طالبان تا‌کنون در مورد تعیین هیئت فنی برای بررسی سدهای افغانستان از‌جمله سد کجکی اظهار‌نظر نکرده‌اند. مقام‌های جمهوری اسلامی معقتدند که طالبان در مسیرهای رود هیرمند آبراه‌های ایجاد کرده‌اند که باعث انحراف مسیر آب شده است.

با وجودی که در آغاز سلطه طالبان بر افغانستان، این گروه روابط نزدیکی با جمهوری اسلامی برقرار کردند، اما اخیرا تنش بر سر مسئله حقابه ایران از رود هیرمند، ادامه این روابط را با ابهام مواجه کرده است.

جمهوری اسلامی ایران از نخستین حکومت‌ها در همسایگی افغانستان بود که سلطه طالبان بر افغانستان را تبریک گفت و با اعزام هیئت‌های دیپلماتیک، بر تعامل با طالبان تاکید کرد. جمهوری اسلامی همچنین سفارت افغانستان را در تهران به طالبان واگذار کرد و دیپلمات‌های این گروه را در تهران و کنسولگری‌های افغانستان را در چند شهر دیگر پذیرفت.

با این حال، مقام‌های جمهوری اسلامی ایران می‌گویند که طالبان به تعهداتی که سپرده‌اند عمل نکرده‌اند. تنش میان ایران و افغانستان بر سر حقابه از حدود ۱۰ سال پیش بالا گرفت و در حکومت اشرف غنی، هیئت‌هایی میان کابل و تهران به بحث در‌این‌باره پرداختند.

مقام‌های دولت اشرف غنی معقتد بودند که ایران بیشتر از آنچه در معاهده ۱۳۵۱ مشخص شده دریافت کرده‌ است، اما مقام‌های ایرانی هیچگاه این ادعا را تایید نکردند.