با وقوع انقلاب، فلاحیان در همان استان خوزستان به تأسیس دفتر حزب جمهوری اسلامی پرداخت و حاکم شرع و مسئول کمیته انقلاب آبادان شد.

پس از آن، به ریاست بنیاد مسکن انقلاب اسلامی در استان خوزستان رسید. این بنیاد، یکی از چندین نهاد بزرگ «انقلابی» است که دو ماه پس از پیروزی انقلاب با حکم روح‌الله خمینی تأسیس شد و خارج از نظارت دولت، زیر نظر رهبر جمهوری اسلامی اداره می‌شود.

اکبر هاشمی رفسنجانی در کنار محسن رضایی (راست) و علی فلاحیان (چپ) هر سه از مقام‌های تحت تعقیب پرونده آمیا در سفر حج در خرداد ۸۷

***

سپس فلاحیان در دستگاه قضایی جمهوری اسلامی، مناصب دیگری را نیز بر عهده گرفت؛ از جمله حاکم شرع کرمانشاه و حاکم شرع مشهد و به سرکوب نیروهای سیاسی به ویژه اعضای سازمان مجاهدین خلق در این دو منطقه پرداخت.

او در ابتدای دهه ۱۳۶۰ قائم‌مقام دادستان کل انقلاب و همزمان در حفاظت اطلاعات سپاه پاسداران در زندان اوین فعال بود و در همان دوره نیز در ساختار کمیته‌ انقلاب اسلامی ارتقا یافت و مدتی قدرتمندترین فرد این کمیته شد.

عزت‌الله شاهی معروف به «عزت‌شاهی» یکی از اعضای کلیدی کمیته انقلاب در خاطراتی که چند سال پیش در داخل ایران منتشر شد، درباره عملکرد فلاحیان در کمیته انقلاب گفت: «آنها می‌خواستند کمیته را شبیه سازمان سی‌آی‌ای کنند. یگان دریایی و یگان هوایی درست کردند، قایق و هلی‌کوپتر خریدند، پادگان و لشگر به وجود آوردند. و چون حساب و کتابی نبود، هرکسی هرطور می‌خواست عمل می‌کرد. سلیقه‌ای و برحسب ارتباطاتش عمل می‌نمود، نه بر اساس مصوبات مجلس و دولت. و با همین رویه مقدار متنابهی اسلحه و مهمات خریدند.»

عزت شاهی ادامه می‌دهد: «بعدها این روند در وزارت اطلاعات آقای فلاحیان نیز دنبال شد و درواقع این وزارتخانه در دوره او بیشتر به وزارتخانه بازرگانی و تجارت می‌ماند تا اطلاعات».

فلاحیان با این سوابق اطلاعاتی و امنیتی، یکی از عوامل اصلی تشکیل وزارت اطلاعات در سال ۱۳۶۲ بود. او خود در این باره گفته است: «بنده در ایجاد وزارت اطلاعات، جمع کردن نیروها و ایجاد تشکیلات و سازماندهی بعد از آقای ری شهری نقش داشتم و نقش اساسی هم داشتم.»

فلاحیان با تأسیس وزارت اطلاعات به این وزارتخانه رفت و در این وزارتخانه نیز ارتقاء یافت؛ در ابتدا معاون امنیتی محمد محمدی ری‌شهری وزیر اطلاعات و سپس قائم مقام او شد. او همزمان در ۲۵ خرداد ۱۳۶۶، با حکم روح‌الله خمینی به سمت دادستان دادسرای ویژه روحانیت نیز منصوب شد.

فلاحیان همچنین در اواخر دوران جنگ ایران و عراق، پس از آن که خمینی هاشمی رفسنجانی را به سمت قائم مقام فرماندهی کل قوا منصوب کرد، فلاحیان به ریاست سازمان بازرسی کل نیروهای مسلح رسید.

حکم مخالفان از نظر فلاحیان

در دوره ده‌ساله‌ ۱۳۵۸ تا ۱۳۶۸ که فلاحیان مناصب مختلفی را در عرصه‌های قضایی و امنیتی و اطلاعاتی جمهوری اسلامی برعهده داشت، او در پرونده‌های مختلفی در زمینه سرکوب مخالفان و منتقدان جمهوری اسلامی نقش داشته است.

فلاحیان درباره اعدام مخالفان سیاسی گفته است که نظر «همه علما این است اهل بغی یعنی کسانی که علیه حکومت اسلامی شورش و اقدام مسلحانه می‌کنند حکمشان اعدام است و شکی در آن وجود ندارد.»

فلاحیان در ۱۸ تیر ۱۳۹۶ گفتگو با برنامه ویدئویی «خشت خام» درباره اعدام‌ مخالفان سیاسی از همان ابتدای انقلاب، تلویحا اعتراف کرد که احکام این اعدام‌ها با انگیزه‌های سیاسی صادر می‌شود و هیچ روند قضایی و عادلانه‌ای در این زمینه وجود ندارد.

او گفت: «اول انقلاب برای ضربه زدن به سلطنت‌طلب‌ها لازم بود کله‌گنده‌ها زده شوند ولی بعدها نه. اگر یک افسر اطلاعاتی باتجربه‌ای بود یا کسی بود که اطلاعاتی داشت برای اعدام او عجله نمی‌شد.»

یکی از پرونده‌های مهم ۱۰ سال ابتدای جمهوری اسلامی، پرونده کشتار زندانیان سیاسی در سال ۱۳۶۷ است.

فلاحیان در این زمینه نیز در برنامه خشت خام صریحاً اعلام کرد حکم همه اعضای سازمان مجاهدین خلق، «چه قبل از جریان ۶۷ چه بعد از آن، اعدام» است. او درباره اعدام‌های گسترده سال ۶۷ در زندان‌ها ادامه داد: «بحث بود که چه آن‌ها که اعدامی بودند و چه آنهایی که حکم اعدام نگرفتند، اعدام شوند» و «اگر ما آنها را نمی‌کشتیم که دیگر کشوری وجود نداشت.»

فلاحیان همچنین با تأکید بر اینکه لزوماً «محارب» کسی نیست که دست به اسلحه برده باشد، اضافه کرد: «وقتی کسی عضو جریانی مسلحانه است، چه مسلح باشد چه نه، حکم محارب دارد.»

چنین تلقی از «محارب» راه را حتی برای اعدام همه مخالفان و منتقدان سیاسی که به شیوه‌های مسالمت‌آمیز مبارزه می‌کنند یا حرف خود را می‌زنند، می‌گشاید.

۱۳۶۸ تا ۱۳۷۶؛ دوران وزارت و اوج قتل‌های سیاسی

فلاحیان در دوره اول و دوم ریاست جمهوری هاشمی رفسنجانی و در مجموع از سال ۱۳۶۸ تا ۱۳۷۶، وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی ایران را برعهده داشت.

هرچند پیش از این دوره، جمهوری اسلامی با سرکوب‌های گسترده مخالفان و اعدام و کشتار حتی زندانیان سیاسی، بسیاری از مخالفان را از سر راه خود برداشته بود، اما سال‌های آغازین رهبری علی خامنه‌ای و دوره ریاست جمهوری اکبر هاشمی رفسنجانی هم به شیوه دیگری، یکی از سیاه‌ترین دوران‌ها از نظر آزادی‌ها و فعالیت‌های سیاسی بود.

همچنین از همان آغاز وزارت علی فلاحیان در وزارت اطلاعات، به موازات قتل‌های سیاسی در داخل ایران، قتل رهبران و چهره‌های مهم مخالفان سیاسی در خارج از کشور، با شدت و سرعت بیشتری ازسر گرفته شد.

هنوز یک سال از وزارت فلاحیان نگذشته بود که کاظم رجوی چهره‌ای دانشگاهی و عضو سازمان مجاهدین خلق و برادر مسعود رجوی رهبر این سازمان، چهارم اردیبهشت ۱۳۶۹ در شهر کوپه سوئیس و در اتومبیل خود به ضرب گلوله کشته شد.

سوئیس همان زمان از احتمال دخالت مقامات ایران در این رخداد خبر داد و نام ۱۴ ایرانی در فهرست مظنونان این قتل قرار گرفت و در نهایت، این پرونده در سال ۲۰۰۶ به صدور حکم جلب بین‌المللی برای علی فلاحیان، به اتهام قتل انجامید.

یک سال و چند ماه پس از قتل کاظم رجوی، در ۱۵ مرداد ۱۳۷۰ شاپور بختیار به همراه سروش کتیبه یکی از نزدیکانش در حومه پاریس به قتل رسیدند.

در پرونده‌ای که برای قتل بختیار در فرانسه تشکیل شد، علی فلاحیان مستقیماً در این قتل متهم نشد، اما خاطرات اکبر هاشمی رفسنجانی رئیس‌جمهور وقت ایران نشان می‌دهد که فلاحیان پیش از پلیس فرانسه از قتل بختیار مطلع شده بود.

هاشمی رفسنجانی در روز چهارشنبه ۱۶ مرداد ۱۳۷۰ نوشت: «آقای فلاحیان اطلاع داد که در فرانسه بختیار و یکی از کارکنانش در محل اقامت خود کشته شده است. تا شب خبری در این جهت در گزارش‌های جهانی نیامد».

چند روز مانده به اولین سالگرد قتل بختیار، فریدون فرخزاد شاعر، خواننده و هنرمندی که از مخالفان سرسخت جمهوری اسلامی بود در مرداد ۱۳۷۱ در شهر بن آلمان به قتل رسید و ماه بعد هم، در ۲۶ شهریور، رهبران کرد ایرانی مخالف جمهوری اسلامی در رستوران میکونوس شهر برلین ترور شدند.

دولت و دستگاه قضایی آلمان گرچه درباره قتل فرخزاد مقام‌های جمهوری اسلامی را رسماً متهم نکردند، اما در پرونده ترور میکونوس که ابعاد و بازتاب گسترده‌تری داشت، دادگاه آلمان نام‌های علی خامنه‌ای، اکبر هاشمی رفسنجانی، علی اکبر ولایتی [وزیر وقت خارجه] و علی فلاحیان را به عنوان اعضای کمیته نهایی تصویب ترورهای مخالفان حکومت در خارج معرفی کرد و یک قاضی آلمانی نیز حکم جلب بین‌المللی علی فلاحیان را در این پرونده صادر کرد.

به دنبال رأی دادگاه آلمان، در فروردین سال ۷۶ سفرای کشورهای اروپایی از ایران خارج شدند و بحرانی دیپلماتیک در روابط اتحادیه اروپا و جمهوری اسلامی پدید آمد.

اما کمتر از دو سال پس از ترور میکونوس، در تیرماه سال ۱۳۷۳، کشتار یهودیان در جریان بمب‌گذاری آمیا در آرژانتین روی داد که جان ۸۵ نفر را گرفت. در این پرونده نیز علی فلاحیان یکی از متهمان اصلی بود و حکم جلب او به همراه چند مقام دیگر از سوی آرژانتین صادر شد.

به این ترتیب، تا آن زمان، حکم جلب فلاحیان از سوی سه کشور سوئیس، آرژانتین و آلمان صادر شد.

در آبان ۱۳۸۶ نیز مجمع عمومی پلیس بین الملل (اینترپل) به درخواست دادگستری آرژانتین مبنی بر دخالت داشتن فلاحیان در انفجار آمیا، برای او و چند مقام دیگر جمهوری اسلامی «اخطار قرمز» صادر کرد.

همکاری‌های اطلاعاتی ایران و آلمان و سفر فلاحیان به برلین

علی فلاحیان کمتر از یک ماه پس از ترور میکونوس، به آلمان سفر کرد و پس از دیدار با صدراعظم این کشور از آژانس اطلاعات فدرال آلمان نیز بازدید کرد.

مرکز اطلاعات و امنیت استراتژیک اروپا که زیر نظر اتحادیه اروپا فعالیت می‌کند در گزارشی تاریخ این سفر را هفتم و هشتم اکتبر ۱۹۹۳ برابر با ۱۵ و ۱۶ مهر ۱۳۷۲ اعلام کرده و نوشته است که دست‌کم فلاحیان در این سفر چهار بار از مقام‌های آلمانی خواست که پیگیری پرونده ترور میکونوس را رها کنند.

بر اساس این گزارش، آمریکا، اسرائیل و بریتانیا شدیداً مخالف این سفر بودند و هرگونه پیشرفت در روابط غرب با تهران را به لغو حکم ارتداد سلمان رشدی و پیشرفت در زمینه‌های حقوق بشر مشروط می‌دانستند.

در حالی که آلمان شریک تجاری مهمی برای جمهوری اسلامی به شمار می‌رفت، هفته‌نامه اشپیگل از ارتباطات اطلاعاتی میان ایران و آلمان انتقاد کرد و نوشت که تعدادی از افسران اطلاعاتی جمهوری اسلامی دوره‌هایی را در آلمان گذرانده‌اند.

مرکز اطلاعات و امنیت استراتژیک اروپا تأکید می‌کند که در آن زمان سفارت‌های جمهوری اسلامی در بن و پاریس دو قطب اصلی هدایت تروریسم جمهوری اسلامی در اروپا بود.

دلیل انتخاب دو کشور آلمان و فرانسه نیز به دلیل حضور پرشمار مخالفان جمهوری اسلامی در این دو کشور بود به همین دلیل نیز بیشترین قتل‌های سیاسی جمهوری اسلامی در اروپا نیز به نسبت در این دو کشور روی داده است.

برخی معتقدند که سفر فلاحیان به آلمان تاحدودی اهداف او را محقق کرده بود و پرونده ترور میکونوس نسبتاً مسکوت ماند، تا این که در اواخر دوران ریاست جمهوری هاشمی رفسنجانی محموله‌های تسلیحاتی در یک کشتی ایرانی به مقصد آلمان کشف شد و این اقدام جمهوری اسلامی در حریم ناتو، باید با پیامدهای سنگینی برای مقام‌های تهران مواجه می‌شد.

اکبر هاشمی رفسنجانی در گفت‌وگویی گفت که این محموله برای هدف قرار دادن سازمان مجاهدین خلق به اروپا فرستاده شده بود. هاشمی تقصیرها را به گردن سعید امامی انداخت و گفت که پس از افشای این موضوع، امامی از سمتش برکنار شد.

خود فلاحیان در اردیبهشت ۱۳۸۰، در یک جلسه سخنرانی و پرسش و پاسخ در دانشگاه امیرکبیر ضمن دفاع از کارنامه خود در وزارت اطلاعات، از همکاری‌های اطلاعاتی ایران و آلمان سخن گفت و اضافه کرد این همکاری‌ها برای «مبارزه با مواد مخدر و همکاری‌های منطقه‌ای» بود.

او در گفت‌وگویی نیز با این ادعا که جمهوری اسلامی در دفتر صدراعظم آلمان «منبع اطلاعاتی» داشت، گفت: «اشمیدباوئر مسئول دستگاه اطلاعاتی آلمان ۷ الی ۸ بار به ایران آمد و خوب ما نیز باید یک بار به آنجا می‌رفتیم.»

فلاحیان همچنین صدور حکم از سوی دستگاه قضایی آلمان را تحت فشار اسرائیل دانست و درباره شهادت «شاهد سی» (ابوالقاسم مصباحی از مقام‌های ارشد پیشین وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی) در دادگاه میکونوس نیز مدعی شد که این شاهد «گفت که تحت فشار ادعاهایش را مطرح کرده و پس از این تکذیبیه راهی تیمارستان شد.»

عضویت در خبرگان رهبری، مصونیت قضایی و تحریم‌های بین‌المللی

پس از افشای نقش وزارت اطلاعات در قتل‌های زنجیره‌ای داخل ایران، علی فلاحیان هدف حملات روزنامه‌های داخلی قرار گرفت و در یکی از جلسه‌های دادگاه اکبر گنجی، روزنامه‌نگار، در تهران در سال ۱۳۷۹، از سوی او به عنوان «کلید» قتل‌های زنجیره‌ای معرفی شد.

اردیبهشت ۱۳۹۱، وبسایت جرس که بازتاب‌دهنده نظرات شماری از حامیان میرحسین موسوی نامزد معترض به نتیجه انتخابات سال ۱۳۸۸ بود، آن چه را برگی از بازجویی سعید امامی نامید منتشر کرد.

در بخشی از این متن که صحت آن از سوی نهادهای رسمی جمهوری اسلامی تأیید نشده، از زبان سعید امامی آمده بود: «حکم اعدام داریوش فروهر و پروانه اسکندری را به روال معمول همیشگی حجت‌الاسلام علی فلاحیان به من داد. احکام اعدام سایر محاربین قبلاً در زمان وزارت فلاحیان صادر شده بود.»

در جای دیگری از آن چه وب‌سایت جرس منتشر کرد نیز از زبان سعید امامی آمده بود: «فلاحیان با وجود آن که خود حاکم شرع بود اما معمولا و در موارد حساس احکام حذف محاربان را شخصاً صادر نمی‌کرد. او این احکام را از آیت‌الله خوشوقت، ‌ آیت‌الله مصباح، آیت‌الله خزعلی، آیت‌الله جنتی و گا‌هاً نیز از حجت‌الاسلام محسنی اژه‌ای دریافت می‌کرد و به دست ما می‌داد. ما فقط به آقایان اخبار و اطلاعات می‌رساندیم و بعد هم منتطر دستور می‌ماندیم.»

با وجود این اتهام‌ها علیه علی فلاحیان، اتهام‌های مالی نیز درباره فلاحیان مطرح بوده است، اما دستگاه قضایی ایران نه تنها او را تحت پیگرد قانونی قرار نداد بلکه با پرونده جنایی علیه فرزندش نیز با ملایمت برخورد کرد.

همچنین علی فلاحیان کمی پس از وقوع قتل‌های زنجیره‌ای، از لاک انفعال بیرون آمد به دفاع از عملکردش و حتی عملکرد سعید امامی پرداخت. او گفت امامی «بسیار آدم قوی بود و خیلی خدمت كرد».

فلاحیان مدتی همچون هاشمی رفسنجانی از کارهای دولتی به اجبار فاصله گرفته بود، اما پس از فروکش کردن جنجال‌های رسانه‌ای درباره این قتل‌ها، علاوه بر دفاع از خود، خواستار بازگشت خود به صحنه سیاست بود.

او در سال ۱۳۸۰ در هشتمین دورهٔ انتخابات ریاست جمهوری اسلامی ایران با این موضع که «تشديد مشكلات امنيتی از ايرادات دولت خاتمی است» نامزد این انتخابات شد، اما مثل برخی دیگر از نامزدهای همان انتخابات، کمتر از یک درصد آرا را به دست اورد و در بین ۱۰ نامزد، نفر نهم شد.

۱۲ سال بعد نیز، فلاحیان تجربه ناکام دیگری در انتخابات ریاست جمهوری پشت سر گذراند. با این حال، او توانست در فاصله سال‌های ۱۳۷۷ تا ۱۳۹۵ برای دو دوره عضو مجلس خبرگان رهبری شود.

در بیش از دو دهه گذشته که حملات و افشاگری‌ها علیه فلاحیان همواره وجود داشته، او با نگه داشتن خود در حلقه نزدیک به قدرت، مصونیت قضایی و سیاسی برای خود فراهم کرده است.

با این حال، جهان هرگز نقش او را در قتل‌های فرامرزی و حملات تروریستی فراموش نکرده است. در ۳۱ اردیبهشت ۱۳۹۹، وزارت خارجه آمریکا علی فلاحیان را به دلیل نقش داشتن در همین قتل‌ها و حملات تحریم کرد.

وزارت خارجه آمریکا اعلام کرد فلاحیان علاوه بر نقش داشتن در بمب‌گذاری مرکز جامعه یهودیان در سال ۱۹۹۴ در بوئنوس‌آیرس، در چندین ترور و حمله در سراسر جهان، از جمله کشته شدن آلیسا فلاتو دانشجوی مهمان ۲۰ ساله آمریکایی در یک بمبگذاری انتحاری در نوار غزه در سال ۱۹۹۵، نقش داشته است.

بر اساس این تحریم آمریکا، فلاحیان و خویشاوند درجه یک او برای همیشه از ورود به آمریکا به طور دائم منع شده‌اند.

مصونیت قضایی در داخل ایران برای علی فلاحیان، تقریباً درباره همه عوامل قتل‌ها وجود داشته است، زیرا اساساً موضوع قتل‌های سیاسی چه در داخل ایران و چه در خارج از کشور، موضوعی نیست که بالاترین رده‌های قدرت در ایران اجازه بررسی واقعی، دقیق و بی‌طرف آن را صادر کنند.

علی خامنه‌ای رهبر جمهوری اسلامی ایران در همان روزهای ابتدایی پس از فاش شدن نقش وزارت اطلاعات در قتل‌های زنجیره‌ای، مدعی نقش «بیگانگان» در این قتل‌ها بود.

رهبر جمهوری اسلامی در این سال‌ها نه تنها فلاحیان را مورد غضب قرار نداد، بلکه چند سال پیش وقتی پسر فلاحیان درگذشت، پیام تسلیتی برای فلاحیان صادر کرد.

خامنه‌ای در اواخر اسفند سال ۱۳۷۹ در یک جلسه با دانشجویان دانشگاه امیرکبیر در پاسخ به پرسشی درباره این قتل‌ها، با اشاره به یک دادگاه فرمایشی که در این زمینه برگزار شد، گفت: «من هیچ خشنود نیستم که این بحث‌ها مجدداً مطرح شوند. خوشبختانه کار دادگاه هم تمام شد و این بحث‌ها خاتمه پیدا کرد.»

با وجود حمایت قاطع رهبر جمهوری اسلامی و مصونیت قضایی، علی فلاحیان وقتی خودش به گذشته خودش نگاه می‌کند، آن را «تلف شده» می‌بیند.

فلاحیان که در این سال‌ها حکم جلبش از سوی دستگاه قضایی سه کشور اروپایی و آمریکای لاتین صادر شده و تحت تحریم‌های آمریکا قرار دارد، در فروردین ۱۳۹۲ در یک سخنرانی در مشهد گفت: «من آنجا [وزارت اطلاعات] ایستادم و عمر خود را تلف کردم... حال به من می‌گویند اطلاعاتی، آن هم از نوع بدش.»