بنى‏ صدر همان روز در پاسخ نامه‌ای به خمینى نامه‌ای می‌نویسد و شرایط خود را اعلام می‌کند. این نامه تاریخی است زیرا بعد از ۴۰ سال وضعیت همان است که گفته شد اکنون خمینی جای خود را به خامنه‌ای داده است. بنی صدر می‌توانست شرایط خمینی را بپدیرد و در مقام ریاست جمهوری باقی بماند. اما او خود شرایط را برای خمینی تعیین می‌کند. شرایط او در نامه به خمینی چنین بودند:
"آقای خمینی شما نمى‏ خواهید قانون اساسی اجرا گردد. در مسائل اساسى کشور طرز عمل شما چنان است که کشور را با خطر نابودى مواجه کرده است. شما یک رئیس جمهورى ضعیف، یک دولت ناتوان، یک مجلس مطیع، یک دستگاه قضائى وسیله تهدید و نابودى مخالفان مى‏ خواهید. برخلاف گفته شما این حزب جمهورى اسلامی است که دین و ملت و شما را بباد مى دهد و شما رهبرى ملتى را به ریاست حزب مشتى قدرت طلب فاسد فروخته ‏اید. بسیار کوشیدم و هنوز نیز مى‏ کوشم رهبرى این انقلاب صدمه نبیند اما شما خودکشى تدریجى کردید بیان انقلاب را از بین بردید. با برقرارى سانسور کامل، حضور مردم را در صحنه سیاسى کشور غیر ممکن ساختید و اینک مى‏ خواهید نیمه جان آن را نیز بستانید. هنوز وقت باقى است، باید:
۱ ـ مجلسى جاى این مجلس را بگیرد که انتخاباتش براستى آزاد باشد و مردم در انتخاباتش شرکت کرده باشند و مجلس خود را نه مطیع و تحت الحمایه شما، بلکه زبان مردم و ترجمان خواست هاى مردم بداند، مجلس قوى اینست.
۲ ـ دستگاه قضایى نیز باید قوى باشد. یعنى مستقل باشد. رئیس دیوان کشور و دادستان کل بر خلاف قانون اساسى نصب شده‏اند و سه تن اعضاى شورای عالى قضایى نیز بر خلاف همین قانون اساسى در آن عضویت پیدا کرده‏ اند. باید شوراى عالى قضائى بر وفق قانون تشکیل گردد.
۳ ـ نیمى از شوراى نگهبان را که بعد از این وقایع و بخصوص چگونگى نظارتش بر انتخابات میان دوره‏اى معلوم شد چه وزن و اعتبارى دارد دو مقام غیر قانونى برگزیده‌اند و بنابراین آلت دست آقاى بهشتى و گروه او هستند و این شورى نیز باید موافق قانون از نو تشکیل شود.
۴ ـ دولت آقاى رجایى نیز هم فاقد صلاحیت است. هم از جانب شما تحمیل شده است و هم مورد تایید مجلس غیر قانونى است. هم در گروگان گیرى بکشور خیانت کرده و تسلیم شیطان بزرگ شده است و باید برود.
۵ ـ ریاست جمهورى و فرماندهى کل قوا مقام هایى بودند براى دفاع از منزلت مردمى که قرن ها و قرن ها از هر گونه منزلتى محروم بوده‌اند. قانون هیچ‏ گاه در این کشور به اجرا در نیامده است. گمان مى‏ رفت با قبول ریاست جمهورى بتوانم در برابر خطرهاى بی شمار، مردم را با اجراى قانون در صحنه نگاه دارم و مردم از استقلال خویش دفاع کنند. خود با کار و تلاش بر بحران هاى اقتصادى و غیر آن غلبه کنند. آزاد باشند. مطمئن باشند. امید داشته باشند و خودجوش به تلاشى بزرگ براى تغییر مسیر تاریخ برخیزند. اینک که دادستان انقلاب تهران بر خلاف قانون مطبوعات، روزنامه هارا توقیف کرده است و دیگر از آزادى اثرى نمانده است. اینک که بدنبال تسلیم خفت بار در مساله گروگان گیرى بودجه‏ اى باب طبع سلطه ‏گران آمریکائى به مجلس مى برند، با انگلیس و آمریکا قراردادهایى امضا مى کنند که جز مسابقه براى جلب نظر مساعد شیطان بزرگ و کوچک عنوانى بدان نمى‏توان داد، ریاست جمهورى و فرماندهى کل قوا دیگر به چه کار من مى ‏آید؟ از ابتدا گفته ‏ام این مقام‏ ها را براى حداکثر تلاش بخاطر نجات کشور و انقلاب مى‏ پذیرم و هنوز نیز باید تکرار کنم که مرا بدان ها دلبستگى نیست.
فردای آن روز ۱۹خرداد خمینى بنى‏ صدر را از فرماندهى کل قوا برکنار مى‏کند و به پسندیده اعلام مى‏ کند که دیگر نامه‏ هاى بنى‏ صدر را نمى‏ خواند. و بالاخره ۲۲ خرداد آخرین روزى که بنى ‏صدر در دفتر ریاست جمهورى قرار داشت از آن جا در پیامى به ملت ایران مى‏ نویسد، که در آن آمده است از جمله نوشته بود:
... روزی محکومی در پای چوبه دار گفت‌ ای آزادی چه جنایت ها که به نام تو انجام می دهند. و از امروز خواهم گفت‌ ای اسلام چه جنایت ها که به نام تو نمی کنند. چنان دین را از اعتبار خواهند انداخت تا به نام دین تا یک قرن کسی نتواند حرفی بزند و دعوتی به حق کند.... اگر کودتاى خزنده را اجرا کنند امور زیر واقع خواهند شد:
جنگ تحمیلى در صورت طولانى شدن به فرسودگى کامل نیروهاى ایران و عراق مى‏انجامد و در خاورمیانه زمینه اجراى برنامه امریکا فراهم مى‏ گردد و همانطوری که در جریان گروگان گیرى ملاحظه کردید ناچار به شرایط ننگینى تن خواهند داد و خواهند گفت چاره نداشتیم جز این که به شرایط تسلیم شدیم. به شما مردم مى‏ گویم، اگر امروز که هنوز وقت باقى است نایستادید و استبداد را که هنوز قوام نگرفته دفع شر نکنید، استبداد با سلطه خارجى پیوند قطعى پیدا خواهد کرد و همه آن چه را که گفتم و بدتر از آن بر شما خواهند کرد... "
بدین قرار خمینی در ۲۵ خرداد با گفتن "اگر سى و پنج ملیون نفر بگویند بله من مى‏ گویم نه. " به جمهوریت نظام پایان داد و چند روز بعد کودتا به مرحله پایانی خود رسید و خمینی حکم عزل بنی صدر را اعلام کرد.