ظریف و همکارانش در کتاب راز سر به مهر نوشته‌اند: «اظهارات وزیر خارجه امریکا بی پیرایه‌ترین عبارت و کلماتی بود که از ابتدای ورود به مذاکرات مسقط مطرح می‌شد. با این همه، به نظر می‌رسید تصمیم برای بیان بخشی از مکنونات ضمیر هیات امریکایی بیش از آن که ریشه در صداقت داشته باشد، ریشه در اقتضای زمان داشت؛ نکته‌ای که او به درستی آن را نشان داد. اوباما فقط دو سال و نیم فرصت دارد.»

کری در اظهارات علنی خود، با احترام کم‌سابقه از آیت‌الله خامنه‌ای یاد می‌کرد، فتوای او درباره حرام بودن سلاح اتمی را معتبر می شمرد و بر اساس همین فتوا، رسیدن به توافق هسته‌ای که جمهوری اسلامی را از ساخت چنین سلاحی دور می‌کرد، شدنی و قابل دسترس می‌دانست.

مشخص نیست اوباما و کری در بیرون از محل مذاکرات چه دیدگاهی درباره مقام‌های جمهوری اسلامی داشتند اما ظریف در کتاب خود می‌گوید خامنه‌ای در یکی از مذاکرات خصوصی، «ارنست مونیز»، وزیر انرژی امریکا را که برای ارزیابی‌های فنی به مذاکرات پیوسته بود، «جذاب» نیافته بود.

خامنه‌ای دو ماه پس از اظهارات آشتی‌جویانه و محترمانه کری در جلسه‌ای که با ظریف و اشتون برگزار کرده بود، پس از مرخصی از بیمارستان به نحوی درباره هیات امریکایی صحبت کرد که باور کردنی نبود: «و اما یک مطلبى هم خارج از مساله‌ بیمارستان و بیماری و محیط بیمارستان عرض بکنم و آن این که من این چند روزه - این دو سه روز آخر - تفریحى داشتم و آن تفریح عبارت از این بود که گوش می‌کردم به حرف‌هاى امریکایى‌ها در زمینه‌ داعش و مبارزه‌ با داعش و حرف‌هایی که می‌زنند؛ حرف‌هاى پوچ و توخالى و جهت‌دار. از جمله‌ آن چیزهایی که برای من واقعاً مایه‌ تفریح بود، این بود که دیدم هم وزیر خارجه‌ى امریکا، هم آن دختر - سخن‌گویشان که مى‌آید و مى‌ایستد آن‌جا حرف می‌زند- صریحاً گفتند که ما از ایران برای ائتلاف علیه داعش دعوت نمی‌کنیم... این برای ما مایه‌ افتخار است، مایه‌ تأسف نیست. ثانیاً دیدم همه‌شان دروغ می‌گویند... امریکایى‌ها به‌ وسیله‌ سفیرشان، از سفیر ما در عراق درخواست کردند که بیایید بنشینیم درباره داعش با هم هماهنگى کنیم... بعضى از مسوولین ما هم حرفى نداشتند. من مخالفت کردم... چون این‌ها خودشان دست‌شان آلوده است. بعد از آن هم همین آقاى وزیرخارجه‌اى که این حرف را آمد جلوى چشم همه‌ دنیا پشت دوربین گفت که ما از ایران همکاری نمی‌خواهیم، همین ایشان شخصاً از آقاى دکتر ظریف درخواست کرده بود که بیایید ما در این قضیه همکارى کنیم. دکتر ظریف رد کرد. معاون او هم که او هم یک زنى است که مى‌بینید، مى‌شناسید، از آقاى عراقچى در مذاکراتش درخواست کرده بود که بیایید ما همکاری کنیم.»

منظور خامنه ای از «آن دختر» که او را «سخن‌گویشان» معرفی کرد، «ماری هارف»، سخن‌گوی وقت وزارت خارجه امریکا بود. «آقای وزیرخارجه‌اى که این حرف را آمد جلوى چشم همه‌ دنیا پشت دوربین گفت»، وزیر خارجه امریکا، جان کری بود و «معاون او هم که او هم یک زنى است که مى‌بینید»، نفر دوم وزارت خارجه و مذاکره کننده ارشد، یعنی وندی شرمن بود که رهبر جمهوری اسلامی به طور علنی و با لحنی تحقیرآمیز از آن‌ها یاد می‌کرد.

در کتاب راز سر به مهر این گونه اظهارات و واکنش احتمالی مذاکره کنندگان امریکایی انعکاسی ندارد اما در عوض آیت‌الله خامنه‌ای فردی مطلع، کاردان و با تجربه در زمینه مذاکرات خارجی معرفی شده است: «چنان بر جزییات مسایل و اجزای مذاکره وقوف و نظارت داشتند که گزاف نیست اگر گفته شود در دیدار به دیدار و عنوان به عنوان مباحث مذاکره، حاضر و هادی و توامان ناظر و ناقد بودند.»

هرچه مذاکرات اتمی به مراحل حساس و دشوارتر خود نزدیک می‌شدند، سخنرانی‌های علنی خامنه‌ای هم در انتقاد از امریکا و مخالفت با توافقات به دست آمده بیشتر می‌شدند و گاهی خط قرمزهایی تعیین می‌کرد که گفت‌وگوها را به بن‌بست می‌کشاندند. این وضعیت به مرور در دیدگاه جان کری درباره خامنه‌ای و برخورد فوق‌العاده احترام‌آمیز او تغییر ایجاد کرد.

در یکی از فرازهای کتاب، ظریف به گفت‌وگوهای مربوط به پرونده «پی‌ام‌دی» یا «ابعاد احتمالی نظامی پرونده اتمی» اشاره می‌کند و می‌گوید: «در نمونه‌ای نادر اما مهم که مناقشه بر سر توافق پیرامون نحوه دسترسی به اماکن و افراد بود، دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی حسب مصوبه کمیته ویژه هسته‌ای، سازوکار یا نقشه راهی تمهید و پیشنهاد کرد. موضع رهبری در تعارض آشکار با نقشه راه دبیرخانه شورای عالی امنیت ملی و مخالفت صریح برای ایجاد هرگونه دسترسی به دانشمندان کشور و بازدید از اماکن خاص اعلام شد.»

کتاب می‌گوید: «گروه مذاکره کننده باید در مسیر تصمیمات کلان کشور که رهبری انقلاب فصل‌الخطاب آن مواضع بودند، گام بر می‌داشت. از این رو رای مقام معظم رهبری به عنوان موضع تهران به وزیر خارجه امریکا ابلاغ شد.»

واکنش جان کری به این اقدام، بازتابی از نگرش تغییر یافته او به ساختار تصمیم‌گیری و حکومت در نظام جمهوری اسلامی است: «واکنش توام با عصبانیت آقای کری که نمی‌توانست بر راز این تغییر دیدگاه وقوف یابد و دریابد چنین نگرشی واجد چه پیشینه و عمقی است، این گونه بود که نمی‌شود یک نفر همه تصمیمات را به هم بزند.»

راز سر به مهر می گوید ظریف واکنشی تسریع و تند نشان داد: «این قضاوت درست نیست که تصور شود یک نفر در جمهوری اسلامی تصمیم می‌گیرد بلکه یک مجموعه تصمیم گیری در کشور است که مسیرهای خود را طی می‌کند و رهبری با اشراف بر آن ملاحظات، ابراز نظر و انشای رای می‌کنند.»

این تعبیری سیاسی بود از آن‌چه کری بدون نام بردن از دیکتاتوری گفته بود و به معنای تجمیع قدرت در دستان یک نفر در یک کشور که ظریف سعی کرده بود به سعی خود آن را بازتعریف کند.