او با وجود موانعی که پس از انقلاب با آن مواجه شد، در سال ۱۳۶۵ فیلم «ناخدا خورشید» را ساخت که جایزه یوزپلنگ برنز جشنواره لوکارنو را برد. این فیلم که اقتباسی از «داشتن و نداشتن» ارنست همینگوی، نویسنده آمریکایی، است، در جنوب ایران ساخت شد.

آقای تقوایی در سال ۱۳۶۸ هم فیلم «ای ایران» را در شمال ایران و در روستای ماسوله ساخت.

بیش از یک دهه طول کشید تا او فیلم بعدیش را بسازد، در سال ۱۳۸۰ پس از ۱۲ سال فیلم «کاغذ بی‌خط» را ساخت. این آخرین اثر سینمایی بود که از او به نمایش درآمد.

ناصر تقوایی در سال ۱۳۸۲ فیلم چای تلخ را بر اساس فیلمنامه‌ای از خودش در خوزستان شروع کرد. این فیلم، که داستانش به جنگ ایران و عراق مربوط می‌شد، به پایان نرسید. دلایل به اتمام نرسیدن این فیلم مشکل مالی و عدم حمایت عنوان شد.

ناصر تقوایی که همواره از منتقدان جدی فضای فرهنگی-هنری حاکم بود، تنها یک بار جایزه ویژه هیئت داوران جشنواره فیلم فجر را کسب کرد اما در مراسم حاضر نشد و جایزه را نگرفت.

او مستندهای برجسته‌ای هم ساخت که در تاریخ سینمای ایران ماندگار شدند از جمله «باد جن» و «اربعین».

مستند «باد جن» به کارگردانی ناصر تقوایی با روایت احمد شاملو، در سال ۱۳۴۸ در بندر لنگه ساخته شد که به آیین زار در جنوب ایران می‌پردازد.

ناصر تقوایی با بسیاری از چهره‌های فرهنگی دوران خود از جمله غلامحسین ساعدی، داستان‌نویس، رابطه نزدیکی داشت.

آقای تقوایی فیلم «آرامش در حضور دیگران» را با اقتباس از داستان «واهمه‌های بی‌نام و نشان» غلامحسین ساعدی ساخت.

این دو بعدها با یکدیگر سفرهایی به جنوب ایران داشتند که نتیجه آن مستند «باد جن» آقای تقوایی و کتاب «اهل هوا» آقای ساعدی بود که گزارش‌هایی است از فرهنگ زار و مراسم پیرامون آن در جنوب ایران.

پارسال در تجلیل از ناصر تقوایی، بزرگداشتی با عنوان «جشن ناخدا سینما» برگزار شد.