فیروزآبادی در زمان جنگ ایران و عراق به میرحسین موسوی و اکبر هاشمی رفسنجانی نزدیک بود، اما هنگامی که پس از مرگ روح‌الله خمینی در سال ۱۳۶۸، خامنه‌ای به رهبری نظام جمهوری اسلامی انتخاب شد، به‌تدریج به یکی از وابستگان بسیار نزدیک رهبر جدید تبدیل شد و از جمله کسانی بود که بسیار سریع از سوی خامنه‌ای ارتقاء مقام یافتند. در چنان فضایی، خامنه‌ای در همان سال اول رهبری خود، فیروزآبادی را به ریاست ستاد نیروهای مسلح منصوب کرد.

انتصاب فیروزآبادی به آن مقام، در واقع نوعی توهین به همه نیروها تلقی می‌شد. او نه تنها سابقه فعالیت در ارتش و سپاه نداشت، بلکه از نظر فیزیکی دارای اندام درشت سنگینی بود که برای فردی در آن جایگاه امر معمولی به‌نظر نمی‌رسید. با این حال، فیروز‌آبادی ۲۷ سال (تا سال ۱۳۹۵) در آن سمت باقی ماند. معروف است که او در دوران ریاست خود بر ستاد کل نیروهای مسلح، صرفا مانند یک «ضبط‌صوت» عمل می‌کرد و فرمان‌ها و پیام‌های خامنه‌ای را بدون کوچک‌ترین تغییری به نیروهای مسلح منتقل می‌کرد.

در دوره ریاست فیروزآبادی بر ستاد کل نیروهای مسلح، نهادهای پرشماری برای گسترش نفوذ سپاه پاسداران در حوزه‌های رسانه‌ای و تبلیغاتی تاسیس شدند. تاسیس خبرگزاری‌های فارس و تسنیم از جمله تصمیماتی بود که در دوره فیروزآبادی اتخاذ و عملی شد. او همچنین دستور داد که در نیروهای مسلح، از خامنه‌ای با عنوان «امام خامنه‌ای» یاد شود.

حمایت و چاپلوسی ویژه فیروزآبادی از خامنه‌ای به حدی بود که در برخی محافل می‌گفت خامنه‌ای خود «امام زمان» است، ولی به دلیل برخی ملاحظات آن را علنی نمی‌کند.

اما راه فیروزآبادی و خامنه‌ای در سال ۹۵، پس از امضای توافق برجام از سوی دولت ایران، از هم جدا شد. فیروزآبادی برای امضای توافق هسته‌ای پیام تبریکی فرستاد که جنجالی شد، و خامنه‌ای اعلام کرد که چنین حمایت‌هایی از برجام نادرست است. آن اقدام فیروزآبادی، نقطه پایان اعتماد خامنه‌ای به فیروزآبادی بود. اندکی بعد، او از سمت خود کنار گذاشته شد و تحلیل‌گران بلافاصله مدعی شدند که دلیل برکناری وی، تبریک او به حسن روحانی بوده است. فیروزآبادی عضو منصوب خامنه‌ای در مجمع تشخیص مصلحت باقی ماند، ولی آشکار بود که خامنه‌ای از پیام تبریک فیروزآبادی به روحانی خرسند نیست و حتی خشمگین است.

او همچنین در یک پرونده تبلیغی-قضایی‌ای، از طرف بسیاری از جوانان حزب‌‌اللهی طرفدار خامنه‌ای متهم به غصب اموال بیت‌المال شد و زندگی در یک ویلای گران‌قیمت دولتی در اطراف تهران که گویا حاضر نبود آن را تخلیه کند. فیروزآبادی گفت که آن ویلا محل فعالیت‌های سرّی جمهوری اسلامی با اطلاع شخص رهبر است، ولی واضح بود که جوانان حزب‌اللهی برای شعار دادن علیه او تهییج و ترغیب شده‌اند.

حسن فیروزآبادی سرانجام در حالی درگذشت که به‌رغم سال‌ها چاپلوسی‌ و حمایتش از خامنه‌ای، در سال‌های پایانی عمر از حلقه اطرافیان نزدیک «رهبر» رانده شده بود.