با فراگیر شدن مخالفت‌ها با حکومت پهلوی در اقدامی دیرهنگام شاه دست به تغییراتی زد. از جمله این تغییرات برکناری هویدا از پست نخست وزیری در تابستان ۵۶ بود. به نظر می‌رسید ۱۳ سال نخست‌وزیری، او را به یکی از نمادهای حاکمیت بدل کرده بود که می‌شد برای آسیب ندیدن کل نظام تقصیرها را بر گردن او نهاد.

با این وجود مخالفت‌ها کاهش نیافت و روزافزون شد. شاه برای آرام کردن شرایط تصمیم به بازداشت عده‌ای از دولتمردان گرفت که نام هویدا نیز در میان آنان به چشم می‌خورد. در شهریور ۱۳۵۷ امیرعباس هویدا بازداشت شد و این بازداشت تا تغییر حکومت و بعد از انقلاب ایران در بهمن ۵۷ ادامه یافت.

در زمان تغییر ساختار مدیریتی زندان با انقلاب که با فرار ماموران ساواک هم همراه بود بنا به نوشته فریدون قاسمی، در کتاب جمهوری اسلامی ایران از بازرگان تا روحانی، هویدا با وجود آنکه امکان فرار برایش فراهم شد نگریخت و به گفته مسعود بهنود از طریق داریوش فروهر، خود را تسلیم دولت موقت کرد.

دادگاه عجیب

ابراهیم یزدی، دبیرکل فقید نهضت آزادی می‌گوید: "وقتی هویدا را از پادگان جمشیدیه به مدرسه رفاه آوردند، به من گفت که فلانی، من حرف‌های زیادی دارم که باید بزنم... من به آقای خمینی گفتم که هویدا اسرار زیادی دارد... باید بگذاریم حرفش را بزند. آقای خمینی پیشنهاد من را پذیرفت. به خلخالی گفت همان جور که فلانی می‌گوید، عمل کنید..."

نخست وزیر سابق همان زمان تحویل دادگاه انقلاب شد. دولت موقت خواستار محاکمه اصولی او شد اما در فضای ملتهب آن روزها، انقلابیون پرشور مذهبی محاکمه و اعدام سریع تمام سران حکومت شاهنشاهی را در نظر داشتند.

در متن دادخواست هویدا که در دادگاه قرائت شد این "وزیر سابق دربار شاهنشاهی منقرض و نخست وزیر اسبق شاه سابق و ساقط، تبعه ایران" ۱۵ اتهام سنگین داشت که بسیاری از آنان بتنهایی اعدام داشت.

هویدا متهم شده بود به "فساد در ارض، محاربه با خدا و خلق خدا و نایب امام زمان، قیام علیه امنیت و استقلال مملکت با تشکیل کابینه‌های دست‌نشانده آمریکا و انگلیس و حمایت از منافع استعمارگران، اقدام بر ضد حاکمیت ملی با حفظ سلطه سلطان دست نشانده آمریکا و دخالت در انتخابات، قانون‌گذاری و عزل و نصب وزرا و فرمانداران با نظر و خواست سفارتخانه‌های خارجی، واگذار کردن بی‌قید و شرط منابع زیرزمینی از جمله نفت و مس و اورانیوم و غیره به بیگانگان، گسترش نفوذ سیاسی و اقتصادی امپریالیسم آمریکا و همدستان اروپایی‌اش بر ایران، من جمله ازطریق نابودی صنایع داخلی و تضعیف آنها در برابر رقبای خارجی و تبدیل ایران به بازار مصرف کالاهای خارجی، پرداخت درآمدهای ملی حاصل از نفت به شاه و فرح و نیز تسلیم این درآمدها به ممالک وابسته به غرب و سپس اخذ وام به نرخ‌های بالا و گزاف و شرایط اسارتبار از آمریکا و سایر دول غرب، نابود ساختن کشاورزی و دامپروری و از بین بردن جنگل‌ها، شرکت مستقیم در فعالیت‌های جاسوسی به نفع غرب و صهیونیسم، دسته‌بندی با توطئه گران بین‌المللی در پیمان‌های سنتو و ناتو و سرکوبی ملت‌های ایران و فلسطین و ویتنام، عضو فعال سازمان فراماسونری در ایران در لژ فرعی با توجه به اسناد موجود و اقرار شخصی متهم، شرکت در خفه کردن و ارعاب مردم حق‌طلب و استعمار شده ایران با دستگیری آزادیخواهان و کشتار مردم بی‌دفاع و ضرب و جرح و شکنجه و آزار آنان و نقض آزادی‌های اساسی مصرح در قانون اساسی وقت و قوانین موجود از جمله اعلامیه جهانی حقوق بشر و قوانین الهی از جمله با توقیف روزنامه‌ها و اعمال سانسور در مطبوعات و کتب، موسس و اولین دبیرکل حزب استبدادی رستاخیز ملت ایران، اشاعه فساد فرهنگی و اخلاقی و شرکت در تحکیم پایه‌های استعمار ازجمله شرکت در برقراری مجدد کاپیتالاسیون یعنی ایجاد قضاوت کنسولی در مورد آمریکاییان، شرکت مستقیم در قاچاق هروئین در دوران اقامت در فرانسه در معیت حسنعلی منصور، دادن گزارش‌های خلاف واقع و اشاعه اکاذیب با انتشار روزنامه‌های دست نشانده و گماردن سردبیران جیره‌خوار در راس نشریات و سانسور اخبار و انتشار اخبار و گزارش‌های مجعول که تمام این اقدامات در اجرای توطئه استعمارگران بیگانه و سلطان دست‌نشانده به منظور اسارت و استعمار هر چه بیشتر ملت ایران بوده است. سلطانی که حسب اقرار متهم به وسیله آمریکا روی کار آمده است."

"سند" مجرمیت و ادله وارد بودن این اتهامات نیز که بخشی از آنها اساسا وظایف هویدا در جایگاه نخست وزیری بود، در دادگاه ارائه شد. دادستان دادگاه انقلاب تهران این اتهامات را با نظر به "صورت‌جلسات هیئت دولت، گزارش‌های شورای عالی اقتصاد، مقالات و شکایات نویسندگان و شاکیان از جمله آقای دکتر علی اصغر حاج سید جوادی، فتاوی علما و مراجع تقلید، مندرجات روزنامه‌ها، اسناد به دست آمده از ساواک و اسناد موجود در نخست وزیری، شهادت دکتر آزمون وزیر کابینه متهم و شهادت آقای جعفریان و آقای نیکخواه در همین دادگاه" و در نهایت "اقاریر" شخص متهم وارد دانست و چون از نظر دادستان "وقوع جرایم منتسبه قطعی و محقق" بود، تقاضای رسیدگی و صدور حکم اعدام و مصادره اموال متهم را کرد.

مکررترین جملات هویدا در دفاع از خود در برابر این اتهامات این بود که: "در آن سیستم این طور عمل می‌شد که سیاست خارجی مستقیما زیر نظر پادشاه اجرا می‌شد. سیاست نظامی هم زیر نظر پادشاه اجرا می‌شد. سیاست امنیتی نیز مستقیما زیر نظر پادشاه بود. این که چرا این طور بود یک حرف دیگر است ولی زیر نظر پادشاه اجرا می‌شد و اگر دستگاهی جنایتی انجام داده و من اطلاع نداشتم آیا من مقصرم؟ به قدر تقصیر خودم باید مرا مقصر بدانید نه بیشتر..."

در نهایت صادق خلخالی در جلسه دوم دادگاه هویدا در عصر روز ۱۸ فروردین ۱۳۵۸ او را به مرگ محکوم کرد اما چنانچه از روایت‌های مختلف برمی‌آید او در زمان ابلاغ حکم دیگر زنده نبود.

انقلابیون از ترس تجدیدنظر احتمالی در حکم، اجازه اجرای روال رسمی اعدام را مطابق قانون اساسی ندادند و در وقت تنفس دادگاه او را به قتل رساندند.

قاتل هویدا کیست؟

روایت‎ها درباره اینکه قاتل هویدا کیست متعدد است. بیشتر از همه نام "هادی غفاری" مطرح است اما او خود مدعی است که "من هیچ نقشی در پرونده هویدا نداشتم... تا به دادگاه رسیدم یکی از آقایان دادگاه بلند شد و من را در صف اول دادگاه جای داد و نزدیک هویدا نشاند. بعد که تقریباً دادگاه داشت تمام می‌شد و متهم را بیرون بردند، بلند شدم رفتم... هیچ کس جز آقای خلخالی و خدا نمی‌داند چه کسی هویدا را کشته است..."

اصغر رخ‌ صفت، رئیس وقت زندان قصر اما داستان دیگری دارد که با روایت غالب بیشتر منطبق است: "در روز دادگاه هویدا او را به حیاط پشت زندان برده بودند و‌ هادی غفاری با یک تیر هویدا را پیش از اعلان حکم کشته بود، یادم است وقتی صدای تیر در یک وقت غیرمتناسب آمد، بسیار ترسیدم. وقتی سمت صدای تیر رفتم، فهمیدم آقای غفاری هویدا را کشته است."

ابتدای انقلاب، در دادگاه‌ها، بالاخص دادگاه مسئولان رده بالای حکومت شاه، "نمایندگان مردمی" هم حضور داشتتند. ابوالفضل حکیمی، نماینده مردمی حاضر در دادگاه هویدا می‎گوید: "مدتی که گذشت، تنفس دادند و هویدا را از در پشتی دادگاه خارج کردند. من به دنبال ایشان رفتم. هویدا را از پله‌‌ها پایین برده بودند. آن بخش از ساختمان زندان قصر یک حیاط کوچک بود که در انتهایش دو اتاق شبیه سلول انفرادی وجود داشت. ناگهان از سمت سلول‌ها صدای گلوله آمد. لحظاتی بعد آقای خلخالی و آقای غفاری از آن اتاق خارج شدند. آقای غفاری یک کلت کمری در دست داشت و خلخالی با سرزنش به او می‌گفت 'دستت چرا می‌لرزید؟' فهمیدم هویدا را کشته‌‌اند."

روایت ابراهیم یزدی هم این گفته‌ها را تایید می‌کند: "هنوز حکم رسمی صادر نشده بود و داشتند او را از دادگاه خارج می‌کردند که آقای غفاری احساساتی شد و به ایشان تیراندازی کرد و از این بابت بسیار مورد شماتت هم قرار گرفت. بعد ظاهرا پیکر بی‌جان آقای هویدا را جایی نشاندند و حکم اعدام را برایش خواندند و اعدام کردند."