با بحران انقلابی سال ۱۳۵۷ و قدرت‌گرفتن روحانیون شیعه در حکومت ایران، تضاد شیعه/سنی رو به فزونی نهاد. در بلوچستان به جز بخش محدودی از طبقه‌ی شهری تازه‌شکل‌گرفته و عضو یا سمپات برخی سازمان‌ها همچون مجاهدین یا سازمان‌های انقلابی چپ، همراهی وسیعی با بحران انقلابی ۵۷ صورت نگرفت. دلیل آن بیش از هرچیز به دست بالا داشتن خمینیسم در ماه‌های منتهی به فروپاشی رژیم پهلوی برمی‌گردد که موجب بدبینی عمیق نسبت به قدرت گرفتن بیشتر شیعه در حکومت مرکزی ایران از جانب سنی‌های بلوچ می‌شد. تاسیس جمهوری اسلامی موجب افزایش تضاد شیعه‌/سنی شد، اما تنها پیامدش این نبود. به‌ویژ در آغاز تاسیس جمهوری اسلامی، خمینی بیش از هرچیز پیگیر نوعی پان‌اسلامیسم بود، او که خود از برخی مکاتب اسلامی سنی تاثیر پذیرفته بود نگاه خصومت‌آمیزی به سنی‌ها نداشت و در بیان او تخاصم فقط با آن دسته حکومت‌های اسلامی که با استکبار جهانی در مراوده بودند، همچون پادشاهی سعودی، آشکار بود. در این شرایط بود که مراجع مذهبی اسلامی در بلوچستان از فرصت برای تقویت پایگاه اجتماعی و بهره‌گیری از منابع برخوردار شدند.

مولوی‌ها در بلوچستان به‌طور ویژه‌ پس از جمهوری اسلامی به‌نحوی دوسویه قدرت و اقتدار یافتند. از سویی با سرکوب سریع نیروهای مترقی سکولار که امکان پایگاه‌سازی طولانی‌مدت در بلوچستان را به انواع دلایل ساختاری ازجمله کندی رشد حداقل توسعه، نیافته بودند و همچنین با طرد حکومتی سردارها و حاکم‌ها در آغاز کار، فضای سیاسی بلوچستان برای تنها مراجع قدرت محلی یعنی مولوی‌ها خالی ماند. از سویی جمهوری اسلامی از طریق شیعیسم، مذهب را در ایران در سطح وسیعی سیاسی کرد که شامل همه‌ی مذاهب غیر شیعه می‌شد، بدین‌ترتیب مولوی‌ها دارای اقتدار و پشتوانه‌ی اجتماعی وسیعی طی واکنش سنی‌های بلوچستان به تبعیض‌های حکومت مستقر شدند. از طرف دیگر پان اسلامیسم خمینی که بیش از هرچیز سیاسی کردن اسلام البته با خوانش خمینیسم مدنظرش بود، راه را گشود تا حکومت جمهوری اسلامی، منابع و مشروعیت در اختیار مولوی‌ها بگذارد، به‌ویژه آن‌که تقویت سلسله‌مراتب مذهبی از گسترش نیروهای آلترناتیو سکولار جلوگیری می‌کرد.

مولوی‌ها در بلوچستان به‌طور ویژه‌ پس از جمهوری اسلامی به‌نحوی دو سویه قدرت و اقتدار یافتند. از سویی با سرکوب سریع نیروهای مترقی سکولار که امکان پایگاه‌سازی طولانی‌مدت در بلوچستان را به انواع دلایل ساختاری ازجمله کندی رشد حداقل توسعه، نیافته بودند و همچنین با طرد حکومتی سردارها و حاکم‌ها در آغاز کار، فضای سیاسی بلوچستان برای تنها مراجع قدرت محلی یعنی مولوی‌ها خالی ماند.

نقش دوگانه‌ی مولوی‌ها به این نحو تکوین یافت؛ از سویی معتمد و واسط حکومت با جامعه‌ی بلوچ بودند و از سویی تکیه‌گاه مردم سنی بلوچستان در دفاع از هویت خود در حین سرکوب و بسط‌‌نیافتگی نیروهای سکولار. جمهوری اسلامی بدین‌سان هم ظرفیت بسیار بالایی برای گسترش قدرت و اقتدار مولوی‌ها در بلوچستان ایجاد کرد و هم با تبعیض‌های مذهبی از جمله رسمیت مذهب شیعه بویژه برای مناصب بالای حکومتی، موجب محدودیت برای آنان شد. مولوی‌های بلوچستان در جمهوری اسلامی بود که مداخله‌ی سیاسی در سطح وسیع را تجربه کردند. بر زمینی که از سرکوب نیروهای مترقی در بلوچستان صاف شده بود، فرمانروایی مولوی‌ها به‌صورتی دوجانبه تضمین شد.

درمورد میزان همکاری و دست داشتن مولوی‌ها و وابستگانشان در سرکوب نیروهای مترقی مخالف جمهوری اسلامی تا اوایل دهه‌ی شصت شمسی، روایات ضد و نقیضی وجود دارد. در مصاحبه با مبارزان بلوچ در ابتدای تاسیس جمهوری اسلامی، برخی از مولوی‌هایی یاد می‌کنند که در سرکوب معترضان مشارکت مستقیم داشتند و برخی مصاحبه‌شوندگان و منابع از نزدیک شدن برخی مولوی‌ها به نیروهای سکولار به‌ویژه پس از پیش‌نویس قانون اساسی یاد می‌کنند. واقعیت این است که در مواجهه‌ی سلسله‌مراتب مذهبی بلوچستان با استقرار جمهوری اسلامی با انسجام و یکدستی روبرو نیستیم، اما پیروز نهایی آن دسته از مولوی‌هایی بودند که به هر نحو توانستند در این تعارض آشکار نقش واسط و آرام‌کننده را بازی کنند. عبدالعزیز ملازاده در راس آن‌ها قرار داشت. او به‌عنوان موسس مسجد مکی که بالاترین مقام مذهبی و شان اجتماعی را در بلوچستان داشت حلقه‌ی واسطی بین حکومت جمهوری اسلامی و جامعه‌ی بلوچستان شد؛ نقشی که پس از او به دامادش عبدالحمید اسماعیل‌زهی رسید. آن‌چه در این میان اهمیت اساسی دارد تثبیت محض جایگاه سیاسی مذهب سنی در بلوچستان است که از مکتب دیوبندی و تحولات درون آن به‌شدت متاثر بود.
بدین‌ترتیب آن‌چه بلحاظ ایدئولوژیک و سازمانیابی مذهبی در بلوچستان تکوین یافت در پس‌زمینه، مناسبات داخلی حکومت و جامعه‌ی بلوچ را دارد اما همچنین به‌شدت متاثر از تحولات ایدئولوژیک و سازمان‌یابی در دل مکتب دیوبندی تحت تاثیر تحولات کلان‌تر منطقه است.

جندالله: پیوند ناسیونالیسم و مذهب در بلوچستان

جندالله اگرچه یک سازمان جهادی دیوبندی-سلفی بود اما بعد از اعلام وجود، هم حامیانی در بین ناسیونالیست‌های بلوچ یافت و هم متاثر از مساله‌ی بلوچ، تلاش کرد مطالبات ملی بلوچی را در کنار ایدئولوژی اسلامی تا حدودی به سازمان خود وارد کند، گرچه تاکید می‌کرد که خواستار جدایی بلوچستان نیست. جندالله در سال ۱۳۸۷ اعلام تمایل به مذاکره با جمهوری اسلامی کرد؛ عبدالمالک ریگی در گفت‌وگو با العربیه گفت آماده است با دولت ایران وارد گفتگو شود و تاکید کرد: «اگر به ما اجازه داده شود که به طور کامل از حقوق خود برخوردار باشيم، ما مايليم که سلاح خود را بر زمين بگذاريم و وارد زندگی سياسی بشويم». اما مذاکره‌ای از جانب جمهوری اسلامی صورت نگرفت و عبدالمالک ریگی رهبر این سازمان، با همکاری امنیتی افغانستان در سال ۸۸ شمسی بازداشت و سپس اعدام شد.

جندالله در اواخر فعالیت خود اعلام کرد که می‌خواهد عملیات خود را به تهران گسترش دهد. بعد از اعدام ریگی، در گزارشی تحت عنوان «پرچم دروغین» که توسط مارک‌پری از سازمان سیا درز کرد، ادعا شد که ماموران موساد به نام سیا تلاش برای ارتباط و جهت‌دهی به عملیات‌های جندالله بر اساس تلاش موساد برای کنترل هسته‌ای ایران داشته‌اند. پس از اعدام عبدالمالک ریگی طبق برخی گزارش‌ها محبوبیت وی در بین بلوچ‌ها بیشتر شد. اما هم‌زمان اختلافات درونی سازمان و انتقادات بیرونی به آن شدت گرفت و دچار انشعابات متعدد شد. سپاه صحابه‌ی ایران، حرکت انصار ایران و جیش‌النصر از جمله این انشعابات بودند. جیش‌العدل یکی از مهم‌ترین انشعابات جندالله بود که در سال ۹۱ شمسی اعلام وجود کرد و جیش‌النصر را که از آن منشعب شده بود دوباره در سال ۱۳۹۵ در خود ادغام کرد.

از آن زمان تا کنون صدها عملیات مختلف علیه نیروهای حکومتی ازجمله سپاه، مرزبانی و نیروی انتظامی داشته است که در این عملیات‌ها سربازان و افسران درجه پایین زیادی کشته شده‌اند. یکی از عملیات‌های گروگان‌گیری جیش‌العدل با پادرمیانی مراجع مذهبی بلوچستان منجر به آزادی گروگان‌ها شد و در فروردین ۱۳۹۳ عبدالحمید اسماعیل‌زهی اعلام کرد که جیش‌العدل تمایل دارد با حکومت ایران مذاکره کند و از جانب خود توصیه به مذاکره با این سازمان برای کاهش خشونت کرد که از جانب رسانه‌های حکومتی مورد حمله قرار گرفت.

جیش‌العدل در پاییز ۹۳ طی اولین مصاحبه‌ای که رهبر آن صلاح الدین فاروقی با العربیه داشت اعلام کرد خواستار نظام فدرالی برای ایران و احقاق حقوق مردم بلوچ و اهل سنت است و تاکید کرد خواستار جنگ فرقه‌ای با جمهوری اسلامی نیست. این سازمان نزدیکی خود به القاعده و داعش را رد کرد اما درمورد نزدیکی به طالبان صحبتی نکرد. هر‌چه بیشتر پیش رفت ایدئولوژی اسلامی برای جیش‌العدل که از ابتدا بر مبنای دیوبندیسم و آمیخته به سلفی‌گری متاثر از فضای جهادی در افغانستان و پاکستان بود، در سطح بیان به برخی مطالبات ملی مردم بلوچستان گره خورد.

از سوی دیگر، در سال ۱۳۹۲ حزب الفرقان ‌و حرکت انصار ایران به هم پیوستند و سازمان انصارالفرقان را شکل دادند.
در حال حاضر جیش‌العدل و انصارالفرقان از مهم‌ترین سازمان‌های جهادی فعال در بلوچستان ایران هستند که با صدور اعلامیه‌ها، عملیات‌های متعددی را طی یک سال گذشته به عهده گرفته‌اند. از جمله‌ی آن حمله به پاسگاه ۱۶ زاهدان بود که به انتقام از جمعه‌ی خونین زاهدان و به فاصله‌ی نزدیکی از صحبت‌های تهدیدآمیز مولوی عبدالغفار نقشبندی مبنی بر انتقام از کشتار حکومت، در تیر ۱۴۰۲ انجام شد و جیش‌العدل این حمله را به‌عهده گرفت.

آنگونه که شاهدیم به‌طور ویژه پس از استقرار جمهوری اسلامی از سویی مولوی‌ها قدرتی دوجانبه با نقشی واسط در بلوچستان گرفتند؛ سلسله‌مراتب مذهبی که آنان در راسش قرار داشتند، در منشا یعنی تکوین مکتب دیوبندی اگرچه ضد استعماری بود اما بروز آن بیش از هر چیز ضد سکولاریسم و آزادی زنان بود. اما مکتب دیوبندی در مختصات ایدئولوژیک خود دست‌نخورده باقی نماند؛ درهم‌آمیزی وهابیسم، سلفیسم و دیگر ایدئولوژی‌های جهادی ‌در دارالعلوم‌های مکتب دیوبندی موجب شد سازمانمندی مدرن این مکتب راه را برای انسجام و سازمانیابی‌های جهادی بگشاید. تقویت گروه‌های جهادی که از جانب برخی کشورها برای مقابله با شوروی در افغانستان انجام شد و جمهوری اسلامی خود از دست‌اندرکاران آن بود، همراه با رقابت‌های منطقه‌ای و بالاگرفتن تضاد شیعه-سنی در پاکستان و تبعیض علیه سنی‌ها در ایران، موجب ظهور گروه‌های جهادی ضد جمهوری اسلامی و‌ ضد شیعی در بلوچستان غربی شد.

نسبت این گروه‌ها با سیستم امنیتی پاکستان مشخص نیست؛ جمهوری اسلامی بارها پاکستان را متهم کرده که مرزهایش امکان فعالیت به این گروه‌های جهادی را داده است. از طرفی تنش‌های پاکستان به‌ویژه با هندوستان تمرکز امنیتی مرزی این کشور را بیشتر به آن سمت برده است. همچنین به باور گروهی همچنان که جمهوری اسلامی در جهت رقابت منطقه‌ای در جهت نفوذ و تقویت برخی گروه‌های بلوچستان شرقی عمل کرده، این احتمال از جانب کشور پاکستان هم منتفی نیست و البته سر بزنگاه مذاکرات و تعاملات دو دولت در تضعیف و تحویل رهبرانی از این گروه‌ها نقش داشته است. همچنین این گروه‌های جهادی به‌صورت تاریخی در رابطه‌ای مثبت با طالبان بوده‌اند.

قدرت‌گیری طالبان در افغانستان در حالی که از پیش جمهوری اسلامی رابطه‌ی مثبت و‌ حتی در مواردی حمایتی نسبت به آن‌ها ایجاد کرده بود، شرایط را در منطقه پیچیده‌تر کرده است. به‌نظر می‌رسد رقابت و مراودات دولت طالبان و جمهوری اسلامی و سمت و سوی تضادها و منافع مشترک این دو دولت نیز در تضعیف و تقویت گروه‌های جهادی نقش ایفا می‌کند. به هر صورت برخی از این گروه‌ها (چه جندالله و چه پس از آن جیش‌العدل) به مرور زمان برخی مطالبات ملی بلوچ را نیز در استراتژی سازمانی خود طرح کرده‌اند و در حال حاضر در مطالبه‌گری حقوق ملی وزنه محسوب می‌شوند. همچنین باید توجه داشت که برخی مولوی‌های بلوچستان در همان مکاتبی فارغ‌التحصیل شده‌اند که موسسان و برخی اعضای گروه‌های جهادی‌ در آن‌جا درس خوانده‌اند؛ این واقعیت، راه بر اشکالی از مراوده، مذاکره و تاثیر متقابل بین مهم‌ترین پایگاه اجتماعی-سیاسی بلوچستان و گروه‌های جهادی گشوده است.