناگزیر به تعطیلی دانشگاه ها شویم».

شورای انقلاب ۲۹ فروردین ماه ۵۹ در بیانیه‌ای اعلام کرد که باید «دفاتر سیاسی» در مدت سه روز از دانشگاه‌ها برچیده شود. در این اطلاعیه اعلام شد که دانشگاه ها از ۱۴ خرداد به بعد تعطیل خواهد شد تا نظام آموزشی و سازمان دانشگاه‌ها تغییر بنیادی پیدا کند.

روز سوم اردیبهشت هاشمی رفسنجانی گفت که «مدت ها بود حوصله دانشجویان وفادار به جمهوری اسلامی از جنجال گروه‌ها سر رفته بود و با ما مراجعه می‌کردند». هاشمی رفسنجانی بعدها اما گفت که با انقلاب فرهنگی مخالف بوده است.

گروه‌های مخالف اما هدف درگیری در دانشگاه‌ها و حضور گروه‌های مشهور به « چماق به دست» را برنامه ریزی برای حذف خود می‌دانستند. از همین رو کانون نویسندگان ایران در بیانیه خود درباره انقلاب فرهنگی اعلام کرد که «همه این رویدادها بر اساس برنامه‌ای از پیش اندیشیده شده و سازمان یافته انجام گرفته است».

انقلاب فرهنگی علاوه بر دانشجویان دامن تعداد زیادی از استادان را نیز گرفت و برخی از آنان برای همیشه و یا تا سال‌ها از تدریس محروم شدند.

اسلامی شدن دانشگاه‌ها

محصول انقلاب فرهنگی به جز حذف دانشجویان و استادان غیر همراه با حاکمیت تدوین برخی کتاب‌های آموزشی اسلامی بود که با عنوان معارف اسلامی تدریس می‌شد.

در دولت اکبر هاشمی رفسنجانی اما آیت الله خامنه‌ای از اسلامی شدن دانشگاه‌ها سخن گفت. او تاکید کرد که اسلامی شدن دانشگاه‌ها نباید به موضوعاتی مانند پوشش دانشجویان محدود شود اما در نهایت تغییرات محدود به موضوعاتی از این دست بود. در این میان ستادی نیز برای اسلامی شدن دانشگاه ها تشکیل شد.

اسلامی شدن علوم

پس از دستور رهبر ایران برای اسلامی شدن دانشگاه‌ها بار دیگر موضوع اسلامی شدن علوم شدت گرفت و در برخی دانشگاه‌ها نشست‌هایی با این هدف برگزار می‌شد.

یکی از افرادی که در این میان نامش مطرح شد منیرالدین شیرازی بود که «مجامع فرهنگی» [فرهنگستان علوم اسلامی (آکادمی)] را که در دهه ۶۰ و زیر نظر جامعه مدرسین حوزه علمیه قم تشکیل شده بود، به شکل دیگری احیا کرده بود.

این فرهنگستان با هدف اسلامی کردن علوم تشکیل شده بود اما به دلیل تطبیق نداشتن خط اقتصادی اعضای جامعه مدرسین حوزه علمیه قم با دولت که تحت حمایت آیت‌لله خمینی بود تعطیل شد. همچنین منیرالدین شیرازی نیزاز این جامعه اخراج شد. دلیل اخراج او نیز از سوی اعضای جامعه مدرسین «ضعف علمی» اعلام شده است.

موضوع اسلامی شدن علوم در دولت محمود احمدی نژاد نیز دنبال شد و حتی برخی از وزیران از آن سخن گفتند. این بحث همچنان نیز ادامه دارد و حسن روحانی در سال ۱۳۹۶ گفت: «عده‌ای در کشور ما سال‌ها وقت صرف کردند تا ریاضی، شیمی و فیزیک اسلامی درست کنند؛ ایشان پول، وقت و امکانات زیادی صرف کردند، اما حاصلی به دست نیاوردند». در مقابل صادق لاریجانی به سخنان روحانی حمله کرد و گفت: «اینکه گفته شود علم دینی نداریم، استدلال سخیفی است».

انقلاب فرهنگی دوم

دفتر تحکیم وحدت که مرکزیت انجمن های اسلامی دانشجویان بود نقش مهمی در پیروزی محمد خاتمی در انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۷۶ داشت.

پس از انتخابات نیز دانشگاه‌ها صحنه تجمعات انجمن‌های اسلامی و حمله نیروهای لباس شخصی به این تجمعات بود. در این فضا بار دیگر موضوع انقلاب فرهنگی دوم و بسته شدن دانشگاه‌ها توسط حامیان رهبر جمهوری اسلامی مطرح شد اما اجرایی نشد.

بازنشسته کردن اساتید

در دولت محمود احمدی‌نژاد بازنشسته کردن اجباری اساتید آغاز شد و گروهی از اساتید باسابقه بازنشسته شدند. در کنار این طرح وارد کردن برخی از اساتید حامی حکومت به دانشگاه آغاز شد که بر اساس گزارش‌ها حداقل سه هزار نفر بودند. موضوع «بورسیه‌های غیرقانونی» نیز یکی از اقدامات دولت برای وارد کردن این افراد به سیستم آموزشی دانشگاه‌ها بود.

جداسازی جنسیتی

جداسازی جنسیتی و ایجاد دانشگاه‌های تک جنسیتی یکی از اقدامات دولت محمود احمدی نژاد بود. در نهایت اما خود او در سال های پایانی ریاست جمهوریش با این طرح مخالفت کرد و از دو وزیر خود خواست که از اقدامات «سطحی» و «غیر عالمانه» در بعضی از دانشگاه ها مبنی بر اعمال رشته‌ها و کلاس‌های تک جنسیتی جلوگیری کنند.

بازنگری در علوم انسانی

رهبر جمهوری اسلامی پس از اعتراضات سال ۸۸ بار دیگر به موضوع علوم انسانی توجه کرد و گفت که آموزش بسیاری از رشته های علوم انسانی در دانشگاه ها «باعث بی اعتقادی دانشجویان به تعالیم الهی و اسلامی می‌شود». پس از این سخنان حذف برخی از رشته‌های علوم انسانی آغاز شد و دو سال بعد رئیس پژوهشگاه علوم انسانی ایران از بازنگری در ۵۵۵ درس منتخب از میان ۳۸ رشته علوم انسانی دانشگاه‌ها خبر داد و گفت که بیشترین تغییرات در علوم اجتماعی بوده است.

سند تحول بنیادین آموزش و پرورش و سند ۲۰۳۰ یونسکو

در دولت محمود احمدی نژاد و دولت حسن روحانی، دخالت رهبر جمهوری اسلامی در آموزش و پرورش پررنگ‌تر شد. سند تحول بنیادین آموزش و پرورش، از جمله اسناد بالادستی نظام بود که به دستور مستقیم رهبر جمهوری اسلامی و در شورای عالی انقلاب فرهنگی تدوین شد. بازنگری در کتاب‌های درسی نیز یکی از نتایج این سند بود.

پس از آن نیز رهبر جمهوری اسلامی چندین بار در موضوعات مربوط به آموزش و پرورش دخالت کرد و اجرای «سند آموزشی ۲۰۳۰ یونسکو» با دستور او منتفی شد. اجرای این سند یکی از زمینه های حمله مخالفان به دولت در انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۹۶ نیز بود.

حذف زبان انگلیسی

رهبر جمهوری اسلامی سال ۱۳۹۵ ضمن انتقاد از ترویج زبان انگلیسی در نهاد‌های آموزشی ایران گفت که «اکنون کار به جایی رسیده است که آموزش زبان انگلیسی به مهد کودک‌ها کشیده شده است».

هر چند حسن روحانی در مقابل این سخنان مقاومت کرد و از زبان انگلیسی به عنوان «زبان علم» نام برد اما تدریس این زبان در مدارس ابتدایی ممنوع شد.

پس از آن اما مقامات آموزش و پرورش اعلام کردند که قرار است زبان های دیگر خارجی نیز در مدارس آموزش داده شود.

حذف انتگرال

آخرین دخالت در آموزش و پرورش که این بار نیز به نوعی به آیت‌الله خامنه ای مربوط می‌شود حذف انتگرال است و علی ذوعلم رئیس سازمان پژوهش و برنامه‌ریزی آموزشی ایران، هدف از تغییرات ایجاد شده در کتاب های درسی را تامین دیدگاه‌های آیت الله خامنه‌ای ذکر کرد.

با وجود دخالت گسترده رهبران جمهوری اسلامی در دانشگاه‌ها و مدارس و تلاش برای «اسلامی شدن» آنان در نهایت خود مقامات جمهوری اسلامی از محصول نهایی راضی نیستند. تا آن جا که حتی به صورت ظاهری نیز نشانه‌های اسلامی شدن به صورت پررنگ قابل مشاهده نیست و هر از چندگاهی اتفاقی جنجالی در مدارس رخ می‌دهد که آخرینش همخوانی آهنگ «جنتلمن» بود.