بخشی از تلاش او در این یادداشت‌ها، تفهیم ساده و روان‌نویسی، و پرهیز از غامض‌گویی و پیچیده‌نویسی بود. چرا که در یادداشت‌‌های مختلفش تاکید می‌کرد بخشی از مشکلات و نبود درک و تفاهم و فقدان گفت‌وگو در فرهنگ ایرانی، به همین غامض‌نویسی و پیچیده‌گویی مرتبط است؛ چنان که در یکی از یادداشت‌هایش (۲۳ فروردین ۱۳۸۷) همین نکته را با نقل قولی از کارل پوپر، فیلسوف انگلیسی مورد توجه قرار داد.

«بسیاری از ما نمی‌توانیم ساده و روان بنویسیم و راست گفته است پوپر که «در جهان دانش، کاری دشوارتر از آسان‌نویسی نیست، و سپس بخشی مهم از نبود ساده‌نویسی را به پیچیدگی‌های مستتر در زبان فارسی مرتبط دانست و در آن زمینه پرسش‌هایی مطرح کرد.

نکته جالب توجه این که به دلیل آشنایی با حوزه و طلاب قم در آن دیار، کلاس‌های درس ساده‌نویسی و روان‌گویی را برپا کرد که با اقبال فراوانی هم روبه‌رو شد. همین کلاس‌ها و نیز یادداشت‌های مختلفی که در زمینه درست‌نویسی و ساده‌نویسی داشت، ناشران قمی را به صرافت انداخت تا آثار و یادداشت‌ها و نیز تاملاتش در این زمینه را کتاب کرده و منتشر سازند. کتاب «بهتر بنویسیم: درس‌نامهٔ درست‌نویسی، ساده‌نویسی و زیبانویسی» او، ضمن آن که چند بار ویرایش شد، با اقبال روبه‌رو و چندین بار تجدید چاپ شد. کتاب دیگر او در همین زمینه، «آیین قلم؛ جُستارها و گفتارهایی دربارهٔ نگارش علمی»، نیز از سوی انتشارات مطاف قم منتشر شد که باز هم گوشه‌ای دیگر از تلاش‌های او در زمینه ویرایش و ادبیات و زیبانویسی را در بر می‌گرفت.

در مجموعه یادداشت‌های آقای بابایی، پرداختن به سیاست به معنای روزمره آن بسیار کم است. شاید تنها برهه‌ای که او به «سیاسی‌نویسی» و حتی طرفداری مستقیم از یکی از نامزد‌های ریاست جمهوری پرداخت، انتخابات سال ۱۳۸۸ بود که او دفاعی تمام‌قد از میرحسین موسوی کرد. اتفاقات بعد از آن و سخت‌گیری‌ها و به زندان افکندن و شکنجه منتقدان، او را سرخورده کرد و تقریبا کمتر در حوزه سیاست روز نوشت.

منتقد دینداری فقیهانه

بخشی مهم از یادداشت‌های او بعد از اتفاقات سال ۸۸، و نیز موانعی که در سال‌های حول‌و‌حوش ۱۳۹۲ بر سر راه اصلاح‌طلبی نهادند، به نقد دینداری فقهی اختصاص داشت. این یادداشت‌ها بعدها شاکله اصلی آخرین کتابی شد که از او در سال ۹۷ منتشر شد. در یادداشت ۱۸ فرودین ۹۴ که به نسبت سایر یادداشت‌هایش طولانی‌تر است، با نگاهی تبارشناسانه و تاریخی نشان می‌دهد که چگونه فقه کنونی از معنی اصلی و تاریخی‌اش تهی شده است و فقها نوعی نظارت استصوابی را بر دیگر علوم اعمال کرده‌اند، و همین امر سبب شده است تا حوزه‌های علمیه ایران عملا در زمینه‌‌های تاریخی و کلامی و فلسفی، حرف و نکته درخوری برای گفتن نداشته باشد.

شاید مهمترین کتاب او را بتوان آخرین کتابش دانست که با عنوان «دیانت و عقلانیت» در بیش از ۴۰۰ صفحه منتشر شد. این کتاب، اگر چه عمده یادداشت‌های اخیر او در نقد دینداری فقیهانه و نسبت عقلانیت با دین را در بر می‌گیرد، اما چنان که در مقدمه آن اشاره کرده‌اند، برای آن که به شکل کتاب در‌آید، ویرایش و پیرایشی اساسی شد.

او در این کتاب عقلانیت درون‌دینی را مد نظر قرار داده است و کوشیده است تا اجزای نظری و مناسکی منسوب به دین را به پیش‌فرض‌ها، مبانی، و مقبولات دینی عرضه ‌کند، تا درنگرد که آیا میان آنها ارتباطات منطقی و ارگانیک وجود دارد، یا نه.

در یکی از آخرین یادداشت‌هایش که نشان می‌دهد در فضایی تب‌آلود و بیمار نوشته‌ شده است، بر زندگی با نظرگاه فقیهانه می‌تازد و در توصیه به مخاطبان، می‌نویسد: «در جهان، از گرگ گرسنه و مار زخمی آنقدر نباید ترسید که از کسانی که زندگی را نمی‌فهمند و قدم زدن در پارک را و رفیق‌بازی را و دوستی با حیوانات را و عشق‌ورزی با طبیعت را و خندیدن و رقصیدن را و موسیقی را و نشستن بر روی صندلی‌های سینما و تئاتر را. (۸ آبان ۱۳۹۸)

آخرین یادداشت‌ها و ناامیدی از تغییر

یادداشت‌های آخر بابایی نوعی ناامیدی تمام و کمال از ایجاد تحولی در ساخت قدرت کنونی را فریاد می‌کند. به‌خصوص بعد از وقایع آبان‌ماه و نیز ماجرای سرنگون کردن هواپیما که فریاد« دشمن دشمن» جریان هسته سخت قدرت به هوا بلند شده بود، او در یادداشت مورخ دوم دی‌ماه نوشت: «اگر همه مشکلات کشور، از اختلاس‌ها تا اعتراض‌ها، زیر سر دشمن است، چرا ساختار سیاسی و وضع کنونی کشور را در عرصه حاکمیت، کار دشمن ندانیم؟ اگر ما دشمنانی داریم که می‌توانند چه و چه بکنند، چرا نتوانند ما را در راهی بی‌بازگشت در عرصه سیاست بیندازند؟ حالا که همه چشم‌ها به سوی دشمن است، بهتر نیست که او را همیشه پشت در نبینیم؟ او گاهی کنار ما و بلکه جای ما نشسته است.» (دوم دی‌ماه ۱۳۹۸)

آخرین یادداشت او در ۱۹ دی‌ماه ۱۳۹۸، بسیار کوتاه و در اندازه یک پاراگراف است و نشان می‌دهد که مردی که در بیش از ۱۵ سال در نقد قدرت دینی و دینداری فقیهانه با قلمی و زبانی محترمانه نقد کرد و گوشزد نمود، چگونه از نقدها خسته و ناامید است و گویی همه را بر بادرفته می‌بیند:

«ما امیدوارترین مردم دنیا بودیم. هیچ ملتی همچون ما آسان دل نمی‌بست و معصومانه اعتماد نمی‌کرد. شمشیرهای خطا و خنجرهای جفا رشته امید ما را نبرید. در تندباد حوادث، از جان برای شمع امیدمان سرپناه می‌ساختیم. هزاران روز را به انتظار لبخندی می‌گذراندیم، اگرچه جز خشم و خشونت نمی‌دیدیم. آنان که اکنون ما را از هر تغییری ناامید کردند، بر خود ببالند که مردمی شیدا و عاشق را بر خاکستر افسردگی نشاندند.

شناسنامه‌ام را می‌بینم. جایی برای مُهر جدید نمانده است. ما را شرمنده شناسنامه‌هامان هم کردید. فردا نسلی از راه می‌رسد که چراغ امیدش را در جایی دیگر روشن می‌کند؛ آنجا که دست شما به آن نمی‌رسد.»