جوادی آملی در پاسخ به این سوال که آیا مرجعیت یک نهاد مردمی نبوده است و این مردم نیستند که باید مرجع را انتخاب کنند؟ گفت: همینطور است. چنین لحن و ادبیاتی هم هیچ وقت در حوزه های علمیه نبوده است. معلوم است که این صحبت ها جایگاهی ندارد که بتوان درباره آن اظهار نظر مثبت یا منفی کرد. من فکر نمی کنم که اصلا دامن زدن به این صحبت ها برای کشور در چنین شرایطی مفید و سازنده باشد.

جوادی آملی گفت: جایگاه، خاندان، شخصیت علمی و فرزانگی حضرت آیت الله علوی بروجردی ذاتا نشان گر چهره دینی، علمی و فقاهتی ایشان است و حتما شخصیت سنجیده، فرزانه و حکیمی هستند که اقدامشان جز بر اساس صلاح دین وصلاح حوزه های علمیه نیست. قطعا ملاحظات آیت الله محمدجواد علوی بروجردی در جهت حفظ جایگاه مرجعیت به مراتب بیش از دیگران است. کلیت حوزه این مساله را باور دارد که جایگاه و بیت ایشان چقدر در جامعه علمی و فضای نخبگانی حوزه موثر بوده و هست. اظهار نظرهای این چنینی نمی تواند به حریم فقاهت و جایگاه علمی ایشان خدشه ای وارد کند.

وی افزود: امروز باید حوزه ها را با زبان و لحن دیگر راهبری کرد. کسانی که احساس می کنند که باید حوزه و روحانیت برای تشیع در حد باشکوهی باقی باشد باید به گونه دیگری سخن بگویند.

به گزارش جماران، آیت الله محمد یزدی همچنین اظهارات تندی درباره حسن روحانی به کار برده بود. او گفته بود: «چطور کسی که تنفیذ ولایت را دارد، جرأت کرده و کارهای خلاف امر رهبری را می‌کند؛ مثل مخالفت درباره فضای مجازی و... اگر نمیتوانی مملکت را اداره کنی، برو کنار. این برو کنار را چه کسی باید بگوید؛ در درجه اول حوزه باید بگوید. بعد از نظر قانونی باید دیوان عالی قضایی بگوید. بعدش هم مجلس بگوید ولی متأسفانه می‌بینیم مجلس هم وضعیت دیگری دارد!»

مرتضی جوادی آملی در این رابطه نیز به جماران گفت: دستگاه نظام سیاسی کشور و قانون اساسی راه را مشخص کرده است. اگر بناست رسیدگی شود و انتقاد قانونی شود باید از جایگاه مجاری قانونی صورت بگیرد که در حقیقت دستگاه قضایی و مجلس هستند که باید رسیدگی کنند. اظهار نظر افراد نیز فقط جنبه سیاسی دارد وگرنه خود رهبری معظم انقلاب هم بارها و بارها دولت ها را هدایت کرده اند. از زمان امام تا کنون هرگاه رهبری احساس کرده اند که مسیر دولت مسیر درستی نیست و باید در مسیر درستی قرار بگیرند هدایت راهنمایی و کمک می کردند. با این جور لحن ها و سخن ها هرگز نمی توان مسیر فکری دولت تعیین کرد. باز هم تکرار می کنم که شرایط کشور و موقعیتی که برای نظام سیاسی ما وجود دارد مسیر قانونی و مشخصی را تعیین کرده است. اگر همگان به این مسیر ملتزم شویم بهتر می توان جامعه را اداره کرد.