جعفر بهکیش، فعال حوزه حقوق بشر و دادخواهی، یک سال پیش شکایتی را علیه بیش از ۳۰ تن از افرادی که در دهه ۶۰ در اعدام و ناپدیدکردن مخالفان سیاسی دست داشته‌اند، به دادسرای تهران ارسال کرد. وی پس از اینکه دادسرای تهران هیچ‌گونه رسیدگی به این شکایت نکرد، در نامه‌هایی متعدد به رییس جمهور و رییس قوه قضاییه خواستار پیگیری شکایت خود شده‌است. نسخه‌ای از این نامه‌ها چهار مرتبه به نمایندگی جمهوری اسلامی در سازمان ملل مستقر در ژنو نیز ارسال شده که این دفتر آخرین بار حتی از دریافت آن‌ها خودداری کرده‌است.
در این نامه‌ها که وی اخیرا آن را برای عموم منتشر کرده‌است، با تاکید بر مخالفت‌اش با مجازات اعدام، با تکیه بر اینکه رئیس جمهور مجری قانون اساسی است و جمهوری اسلامی به اجرای میثاق حقوق مدنی و سیاسی تعهد دارد، از حسن روحانی درخواست کرده‌است تا «تحقیقی مستقل» و «علنی»، تحت نظارت سازمان ملل متحد در مورد جنایت‌های دهه ۶۰ و به‌ویژه کشتار ۶۷ انجام و عاملان و آمران اصلی اعدام، قتل و ناپدید شدنِ نزدیکان شاکی تحت تعقیب قرار گیرند. جعفر بهکیش همچنین در این شکایت‌ها به آزار و اذیت مستمری که جمهوری اسلامی بر او و اعضای خانواده‌اش برای «دانستن حقیقت» و «برقراری عدالت» روا داشته، اشاره کرده و خواستار محاکمه مقامات مسئول شده‌است.
از جمله مقامات در قید حیاتی که بهکیش، نام آن‌ها را به عنوان متهم یا مظنون به دست داشتن در اعدام‌های دهه ۶۰ آورده‌است می‌توان به سیدعلی خامنه‌ای، محمد یزدی، حسین موسوی تبریزی، اعضای رهبری سازمان مجاهدین انقلاب اسلامی، از جمله یوسف صانعی، قربانعلی دری نجف‌آبادی، محسن رضایی، محمد محمدی ری‌شهری و اعضای هیات مرگ استان تهران، ابراهیم رییسی، مصطفی پورمحمدی، حسینعلی نیری و مرتضی اشراقی اشاره کرد.
موضوع شکایت بهکیش، دستگیری و بازداشت غیر قانونی، ترور، شکنجه، دادگاه‌های غیرقانونی، قتل و ناپدیدشدن قهری زهرا بهکیش، محمود بهکیش، مهرداد پناهی شبستری، محمدرضا بهکیش، محسن بهکیش و محمدعلی بهکیش است. او همچنین در مورد اذیت و آزار، احضار، بازجوئی، بازداشت و محکومیت بستگان کشته‌شدگان و ناپدیدشدگان قهری از جمله اذیت و آزار، احضار و بازجوئی مادرش، ام البنین جلالی مهاجر، مادر همسرش، ناجیه پیوندی، پدرش، علی اصغر بهکیش و خود وی و نیز، احضار، بازجوئی، بازداشت و محکومیت خواهرش، منصوره بهکیش شکایت کرده‌است.
در بخشی از شکایت‌نامه جعفر بهکیش آمده‌است:
«خانواده های قربانیان جنایت های دولتی در دهه شصت، از جمله جمعی که بیشتر با عنوان «مادران و خانواده های خاوران» شناخته می‌شوند؛ خانواده‌های قربانیان خشونت‌های دولتی که در گورهای فردی و جمعی در گورستان خاوران به خاک داده شده‌اند، و یا کسانی که سال‌ها و ماه‌های اخیر شکایت خود را از مسئولان جنایت‌های دولتی و به ویژه کشتار بزرگ زندانیان سیاسی در تابستان ۶٧ به فرمان آیت‌الله خمینی تسلیم دادگستری کرده‌اند، از جمله خانم مریم اکبری منفرد، به دلیل تلاش‌های خود برای دادخواهی و برای مبارزه با فراموشی،به شکلی سیستماتیک تحت فشار قرار داشته و دارند. توجه و اقدام عاجل جنابعالی در این مورد که پدر، مادر ، مادر همسر، خواهران و من نیز از جمله قربانیان آن بوده‌ایم، را خواستارم.»
با آغاز کشتارهای دهه ۶۰، خانواده‌های جان‌باختگان بارها شکایت‌های خود را به‌منظور آگاهی از چرایی و چگونگی مرگ عزیزان‌شان و محاکمه عاملان و آمران این جنایات به مقامات مختلف دولتی و قضایی رسانده‌اند. مریم اکبری‌منفرد، زندانی محبوس در زندان اوین، در سال ۱۳۹۵ با ارسال شکواییه‌ای رسمی به دادسرای تهران خواستار تحقیق پیرامون موضوع اعدام خواهر و برادر خود در کشتار۶۷ و روشن شدن جزییات آن، از جمله تعیین مسئولان واقعه مرگ، دریافت کیفرخواست و سایر مدارک پرونده‌های آنان و محاکمه مسئولان شد. مقامات قضایی به جای رسیدگی به این شکایت، خانواده مریم را تهدید به قطع ملاقات و تبعید وی به سیستان و بلوچستان کردند و معالجات پزشکی او نیز متوقف شد. همچنین معاون دادستان درزندان اوین به خانواده مریم اکبری منفرد گفت: «چه چیزی را می خواهد بداند؟ کسانی که خواهر و برادرانش را محکوم کردند یا مرده‌اند یا پیر شده‌اند. خواهر و برادرانش هم شاید در خاوران به خاک سپرده شده باشند.»
وی پس از اینکه مقامات قضایی از رسیدگی به شکایت وی خودداری کردند، شکایت خود را به کارگروه ناپدیدشدگان قهری سازمان ملل برد و این نهاد، رقیه و عبدالرضا اکبری منفرد، خواهر و برادر مریم اکبری منفرد را به عنوان ناپدیدشده قهری به رسمیت شناخت و از جمهوری اسلامی خواست درباره سرنوشت، محل دفن و چگونگی اعدام آن‌ها توضیح دهد. مقامات ایران تاکنون از پاسخ به مکاتبات متعدد این نهاد بین المللی سرباز زده‌اند.
