پس از ترور رهبران حزب دموکرات کردستان در رستوران میکونوس برلین که به ترور میکونوس معروف شد. بنی صدر در دادگاه متهمان این ترور حاضر شد و شهادت داد این ترور به فرمان سیدعلی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی ایران و با امضای اکبر هاشمی رفسنجانی صورت گرفته‌است. دادگاه رسیدگی به پروندهٔ میکونوس ۵ سال طول کشید و در پایان، دادگاه کاظم دارابی و سه لبنانی به نام عباس رایل، یوسف امین و محمد عطریس را به عنوان عاملان این جنایت محکوم کرد. دادگاه برلین همچنین شماری از رهبران بلندپایه جمهوری اسلامی را به عنوان آمران این فاجعه مجرم شناخت.
