از سوی دیگر، یکی از اهدافی که به نظر می¬رسد اسرائیل از نقش آفرینی در بحران قره باغ با حمایت نظامی - اطلاعاتی به آذربایجان (به عنوان مثال: ساقط کردن ۱۳ پهپاد آذربایجان ساخت اسرائیل از جمله یک پهپاد ۳۰ میلیون دلاری «هرمس» توسط نیروهای ارمنی در درگیری¬های اخیر) به دنبال آن است ایجاد عمق راهبردی برای تامین منافع امنیتی خود از طریق ایجاد شکاف بین ایران و جمهوری آذربایجان و همچنین ایجاد یک محیط امن برای تسهیل روابط گسترده با کشورهای مسلمان منطقه خاورمیانه با الگو قرار دادن جمهوری آذربایجان به عنوان یک کشور مسلمان و شیعه است. از طرف دیگر، حضور اسرائیل در قفقاز جنوبی و به خصوص در درگیری ارمنستان و آذربایجان که به طور مستقیم بر امنیت سرزمینی و ملی ایران به دلیل همسایگی آن با آذربایجان و ارمنستان تاثیرگذار است، به ایجاد تنش قومی - دینی در میان ایران و آذربایجان و همچنین ایران هراسی - شیعه هراسی منجر می¬شود تا بدین طریق بتواند نفوذ خود را افزایش دهد. اگرچه نباید فراموش کرد که باکو باید روابط خود را با اسرائیل به دقت متعادل کند تا از فشار تهران، مسکو و حتی آنکارا جلوگیری شود. از دیدگاه تل¬آویو، موقعیت جغرافیایی آذربایجان در مرزهای ایران آن را به مکانی ایده آل برای گردآوری اطلاعات استراتژیک مبدل می کند. برخی منابع رسانه¬ای ادعا می¬کنند که اسرائیل در ساخت ایستگاه های جمع آوری اطلاعات الکترونیکی در امتداد مرز آذربایجان با ایران به باکو کمک کرده است. در برخی مواقع، ادعاهایی مبنی بر همسویی دو کشور در زمینه همکاری تاکتیکی علیه ایران مطرح می¬شود. به عنوان مثال، در سال 2012، فارین پالیسی گزارش داد که اسرائیل با آذربایجان توافقی داشته است که به او اجازه می دهد پروازهای بالقوه خود را به خارج از کشور انجام دهد. بنابراین اسرائیل، از نقش آفرینی فعال خود در منطقه قفقاز جنوبی و به خصوص به بهانه بحران قره باغ میان ارمنستان و جمهوری آذربایجان، ضمن تقویت مشارکت استراتژیک خود به نفع جمهوری آذربایجان، به دنبال افزایش بی ثباتی قومی-دینی در ایران و بازدارندگی حداکثری آن است.