اکبر هاشمی رفسنجانی در خاطرات سال ۱۳۷۷ خود نوشته که مقامات وزارت اطلاعات در دوره وزارت قربانعلی دری نجف آبادی از جمله حسام‌الدین آشنا در دیدار با او از کارهای «تند وزارت کشور به خصوص تاج‌زاده» ابراز نگرانی کرده‌اند.

آقای تاج‌زاده همچنین عضو حزب جبهه مشارکت بود که اصلاح طلبان نزدیک به محمد خاتمی پس از دوم خرداد ۱۳۷۶ تاسیس کردند.

در انتخابات مجلس ششم شورای نگهبان انتخابات در برخی حوزه‌های انتخابیه را باطل و از تاج‌زاده و تعداد دیگری از مقامات وزارت کشور شکایت کرد. آقای تاج‌زاده گفته که دادگاه نتوانست هیچ تقلبی را در انتخابات ثابت کند اما او با اتهاماتی چون عدم همکاری با سازمان بازرسی به سه سال انفصال از خدمات دولتی محکوم شد. آقای تاج‌زاده و وزارت کشور نیز از احمد جنتی شکایت کردند اما به این شکایت رسیدگی نشد.

شکست در انتخابات شورای شهر

او پس از آن سمت بالای دولتی نداشت و نامزد دومین دوره انتخابات شورای شهر شد. انتخاباتی که در آن اصلاح طلبان شکست خوردند و با پیروزی اصول‌گرایان محمود احمدی نژاد شهردار تهران شد.

آقای تاج‌زاده در دهه ۸۰ همچنین نشست‌هایی را با حضور برخی شخصیت‌های دانشگاهی و روشنفکران دینی برگزار می‌کرد.

او در انتخابات ریاست جمهوری سال ۱۳۸۴ عضو ستاد مصطفی معین بود و در تشکیل «جبهه دموکراسی و حقوق بشر» به همراه نمایندگان نهضت آزادی و جمعی از نیروهای ملی - مذهبی نقش داشت. تاج‌زاده در جلسه مصطفی معین با نمایندگان نهضت آزادی و نیروهای نیروهای ملی ـ مذهبی نیز حضور داشت.

آقای تاج‌زاده در انتخابات سال ۱۳۸۸ نیز از اعضای ستاد میرحسین موسوی بود و پس از انتخابات بازداشت شد. معاون سابق سیاسی وزیر کشور گفته بود که در این انتخابات تقلب نشده اما «کودتا» شده است.

او در جلسات دادگاه در حرکتی اعتراضی هرگز از خود دفاع نکرد و گفت، تا زمانی که به شکایت او علیه احمد جنتی، دبیر شورای نگهبان، رسیدگی نشود نیازی به حضور در دادگاه و دفاع از خود نمی‌بیند.

مصطفی تاج‌زاده به جرم «اقدام علیه امنیت ملی» و «تبلیغ علیه نظام» به شش سال حبس محکوم شده بود و پس از آن به یک سال زندان دیگر محکوم شد. مصطفی تاج‌زاده و همسرش چندین بار اعلام کردند که مجتبی خامنه‌ای پرونده او و اعضای خانواده‌اش را شخصا تحت نظر دارد.

او در دوره زندان نامه‌های متعددی به رهبر جمهوری اسلامی و دیگر چهره‌های سیاسی نوشت. این عضو سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی و حزب جبهه مشارکت ایران اسلامی در این نامه‌ها و نوشته‌ها آیت‌الله خامنه‌ای را مسئول وضع موجود دانسته بود.

آقای تاج‌زاده خرداد ۱۳۸۹ در سالروز دستگیری خود نامه «پدر، مادر، ما باز هم متهمیم » را منتشر و از «خطاهای خود» و دیگر چهره‌های انقلابی پوزش خواست.

او در نامه دیگری آینده سیاسی ایران را با عربستان سعودی مقایسه کرده و نوشته بود: «کودتای انتخاباتی ۱۳۸۸ ایران شبیه عربستان می‌شود که مفتی آن فتوا می‌دهد، تظاهرات مسالمت‌آمیز مردم فتنه است و اطاعت از حکومت و حاکم هم اطاعت از خداست و انتخابات آزاد هم در کشور بی‌معنی است».

مصطفی تاج‌زاده سال ۱۳۹۲ از محمد خاتمی رئیس جمهور پیشین ایران دعوت کرده بود تا در انتخابات ریاست جمهوری شرکت کند.

او ۱۵ خرداد ۱۳۹۵ پس از اتمام دوران محکومیتش از زندان آزاد شد و در سالیان اخیر موضوع «اصلاح ساختاری» را مطرح کرده است.

آقای تاج‌زاده از امضا کنندگان بیانیه ۷۷ فعال سیاسی در اعتراض به سرکوب اعتراضات آبان سال ۱۳۹۸ بود که خواستار برخورد قانونی با عاملان شلیک به مردم شده بودند.

او در انتخابات ریاست جمهوری ۱۴۰۰ نامزد شد و شورای نگهبان صلاحیتش را رد کرد.

مصطفی تاج‌زاده در بیانیه نامزدی خود نوشت: «می‌آیم تا با جلب همکاری رهبر، اصلاح قانون‌اساسی ممکن شود؛ رهبری دوره‌ای و انتخابی شود».

آقای تاج‌زاده در کلاب‌هاوس گفته پیشنهادش نامزدی رضا خاتمی و معاون اولی محسن صفایی فراهانی بوده است. در نهایت اما رضا خاتمی این پیشنهاد را نپذیرفته و خود تاج‌زاده نامزد شده است.

نامزدی او در انتخابات ریاست جمهوری و موضوع «اصلاحات ساختاری» انتقاد برخی از چهره‌های اصلاح‌طلب را به دنبال داشته است.

از جمله محمد عطریانفر، از چهره‌های ارشد حزب کارگزاران سازندگی نیز گفته بود: «هیچ توضیح منطقی برای حضور مصطفی تاج‌زاده مطرح نشده است.»

سعید حجاریان از چهره‌های شاخص اصلاح‌طلب نیز ایده تاج‌زاده برای اصلاحات ساختاری را غیر ممکن دانسته بود. او نوشته بود: «مهم‌ترین پرسش این است که چنین تغییری بناست از درون نظام رخ دهد یا از بیرون؟ اگر تغییر از درون در دستور کار باشد، وفق قانون اساسی همه راه‌ها به رهبری ختم می‌شود. اما تغییر قانون اساسی از بیرون مستلزم تغییر نظام حقیقی قدرت است که بحثی جداگانه می‌طلبد.»