یک افسر دستگاه امنیت اسرائیل تأکید می کند: «این تصویر تاحدودی مبالغه آمیز است. بسیاری از عملیات های موساد شکست خورده است. بخش بزرگی از آنچه به موساد اهمیت و عظمت بخشیده تبلیغات است».

با وجود این شهرت، در دو دهه اخیر ناکامی های موساد کم نبوده است. در سال 1997، دو مزدور موساد پس از عملیات مسموم کردن «خالد مشعل»، رئیس دفتر سیاسی حماس، در اردن شناسایی و دستگیر شدند. موضوعی که باعث بحران دیپلماتیک میان اردن و اسرائیل شد و باعث شد که نتانیاهو فوراً پادزهر سمی را که به مشعل خورانده شده بود به اردن ارسال و رئیس موساد را برکنار کند.

در سال 2002، «مئیر داگان» به ریاست موساد رسید و کوشید که به بازسازی ساختار آن دست زند. به خصوص که در آن زمان موساد به شدت درگیر مسئله عملیات استشهادی بود. اما داگان که از عملیات ترور هدفمند حمایت می کرد در سال 2010 پس از کشف دوربین های مداربسته هتلی در دبی که نشان می داد چند جاسوس اسرائیلی با اسناد جعلی به قتل «محمود المبحوح»، یکی از سران حماس، دست زده اند به مشکل خورد.

در اواخر 2010، داگان با پیشنهاد نتانیاهو برای آغاز عملیات «آب های عمیق» برای بمباران هوایی نیروگاه های هسته ای ایران مخالفت کرد و پس از بازنشستگی این پیشنهاد را «احمقانه ترین پیشنهادی که به عمرش شنیده» خواند.

تامیر پاردو، جانشین داگان که در سال 2011 تعیین شد نیز تفاوت چندانی با سلف خود نداشت. او نیز بر هم زدن پروژه هسته ای ایران را در دستور کار داشت، اما همچنان مخالف حمله نظامی به ایران بود. به نظر پاردو، حل نشدن موضوع نزاع با فلسطین تهدیدی به مراتب خطرناک تر از ایران برای موجودیت اسرائیل بود . این مواضع باعث شد که نتانیاهو دیگر او را تاب نیاورد و در سال 2015 یوسی کوهن را جانشین وی کند.

سران اسرائیل که از اواخر دهه 1960 سلاح هسته ای در اختیار دارند، نمی خواهند اجازه دستیابی هیچ کشوری در منطقه به زرادخانه های هسته ای را بدهند. آنان در سال 1981 نیروگاه هسته ای عراق را بمباران کردند و در سال 2007 یک نیروگاه در سوریه را. نتانیاهو کوهن را پشتیبان خود علیه ایران می دید، به خصوص که کوهن در چند عملیات ضد ایران نقش داشته است.

اسرائیل از همه توان خود برای سنگ اندازی در برنامه هسته ای ایران استفاده کرده است: اختصاص اموال برای جذب دانشمندان و چهره های نظامی ایرانی، تخریب و شنود و حملات الکترونیکی.

موساد به فرماندهی کوهن از منابع امنیتی انسانی و الکترونیکی برای کسب اطلاعات درباره حزب الله و سپاه ایران استفاده می کند. کوهن، که در سال 2004 به فرماندهی ستاد عملیات ضد ایران (موسوم به «طرح دانیال») تعیین شده بود، و تیم او توانستند برخی تماس های مقامات ایرانی را رمزگشایی کنند. ضمن اینکه با کمک سی آی ای، ویروس الکترونیکی به نام «استاکس نت» ساختند که توانست ده ها سانتریفیوژ ایرانی را در نیروگاه نطنز از کار بیندازد و برنامه هسته ای ایران را به عقب بیندازد.

علاوه بر این، موساد با تأیید «ایهود اولمرت»، نخست وزیر وقت اسرائیل، و پس از وی نتانیاهو عملیاتی برای انفجار هواپیماهای حامل چند افسر ایرانی اجرا کرد. «رونین برگمن» از نویسندگان یکی از اصلی ترین کتاب ها در این باره نشان داده که عملیات ترور شخصیت ها که اسرائیل از سال ها پیش آغاز کرده بود همچنان علیه چهره هایی از عراق و سوریه و لبنان و ایران و البته فلسطین ادامه داشته است.

به گفته برگمن اسرائیل بیش از هر کشور غربی دیگری از سال 1945 آدم کشته است. موساد با حمایت سی آی ای، «عماد مغنیه»، رئیس شاخه نظامی حزب الله لبنان را در دمشق کشت. همچنین در سال 2009، موساد لیست تروری شامل نام 15 دانشمند هسته ای ایرانی تهیه کرد و دست به ترور شماری از آنها زد، از جمله «مسعود علیمحمدی» که در تهران کشته شد.

عملیات دیگری هم در ژوئیه و نوامبر 2011 و ژانویه 2012 و اکتبر و نوامبر 2013 در ایران اجرا شد. در هر حادثه ای موساد متهم اصلی شمرده می شد بی آنکه رسما مسئولیت عملیات را بر عهده بگیرد.

با آغاز عملیات نفوذ، جاسوسان اسرائیلی در ژانویه 2018 به انباری در جنوب تهران دست یافتند که در آن بیش از 50 هزار صفحه اسناد و حدود 200 سی دی از آرشیو هسته ای ایران نگهداری می شد. نتانیاهو در سخنرانی ای که به صورت زنده در بسیاری شبکه های جهان پخش شد به این عملیات افتخار کرد و کوشید آن را شاهدی بر عدم جدیت ایران در توقف برنامه هسته ای اش نشان دهد. این اظهارات اندکی پیش از اعلام تصمیم ترامپ برای خروج از توافق نامه هسته ای ایران بود.

دربرابر، ایران نیز دست بسته نماند. آنان نیز دست به تجسس علیه اسرائیل و فعالیت های هسته ای آن زدند و در پی شناسایی مزدوران موساد برآمدند. از جمله شناسایی فردی به نام «علی اشتری» که در دبی به همکاری با موساد درآمده بود و در تهران شناسایی و اعدام شد. دستگاه امنیت ایران از برخی فعالان اقتصادی در اسرائیل که برای ایران کار می کردند، بهره گرفت و عملیاتی برای ترور چند دیپلمات اسرائیلی در هند و تایلند طراحی کرد.

بیشتر عملیات نظامی محرمانه ایران در خارج را نیروی قدس سپاه ایران زیر نظر ژنرال «قاسم سلیمانی» اجرا می کند. سلیمانی که از نزدیکان آیت الله علی خامنه ای، رهبر ایران است وحشت بسیاری در دل موساد انداخته است. موساد همچنان بابت از دست دادن فرصت ترور سلیمانی که در دمشق همراه با عماد مغنیه دیده شده بود حسرت می خورد. سلیمانی همچنین مسئول انتقال سلاح برای هم پیمانان منطقه ای ایران مانند حزب الله و جهاد اسلامی و حماس است.