«حمید روحانی» که خود را «تاریخ نگار انقلاب اسلامی» معرفی می کند و سال ها از اعضای ارشد «مرکز اسناد انقلاب اسلامی» بوده، مدعی است که آیت الله خمینی از سخن‌رانی سیدحسین خمینی چنان خشمگین شده که به دامادش، آیت الله «شهاب الدین اشراقی» گفته بود با کمیته مشهد تماس بگیرد و بگوید سیدحسین تحت الحفظ به تهران اعزام شود و اگر مقاومت کرد، او را با تیر بزنند. اما دامادش در تماس با کمیته مشهد تنها دستور آیت الله خمینی درباره اعزام تحت‎الحفظ سیدحسین خمینی به تهران را ابلاغ کرده بود.

البته حمید روحانی توضیح نداده که چه گونه به چنین مکالمه ای میان آیت الله خمینی و دامادش درباره یکی از اعضای خانواده خمینی دسترسی پیدا کرده است.

حسین خمینی پس از نامه پدر بزرگش، برای تحصیل به قم مراجعت می کند و تا سال ها خبری از او در رسانه ها منتشر نمی شود.

پس از سقوط «صدام حسین»، در سال 84 حسین خمینی به عراق سفر و در آن جا طی چند مصاحبه، برای نخستین بار نظراتش را درباره لزوم جدایی دین و سیاست و مخالفتش را با ولایت فقیه ابراز کرد.

حسین خمینی سپس به امریکا رفت و در مهرماه 84 طی سخنانی در موسسه «امریکن اینترپرایز» گفت که امروز مردم ایران دموکراسی و آزادی می خواهند. او هم چنین گفت که بهترین راه برای امریکا، حمایت از جنبش دموکراسی خواهی در ایران است.

استقرار دموکراسی حتی با دخالت امریکا و مباحثی چون رابطه جمهوری اسلامی با تروریسم از جمله مواردی بود که حسین خمینی در این سخن‏رانی و طی دوره اقامتش در امریکا، درباره آن ها سخن گفت. او هم‏چنین به اختلافش با پدربزرگش، آیت الله خمینی در سال های نخست پس از انقلاب اشاره کرد.

با این حال، مدتی بعد از حضور او در امریکا و ایراد سخن‏رانی هایش، با وساطت مادر بزرگش، «خدیجه ثقفی»، همسر آیت الله خمینی به ایران بازگشت و در قم مستقر شد. از زمان بازگشت به ایران اگرچه حسین خمینی هم‎چنان به سکوتش در داخل کشور ادامه داد اما دوبار طی مصاحبه هایی با شبکه «العربیه»، بر مواضع خود به ویژه درباره مخالفت با ولایت فقیه تاکید کرده است.

حسین خمینی از جمله در مصاحبه ای با این شبکه خبری که هفتم خرداد 88 و در آستانه انتخابات ریاست جمهوری منتشر شد، سيستم انتخابات در ايران را مورد تردید قرار داد و درباره نتیجه انتخابات 22 خرداد و ادوار دیگر انتخابات به صراحت گفت: «اين حاكميت است كه برنده را تعيين مى كند و نه ملت.»

حسین خمینی انتخابات دوم خرداد 76 و انتخاب «محمدخاتمی» را یک استثنا توصیف کرده و گفته بود: «خاتمى را مردم بر سر كار آوردند وليكن او نتوانست از پيروزى خود به خوبى استفاده كند و خواسته هاى مردم را برآورده سازد زيرا اختيارات قانونى لازم را نداشت.»

نوه آیت الله خمینی هم‌چنین به انحراف انقلاب از اهداف اولیه اشاره کرده و گفته بود: «لازم است در كشور احزاب آزاد چپ و راست و ملى گرا فعال باشند و دين را از سياست جدا كنند.»

او راه حل را برگزاری انتخاباتى آزاد و سالم با شركت همه اقشار مردم و تشکیل مجلسى قانون‎گذار برای تدوين قانونى اساسى برمبناى ديدگاه صحيح اسلامى عنوان کرده بود. البته تاکید داشت که منظورش از قانونى اساسى برمبناى ديدگاه صحيح اسلامى آن است كه مشكلات موجود در قانون اساسى ايران برطرف و از انديشه صحيح اسلامى در تهيه قانون جديد استفاده شود:«آن انديشه اى که علماى شيعه از بدو تشيع تا كنون برمبناى آن بار آمده و اظهار نظر كرده اند و به طور خلاصه مى توان آن را جدايى دين از سياست ناميد.»

حسین خمینی اگرچه چون دو پدر بزرگ نام‎دار و صاحب نفوذ خود، آیت الله خمینی و آیت الله مرتضی حایری یزدی، لباس روحانیت بر تن دارد اما تاکید دارد که خود را یک شخصيت مذهبى ليبرال معرفی کند.او با همه فراز و فرودهای زندگی سیاسی، هم اکنون در آستانه 60 سالگی، در قم زندگی می کند.

غیبت حسین خمینی در مراسم خاک سپاری خدیجه ثقفی، همسر آیت الله خمینی که در نخستین روزهای فروردین 88 درگذشت، با وجود روابط نزدیک او با مادر بزرگ، پرسش هایی درباره محدودیت های پیدا و پنهان برای نوه آیت الله خمینی برانگیخت.

اگرچه رسانه های رسمی در ایران طی سه دهه گذشته به ندرت از حسین خمینی نام برده اند اما پس از سال 88 و به دنبال حملات مکرر رسانه های نزدیک به سپاه پاسداران به دیگر اعضای بیت آیت الله خمینی، این رسانه ها بارها گزارش هایی درباره اختلافات آیت الله خمینی و نوه اش هم منتشر کردند؛ از جمله خبرگزاری رسمی دولت در دوره محمود احمدی نژاد اتهاماتی را به حسین خمینی وارد کرد. با این حال، حسین خمینی واکنشی علنی به این اتهامات و رسانه ها نشان نداده است.
سیدحسین با آن که هم‏چنان در سیاست رسمی و جاری ایران حضور ندارد اما در سال های اخیر بر شمار اظهاراتش در انتقاد از حکومت فعلی افزوده است.

چندی پیش همایشی در تجلیل از پدرش، مصطفی خمینی در تهران برگزار شد اما این عکس ها و تصاویر پسرعمویش، حسن خمینی بود که در این مراسم از سوی خبرگزاری‎ها مخابره شدند.