منابع آمریکایی می‌گویند که دولت ایران به دست داشتن ملا فاضل و ملا دادالله لنگ، معاون در این قتل‌ها، مظنون است.

ملا فاضل نفرت واضحی علیه جمهوری اسلامی ایران دارد و در این سال‌های مذاکره با وجود دشمنی مشترک دو طرف با آمریکا، تمایلی به تامین رابطه با تهران از خود نشان نداده است.

گروه فاضل پیش از ظهور شبکه حقانی از تندروترین جناح‌های طالبان به حساب می رفت. تاکتیک‌ها و تندروی افراد فاضل تفاوت زیادی با حملات پیچیده و کورکورانه شبکه حقانی ندارد. این شبکه بعد از حضور نیروهای آمریکایی در افغانستان قد بلند کرد و جزء تشکیلات طالبان شد. بیشتر حملات انتحاری و چندلایه در کابل کار شبکه حقانی است.

سازمان ملل ملا فاضل را به ارتکاب جنایات جنگی متهم کرده و مسئول کشتار هزاران نفر از هزاره‌های مزار شریف در سال ۱۹۹۸ می‌داند.

ملا فاضل در زمان شکست گروه طالبان وارد مذاکره با نیروهای مقاومت شد و در نوامبر ۲۰۰۱ به ژنرال عبدالرشید دوستم از رهبران اتحاد شمال تسلیم شد. آقای دوستم او را ابتدا به قلعه جنگی در حاشیه مزارشریف برد که یک پایگاه نظامی برای نگهداری زندانیان طالبان بود، اما گروهی از شورشیان در این قلعه دست به شورش زدند و ۸۰ نفر در یک انبار پناه بردند و حاضر به خروج نشدند. افراد ژنرال دوستم ملا فاضل را برای وادار کردن این ۸۰ نفر به تسلیمی به این انبار برد، اما آنها به سخنان ملا فاضل وقعی نگذاشتند. این انبار بعدا منهدم شد.

هنگامی که ملا فاضل در بازداشت افراد ژنرال دوستم قرار داشت، مقام‌های امنیتی جمهوری اسلامی ایران از او درباره کشته شدن دیپلمات‌ها بازجویی کردند. ملا فاضل رابطه مستقیم خود با آن‌را تایید نکرده، اما این قتل‌ها را توجیه کرده است.

ژنرال دوستم ملا فاضل و دیگر فرماندهان طالبان را به آمریکایی‌ها تحویل داد و سربازان آمریکایی آنها را به بازداشتگاه گوانتانامو بردند.

این فرمانده ارشد طالبان در ۱۱ جنوری ۲۰۰۲ برای کشف اطلاعات درباره وضعیت نیروها و ساختار تشکیلات نظامی طالبان به زندان گوانتانامو منتقل شد. براساس اسنادی که وبسایت افشاگر ویکی لیکس منتشر کرد، بازرسان آمریکایی او را فردی «خطرناک» دانسته‌اند که باید در زندان بماند.

اما ملا فاضل در سال ۲۰۱۴ در مقابل اسیر آمریکایی، بو بریگدال، از زندان گوانتانامو رها شد. از شرایط آزادی او عدم بازگشت به میدان نبرد در افغانستان بود. او در قطر زیر نظر مقام‌های امنیتی قطری و آمریکایی ماند و به عضویت دفتر سیاسی طالبان در قطر در آمد.

ملا فاضل در دو سال گذشته در مذاکرات فشرده طالبان و آمریکا برای پایان جنگ افغانستان نقش فعالی داشته است. این مذاکرات به توافق صلح قطر به امضای ملا عبدالغنی برادر، فرد شماره دو گروه طالبان و زلمی خلیل‌زاد، فرستاده ویژه آمریکا برای صلح افغانستان انجامید.

رهبری طالبان ملا فاضل را عضو هیات مذاکره کننده شورشیان با دولت افغانستان نیز منصوب کرده است. او هرچند فرمانده تندخویی است، اما در مواردی که کفه ترازو به نفع او نبوده است،‌ انعطاف‌پذیری از خود نشان داده است. اگر مذاکرات صلح به طور موفقیت‌آمیزی آغاز شود و ادامه یابد و به توافق صلح بین دولت و طالبان بیانجامد، بازگشت ملا فاضل به صحنه سیاسی کشور می‌تواند توازن قوا را علیه جمهوری اسلامی و به نفع پاکستان تغییر دهد.