ابن بمب در حالی‌که هنیه بعد از حضور در مراسم تحلیف مسعود پزشکیان به محل اقامت خود بازگشته بود از راه دور منفجر شد و محافظ او را نیز کشت.

تصویری که از این ساختمان منتشر شده نشان می‌دهد این انفجار که ساختمان را لرزاند و تعدادی از پنجره‌ها را شکست، باعث فروپاشی بخشی از دیوار خارجی ساختمان محل اقامت هنیه شد.

به گفته سه مقام جمهوری اسلامی، انجام چنین عملیاتی در تهران، یک شکست فاجعه‌آمیز از نظر اطلاعاتی و امنیتی برای تهران و رخدادی شرم‌آور برای سپاه پاسداران است که از این مجموعه برای میزبانی از مقام‌های برجسته و نیازمند به محافظت شدید بهره می‌برد.

چگونگی انتقال و تعبیه این دستگاه انفجاری در اتاق هنیه هنوز نامشخص است.

شبکه خبری سی‌ان‌ان هم ساعتی بعد از گزارش نیویورک تایمز، به نقل از یک منبع آگاه گزارش داد مرگ اسماعیل هنیه بر اثر انفجار بمبی بود که از هفته‌ها قبل در اتاق محل اقامت او در تهران جاسازی و در زمان حضور او در اتاق، از راه دور منفجر شد.

وب‌سایت خبری آکسیوس هم به نقل از دو منبع آگاه نوشت هنیه بر اثر انفجار بمبی در اتاق خواب محل اقامتش کشته شد که موساد آن را پیش‌تر کار گذاشته بود.

با این‌حال، رسانه‌های داخل ایران می‌گویند ممکن است یک پهپاد انتحاری یا یک موشک هدایت‌شونده دقیق که از فاصله‌ای نزدیک شلیک شده است، هنیه را هدف گرفته باشد.

در رسانه‌های ایران همچنین این نظریه هم مطرح شد که ممکن است نرم‌افزار جاسوسی روی گوشی تلفن همراه او نصب شده باشد که منجر به ردیابی مکان او و در نهایت کشتنش شده است.

تا به امروز، مقامات جمهوری اسلامی در مورد شرایط خاص پیرامون مرگ این چهره کلید حماس که از سال ۱۳۹۶ رابط اصلی بین تهران و حماس بود، اظهار نظری نکرده‌اند.