وی در مدت یک و نیم سال مدیریت بر سازمان زندان ها، اشتغال‌زایی زندانیان، سرکشی از خانواده زندانیان، توجه به بازسازی شخصیتی زندانیان، بازدید مکرر از زندان‌های کشور و حضور گروه‌های مختلف جهادی برای خدمت به زندانیان را در دستور کار خود قرار داد.

این در حالیست که انتشار فیلم‌هایی از بدرفتاری برخی مأموران با زندانیان و همچنین درگیری بین مأموران زندان اوین در ماه‌های گذشته نیز از اتفاقات مهمی بود که در دوران مدیریت حاج‌محمدی رخ داد.

پس از انتشار این ویدئوها در شبکه های اجتماعی، محمدمهدی حاج‌محمدی رئیس وقت سازمان زندان‌ها، با انتشار یک پست در حساب کاربری خود در توییتر عذرخواهی کرد و نحوه برخورد با زندانیان در زندان اوین را «غیرقابل قبول» خواند و قول داد به این موضوع رسیدگی کند.

وی همچنین اعلام کرد دو مأموری که در فیلم ها در حال کتک زدن زندانیان دیده شده‌اند را چند ماه پیش از انتشار فیلم‌ها برکنار کرده است.

در مرداد ماه سال جاری، گروهی هکری موسوم به «عدالت علی»، ویدئوهایی را برای رسانه‌ها ارسال کرد که مدعی بود با هک کردن دوربین‌های زندان‌های ایران به دست آورده است؛ این فیلم‌ها حاوی تصاویری از بدرفتاری با زندانیان و کتک زدن آنها بود.

محمدمهدی حاج محمدی یکی از مدیرانی بود که رئیس سابق قوه قضاییه یعنی ابراهیم رئیسی که اکنون رئیس جمهوری ایران است، به ریاست سازمان‌ زندان‌ها منصوب کرد.

قبل از محمدمهدی حاج محمدی، علی اصغر جهانگیر حدود ۶ سال و پیش از او غلامحسین اسماعیلی به مدت ۵ سال ریاست سازمان زندان‌ها را به عهده داشتند و دوره آقای حاج محمدی در بین مسئولان سه دهه گذشته سازمان زندان‌ها دوره‌ای بسیار کوتاه به شمار می‌رود.

پس از انتشار خبر برکناری محمدمهدی حاج‌محمدی از ریاست سازمان زندان‌ها و معرفی رئیس جدید، حاج‌محمدی در صفحه شخصی خود در توییتر، پیام کوتاهی منتشر کرد و نوشت: «چگونه سر ز خجالت برآورم بر دوست که خدمتی به سزا برنیامد از دستم».

پیش از این، افرادی چون مجید انصاری (۱٣۶۵-١٣۶۶)، اسماعیل شوشتری (۱۳۶۶-١٣۶۸)، شهید اسدالله لاجوردی (۱۳۶۸-١٣٧۶)، مرتضی بختیاری (۱۳۷۶-۱۳۸٣)، علی‌اکبریساقی (۱۳۸۳-١٣۸۸)، غلامحسین اسماعیلی (١٣۸۸-۱۳۹۳) علی‌اصغر جهانگیر (١٣۹٣-۱۳۹۹) نیز پیش از این ریاست سازمان زندان‌ها را برعهده داشتند.