پس از اعتراض‌های سال ۸۸، معاونت اطلاعات سپاه به سازمان اطلاعات سپاه تغییر کرد و این سازمان توانست خودسرانه افرادی را به دلایل گوناگون با اتهام جاسوسی دستگیر کند.

بازداشت فعالان محیط زیست به بهانه جاسوسی یکی از پرحاشیه‌ترین اقدام‌های این سازمان بود که وزارت اطلاعات جمهوری اسلامی نیز هیچ‌وقت حاضر به تایید اتهام‌های وارده به این فعالان نشد.

مطالب بیشتر در سایت ایندیپندنت فارسی

اکنون، با حضور یک سازمان اطلاعاتی دیگر احتمال افزایش بازداشت‌ها و پرونده‌سازی برای فعالان مختلف وجود خواهد داشت. پیش از قدرت گرفتن رسمی این سازمان نیز، معاون اطلاعات نیروی انتظامی در دوره‌های مختلف به کمک نهادهای امنیتی برای برخورد با مخالفان سیاسی می‌آمد. بازداشت وبلاگ‌نویسان در سال ۸۳، بازداشت و بازجویی از شهرداران مناطق تهران در سال‌های ۷۶ و ۷۷، بازداشت ستار بهشتی، وبلاگ‌نویس مخالف جمهوری اسلامی و قتل او در بازداشتگاه درسال ۱۳۹۱، نمونه‌ای از این برخوردهای نیروی انتظامی با مخالفان و منتقدان جمهوری اسلامی بود. در دوران ریاست قالیباف بر نیروی انتظامی، او با همراهی سعید مرتضوی با فعالان فرهنگی و سیاسی برخورد می‌کرد. اداره اماکن نیروی انتظامی طی بازداشت‌هایی که بدون طی مراحل قانونی انجام می‌شد، سعی می‌کرد که به‌عنوان یک اهرم فشار در کنار نهادهای امنیتی و قوه قضاییه برای برخورد با روشنفکران فعالیت کند. اداره اماکن نیروی انتظامی تحت فرمان قالیباف بارها اقدام به احضار يا بازداشت روزنامه‌نگاران، سینماگران، فعالان سایت‌های اینترنتی و وبلاگ‌نویس‌ها کرد.

بی‌بی‌سی در گزارشی مربوط به این بازداشت‌ها در سال ۸۰ نوشته بود: «در ميان کسانی که به اداره اماکن احضار شده‌اند، نام کسانی چون فيروز گوران، سردبير مجله توقيف‌شده جامعه سالم، نوشابه اميری، عضو شورای سردبيری مجله گزارش فيلم، و حتی ناصر زرافشان، از وکلای مدافع خانواده‌های قربانيان قتل‌های زنجيره‌ای، به چشم می‌خورد.»

قالیباف در مورد این بازداشت‌ها مدعی شد که آن‌ها را به علت فعالیت علیه امنیت ملی و توزیع فیلم‌های مبتذل بازداشت کرده است و گفت: «این افراد یا علیه امنیت ملی اقدام نموده و یا به ترویج ابتذال فرهنگی مشغول بوده‌اند و یک شبکه گسترده توزیع فیلم‌های مبتذل را تشکیل داده بودند و از آن‌ها ۱۳ هزار سی‌دی مبتذل کشف شده‌است.»