اجمالاً در موضوع مرگ سید مصطفی سه قول مطرح است اول اینکه مرگ ایشان قضا و قدر و بصورت طبیعی بوده است، دوم اینکه ایشان توسط عوامل رژیم سابق جهت ضربه شست، انتقام ‌و آسیب رساندن روحی به آقای خمینی بوسیله سم از بین رفته است. سوم اینکه بعضی از یاران آقای خمینی بخاطر اختلاف با سید مصطفی و یا برای برافروخته تر کردن آتش انقلاب و خشمگین کردن مردم نسبت به رژیم شاه مسبب مرگ او شدند.

حدود ۳۰ سال پیش مصاحبه‌ای با آقا موسی اصفهانی انجام گرفته که جزء اسناد دانشگاه هاروارد آمریکا ثبت شده است. در این مصاحبه او محمود دعایی را متهم به مسموم کردن سید مصطفی خمینی با خوراندن حلوا به او می‌کند، نکات برجسته صحبتهای آقا موسی اصفهانی با تلخیص و‌ تصرف به نظر خوانندگان می‌رسد.
" سید مصطفی خمینی نسبت به آقای خمینی شخصیت معتدلتری بوده است و حتی اعلامیه‌های صادر شده از ایشان را ویرایش می‌کرده و از تند ‌و تیزی آن می‌کاسته است. از ملاقات افراد رادیکال با آقای خمینی بدون حضور خودش مانع میشده و حتی هنگامی که اتفاقاً فرزند آقای منتظری توسط منشی مخصوص، عبد علی اصفهانی و ‌بدون حضور سید مصطفی به دیدار آقای خمینی می‌رود موجب ناراحتی سید مصطفی شده، و منشی کار خود را از دست می‌دهد. سید مصطفی از اینکه دعایی با ژنرال پناهیان مرتبط با پیشه وری و شوروی که به عراق پناهنده شده بود، ارتباط برقرار کرده بود، مکدر گردید و‌ متعاقباً رفت و آمد او‌ را به دفتر آقای خمینی محدود کرد".
شب وفات سید مصطفی، دعایی به منزل او‌ حلوا آورده بود و همچنین او از حلوای دعایی خورده بود، همسر مصطفی به آقای خمینی گفته بوده است که او ‌یقین دارد سید مصطفی توسط دعایی مسموم شده است و مطالبه کالبد شکافی می‌کند که با مخالفت آقای خمینی روبرو می‌شود. سید حسین، پسر آسید مصطفی نیز مطالبه کالبد شکافی کرده بود، سید احمد خمینی نیز که با رفتن سید مصطفی امکان بروز و ظهور پیدا کرده بود با کالبد شکافی مخالف بوده است.

آقای خمینی مایل بود که جسد سید مصطفی در رواق حضرت امام علی دفن شود که با مخالفت مسئولین حرم امام‌ علی و استاندار روبرو می‌شود. آقای خمینی از آقا موسی اصفهانی میخواهد که از احمد حسن البکر رئیس جمهور وقت عراق تقاضای اجازه دفن در حرم نماید که او نیز این درخواست را توسط وزیر اوقاف عراق به احمد حسن البکر منتقل می‌کند و البکر با این درخواست موافقت کرده و‌نهایتاً اجازه دفن در حرم صادر می‌شود. ‌‌‌
همانطور که قبلاً ذکر شد این بنده با محمود دعایی اخیراً مصاحبه تلفنی داشته‌ام که عین مصاحبه به نظر خوانندگان می‌رسد.

سوال: #

سوال ۱ - روابط خود با مرحوم آسید مصطفی خمینی را چگونه ارزیابی می‌کنید!
جواب: صمیمانه و دوستانه

سوال ۲ - شما بیشتر به ایشان نزدیکتر بودید یا سید احمد؟
جواب: سید احمد

سوال ۳ - آیا اختلافی با آسید مصطفی داشتید؟
جواب: اصلاً

سوال ۴ - آیا آسید مصطفی مبتلا به بیماری قبل از وفاتشان بودند؟
جواب: خیر، گاهی فشار خون داشتند، اما بیماری خاصی نداشتند.

سوال ۵ - علت وفات ایشان را چه میدانید، قضا ‌قدر یا به فعل فاعل؟
جواب: قضا و قدر بوده، و حتی حضرت امام هم حاضر نبودند به شهادت، شهادت ایشون.
منظور اینکه راضی نبودند که ‌ایشان شهید خطاب شوند چون طبیعی وفات کرده بود. توضیح از #نویسنده مقاله است.

سوال ۶ - روابط شما با آقا موسی اصفهانی چگونه بود و چرا ایشان شما رو متهم کرد؟
جواب: خیلی تیره و بد بود و ایشون عنصر فاسدی بود، و توقعاتی داشته بعد از انقلاب، که بعد رفت جزء مخالفین و معارضین نظام قرار گرفت.

سوال ۷ - اگر قضا و قدر بوده آیا سید احمد هم همان سرنوشت برادرش را داشته است؟
جواب: بله

" از پاسخ‌های کوتاه و حساب شده آقای دعایی معلوم میشود که حد اعلای احتیاط را که به قول علماء سبیل النجاة است مراعات فرموده‌اند! "

همچنین نقلی از مرحوم آسید محمدتقی خلخالی در همین زمینه شده است که صغری خدمتکار منزل سید مصطفی به آسید محمدتقی خلخالی زنگ می‌زند که حاج آقا مصطفی برای نماز صبح بیدار نشده است. او خود را به منزل ایشان می‌رساند و هنگام ورود به اتاقش مشاهده میکند سر او روی کرسی افتاده و از دهان او خون بیرون زده است. آسید محمدتقی خلخالی از صغری سوال میکند که دیشب چه کسانی در منزل بوده‌اند، او دعایی و افراد دیگری که نمی‌شناخته را ذکر کرد.
لازم به تذکر است که سید حسین فرزند آسید مصطفی همچنان وفات پدر را مشکوک میداند و خواستار این است که دولت جدید عراق پرونده وفات پدرش را بازگشایی نموده چه بسا حقایق جدیدی منکشف شود. شاید بتوان از مخالفت آقای خمینی با کالبد شکافی استنباط کرد که او اتهام مسموم کردن سید مصطفی را جدی نگرفته و وفات او‌ را قضا و قدر و‌ طبیعی تلقی کرده است. والله اعلم بحقایق الامور.

محمدحسن خلخالی - پژوهشگر امور حوزوی