فیروزآبادی در دوره رهبری آیت‌الله خامنه‌ای، به ریاست ستاد کل فرماندهی کل قوا و سپس ستاد کل نیروهای مسلح منصوب شد. شاید به این دلیل که در دوره جنگ، روابط خامنه‌ای با فرماندهان ارشد سپاه پاسداران انقلاب اسلامی نزدیک نبود و از طرف دیگر، نمی‌خواست یک سپاهی یا یک ارتشی رییس ستاد کل نیروهای مسلح باشد. زیرا در سال‌های پایانی جنگ، روابط این دو نهاد به درگیری شدید کشیده شده بود.

فیروزآبادی در دوره ریاست بر ستاد کل نیروهای مسلح، عملا نفوذی بر سپاه پاسداران نداشت و این نهاد راه خود را می‌رفت. در این دوره هم‌چنین او تنها منتقل کننده نظرات آیت‌الله خامنه‌ای بود و رهبر جمهوری اسلامی شخصا نهادهای نظامی را مدیریت می‌کرد.

فیروزآبادی روابط خود با «اکبر هاشمی رفسنجانی» و «حسن روحانی» را حفظ کرده بود اما مواضع سیاسی‌ سیال داشت. او سال ۱۳۸۷ از «محمود احمدی‌نژاد»، رییس جمهوری وقت «نشان استقلال» دریافت کرد و گفت: «افکار و اندیشه‌های دکتر احمدی‌نژاد، رییس‌جمهوری کشورمان دارای جنبه‌های راهبردی حائز اهمیتی است و لذا وظیفه علما و اندیشمندان و استادان دانشگاه‌ها و به‌ویژه دانشگاه عالی دفاع ملی است که این افکار را مدون کنند و به غنای علمی کشور بیفزایند.»

فیروزآبادی مانند دیگر نزدیکان رهبر جمهوری اسلامی، بعدها از احمدی‌نژاد انتقاد کرد و سال‌ها بعد نیز گفت: «موسوی گفته من از باطن احمدی‌نژاد خبر داشتم... ولی ما از باطنش خبر نداشتیم... .»

حمایت از روحانی و تبریک درباره «برجام» اما دلیل اصلی به حاشیه رفتن حسن فیروزآبادی بود. در فیلم تبلیغاتی روحانی، سخنان حسن فیروزآبادی در مراسم تودیعش پخش شد که او را «استاد در امنیت ملی و مدیریت بحران» می‌خواند.

فیروزآبادی هم‌چنین سال ۱۳۹۳ از عملکرد رسانه‌های وابسته به سپاه پاسداران در قبال دولت روحانی انتقاد کرد و گفت: «رسانه‌هایی که به نوعی به نیروهای مسلح مرتبط هستند، خطا می‌کنند و برابر مشی و منویات رهبری حرکت نمی‌کنند. باید روش‌ خود را اصلاح کنند والا ما با آن‌ها برخورد می‌کنیم.»

این سخنان مورد استقبال نزدیکان روحانی قرار گرفتند اما عملا رسانه‌های وابسته به سپاه پاسداران وقعی به آن ننهادند.

او آذر ۱۳۹۳، مذاکرات اتمی را یک «فرصت» و «پیشنهاد خوب» خواند و روز ۱۶ فروردین ۱۳۹۴ نیز «توافق لوزان» را به رهبر جمهوری اسلامی تبریک گفت و نوشت: «با استمرار رهنمودهای آن رهبر عظیم‌الشان، مراحل آتی مذاکرات نیز در مسیر سلامت و صلاح دولت و ملت تداوم خواهد یافت.»

با این حال، خامنه‌ای به تبریک‌های مقامات جمهوری اسلامی واکنش منفی نشان داد و گفت: «این که حالا تبریک می‌گویند، به بنده تبریک می‌گویند، به دیگران تبریک می‌گویند، بی‌معنی است. چه تبریکی؟ آن‌چه تا کنون انجام گرفته است، نه اصل توافق و مذاکره‌ منتهی به توافق را تضمین می‌کند، نه محتوای توافق را تضمین می‌کند؛ هیچ کدام را. حتی تضمین نمی‌کند که این مذاکرات تا به آخر برسد و به یک توافق منتهی بشود.»

فیروزآبادی با وجود سابقه روابطش با اکبر هاشمی رفسنجانی، پس از سال ۱۳۸۸ چندین بار علیه او سخن گفت؛ از جمله گفته بود کسانی که موضوع شورای رهبری را مطرح می‌کنند، «امامت فتنه‌گران» را برعهده دارند. فیلم اعتراض «فاطمه هاشمی» به سخنان فیروزآبادی پس از مرگ پدرش نیز واکنشی به این سخنان بود. فاطمه هاشمی خطاب به فیروزآبادی گفت: «بابای من فتنه نبود، کشور و مردمش را دوست داشت.»

فیروزآبادی پس از رد صلاحیت هاشمی رفسنجانی در انتخابات ریاست‌جمهوری ۱۳۹۲ گفته بود:«ما از همه اعضای شورای نگهبان متشکریم که ملت ایران را شاد کردند.»

سال ۱۳۹۵، مدتی پس از برکناری فیروزآبادی نیز تصویر سلام نظامی او در مقابل هاشمی رفسنجانی و حسن روحانی خبرساز شد. هفته‌نامه «۹ دی» با مدیر مسوولی «حمید رسایی» نوشت: «سلام نظامی صاحب تبریک بی‌معنی برای برجام به صاحب نامه بی‌سلام به رهبری.»

پس از آن فیروزآبادی در تماس با رسایی گفته بود مطابق «آیین‌نامه نظامی»، به رییس جمهوری وقت سلام نظامی داده داده است: «ولی آقای هاشمی دست خود را بلند کرد که این سبب شد تا تلقی عمومی، سلام نظامی بنده به آقای هاشمی باشد.»

فیروزآبادی گفته بود که منتقد جدی مواضع هاشمی رفسنجانی است و در بزنگاه‌هایی مثل انتخابات خبرگان، مواضع او را نقد کرده و در مجمع تشخیص مصلحت نظام نیز اختلاف نظرش با او کاملاً مشهود است.

او پیش از آن نیز چندین بار از رفتارهای هاشمی انتقاد کرده و گفته بود: «اساس‌نامه وزارت دفاع را نوشتیم و به نظر آقای هاشمی هم که فرمانده جنگ بود، رساندیم و ایشان هم موافقت کرد. اما وقتی برای دفاع از این طرح به مجلس رفتیم، آقای هاشمی که رییس مجلس بود و خیلی دلش می‌خواست بعد از آن رییس‌جمهور شود، در جلسه علنی مجلس با مصوبه‌ای که خودش با آن اعلام موافقت کرده بود، مخالفت می‌کرد و نهایتاً تغییراتی در آن دادند، از جمله آن که بودجه را از دست فرمانده کل قوا در بیاورند.»

فیروزآبادی سال ۱۳۹۵ از ستاد کل نیروهای مسلح کنار گذاشته شد و پس از آن اعلام کرد که ۱۲ سال پیش از آن، خودش به دلیل ضعف جسمی استعفا داده بود.

او گفت پس از این استعفا، معاونت «ارکان» را در ستاد کل نیروهای مسلح ایجاد کرده که «محمد حسین باقری» نیز رییس این معاونت شده و در چهار سال آخر، باقری ستاد کل نیروهای مسلح را اداره می‌کرده است.

فیروز آبادی دو سال پس از برکناری نیز با ماجرای ویلای ۱۰ هزار متری در اختیارش توسط برخی جریانات نزدیک به رهبر جمهوری اسلامی مورد انتقاد قرار گرفت و این ویلا را پس داد.

هر چند این ویلا در دوره ریاست فیروزآبادی بر ستاد کل نیروهای مسلح به مدت ۲۰ سال در اختیارش بود اما برخی جریانات با اشاره به این ویلا، حمایت او از برجام را پیش کشیدند. حمید رسایی، عضو «جبهه پایداری» در مجلس نهم نیز در توییتی نوشت که دلیل حمایت سرلشکر فیروزآبادی از ریاست جمهوری روحانی، تبریک او به خاطر برجام و هم‌چنین سلام نظامی‌ به رفسنجانی را باید در ۲۵ سال استفاده رایگان از ویلای مصادره‌ای دانست.

«علیرضا زاکانی» نیز سکونت او در ویلای لواسان را «اجحاف بیت‌المال» خواند.

فیروزآبادی به دلیل اضافه وزن شدید خود، با وجود ریاست بر بالاترین جایگاه نظامی در ایران، مورد تمسخر بود. سال ۱۳۸۸ نیز «مهدی کروبی» در واکنش به انتقاد فیروزآبادی از نامزدی افراد مسن برای انتخابات ریاست جمهوری، خطاب به او نوشت: «آيا به نظر شما، تنها استانداردهای لازم‌‏الاجرا در احراز بعضی مسووليت‌‏ها، محدوده سنی می‏باشد که رعايت آن، تنها راه پيروزی کانديدای مورد نظر جناب‌عالی است؟ آيا ظواهر و بعضی سخنان حضرت‌عالی مطابق استانداردهای ضروری برای احراز یکی از عالی‌‏ترين جايگاه‌‏های نظامی کشور ـ از جمله بی‌‏طرفی در مسایل سیاسی و چابکی و تحرک ـ می‌‏باشد؟»

واکنش فیروزآبادی به این کنایه اما عبارتی کوتاه و آرام بود. او نوشت: «مطمئن باشيد در انتخابات دخالتی نخواهم کرد.»

حسن فیروزآبادی نمادی از برخی مقامات جمهوری اسلامی است که با وجود دهه‌ها حضور در سمت‌های بلند پایه، در فضای سیاسی بروز چندانی نداشته و ترجیح داده که در پشت پرده بماند و در نهایت نیز در آخر، مغضوب و مفتضح شده است.