او پس از شروع فعالیت به عنوان قاضی در استان تهران، از سال ۱۳۷۸ به عنوان دادستان در سازمان قضایی نیروهای مسلح استان خوزستان به فعالیت خود ادامه داده و پس از آن، در سال ۱۳۸۲ به اصفهان رفته و تا سال ۱۳۸۷ به عنوان دادستان سازمان قضایی نیروهای مسلح استان اصفهان شاغل بوده است.

ابراهیم مهرانفر از سال ۱۳۸۷ به مدت هشت سال و تا سال ۱۳۹۵ رییس سازمان قضایی نیروهای مسلح اصفهان و از سال ۱۳۸۸ تا ۱۳۹۵ عضو و رییس هیات مدیره شرکت تعاونی مسکن این سازمان بوده است.

او تیر ۱۳۹۵ با حکم «صادق آملی لاریجانی»، رییس وقت قوه قضاییه، به عنوان معاون توسعه مدیریت و منابع سازمان قضایی نیروهای مسلح جمهوری اسلامی منصوب شد.

در پایگاه اطلاع‌رسانی قوه قضاییه آمده است که مهرانفر سابقه انتخاب به عنوان قاضی نمونه قوه قضاییه و سازمان قضایی نیروهای مسلح را در کارنامه‌اش دارد و در سال ۱۳۹۴ نیز به عنوان فرمانده نمونه بسیج قوه قضاییه انتخاب شده است.

او در سال نیز ۱۳۹۸ به عنوان پژوهش‌گر برتر قوه قضاییه معرفی شده بود.

مهرانفر تیر ۱۳۹۴ در مراسمی در اصفهان گفته بود در سازمان قضایی نیروهای مسلح، حفظ شأن نیروهای مسلح و مبانی نظم فرماندهی و هم‌چنین حفظ اسرار به عنوان یک آرمان محسوب می‌شوند.

او همین چند ماه پیش رسالت اصلی سازمان قضایی نیروهای مسلح در ایران را «صیانت از نیروی مسلح» دانسته بود. منظورش از صیانت را می‌توان به مصونیت نیروهای مسلح برابر مجازات ناشی از ارتکاب جرم برداشت کرد؛ همان کاری که در دوره ریاستش بر سازمان قضایی نیروهای مسلح در اصفهان انجام داده بود.

تبرئه نیروی انتظامی در پرونده یورش به کشاورزان اصفهانی

اسفند ۱۳۹۱، اعتراض کشاورزان اصفهانی نسبت به اختلاف حق‌آبه تعیین‌ شده با میزان واقعی، منجر به درگیری بین کشاورزان و نیروی انتظامی اصفهان شد که متعاقب آن، تعدادی از کشاورزان مورد ضرب و شتم ماموران قرار گرفتند.

کشاورزان شرق اصفهان معتقد بودند آب «زاینده‌رود» که از سال‌های دور به زمین‌های آن‌ها اختصاص می‌یافت، به استان‌های یزد، قم، کاشان و کارخانه‌های بزرگی مانند فولاد مبارکه و ذوب‌آهن روانه می‌شود. این کشاورزان در اعتراض به قطع سهمیه آب خود، با تجمع در مقابل خط لوله انتقال آب اصفهان به یزد، اعتراض‌شان را نشان داده و با یورش ماموران نیروی انتظمی مواجه شدند.

چند روز بعد، حدود ۱۳۰ نفر از کشاورزان که در اثر سرکوب نیروی انتظامی دچار آسیب جسمی و جراحت شده بودند، از ناجا به سازمان قضایی نیروهای مسلح اصفهان شکایت کردند. ریاست این سازمان در استان اصفهان بر عهده ابراهیم مهرانفر بود. پرونده در شعبه دوم دادگاه نظامی یک اصفهان مورد رسیدگی قرار گرفت.

پنج تیر ۱۳۹۵، مهرانفر اعلام کرد که نیروی انتظامی از جهت جنبه عمومی جرم، حکم برائت دریافت کرده اما به پرداخت دیه ۶۷ میلیارد ریالی به ۱۲۸ تن از کشاورزان محکوم شده است و این دیه در سه قسط به آسیب دیدگان پرداخت خواهد شد؛ حکم عجیبی که در نهایت به تایید دیوان عالی کشور هم رسید.

دستگاه قضایی پاسخی به این سوال را نداد که اگر نیروی انتظامی جرمی مرتکب نشده است، چرا باید به آسیب دیدگان و کسانی که از سوی ماموران ناجا مورد ضرب و شتم قرار گرفته‌ند، دیه پرداخت شود.

متهمان پنهان در پرونده شلیک گلوله توپ به شهرک مسکونی در اصفهان

۲۰ خرداد ۱۳۹۴، خبری عجیب در رسانه‌ها منتشر شد؛ اصابت دو گلوله جنگی توپ یا خمپاره به شهرکی مسکونی در اصفهان. در همان ابتدای ماجرا، انتشار اخبار ضد و نقیض از سوی مقامات نظامی و استانی آغاز شد.

روابط عمومی سپاه استان شلیک این دو گلوله توسط نیروها و از سوی پادگان‌های سپاه را تکذیب کرد و منابعی در ارتش هم اعلام کردند در حال بررسی موضوع هستند. هم‌چنین در اخبار ابتدایی، تاکید بر این بود که در این رخ‌داد کسی آسیب ندیده است. با وجود تکذیب شلیک گلوله از سوی سپاه، همان روز پایگاه خبری «نسیم» اعلام کرد که یکی از این دو گلوله به پارک «شهرک سپاهان» و دیگری به نزدیکی «سیتی‌سنتر» اصفهان اصابت کرده که به اشتباه از قرارگاه «شهید زین‌الدین» سپاه اصفهان شلیک شده است. از چند روز بعد، در اخبار رسمی دیگر نامی از نهاد نظامی شلیک کننده به میان نیامد و همه مسوولانی که در این رابطه اظهار نظر می‌کردند، به صورت مجهول، تنها از یک نهاد نظامی یاد می‌کردند.

سرانجام پس از حدود یک سال از زمان وقوع این رخ‌داد، تیر ۱۳۹۵ ابراهیم مهرانفر به عنوان رییس سازمان قضایی نیروهای مسلح استان اصفهان اعلام کرد: «این پرونده با دقت بررسی شد و پس از تعیین تکلیف و مقرر شدن دیه برای شکات، نسبت به افرادی که سهل‌انگاری کرده بودند، برخورد مقتضی صورت گرفت.»

همین توضیح ابهامات بیشتری به وجود آورد؛ این که اگر کسی آسیب ندیده است، چرا باید دیه پرداخت شود؟ به چند نفر و به چه میزان دیه پرداخت می‌شود؟ نهاد نظامی خاطی چه نام دارد؟ عنوان، درجه و رده نظامیانی که با آن‌ها برخورد شده است، چیست؟ میزان این برخورد چه اندازه است؟ و...

به این سوالات و ابهامات البته هیچ‌گاه پاسخی داده نشده و هویت متهمان نظامی پرونده نیز مانند پرونده شلیک موشک به هوپیمای اوکراینی نامشخص است.

این بار هم ابراهیم مهرانفر به خوبی از نیروهای مسلح جمهوری اسلامی برابر مردم و رسانه‌ها صیانت کرد. از همین کارنامه و سوابق می‌توان دریافت که چرا او برای رسیدگی به پرونده جنایت سرنگونی هواپیمای اوکراینی و کشتن ۱۷۶ سرنشین آن با موشک‌های سپاه پاسداران انتخاب شده است.