۲. عدم رعایت آئین دادرسی: چنانچه برخی از اتهامات زم سیاسی و مطبوعاتی بوده و باید در دادگاه علنی با حضور هیأت منصفه بررسی شود، برخی از اتهامات هاشمی نیز همین‌گونه بود اما توسط آقای خمینی پرونده به وزارت اطلاعات سپرده، و معاون ری شهری شد دادستان و قاضی نیز از همفکران اینان انتخاب و بدون وکیل ، پرونده تشکیل و پشت درهای بسته محاکمه و حکم اعدام صادر شد. از ایرادات آیت‌الله منتظری به پروند سید مهدی همین بود که روال قانونی رعایت نشده است.(انتقاد، آیت الله منتظری از خود ص۸۰، خاطرات ص ۶۱۰_ ۶۱۱)

۳. کیفیت اعتراف: هنوز برای هیچ کس به جز بازجوها مشخص نیست که اعترافات مرحوم زم اجباری یا اختیاری بوده است و این موجب شک می‌شود. اما در باره اعترافات مرحوم هاشمی به شهادت همبندی‌ها و برادرانش پس از آخرین ملاقات با وی قبل از اعدام، گفته بود: فشارهای روحی و جسمی زیادی بر من وارد شد که نتوانستم تحمل کنم و به آنچه می‌خواستند اعتراف کردم.(انتقاد از خود ۸۳) یک مورد از دست ری شهری وزیر اطلاعات وقت در رفته و می گوید به وی هفتاد ضربه شلاق زدیم تا اعتراف کند.(خاطرات سیاسی، ری شهری، ص ۹۲)

۴. فریب: پدر مرحوم زم در گزارشی از دیدار آخر با روح الله نوشته:«از ما پرسید، آیا این روزها فیلمی علیه من پخش کرده‌اند؟... گفتند که آقای رییسی می‌خواهد تو را در «طرح مبادله» قرار دهد! گفتم مبادله یعنی چه؟ گفت مرا بدهند و کسی را از آن طرف آزاد کنند، گفتند تو اینها را بنویس و ما این فیلم را فقط برای آقای رییسی تهیه می‌کنیم و هیچ استفادۀ دیگری ندارد! گفتم باز هم تو گول خوردی؟ گفت چه کار دیگری می‌تونستم بکنم؟»

مرحوم هاشمی نیز به گونه دیگری فریب محمدی ری شهری را می خورد. حسن ساطع مسئول اطلاعات اطلاعات سپاه اصفهان که در پرونده هاشمی دستگیر شده است می گوید:این اواخر با سید در یک سلول بودم. از وی پرسیدم این همه اعترافات باطل و دروغ چه بود؟ گفت: امان از فریب، ری شهری به من گفت مگر تو امام را قبول نداری گفتم چرا؟ گفت من از امام برایت پیغام آورده‌ام اگر این مطالب که به نفع نظام است بگویی و اعتراف کنی مورد عفو امام قرار می گیری» نقطه ضعف هاشمی، علاقه وافر به آقای خمینی بوده است. وی در جای دیگر تعجب می کند که قرار نبوده این اعترافات پخش عمومی شود و مرا گول زدند. (خاطرات ص ۶۱۱)
راز پرونده های امنیتی ـ سیاسی، تا ابد سر به مهر نمی ماند (چه ما باشیم و ببینیم چه نباشیم)؛ اما نیک یا بدنامی است که برای یک سیستم، تا ابد می‌ماند.