پیشتر نیز برخی از رسانه‌های اسرائیلی و بین‌المللی احتمال داده بودند که انفجار سال گذشته، تجهیزات یا لوله‌هایی بوده که از مدت‌ها قبل به این مکان رخنه داده شده و برنامه‌ریزان، منتظر فرصت مناسب برای انفجار آن بودند.

در واکنشی دیگر به ابعاد امنیتی ماجرا، اسحاق جهانگیری، معاون اول رئیس جمهور ایران بدون اشاره مستقیم به حادثه نطنز گفته است: «باید بررسی شود دستگاهی که مسئول بوده جلو اقدامات دشمن را بگیرد و در این زمینه توفیقی به دست نیاورده است، بازخواست شود».

بر اساس اظهارنظرهای رسمی مسئولیت حفاظت از تاسیسات هسته‌ای ایران بر عهده سپاه پاسداران است.

پیش از این رمضان شریف، سخنگوی سپاه پاسداران انقلاب اسلامی گفته بود که «وظیفه حفاظت از برخی مناطق و مراکز حیاتی از جمله تأسیسات هسته‌ای به نیروی هوافضای سپاه سپرده شده است».

از اظهارات آقای شریف مشخص نبود که آیا علاوه بر حفاظت فیزیکی از این مراکز، حفاظت اطلاعاتی از برنامه هسته‌ای نیز بر عهده سپاه پاسداران است یا خیر، ولی سال ۹۲، محمدحسن کاظمی، جانشین فرماندهی حفاظت سپاه پاسداران گفت: «بعد از ترور دانشمندان هسته‌ای حفاظت از این شخصیت‌ها نیز به سپاه واگذار شد.»

با این حال پس از حادثه نطنز، علی ربیعی، سخنگوی دولت ایران، گفت که «وزارت اطلاعات عامل خرابکاری در نطنز را شناسایی کرده است».

مشخص نیست این خبر نشان‌دهنده مسئولیت وزارت اطلاعات در حفاظت اطلاعاتی از برنامه هسته‌ای ایران است یا این که وزارت اطلاعات ایران پس از این ماجرا به این حادثه وارد شده است.

بر اساس گزارش روزنامه آمریکایی نیویورک تایمز، انفجاری که بامداد روز ۲۲ فروردین در تاسیسات نطنز رخ داد نتیجه «خرابکاری اسرائیل» بوده و برنامه غنی‌سازی اورانیوم ایران را «دست‌کم تا ۹ ماه به تعویق انداخته است».