مسئولیت بسیج آبادان اولین سمت او بود. مدتی بعد فرمانده سپاه لرستان و سپس فرمانده سپاه آذربایجان شد. تا این که با تشکیل قرارگاه رمضان به این قرارگاه رفت. «محمدباقر ذوالقدر»، باجناقش، نیز مدتی فرمانده این قرارگاه بود و مسجدی رئیس ستاد این قرارگاه شد.

«هاشمی رفسنجانی» در خاطرات ۱۱فروردین۱۳۶۶ خود نوشته است که «محمدعلی جعفری»، فرمانده قرارگاه قدس، به همراه ایرج مسجدی و «علی آقامحمدی» به نزد او آمده‌اند و درباره وضعیت نیروهای عراقی مخالف صدام گزارش داده‌اند.

درباره فعالیت قرارگاه رمضان بین فرماندهان سپاه پاسداران و دیگر مقامات اختلاف نظر وجود داشت. هدف از تشکیل این قرارگاه اجرای هم‌زمان عملیات‌های منظم در جنوب و عملیات‌های نامنظم در شمال غرب بود، اما برخی از تحلیل‌گران تشکیل این قرارگاه را ناموفق می‌دانند. «حسن دانایی‌فر»، سفیر سابق ایران در عراق، نیز از فرماندهان این قرارگاه بود.

ایرج مسجدی گفته است که نیروهای ایرانی با لباس کردی و پیاده یا با قاطر از بین پاسگاه‌های عراقی عبور می‌کردند و یگانی به نام یگان «دواب» در این نیرو «۴۰۰ قاطر داشت» که افراد و مهمات و امکانات را به عراق انتقال می‌دادند.

ایرج مسجدی در این دوره از فرماندهان رده یک یا رده دو سپاه پاسداران محسوب نمی‌شد و با وجود این که باجناق محمدباقر ذوالقدر بود، در درگیری‌ها و صف‌بندی‌های سیاسی درون سپاه نیز نقشی جدی نداشت. او همچنین با وجود این که از طریق محسن رضایی وارد سپاه پاسداران شد و خوزستانی بود، اما در دوره‌های بعد نقش مستقلی داشت و با دیگر سرداران سپاه نیز نزدیک بود.

پس از حمله «مجاهدین خلق» به ایران در عملیات «فروغ جاویدان»، نیروهای قرارگاه رمضان که در استان کرمانشاه مستقر بودند از جمله نیروهایی بودند که با نیروهای سازمان مجاهدین خلق درگیر شدند. برخی از فرماندهان سپاه پاسداران از حضور محمدباقر ذوالقدر و ایرج مسجدی در این منطقه سخن گفته‌اند.

پس از جنگ نیز با افزایش فعالیت سپاه قدس، قرارگاه رمضان و دیگر نیروهای برون‌مرزی در این سپاه ادغام شدند. در بخشی از دوره فرماندهی قاسم سلیمانی نیز ایرج مسجدی رئیس ستاد نیروی قدس سپاه پاسداران بود. عمده فعالیت مسجدی در عراق بود و نزدیکانش اخلال در اقدامات آمریکا و تلاش برای زمین‌گیر کردن نیروهای این کشور، به خصوص در دوره «پل برمر»، را از جمله اقدامات او ذکر می‌کنند. با این حال پیش از دهه ۱۳۹۰ کمتر نامی از او در رسانه‌ها و فضای سیاسی مطرح بود. در دهه ۱۳۸۰ نیز سمت او فرمانده قرارگاه رمضان غرب کشور ذکر می‌شد.

در دهه ۱۳۹۰ از مسجدی همچنین به عنوان مسئول پرونده عراق در سپاه قدس نام برده می‌‌شود، اما در رسانه‌های ایران سمت او مشاور عالی فرمانده سپاه قدس ايران اعلام می‌شود.

مسجدی در خاطراتش گفته است که پس از حضور داعش در عراق نیز به همراه قاسم سلیمانی و «ابومهدی المهندس» به اقلیم کردستان عراق رفته و قاسم سلیمانی او را مامور کرده بود که در آن جا بماند. در این مدت ایران نیرو و تجهیزات به اقلیم کردستان عراق ارسال می‌کرده و مسجدی فرمانده این نیروها بوده که ۴۵ روز نیز در آن‌جا مانده است.

ایرج مسجدی در سال ۱۳۹۶ سفیر ایران در عراق شد. سفرای پیش از او نیز از فرماندهان سپاه پاسداران بودند. در دوره مسجدی اما شدیدترین درگیری‌های ایران و آمریکا در عراق رخ داد که کشته شدن قاسم سلیمانی اوج آن بود

در حالی که ایران چندین گروه شبه نظامی در عراق را شکل داده است و همواره به نفوذ امنیتی و سیاسی خود در این کشور افتخار می‌کرد، این درگیری‌ها باعث کاسته شدن از قدرت ایران نیز شده است.

ناآرامی‌های سال‌های اخیر در عراق و افزایش انتقادها از حضور جمهوری اسلامی نیز در سال‌های اخیر افزایش یافته است. امروز می‌توان ایرج مسجدی را پرمشغله‌ترین سفیر ایران دانست؛ سفیری که عملا در صحنه جنگ با آمریکا قرار دارد و جمهوری اسلامی حساب زیادی روی او باز کرده است. دور زدن تحریم‌ها دیگر ماموریت مسجدی در عراق است؛ موضوعی که درباره فعالیت‌های سپاه قدس کمتر مطرح شده است.

یکی از دوستان مسجدی در یک برنامه تلویزیونی گفته است که برای او آرزوی «شهادت» می‌کند؛ آرزویی که رهبر جمهوری اسلامی برای قاسم سلیمانی کرده بود. اینک او یک سال پس از تحریم «محمدجواد ظریف» و کشته شدن قاسم سلیمانی، در فهرست تحریم‌های آمریکا قرار گرفته است؛ تحریمی که تنش بین ایران و آمریکا را افزایش می‌دهد و جایگاه مسجدی را در فضای سیاسی ایران و نیروهای سپاه پاسداران تقویت می‌کند.