فاصله گرفتن از انقلابی‌ها باعث شد تا مصباح یزدی در دوران رهبری آیت‌الله خمینی حاشیه‌نشین باشد و فقط در بحث‌های نظری با گروه‌های چپ مارکسیستی در تلویزیون شرکت کرد و عضو ستاد انقلاب فرهنگی شد که با علاقه وی در برتری دادن علوم حوزوی بر علوم انسانی مدرن در دانشگاه‌ها تطبیق داشت. مصباح در آن دوره به جناح راست نزدیک بود که قرائت اسلام فقاهتی و ضرورت پایبندی ولی‌فقیه به احکام اولیه اسلام و نادیده گرفتن مقتضیات زمانی باور ترویج می‌کرد. توجه آیت‌الله خمینی به مصلحت و اجتهاد پویا خوشایند مصباح یزدی نبود.
اما رهبر شدن سیدعلی خامنه‌ای فرصتی ویژه برای مصباح یزدی ایجاد کرد که بر بستر نیاز متقابل بین ولی فقیه دوم و او قرار داشت. خامنه‌ای در دوره رهبری بر خلاف گذشته بر روی گرایش سنتی حوزه سرمایه گذاری کرده و وجهه ایدئولوژیک نظام را تقویت کرد. در این چارچوب او نیاز به فقهایی داشت که اولا به شخص او و رهبری یکه‌سالارانه‌اش وفادار باشند، ثانیا به گفتمان بنیادگرایی اسلامی شیعه‌محور باور داشته و حتی المقدور جزو حاشیه‌نشین‌های دوران رهبری آیت‌الله خمینی باشند تا نهاد ولایت فقیه سامانی متفاوت با آن دوران پیدا کرده و رقبای درون حکومتی امکان نفوذ نداشته باشند.
مصباح یزدی که فقیه، متکلم و حکیم مطرحی در حوزه علمیه قم بود و به فلسفه اسلامی تسلط داشت بهترین گزینه برای او بود تا ایدئولوگ و پدر معنوی جریان حامی خامنه‌ای شود. جاه‌طلبی فردی مصباح و سوابق درگیری‌اش با اصلاح‌طلب‌ها و هاشمی رفسنجانی مزیت دیگر او بود. همچنین مصباح واسطه ارتباط بین خامنه‌ای با آیت‌الله بهجت شد تا بر اساس آنچه ادعا می‌شد خامنه‌ای بتواند به وساطت بهجت و "کرامت‌هایی" که برای او برشمرده می‌شد ارتباطی با عالم غیب (امام زمان) و امور معنوی پیدا کند؛ این اتفاق روابط بین آنها را مستحکم کرد و در کنار تملق‌های بسیار مصباح و ترویج مرجعیت تقلید کاذب خامنه‌ای و تبعیت مطلق از نظرات او و سیاست‌های حاکمیتی‌اش باعث شد تا خامنه‌ای لقب "مطهری زمانه" را به او بدهد. همچنین بودجه‌های هنگفت و امکانات بسیاری در اختیار موسسه پژوهشی و آموزشی امام خمینی وابسته به مصباح یزدی قرار گرفت و وی توانست بورسیه‌های تحصیلی برای طلبه‌هایش در دانشگاه‌های کانادا و آمریکا بدست آورد.
مصباح در تقدیس رهبری خامنه‌ای تا جایی به افراط افتاد که در دیدار با او به پایش افتاد و یا بدون هیچگونه کراهتی "پابوسی رهبری" را ترویج می‌کرد؛ همچنین مدعی شد که «بعد از ائمه اطهار در زمین و آسمان کسی مانند خامنه‌ای پیدا نمی‌شود»! این سخنان که نتیجه آن برتری خامنه‌ای بر خمینی بود به مذاق اصلاح‌طلبان و جناح خط امام سابق خوش نمی‌آمد و درگیری بین آنها را تشدید کرد.
اما اتفاق دیگری که باعث شد تا مصباح در عرصه عمومی اثرگذاری بیشتری پیدا کند، بروز جنبش اصلاحی دوم خرداد بود که شکافی را در داخل حکومت حول سنت و مدرنیته پدید آورد. تاکید سید محمد خاتمی بر "بازخوانی سنت در چارچوب بنیادهای مدرنیته" و "سازگاری اسلام و دمکراسی" و تصمیم خامنه‌ای به مقابله با اصلاحات و حفظ وضعیت موجود در چارچوب دفاع از گفتمان کلاسیک جمهوری اسلامی باعث شد تا عرصه فعالیت مصباح یزدی گسترش پیدا کرده و شهرت اجتماعی پیدا کند. مصباح با سخنرانی در خطبه‌های نماز جمعه با حمله به مدرنیته و دمکراسی گفتمان "حکومت اسلامی" و "بنیادگرایی اسلامی شیعه‌محور" را تبیین کرد و با ترجیح مشروعیت به مقبولیت، رای ولی فقیه را بالاتر از انتخاب مردم قرار داد که منبع اصلی کشف حقیقت است و حتی مدعی شد بدون تنفیذ و اذن ولی فقیه، رئیس جمهور اعتباری ندارد و تنها با اتکا به رای مردم واجد مسئولیت نمی‌شود.
او از خشونت و اجبار برای اجرای احکام اسلام و برخورد با مخالفان خیلی صریح حمایت کرد و در یکی از سخنرانی‌هایش اظهار داشت: «اگر شخصی به مقدسات توهین کرد، اسلام حق داده خونش را بریزد، دادگاه هم نمی‌خواهد ... خداوند می‌فرماید ترهبون به عدواللّه. توصیه می‌کنم بنگرید معادل واژه ارهاب چیست. اگر من بگویم، روزنامه‌ها تیتر می‌کنند که فلانی طرفدار تروریسم است.»

در زمینه ترویج خشونت دولتی نقش مصباح در حد توجیه نظری محدود نماند و او متهم به صدور فتوی برای مقتولان در قتل‌های زنجیره‌ای است؛ همچنین او مورد توجه بخش مسلط سپاه پاسداران، نیروهای بسیج و گروه‌های فشار در دوران رهبری خامنه‌ای بود.
مصباح در پیروزی محمود احمدی نژاد و سازماندهی ماشین رای نهاد ولایت فقیه در هماهنگی با مجتبی خامنه‌ای نقش مهمی داشت و بعدها مراد معنوی دولت‌های نهم و دهم شد تا جایی که مرتضی آقاتهرانی، شاگردش هر هفته توصیه‌های او را به عنوان موعظه‌های اخلاقی در کابینه طرح می‌کرد. این اتفاق و حمایت از احمدی‌نژاد در سال ۸۸ مناسبات بین او و رفسنجانی و اصلاح‌طلبان را تیره‌تر کرد. در این دوره جبهه پایداری تحت زعامت معنوی مصباح یزدی به عنوان یک گروه سیاسی ورای دو جناح راست و چپ حکومت تشکیل شد.
اما تغییرات محمود احمدی‌نژاد و حمایت از نظرات جنجالی اسفندیار رحیم مشایی روابط آنها را شکراب کرد. از سال ٨٩ به بعد مصباح یزدی علنا به انتقاد و مخالفت با احمدی‌نژاد متاخر پرداخت. اوج قدرت سیاسی مصباح یزدی که باعث سقوط نفوذش شد، حمایت از کامران باقری لنکرانی در انتخابات ریاست جمهوری سال ٩٢ بود که لنکرانی با بوسیدن پای مصباح کاندیداتوری‌اش را اعلام کرد. این اتفاق به مذاق هسته سخت قدرت و آقای خامنه‌ای خوش نیامد و از این نقطه سیر نزولی نفوذ سیاسی مصباح یزدی شروع شد و ناکامی در انتخابات پنجمین دوره مجلس خبرگان آن را تسریع کرد؛ وی جزو مثلث "جیم" بود که رای منفی مردم استان تهران او را از مجلس خبرگان بیرون آورد. اگرچه در سال ٩٨ در انتخابات میان‌دوره‌ای از استان خراسان رضوی در یک انتخابات غیر رقابتی مجددا به نمایندگی برگزیده شد، اما فرصت نیافت تا به صورت رسمی عضو این مجلس شود.
در کل مصباح یزدی پدیده‌ای خاص در بین کارگزاران روحانی جمهوری اسلامی است که نقطه تلاقی عناصری چون "بنیادگرایی اسلامی"، "طالبانی‌گری شیعی"، "جاه‌طلبی زیاد"، "انکار حقیقت درپای شهوت مقام" و "قربانی شدن به خاطر زیاده‌خواهی در قدرت سیاسی" بود. او روایتگر و توجیه‌کننده چهره اصلی نظام جمهوری اسلامی بود که در آن رای مردم فی نفسه ارزشی ندارد و ولی فقیه در چارچوب بنیادگرایی اسلامی شیعه‌محور با استفاده از قوه قهریه و خشونت باید مردم را هدایت کند. او نماد واپسگرایی تهاجمی و ستیزه‌جویی آشتی‌ناپذیر با مبانی مدرنیته و موازین حقوق بشری از پایگاه فقه شیعه اثنی عشری بود که در برخوردی راست‌کیشانه هر نوع بازخوانی و تغییر در چارچوب گفتمان مسلط زمانه را رد می‌کرد و بر ابدی‌بودن احکام و شعائر دوران اولیه اسلام تاکید داشت.
مصباح یزدی به مانند همه بنیادگراها توجه ویژه‌ای به کسب قدرت سیاسی و حفظ آن به هر قیمت داشت که داوری را سخت می‌کند که انگیزه اصلی او حب مقام بود یا دعاوی ایدئولوژیک؟ البته او سال‌ها پیش از مرگش در عرصه سیاسی مرده بود؛ وقتی که در اندیشه تبدیل رئیس جمهور به مرید و گماشته معنوی خود برآمد و محدوده‌ای بزرگ‌تر از آنچه ولی فقیه برای او در نظر داشت را آرزو کرد. "ستیز آشتی‌ناپذیر با مبانی مدرنیته"، "دستیابی به حقانیت خارج از رای و نظر مردم"، "ترجیح اصلح نامقبول بر صالح مقبول در زمامداری سیاسی"، "نادیده گرفتن سلسله مراتب سنتی حوزه در تعیین مراجع تقلید به خاطر مصلحت سیاسی" و "استفاده حداکثری از خشونت برای دفاع از حکومت مدعی مسئولیت مقدس" اضلاع اصلی میراث سیاسی و مذهبی محمد تقی مصباح یزدی هستند که حامیانش به او القابی چون "فقیه انقلابی" و "فیلسوف مجاهد" داده‌اند. البته پس‌افکند مصباح بخشی از مجموعه بزرگتر میراث رهبری خامنه‌ای است.