پس از حوادث سال ۸۸، یک فایل صوتی ۲۶ دقیقه ای از میرحسین موسوی منتشر شد که در آن وی به اعدام های دهه ۶۰ و به ویژه اعدام های دسته‌جمعی سال ۶۷ به طور مشخص پرداخته است. با تجزیه و تحلیل این فایل می توان داده هایی را استخراج کرد که از سوی موسوی بیان شده و بدون پیش‌داوری می توان نتیجه گیری کرد که وی از ماجرا اطلاع داشته است. موسوی در این فایل به چند نکته اشاره می کند:

- وی از صدور حکمی از سوی خمینی برای برخورد با زندانیان مجاهدی که به گفته وی قصد شورش داشته‌اند مطلع بوده اما می گوید متن حکم را ندیده است!
- چند روز پس از آغاز اعدام ها موضوع در جلسه سران سه قوه مطرح می شود و علی خامنه ای رئیس جمهور وقت موضوع را مطرح می کند و می گوید این مانند آب سیاهی است که دارد روی نظام ریخته می شود و باید با آن برخورد کرد.
- موسوی ابتدا می گوید که سران قوا از جزییات اعدام ها خبر نداشتند اما کمی جلوتر عنوان می کند حتی اسم برخی اعدام شدگان نیز در جلسه سران قوا و حتی جزییات بازجویی ها در هیات مرگ در جلسه سران قوا مطرح شده است.
- به گفته موسوی نه تنها دولت وی در آن ماجرا دخالتی نداشته و مخالف بوده، بلکه همه سران سه قوه نیز با اعدام ها مخالف بوده اند. آیا این گفته موسوی تایید نمی کند که شخص رهبر جمهوری اسلامی و فرزندش پشت اعدام های دست جمعی قرار داشتند؟
- موسوی خود به پنهان‌کاری خویش در این پرونده به صراحت اشاره می کند و می گوید باز کردن این پرونده تالی فاسد دارد و از این رو در این سال ها کوشیده تا از کنارش رد شود و دلیل آن را پیچیدگی موضوع و احتمال درگیر شدن بسیاری در این موضوع ذکر می کند زیرا به قول وی ورود به آن پایانی نخواهد داشت. وی سپس به احتمال بهره برداری اپوزیسیون جمهوری اسلامی از باز شدن این پرونده اشاره می کند اما در عین حال معتقد است که باید روزی به این موضوع رسیدگی کرد.
- موسوی صراحتا می گوید همه مسئولان نظام در زمینه ملاحظاتی دارند. حتی آیت الله منتظری نیز با ملاحظه درباره اعدام های سال ۶۷ سخن گفته است.
- موسوی در این فایل صوتی حتی مصاحبه خویش با تلویزیون اتریش در توجیه اعدام های سال ۶۷ را نیز تایید کرده. در حالی که مخالفان سازمان عفو بین الملل همچنان آن را سندی مخدوش می خوانند. موسوی در این فایل می گوید: «اخیرا شنیدم در خبرا گفتند که من گفتم که اینان شورش می خواستند بکنند و هر نظامی باید برخورد امنیتی خودش را بکند. من در آن موقع موظف بودم تا از کلیت نظام به عنوان نخست وزیر دفاع کنم.»

- موسوی در نهایت می گوید که پس از شروع اعدام ها از قضیه مطلع شده و چه شخص وی و چه دولت اطلاعی از برنامه ریزی برای این اعدام ها نداشته اند و وقتی مسئولان نظام از ابعاد قضیه مطلع شده اند؛ اعدام ها را متوقف کردند.

پذیرش بی اطلاع بودن موسوی از نحوه شروع این واقعه مهم تنها در صورتی ممکن است که توضیحات روشنی از سوی شخص وی یا افراد مطلع در آن زمان داده شود. در غیر این صورت هیچ عقل سلیمی چنین ادعایی را نمی پذیرد. مدافعان موسوی می گویند اگر هم بپذیریم وی مطلع بوده اما با چنین تصمیمی از ابتدا مخالفت کرده و کوشیده تا مانع اجرای آن شود. در این زمینه نیز هیچ مستندی ارائه نشده که چه اقداماتی از سوی موسوی صورت گرفته؛ با چه کسانی مذاکره کرده، استعفای وی در شهریور ماه که با مخالفت خمینی منتفی شد چه ارتباطی با آن ماجرا داشته و بالاخره چرا پس از گذشت سال ها از این جنایت دست کم تا انتخابات سال ۸۸ هیچ جا اشاره ای بدان نکرده و به قول خویش از کنارش رد شده است. البته در گزارش عفو بین الملل نیز ادعا نشده که موسوی از حامیان و مجریان این طرح بوده و تنها اتهام وی سکوت و پنهانکاری است.

موضوع دیگری که مخالفان سازمان عفو بین الملل مطرح می کنند؛ پرسشگری از میرحسین موسوی در شرایطی است که ۱۰ سال است به‌خاطر دفاع از حقوق مردم و اصلاحات ساختاری در حصر خانگی بسر می برد و امکان دفاع از خویش را ندارد. مخالفان می گویند چرا این سازمان مدافع حقوق بشر به‌جای آنکه یقه اشخاصی را بگیرد که مباشران اعدام ها بوده و اکنون نیز در مسندهای بالای نظام نشسته اند؛ قصد دارد تا نقش موسوی را در آن جنایت برجسته نماید. برای چنین پرسشی نیز پاسخ منطقی وجود دارد. شاید عفو بین الملل عامدانه موسوی را نشانه رفته چون وی تنها شاهد زنده آن جنایت است که می تواند صادقانه درباره آن سخن بگوید و رازهای نگفته ای را بر ملا سازد. از جمع عبدالکریم موسوی اردبیلی، اکبرهاشمی رفسنجانی، سید علی خامنه ای و میرحسین موسوی ۲ تن در قید حیات نیستند و یکی نیز رهبر جمهوری اسلامی است و نمی توان از او و همچنین مباشران آن جنایت که هنوز در حاشیه امن قدرت حضور دارند انتظار داشت سر از این راز مگو بردارند. اما از موسوی که بیش از یک دهه بر سر حقوق مردم ایستاده طبعا انتظار می رود تا همچنان که خود وعده داده بود درباره این بخش تاریک از تاریخ سخن بیشتری بگوید. البته شاید گفته شود موسوی قادر نیست در شرایط حصر درباره چنین واقعه ای لب بگشاید. نگارنده اطلاعی از جزییات شرایط محصورین ندارد اما شاید موسوی همانطور که بیانیه محکومیت سرکوب اعتراضات ابان سال گذشته را از درون حصر بیرون داد؛ در این زمینه نیز بتواند به ابهامات پاسخ دهد و بابی تازه را بگشاید.

البته شاید موسوی در این زمینه معذوراتی داشته باشد و آن اشاره به نقش کلیدی آیت الله خمینی و فرزندش احمد در صدور حکم اعدام ها و پافشاری آنان بر اجرای آن است. گزاره ای که از خاطرات آیت الله منتظری و گفته های موسوی اردبیلی رئیس وقت شورای عالی قضایی که مهدی خزعلی آن را نقل قول کرده می توان درک کرد. «من مخالف بودم. حتی سه بار نامه نوشتم، فرمودند که اینها دروغ می‌گویند و سر موضع هستند. من عرض کردم من به این مطلب نرسیدم و فرمودند ما رسیده‌ایم! و نهایتا با حکم خاص به افراد خاص کار انجام شد. من در آن اعدام­‌ها دخالتی نداشتم.» از واژه «فرمودند» در نقل قول موسوی اردبیلی می توان درک کرد که مخاطب موسوی اردبیلی مقامی ارشدتر از وی است که یا خمینی است یا فرزندش احمد. از این رو بیان این راز از سوی میر حسین موسوی شاید به ضرر بیت بنیانگذار جمهوری اسلامی از یک سو و به نفع مباشران آن جنایت تمام شود تا برای فرار از مسئولیت خویش را پشت خمینی پنهان کنند.