بیان این قضاوت در چنان زمان معنی داری، با واکنش کسانی مواجه شد که کماکان می کوشیدند اثبات کنند که تمجیدهای رهبر ایران لزوما به معنای حمایت کامل از دیدگاه های مصباح نیست.

با وجود این، آقای خامنه ای درست یک سال بعد، در دیداری دیگر با جوانان بسیجی تشبیه مصباح و مطهری را با بیانی صریح تر تکرار کرد. او در ۱۰ شهریور ۷۹، ضمن انتقاد شدید از منتقدان مصباح یزدی گفت: "این هجوم های تبلیغاتی را که به شخصیت های برجسته، به انسان های والا و با اخلاق برجسته می کنند، اینها همه اش نشان دهنده اهداف و نیات دشمن است. یک نفر مثل جناب آقای مصباح که حقیقتاً این شخصیت عزیز، جزو شخصیت‌هایی است که همه دلسوزان اسلام و معارف اسلامی از اعماق دل بایستی قدردان و سپاسگزار این مرد عزیز باشند، مورد هجوم تبلیغاتی قرار می گیرد."

مقام اول حکومت ایران افزود: "حرف رسا و نافذ، منطق قوی و مستحکم هر جایی که باشد، آنجا را دشمن زود تشخیص می دهد، چون حسابگر است... با مرحوم شهید مطهری هم همین جوری برخورد کردند."

این اظهارات، دو ماه پس از آن بیان می شد که انتشار فیلمی از حضور آیت الله خامنه ای در منزل محمدتقی مصباح یزدی، و سخنان به شدت تمجیدآمیز رهبر در مورد صاحب خانه، باعث شگفتی ناظران شده بود. این همان فیلم معروفی است که در بخشی از آن، مصباح تلاش می کند پای رهبر را ببوسد و آقای خامنه ای می‌کوشد مانع شود. در دیدار فوق، که به تاریخ ۶ تیر ۷۹ صورت گرفت، آیت الله خامنه ای با ذکر اینکه "بسیار متشکریم از خدای متعال به خاطر شما" گفت: "این پرداخت منطقی که شما [به موضوعات] دارید، مبارک است. [این] رنگ کاربردی، تحقیقات کاربردی، رنگ روز، رنگ نیاز زمان، اینکه انسان... دچار تکرار و حرف های گفته شده و سست نشود، حرف منطقی و قوی بزند."

آقای خامنه‌ای در بخش دیگری از دیدار، به مصباح یزدی توصیه کرد مقاله ای از روزنامه زیر نظر نهاد رهبری در مورد خودش را بخواند تا بفهمد در"دل" رهبر چه می گذرد: "روزنامه کیهان یک مقاله زیبا خطاب به شما نوشته. البته اسم نیاورده، ولی مخاطبش شما هستید. درست همان چیزی که آدم در دلش هست، همان را درباره شما مطرح کرده. حتماً بگیرید و بخوانید."

شخص اول حکومت، طی سفر جداگانه‌ای به قم در اسفند ۸۹، مجددا در منزل در این عضو مجلس خبرگان حضور یافت و باز تاکید کرد: "بنده به سهم خودم قدر آقای مصباح را می‌دانم. واقعا می‌دانم که ایشان در کشور و برای اسلام چه وزنه‌ای هستند و حقا و انصافا ما امروز نظیر ایشان را - حالا به این تعبیر بگوییم - خیلی نادر نظیر آقای مصباح ممکن است وجود داشته باشد با این وزانت علمی و عمق علمی و احاطه و وسعت و با این آگاهی و بینش و صفا."