هم‌زمان با بازداشت سازگارا، یک گروه از كارشناسان حقوق بشر سازمان ملل متحد برای بررسی وضعيت زندان‌ها و بازداشت‌های خودسرانه و ملاقات با زندانيان سياسی در ايران به سر می‌برد. حضور کارشناسان حقوق بشر در آزادی او بی‌تاثیر نبود.

بهار ۱۳۸۲، اعتراضاتی در دانشگاه‌های تهران، از جمله در کوی «دانشگاه تهران» و خوابگاه «دانشگاه علامه طباطبایی» در طرشت تهران رخ داد و گروه‌های مشهور به «لباس شخصی» مانند سال ۱۳۸۷، به خوابگاه‌های دانشجویان حمله کردند.

مدتی بعد از این اعتراضات و در ۲۵ خرداد ۱۳۸۲، سازگارا بازداشت شد و مقامات قضایی دلیل بازداشت او را نقش داشتن در این اعتراضات ذکر کردند.

سازگارا در مدت بازداشت، در اعتصاب غذا بود و خانواده‌اش بارها با مصاحبه و نوشتن نامه به مقامات، نسبت به وضعیت او ابراز نگرانی کردند.

۱۲ مهر ۱۳۸۲، «محمدعلی سازگارا» و «اقدس انيسی تهرانی»، پدر و مادر او نوشتند که اگر در ۲۴ ساعت آينده وضعيت سلامتی فرزندشان به اطلاع خانواده‌اش نرسد، مراتب را به ديوان‌های بين‌المللی به عنوان شكايت اعلام خواهند کرد.

«رجبعلی مزروعی»، نماینده اصفهان در مجلس شورای اسلامی هم در نطق پيش از دستور خود هشدار داد که ممکن است محسن سازگارا نيز هم‌چون «زهرا کاظمی»، خبرنگار ایرانی تبعه کانادا، در بازداشت جان خود را از دست بدهد.

خانواده محمد محسن سازگارا با ارسال نامه‌ای سرگشاده به محمد خاتمی، ریيس جمهوری وقت، خواستار روشن شدن وضعيت او شدند.

«عبدالكريم سروش» در همان زمان خواستار پایان اعتصاب غذای سازگارا شد و در نامه‌ای نوشت: «كرشمه‌ای كن و بازار ساحری بشکن، به غمزه رونق و ناموس سامری بشکن.»

سازگارا اما وقتی به این نامه دست یافت که آزاد شده بود. او در پاسخ نوشت: «عاشقم بر مهر و بر قهرش به جد، بوالعجب من عاشق اين هر دو ضد، زندان و آزاد، تلخ و شيرين، هرچه هست، از او است.»

او بعدها گفت که ۱۱۴ روز را در زندان و ۵۶ روز از آن را در انفرادی و اعتصاب غذا گذرانده بود.

سازگارا توضیح داد پس از وعده «سعید مرتضوی»، دادستان وقت تهران درباره برآورده شدن خواسته‌هایش، اعتصاب غذای خود را شکست اما بعد از ۲۱ روز بار دیگر اعتصاب کرد و این اعتصاب غذا ۲۳ روز طول کشید.

به گفته خودش، قلب، چشم و دستگاه گوارش او در این مدت مشكل پيدا كرده بودند و پنج بار به بيمارستان «بقيه‌الله» اعزام شده بود.

سازگارا سپس به شش سال زندان و پنج سال محروميت از حقوق اجتماعی محکوم و این حکم تایید شد. در این میان، «وحيد سازگارا»، فرزند محسن سازگارا نیز به اتهام «اقدام عليه امنيت ملی كشور»، با كيفرخواست نماينده‌ دادستان مورد محاکمه قرار گرفت اما در نهایت برای او حکمی صادر نشد.

سازگارا در پاییز ۱۳۸۲ از کشور خارج شد و پس از آن نیز چند نامه به خامنه‌ای نوشت.

او سال ۱۳۸۴ در نامه‌ای سرگشاده، از رهبر جمهوری اسلامی خواست میزان مشروعیت خود در جامعه ایران را به رای آزاد بگذارد و یا پیشاپیش از رهبری کناره‌گیری کند.

این فعال سیاسی خواستار آشتی جمهوری اسلامی با جهان شد و در عین حال اعلام کرد که اميد چندانی به ثمربخش بودن آن ندارد زیرا علی خامنه‌ای يك حصار تئوريك بسيار عقب افتاده و ناكارآمدی به دور خودش كشيده که مملکت را در لبه پرتگاه قرار داده است.

او سال ۱۳۸۷ نیز نامه دیگری با عنوان «هرکه را خانه نئین است، رفتارش نه این است»، نوشت و در آن اعلام کرد که بر اساس تحقیقات یک محقق آلمانی، «ولادیمیر پوتین» یکی از افسران عالی‌رتبه «ک‌گ‌ب» بوده که درباره ایران کار می‌کرده است و او و دیگر ماموران این سازمان نسبت به علی خامنه‌ای نظر بسیار مثبتی داشته‌اند.

سازگارا سال ۱۳۹۶ نیز در نامه‌ای با اشاره به عمل جراحی علی خامنه‌ای و با اشاره به حدیث «حاسبوا انفسکم قبل ان تحاسبوا وزنوها قبل ان توزنوا (از خودتان حساب بکشید قبل از آن که از شما در روز جزا حساب بکشند و اعمال خود را بسنجید قبل از آن که اعمال‌تان را در آن روز بسنجند)» افزود هدفش از این نامه، کمک کردن به خامنه‌ای برای حساب‌کشی از خود است.

این فعال سیاسی در این نامه پیشنهاد کرد که قانون اساسی جمهوری اسلامی را به رفراندوم بگذارد و مجلس موسسان منتخب مردم قانون اساسی جدیدی بنویسد تا این خانه را به صاحب‌خانه، یعنی ملت ایران تحویل دهد.

او در سال‌های گذشته نیز بارها با صدور بیانیه‌ها و نوشته‌هایی، به صورت فردی خواستار تغییر حکومت شده است؛ از جمله سال ۱۳۹۶، به همراه ۱۴ فعال سیاسی و مدنی، وکیل و فیلم‌ساز، در بیانیه‌ای، با تاکید بر «اصلاح‌ناپذیری» حکومت جمهوری اسلامی، خواستار برگزاری همه‌پرسی تحت نظارت سازمان ملل متحد برای گذار مسالمت‌آميز از حکومت فعلی به يك «دموكراسی سکولار پارلمانی» شدند.

«نسرین ستوده»، «شیرین عبادی»، «نرگس محمدی»، «پیام اخوان»، «جعفر پناهی»، «محمد سیف‌زاده»، «حسن شریعتمداری»، «حشمت‌الله طبرزدی»، «ابوالفضل قدیانی»، «محسن کدیور»، «کاظم کردوانی»، «محسن مخملباف»، «محمد ملکی» و «محمد نوری‌زاد» دیگر امضا کنندگان این بیانیه بودند.