وارهول یکی از هنرمندان مورد علاقه شهبانو فرح پهلوی، همسر محمدرضاشاه پهلوی، پادشاه ایران بود. این موزه با همت او برای ارتقاء جایگاه هنری ایران بنا شد.

هنگامی‌که این موزه در سال ۱۳۵۶ افتتاح شد، آثاری از کلود مونه، پابلو پیکاسو و مارک روتکو که تحت نظارت شهبانو فرح پهلوی در دوران رونق نفت ایران خریداری شده بود، در آن به نمایش در آمد.

در موج نابود کردن آثار هنری «طاغوتی» در ابتدای انقلاب اسلامی به طرز معجزه‌آسایی، اکثر تابلوهای این موزه نه آسیب دیدند و نه فروخته شدند، گرچه پرتره شهبانو فرح پهلوی، از آثار وارهول، با پاره‌پاره شد.

همچنین موزه نقاشی "Woman iii" اثر ویلم د کونینگ را با شماری از صفحه‌های نسخه کمیابی از «شاهنامه طهماسبی» مبادله کرد. این نقاشی در سال ۲۰۰۶ به قیمت ۱۳۸ میلیون دلار فروخته شد و عنوان دوازدهمین نقاشی گران دنیا را از آن خود کرد.

بسیاری از آثار این موزه در دهه‌های اخیر، بدون هیچ مناقشه‌ای، به نمایش گذاشته شده است.

به جز چند تصویر که از نظر مقامات فرهنگی ایران «مبتذل» هستند و تصاویری که وارهول از پهلوی‌ها کشید، باقی آثار به نمایش درآمده است.

عمده آثار این موزه بین سال‌های بین سال‌های ۱۳۵۲ تا ۱۳۵۶ و در آستانه پیروزی انقلاب اسلامی خریداری شدند. مشخص نیست اگر انتقال و ثبت آن‌ها در موزه اندکی با تأخیر انجام می‌شد چه بر سر اقلام خریداری‌شده در خارج و یا ثبت‌نشده داخلی می‌آمد؛ اما درست در بزنگاهی به‌موقع، حدود صد میلیون دلار اشیا هنری خریداری شد و که امروزه بنا بر تخمین کارشناسان ممکن است تا سه میلیارد دلار ارزش داشته باشد.

مقامات موزه هنرهای معاصر اخیرا در گشایش نمایشگاه آثار وارهول با ستایش از او نوشتند: «نمایش پرسونا، مجموعه‌ آثار اندی وارهول، در موزه هنرهای معاصر تهران فرصتی است تا با نگاهی متفاوت به آثارش، لایه‌به‌لایه، حجاب سالیان از چهره‌ی او زدوده شود. چهره‌ی هنرمندی پیش‌رو که به‌غایت تجسم بازتاب اندیشه‌های ژوزف بویز درباره‌ مجسمه‌های اجتماعی بود.»

نویسنده اکونومیست معتقد است این رویکرد تا حدودی سهل‌گیرانه نسبت به نمایش آثار هنرمندان درجه اول غربی در ایران، شاید برای رقابت با همسایگان باشد. به‌عنوان‌مثال امارات متحده عربی میزبان مؤسسه‌های هنری و فرهنگی در سطح جهانی است و هم‌اکنون دبی‌اکسپو ۲۰۲۰ در این کشور در حال برگزاری است.