در سال‌های گذشته شهیندخت مولاوردی همواره نزد مخالفین دولت و نزدیکان به هسته سخت قدرت مورد غصب بوده است. برخی فعالیت‌های او در شبکه‌های مجازی و موضع‌گیری‌هایش در خصوص برخی وقایع از این معاون رئیس جمهوری چهره‌ای پرحاشیه ساخته بود.

در یکی از آخرین جنجال‌های به پا شده در فضای مجازی توسط مولاوردی، معاون سابق حسن روحانی با انتشار تصویری به مناسبت روز خانواده انتقاد بسیاری را برانگیخت.

رسانه‌های نزدیک به حاکمیت شهیندخت مولاوردی را در زمره عاملین «نفوذ» معرفی می‌کرد. وب‌سایت مشرق نیوز، نزدیک به حاکمیت در گزارشی مدعی شده بود که شهیندخت مولاوردی «بنا دارد پرچم «لیبرالیسم» را در هر شرایطی بالا نگه دارد و جزو حلقه‌ای است که می توان آن‌ها را «فمینیست‌های اسلامی» نامید».

رسانه‌های نزدیک به حاکمیت مدعی بودند که معاون سابق رئیس جمهور مملکت در برخی موارد از جمله دفاع مکرر از «نزار زکا» نشان داده است که خواسته و یا ناخواسته با سرویس‌های جاسوسی دیگر کشورها همکاری کرده است.

نزار زکا، پزوهشگر لبنانی‌-‌آمریکایی شهریور ۱۳۹۴ برای شرکت در یک کنفرانس کارآفرینی به دعوت دولت ایران به تهران سفر کرد. او دعوتنامه‌ای از شهیندخت مولاوردی معاون رئیس‌جمهوری ایران در امور زنان و خانواده برای شرکت در «دومین نمایشگاه و همایش بین‌المللی نقش‌آفرینی زنان در توسعه پایدار» با موضوع «کارآفرینی و اشتغالزایی» داشت.

زکا پس از شرکت در این کنفرانس توسط نیروهای امنیتی ایران ربوده شد و چندی بعد اعلام شد که او در اختیار نهادهای امنیتی جمهوری اسلامی ایران است.

رسانه‌های نزدیک به حاکمیت دعوت زکا توسط شهیندخت مولاوردی را همواره یکی از مهم‌ترین نکات اثبات ادعاهای خود درباره ارتباط معاون سابق حسن روحانی می‌دانند.