ابوالحسن بنی‌صدر در دوران کوتاه ریاست جمهوری خود کوشید از نفوذ سپاه پاسداران در دولت نوپای انقلابی ایران بکاهد.

با این وجود بسیاری از منتقدان جمهوری اسلامی بر این باورند که حمایت‌های اولیه بنی‌صدر از خمینی به تثبیت موقعیت روحانیون و نظریه ولایت فقیه کمک شایانی کرد.

بنی‌صدر همچنین در سرکوب مخالفان در سال‌های اولیه تاسیس جمهوری اسلامی نقش داشته است. او درباره قیام مردم کردستان ایران گفته بود: «من به نیروهای ارتش دستور می‌دهم تا پایان غائله کردستان پوتین‌هایشان را از پا درنیاورند.»

او پس از عزل مدتی مخفیانه زندگی کرد و سپس به همراه مسعود رجوی، رهبر سازمان مجاهدین خلق، از ایران به مقصد پاریس خارج شد.

بنی‌صدر پس از خروج از ایران به همراه سازمان مجاهدین خلق و تعدادی دیگر از مخالفان جمهوری اسلامی «شورای ملی مقاومت ایران» را بنیان گذاشتند اما مدتی بعد داوطلبانه از این شورا کناره‌گیری کرد.

انیس نقاش، عامل ترور شاپور بختیار در مصاحبه‌ای با «روزنامه ایران» از قصد سپاه پاسداران ایران برای ترور بنی‌صدر در خارج از کشور خبر داده بود.