نیکفر در دوره مسئولیت خود زمانه را به یک رسانه پیشرو تبدیل کرد. در دوره او نسلی از روزنامه‌نگاران باتجربه در کنار جوانانی آشنا به قواعد روزنامه‌نگاری آنلاین قلم زدند و وضع جهان را برای مخاطبان این رسانه روایت کردند. رصد و نقد تحلیلی مسائل عمده در جغرافیای ایران و جهان و برجسته کردن نقش اندیشه در مسائل روز از دیگر نقاط قوت زمانه در دوره او بود. توجه ویژه به روزنامه‌نگاری تحقیقی نیز از دیگر دستاوردهای محمدرضا نیکفر برای زمانه است.

فرهنگ بحث و گفت‌وگو، ایجاد محیط کار سراسر از صمیمیت اما در همان حال جدی و پیگیر از یادگارهای ماندنی او برای همکارانش است. در دوران سردبیری محمدرضا نیکفر زمانه به تدریج از یک رسانه شهروندی به یک رسانه تحلیلی و تحقیقی تغییر ماهیت داد و در همان حال هویت فرهنگی و اجتماعی خود را حفظ کرد. به کارگیری بهینه شبکه‌های اجتماعی از دیگر دستاوردهای اوست.